HsaINT0100450

From VastDB

Intron Retention

Gene
Description
muscleblind-like splicing regulator 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:16746]
Coordinates
chr13:98009736-98017425:+chr13:97357482-97365171:+
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr13:98017390-98017425chr13:97365136-97365171
Length
75007500 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATGT
5' ss Score
9.8
3' ss Seq
CCACCATTGCATGACATCAGGGT
3' ss Score
3.57
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000139793-MBNL2:NM_144778:6
Average complexity
IR-CIR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion

No structure available

Features
Disorder rate:
C1=NA A=NA C2=NA
 


Domain overlap (PROSITE):

Info
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Domain overlap (PFAM):

Info
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA

Degree:
NA
Betweeness:
NA
Associated events
Conservation
Mouse:
ALTERNATIVE
MmuINT0096308
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Annotated function
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT

INCLUSION PATTERN