BtaINT0005156 @ bosTau6
Intron Retention
Description
Bos taurus cytochrome P450, family 2, subfamily c (LOC511498), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075520]
Coordinates
chr26:20897871-20911428:-
Coord C1 exon
chr26:20911266-20911428
Coord A exon
chr26:20898021-20911265
Coord C2 exon
chr26:20897871-20898020
Length
13245 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTATGT
5' ss Score
8.35
3' ss Seq
CTCTTTGCTTCTTTTCCTAGGAC
3' ss Score
11.33
Exon sequences
Seq C1 exon
TTGGCCAAACAATATGGACCTGTTTACACTCTGCACCTTGGATCCCAGACCACTGTGGTCTTACATGGATATGAAGTGGTGAAGGAAGCTCTAATTGACCAAGGTGATGAATTCCTTGGCAGAGCACATTTTCCTATTATTGACGATACCCAGAGAGGATATG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTCATTTTCAGCAATGGAGACACGTGGAAGCAAATGCGGCGCTTCTCCCTTATGACCCTAAGGAACTTTGGGATGGGGAAGAGGAGCCTTGAGGAGAGGATCCAAGAGGAGGCCCAGTTTCTGGTGGAGGAGTTCAGGAAATCAGAGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000023939:ENSBTAT00000032930:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(11.8=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]