BtaINT0050252 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013078 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr4:30505399-30513791:+
Coord C1 exon
chr4:30505399-30505490
Coord A exon
chr4:30505491-30513646
Coord C2 exon
chr4:30513647-30513791
Length
8156 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
AGGACTTCTGGATCTTCAAGGGG
3' ss Score
3.15
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATTAATGTTCAGAACAGCTAAAATAAAAAATGTTTTAGAGGCAACATGTGAGCTGCATCTCTATGAAAAACTTAAAGATTTACAGTACAG
Seq A exon
GTAAGAATACAACTACAAAGTGATTAATTTGTTATACTTTTGACATTTCTTTTGAATATCTAATAGTATTTAATATCATGTTACTGTAGATACAACCTCTACTAATTTAAATTTTTGCTTATAGTTGTCTAGTTGCCTTTTACATATTAGGTGGTGTGTGTGTATAGTGATTTAATGCAACTACATCCAAATATATTTCTTTTCCAAGAGGGATATCATAATAGTAAAATAGAGTATATTAAGTAGAGAATCAACATGAAAAAAAGAATCGTGATTGATCGATTCTTTTATCAAAGTGTCCTATAAATATTTATTAAGTATCTACTGGATTCTAGGAACTGGGACTGTACTCATATAAGTCTTTTGTTTTGTATATAGTTAAATTATACTAGAAATTATCCTTTGACAGCATGTTAGTACTTTTGAAATCCTTGTCCTAAAGGGCATTTTATTCATATGAAATTATACAACAGCTAGTGGTCACAAGAAACTTCTGACTTTTGATTTAAAACGGGCAGATCAGCTACTAAAAAAGAGCTTTGTGTAGAATAGTGACCACTTTTTATTGCATGGTAGAGGAGCCTCTAGATAAAAATATATTGCATACAATTATTTCATAATCCGGAAGTTTTTTCAAGATAAAGTTGACCATCATTTTAGAAGTGTGGATTTCCACAGAAGTTAATTATTTCTTAGTCAGGGATTTTTCAGGGCTTGGTGGCTCTGCCTCTGGGTCTTCTCTGATCTGCTACGAACAGTAAAGTGGAAATGGTTCAGGGTGTTATGACTTCCCTGAAAACCAGAGAGAATTGAAGCCACTTACATTTTTTGTAGACATTCCTTAGGAAAAAGAAAACCTTAAACCAGTTACATGTTAACTAAGCACTTTGTGCTCAGGGTGAGTGATCCCAAACCCAGTCTTCTCTCCTGCTGTGAGACATGTCATTAAGATAAGTGACAATATATTGCGCTTGAGAACATGTGGGTGTTTTCAAATATCTTTTGATATTGATTTCTAACCTAATTCCACATTGACAAGAGAACAGTCTGTATGATTTCAGTACCTTTAGACCATGAAACTTTTGCACTTTGATTTATGTCCTTTGATATGTTTCAATGTCTCCTAGATTATAGCCTATAGAAACTTGAAACGAATTTGTATCCTACTGTTGTGTGAAATTGTATAAATCTTAATTATGTTGAATTGGTTCATGGTGCTTTTCAGTTCTACTATATCCTTCTCCTTTACTATATATTCATTCTATTAATTTTTAAGAGTTTGATATTGAAACTCCAACTAAAAATCTTAATTTGTCTAGTTAAAAAATAATTGTACATTATAGTGGAACTATAAAAAAAATAAGTGACAACAAGTAACACCAACTTAAATTTGATTTGTATTTAGTCTCAACTTTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATCTCCTCCTCCTTGGCACAACTTGTACATTAGTCACAAACGAGATGATGATGTTATAAGAGAAGGAGATAGGTACCATGTTAAACAGTGAGCTTATTGAGATGAATGGACAGATTGAGACACTCTGGGTTTTGTTGACATTTTAATAACTGAATGGGCAAAATATGCTTACAATGATGTTTCATTCATACAGGCTTTCTCTTTGTGAAAAAGCTCTTGCTCAGTACCTGGAAACCAAGCGTTTGGCTTTCCCACGCTTCTATTTCATCTCTTCCACAGACTTACTTGACATTCTCTCAAAGGGAACTCAACCTAAACAGGTAATATTGATTTTGAAAGCCTTATATTGTCCTTTGGTAGCTAAGGAATGTCAGTTTCTCTATCATTGTCTAAATGCTACCTACCATGTCACATGTTCCAAGAGCCGGAAAATATGCAATAAAAATTCTTAATGTAGCAACAGAGAGATGTTGGTGGCAGTGCTAAAGGAACTAGGAAGGAAGACTACCTTATCCTCAGTGAAGGGACACTGTACAAATGTCTAGAAAGGAGAACAAATGTACAAGGCTTGGAGCCCTGCAAGAAGTTAATGGAAGAAACACCAGTTCCAAATCCCCAGAACTGCGGGACAGTACTGGGGCTCCATTGCCTGGTCCGCAGTGTTCTTGGGAAAGACTGGGTCACTGGGAACGAGATCATGGCACGTACCTTCTTTCAGAAACCTTGCCTCTGGGGTAACCCTTATAATTACTAAGCTAGGCTAGGCTTCAGTGCTGTTCAGAAGTGTATTTATATAATTTCAGGCTCATCCTCCACCCTCTAATTTTCTCCTATCCATTCAAAAATAAGGTAGCACCCATGACAGTATGTAAAGCAAATAAAAGAGGCAGTTATCTTTTGTAATCTGAGAGCACAGATCAGAGACAAACTTTGTGCAAATCCCCAAGCTCTCCTTCCCCTAAACATTTAGAGGATATTGCTTTTCATTATATCTGTTCAGTTGTTCAGGATCTTAGAGTTGTTATAACTGACACAGGTAGTTATTCCTGGGCTTGACTGTATGTCACAGATTGTGCTTTACTTTTATAGGTTTGTCTCCATGTTCTTTCTCTAGAAATTTTTATGCCATTTTCTTTGGAATATGTGTCACCTCACTCTACAGTTTCCTGAATTCTGATGTCCTGTGGACACAGCATTTATCTTTATTATTTCTCTCTCATTCATTTGTCTTTTTTTAGTTGGAATATAATTGCTTTACGGTGTTTTAGTTTGTGCTGTACAACAGAGTGAGTCGGCTATAAGTACACATATATCCCCTCCCTCTTGGACCTTCCTCCCGCCCCACCCCCAATCCACTCATCTCGGTCATCACAGAGCATTGAGCTGGGCTCCCTGTGCTCTGCAGCAGGTTCCCTCTAGCATTTCACGTGTGGTGGTGCATATATGTCAAGCTTAATCTCCTGAGGTCGCACCCTCCCCTTCCCCACCTGTGTCCGCATGGCTGTGCTCTTCATCTGCATCTCTGTTCCTGCCCTGCAGTAGGTTCAATGTACCATTTTTAAAGATTCCACTTATATACATTAATATACAATATATGTCTTTCTCTTTCTTCACTCTGTCTGACAGTCTCTAGGCCCATCCACATATCTACAAATGACTCAGTTCTCTTTCTTTTTCTGACTGAGTAGTATTCCATTGTATGTATGTATCACATCTTCTTTATCCATTCATCTGTTGATGGACATTTAGGTTGCTTCCATGTCTTGGCTACTGTCAACAGTGTTTCAGTGTACATTGGGGGGGTCCATGTATCTTTTTGAATTATGATTGTCTCAGTGTACATGCCCAGGAGTGGGATTGCAGGGTTGTATTTTAGTTCTATTTTAGTTTGTAATGGACTAATGTTTTTCGTAGTTGTTGTACCTGTTTACATCCCCACCAACAGTATAGGAGGGTTGCCTTTTTTCTACACCCTCTCTAGCGTTTATTGTTTGTAAACTTTTTGATGATGGCCATTCTGACCAGGTGAGGTGATACCTTGTTGTAGTTTTGATTTGCAGTTCTCTCAATGATTATGATGTCGAGCATCTTTTCGTGTGCCTCTTCGCCATCTGTATGTCCTTGCAGAAATGTTTATTTAGATCTTCTGCCCATTTTTTGATTGGGTTGTTTGTTTTGTTATTGAGCTGCATGAGCTATTTGTATATATTGGAAAAAAAAATCCTTTGTTTGCTTTGTTTTCAAATATTTTCTCCTATTCTTGAGAGTTGTCTTTTTGGCTTGTTTATGGTTTCCTTTTTTCAGAAGCTTTTAAGTTTAACTAGGTTTAAATAAATAGTTTCATTTTTTGTTCATTTCATTTCTCTAGGAGGAGAACCAAGAAAATCTGTGATTTATGTCAAAGAATGTTCTTACTATGTTTTCCTCTAAGAGTTTTATAGTGTCTTGTCTTACACTTAGATCTTTAACCTGTATTGGGTTTATATTTGTGTATAGTGTTAGGTAGTGTTGTAATTTCATTCTCTTAGGCGTAGCTGTCCAGGTTTCCCAGCACCACTTACTGGAGAGACTGTTTTTTCCATTGTATGTTCTTGCCACCTTTGTCATAGGTTAGGTGACCATAGGTGGATTTATTTTGGGGCTTTCTACCCTGTACCTCTGATGTCCTAGGGTGATGATATGAGATAAAGGGTGTCATATCCTATTCCAGGTATATGTTCCTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCATGTCCGACTCTGTGCGACCCCATAGACGGCAGCCCACCAGGCTCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACAGTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTAAAGTTGCTCAGTCATGTCCGACTCTTACTGACCCCATGGACTGCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGTGCCATTGCCTTCTCCTAAACACTTGAAAACTTGAAATACTTAGAATTCTGAATTTTAACTCTGTAATTTAGGTGCATAAATCTGTAAGTAATATGTTTTCTCTTTTATATTCTTTAAGCATAATAAACACATATGTGATGTTTTATTGAACAGTATTACTTACCCAGAATATAGACATGAGACATTTTAATTTTTCTACAATTATTAATCTCAAATGTGCCCTGCTGAATCTCTTTACACTGAGTAGCAGATCCCTTTATAACACCTTAGATAGGCACTGTAATGCTCCTATCCCTTTTTCTTGTTAATAATCAAAGAAACTGAAAGCAACTCGGCAAGATCTAGTTTAAAATTCCAAGCTCACCTCTGTGTCAGGACCAGTTTTTTGCATAAAGAACCTGGAGATGAGATCTTTTATTTCTCCTCCCTGCTGATTTATTTTGGGCAGGAGCGGGGAAAGGGTGTCATCTGTCAGTCATCGCCCTTTCTCAATGCATATTCCTGCTTCTCTGGTCAGCAGTGGCTGTTGACCTTGCCCCTTCATGGCCAGTACCCACACCTGGGTCTCTTGTGGAACAGGAGCAAGTCCTCAGGCCAGG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Seq C2 exon
GGGCAAATGTCTAAAACCCCATATCCTCACAAGCACAGTATATTTCTGGATAATGCTTCCACTTGGTTATCTCTGTGATGGAGTGAAGGTGCCTCAGGATCTGAATCTCAGGAATCAGGGTGATGCAGCTCAACAGTCACTAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013078:ENSBTAT00000061103:27
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF083938=DHC_N2=FE(9.9=100)
A:
NA
C2:
PF083938=DHC_N2=PD(1.7=10.2),PF083938=DHC_N2=PU(7.1=12.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]