BtaINT0050664 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000016784 | DNAH7
Description
Bos taurus dynein, axonemal, heavy chain 7 (DNAH7), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001143874]
Coordinates
chr2:84858610-84861242:-
Coord C1 exon
chr2:84861062-84861242
Coord A exon
chr2:84858796-84861061
Coord C2 exon
chr2:84858610-84858795
Length
2266 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATAG
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
AGTTTACTTCTATTTTTGAGGTT
3' ss Score
2.02
Exon sequences
Seq C1 exon
AGTGGCAAAAATTGTAGCTCCCAAAAAGATAAAACTGGCTGCAGCTGAAGGGGAGCTTAAAATTGCTATGGATGGTCTCAAAAAGAAGCAGGCAGCACTTCGGGATGTTCAGGACAAGCTGGCCAGGCTTCAGGACACACTCGAACTAAATAAACAAAAGAAAGCTGACTTAGAAAACCAG
Seq A exon
GTATAGTATAATACAGAAAGACATAGGCACATCTTCAGTTACTCTAAATAAAAATAATGTTCACGCAGCTACAAAAACAGCAATACTGTTTTCTTCCTGGTCAGGAGTTGGCAAGCAGTGGACCACAGGATAAACCCACCTTTGTATGGCCCACAAGCTAATAATAACTTTGACATTTTTAAATGATTATACAAGTTTCTATATAATATCCTCAGTTTTGCCTTTTGGTCCATGAAGCCTATAATATTTATCTTCTGGCTCTTTATCCCACAAAAAGAAAAAAATCGCCAACCATCTCTACTATAGATTACTAGAATATTGAGCTAAATTATTTAAATCATTCTTCATTATGAGTGAGAGAATGGAAAACCAAACTGTTAAGTAACAGTTATGTGAAAGTTAATGGCAGAGCTGAGATTAGAACTCAACACCCAGAACCATACTGTGTCCACTGGAAATGTTTTTAAGACTAAAATCATTACTCCAACTTAGTGATACCTTTTGTAAAAAGTAATTGCTAGGATCTGATTATGTTCCCCAGAAAAGTCCAAGTATCTTGATATACAGTCAACATTTATTGAGTGCTTATCATGTGCAAGGCACTATTGTTCTGAGAGCAATGTATATTATGTTACTGATTCTCACAAAAGCTTTCTGAGGGAGGTAATCTTTTTAGATTATTTTCTAGAAACTAAAGCACAGAAAAGTTAAGCAACTTGCTCATGGTCAACCCAGTTTCTAAGTTTAGATCCAAGTCCAGGCAATCTGACTCTAATACTTTTCTCTTTCCCATCCTACTAGGCTGCTTCTTTCTGTACAATATGTGCACAAATTCTGTATTTGTACAATCTGTGATATTGTGCTAATCTTAAAAATGTGTCCTATTATTTGACATGGTCTTCAAGTGATCAATTTTTGTTTAAATAATATCACTAACAGATAGATATGTGGTTGCTCACTGTAAACATTTTTCAACTGTGCTGTATGTTTGAAATTATTTGTTTTTCATAATAAAATGTTATAAAATTATGGTAATGTAAAATGAATATGTGTACTAAAAGCTTGCTTTTGGAAGAGAAATTTTGGTTAAAATTTTTTACATAGTAGTTTCTGATGACAACTTTATTATGGTCCAAGACCTGATTTAACATTTTAGTTGAGAGAAGAATGTGTGAAGAAAGAAACCAGGATGCAAAAGGTAATAAAAAGAGGGAAAATTAAAAAAAAAAAAAGAGGGAAAATTAACAGGAAAGGTTTTTAAAGAAGTGTCAAAAATCTTACTAATTACATACCTTCTGCTTTTTTTAAACCCATCTTTATATAAACTCTTATGGTATTCTATATGTTTAACACTAAAGGCATTTGTTATTATTAATATAAATATTAATAGCATAGGAAAAAGTACAAGCCAAATTCTCATTCTAAAATAATCTAAATGTCTCTATTTTTATCAATAATTTACTTCTTTTCATGTAAATTATTTTATTTTGAACTTTAAGATAACCTTTACTTAATCTTGTCATACTCTAAAAATAATGATAAGTCACTTATAATTAATGAAAATAATTCAGATATTCCACTGGAACATTGCTATTGCATGGTTTAAAATGACTTTTGCCCAAGTTTTCCACATTTGTAATTATCCTTCCTCTTTTTTGAAAATAACATTGCTTAATTATGTATAATCAAACTTGGTTGACAGCCTTATGCACAAAGTAGGCTCTCAGCTATTGACTGATGTCCTAATTTAAGGTTAATTGCAAGTGTCTGAGTAGGCTGACACAATTTAGCAGCTTGGAAACTGTGCTTTGTAAGTAAGCATAAATTATTAAAACCTTTAAACATTTAACCTTTAAAATTATCATTAAATCAACTGTAAGTTAAATTAGGGGGAAACGTTCATAGAATATTTAAAATAAAATGCACTTTGATTATTAAAATGGAGGGTAAAACTTTCAGTGTCTCATAACCATAGCTCATTTCCTTAAATAGAGCAGTTGTTTGTGTTATATGATAAATACCTGTTATGAGTTTCACAAATTAGATTAAAACACTCTCTTTACTATGAAAAAAGTCTAAAAGATCATGGACTCTCCAGTCTTCACAGTGAACTACTACTGCACGTTTTTCTTCCACAGAGAGCTAAAAAAGGAAAACTTGAGGTGTGACTTTGTAATTTAAAAATGTATCCCTGGGGTTAAAATCTGGCAGAATTTTTAACTTACTCTACTTTTGGTGTTGATAAAAGTTTACTTCTATTTTTGAG
Seq C2 exon
GTTGACCTGTGCAGCAAAAAGCTAGAACGAGCTGAACAATTGATCGGAGGCCTTGGGGGTGAGAAAACACGATGGAGCCAGACAGCTCTGGAGTTGGGGCAGCTGTACATCAACCTGACGGGGGACATCCTTGTTTCTTCAGGGGTCGTGGCTTACCTTGGAGCCTTCACATCTAACTATCGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000016784:ENSBTAT00000038364:46
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127772=MT=FE(17.1=100)
A:
NA
C2:
PF127772=MT=FE(17.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]