BtaINT0052769 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019876 | DSC1
Description
Bos taurus desmocollin 1 (DSC1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174044]
Coordinates
chr24:26304850-26312888:+
Coord C1 exon
chr24:26304850-26304992
Coord A exon
chr24:26304993-26312672
Coord C2 exon
chr24:26312673-26312888
Length
7680 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
CTATTTTTTATTTTTCTTAGATG
3' ss Score
8.65
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATAAGAAGATACAAGATGAAGATAACTGGTTTGAAATTAATGAATACACTGGTGACTTGAAAACTGTAAAAGTGCTAGATAGAGAATCAACATTTGTAAAAAACAACCAATACAATGTTTCTGTGATTGCGTTCGATGCAG
Seq A exon
GTGAGTGCAAGTTTCTAGAAATAAAATATAAATATAGGACATATTTTTAAGGAAATCTTGGAGTTAAATTTGTTTGTTTCCACATCAAAATTAAATACAAACAATAATTGTTTAATTGCAAACAATGGTTGCATCATGATTGCTTAATTTCTTGGCAACCACCCAGTTGAGGTCTCAGTGTATCACTAATTCAAAACTTGGAGGTTTCAGTTTCAAGGTTCATATAATTTGATGTCTGCCATGGACCTAGTGGCATCATCAAGGATCTCTATTGTTTTCAGGATTTTTAGGTTTAGATTATTCTAATTTTATTAGATTATTATCTAATTTTATTCTAATTTTTTTACATTATTCTGAACTTGCTGAAGGGATTCAACTCCCTAAAACAGATGGGTTCAGATAGGTTTGTTCTGAGTCTTTTTTACTAGGAAATAAAACATTTATCCTATTTCCTAAATAAATGTCCAAACAATGGTTTTTGGAGTCTTTTTTACTGAGATTCGCAATCATTCTCCAAGTTTAATTCTAGAACCTATTTTGTGAAGAAATGTCCTAAAATAGTGATCTCAAAACCCTTTTGAACATACTCTCCAAGCAGTAAATCATTTTTTAATATGAACCTTTGCAGTGTAAGCTCTGTTAGTTGGTTTCTCTTTTTGCAATGCAAGTGCTTGACTTAAGCTTTGATTGCCATCTCAAATAAACACATTCTGAGCCACTGAGCTAGATCCAGAACCATGTCAACCCCCTATCCCATCTCCCCAGGCTCCTTTGTTTTGGAGATCTTGGTTGATTTCAATAACTCACTATTTGAGCTGCTTGTTTTTCTCTTCCTGCGCTTTAAATTCTTGCTCTTGTGTTTTAAATTCATCAATAAAGAGTGAGCCTGTGAAACTCAAGGCCCTAGCCTCCACCTCAACTAATATGCTAACATCATAACATACTATGTATACATTATAAAAATAGACCTTAAGAGAAGATTATAAAAAACATAAGTAAAAGTTACAATACGGCATTTCATCTGATCAATTATATACTCACTCATTTGGGGTAAATTTCCATAAATGATAAAGATGAGTGAACTTGGGTTTTTATGATAGAGACTATGTTTTTGACTATCTGTTTAATCCAAGATGGTTGTCATGGTCTATACCTGGGTTGGAAAAGAATTTCCAGACATGAGGTAGAATGAGAGATGAATAAAGTTTATTAGAGTGGGAGAGGCTGTTGGAACAGCAGGCCGGCTCAAGGGAGAACCAACTCTTTTCTTGGGCTAGTAGCTGATTTTTATGGCCTCAAGACAGAGGAAATTCTACTGAAAATGGTGGCATTAGGTGATTGGTTAGGATGCTATAGGGTGGGTATTTTACCTAATATGGGGTCAAGGAACTGGCTGGTTTCGATCTAGAGGCCCATGGCAACAGTTGCTATGGGGCTTGGTCAGTTTCAGAGACTTTTGTCCTGTGACGTTGGTGCAGGGTTCCACTCACCTGTGGTCTTGGTATAGAGCTCTACAATGATATGGTTAGGGTATTTTTATACATTGGATTTTCAAAACAAACAAGCTGGTACAGCAATGCTGTGGTCTTTTTCTTTTTTTTGGGGCTTTTTCTACAGAATCATTGAATTTCTTTAGCAGGAATGGGCAAGTGAATAAACATGTCAAATCCCATGGAAATAAACAAAAGCTGAAATGGTCCAAAGTCATGAAATGACTTGTTCATTTTATGAAAAATTACTTTTCATTTTACCTTTTAATAGTTTGATAATAAGATAAAGACAAATATTTTCTCACATATTATACTTCTACTCTTTTCTATAGCTTTACAATAAAAGCCCATCTACTTAAAAAAAAAAGATTCTCTGTTGAGAGACAAAGGTTAAACTAATAAAGATGCTGCTGCTTATGATATATGTGGCAAGCCAGTCCATTCACATTTGTCCCATTTGGGTTTTTTCCTTACTTTCTCTCTCAGCCTTGGTGTATTCTTGTTGCCTGGGAATGGGGACGGTCTGTCGCACGTCATAATCAGTGAGAAAACCAAGCAGTCTGAAAACAAAGTATGCCCACGAGTAGAAAATATTTCAATTTCAAAGTCTGAAAGAAAACCACAGTTTGAATATTGTTGCCTAATCATGTGCATATCATATTCCTTTAATCTTTTTAAAAAAAATTTATTCACTTATTATTTATTGTCAGCTGTGTTGTCTTCATTGCTACATGGGCTCTTTTCTAGTTGCATTGAGTAGGGGCTACTCTCTAATGGCCATGTGAGGGCTTCTCATGGCGGGGGCTTCTCTTGTTGCAGAACATGGGCTTTAGAGTTTACAGGCTTCAGTAGCTGTGGTTCTGGGGGCTCTAGAGCGCTGGTTCAATAGTTGTGGTGTGCAGGGTTAACTGCATGTGGAATATTCCCCAACCAGGGATCGAACCTGTGTCCCCTGCACTGACGGGCAGATTCTTAACCACTGGACCACTAGAGAAGTCCTTCCTCTCCTCTTGACAGCTCTCACAGAATCTTTTATTATAAATCTTTCAGTATAAGTAGGAAAAGAAAATATCCTACTAAATAGTGGGGGAAACATGAACTGAGAAATACAGTTAAAACTGCTGCTACTTTATAATCATGGTGATTTGCTGGTTATAAAAAAGCAAAGGTGAAATCTGATTGGATCAGGAACACAATTATGACGTGAAACAAGGATTTATATTTACTCACTTATTACACCAGTGTTGATTGTCTTTTAAATCCTAAGTTCTAAGCCACGAAAACTAGGATTCATAAGACAAAATCGAATTTTTCACATAGTATCAATTGAAGGATGATTATATTCTTATAAAGATTCTCTGGTATAAAAACTTTCCCCATCAAAGAATGCATGAATATCATAAGAAGTGGAAAGCAGTTAAAGTGTTACCAAACTGAAAGGGTAAAGGCAGGTGATTTCACAGAAATGCAAAAGCTTGTTGATAAAAAAGGAAATACTCTTTAGGGAGAAGGAAAATATGGAAAACAGAGATATAAGAAGCTAACTTTGTCTTTTGGTGGTAGAAGAATGTCTGTAAGGATAGTGATCACAGTACAAAGAAATGAAATGTCATATCTATGTCTCAAGCTCATGGATAACCTGGCCGTGCTCAAGAAGGAAAGATAGGGTGTAAGAAATGTTAATGGAAGATTATATGGTGAAGGATTTTGTTTATTTAAACTTTAATCCATTTTAATATATGCTTCCAAGGGTCAAATATATAAGTAATTACTTATATTTCTACATGAACATTTCGTTTTGATGCTCATATATAGTTCATGATGGTCATCTAGGTGTCCAATTAATTTCCTTGTATTTTTTGTGTCAGTTCTTTTTTGTCAACCAGGTTGCTTCCCTGCTTTCGCTCTAAAAGCACTGTTTTGTACCCTCTCCACCTACAATAAGGCTGCCCCTTCTGTTTGAAATTCAGGTCCTTCTTCTTCTTCAAATGGATGGCAGTGATGACTGTTGTGATAACTCTCACTAATCTTTGTTTAGTTCCTCTCTGAATACCTTTTTAACCCTCCTTCCCTGGGAATAATACTGTAATTATCACAGTATAAGTATATATACTTATATATAATTAAGTATAAGACATATAGATGATGTGTCTTCTCTATAAAATGGAGCTCTCATTGTTTCTCATGTACAGTCTTTCCCTCTAGCTAGGCTGACTATGAACTCATGTTCATATAAAGACCTTTATCTTTGCTAAATATCTTTTTACAAAGCATCTAGCAGAGATCTTGGCATGTTTACTTCGTGTAGGTACTGGTATTTGCCATTCCTCTGCTGTTCTGTGAGTCTCCAGGTTCCAGGTTGTGAATTTTACTGCTTAGTCCTTTGCAAATTCAGGTGCATAACAGGCACTTGGAACTTAGTTTTAATGTAGAAACTTGAGTTCAAAAGTTTACAAATGCTTTGATATACTTGAGTGTAAAAAGAATTTTCTTAAAATGAATATTTCAGGGTTGTCATGTGGAAGAGGTAAACTTTTTGCATGTATAGTCCAAAAAAAGAAAAAATGAGAAATGATTAGGAAATGTATTACAGCTTGGTAAGAAAGAATCTGAAAACCTCCCAATCGTTAAAGAGTTCTGTATATGGAGTGGGCTAATTTATAACCCAGTGAACTTTCTGTTCCTGGAAACATTTAAATAACAATGGGGAACTCTTGCTTTTCAGAGTTCTTATTGTTGTAAATTTAGATTTTAGTTAACCTAAAATGTACTTTCTAGGAGATCATGACATTCCTTACTCACTGATTCTTGGCATTTGCTTACGTGTTTAACTTAAAATAAGGTTTGTTCTTATTTAGTTCCTTAGTTGTGTCTGACTCTTTTGCGACCTCACAGACTGTTGCCCGCCAGACTCCTCTGTCCATGGGATTTCCCAAGAAAGAACTGAAATGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGATCTTCCTGACCCAGGGATTGAACTAGTGTCTCCTGCACTGTAGGCAGATTCTTTACCACTGAGCCACCTGGAAAGCCCAAAATAAGGTTTAGAAGCAGGCAAATATACATACTTAATTACTTTTTCATAGTCTTCAACTATTATCAGGAATTACTTTTTTTGGTTCTGTTTCCCAGAAGGAAAAAATTTGCAATCAGACTTTCGTAGTTTTAGAAGACATCTAGGACTTAGTTTTGGAGAAGGCGATGGCACCCCACTCCAGTACTCTTGCCTGGAAAATCCCATGGGTGAAGGAGCCTGGTGGGCTGCAGTCCATGGGGTCGCGAAGAGTCGGACACGACTGAGCAACTTCACTTTCCCTTTTCACTTTCATGCATTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGAATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCACACAGAGTCGTACACGATTGAAGTGACTTAGCAGCAGCAGCAGCAGGACTTAGTTTTCAGCTGTGGCTTTGCCTACTATCTGTTTTAACAGTTTCGGGTTTTCCTTTTTTAACAACATGCTTAAAACAGAGATTGTGATGGAAAATAATCATTTATGTGATAAATGTTTGTTGAATATGGAATTAAATGAGTCTTTATTTGCTTCTGGATGGCTGCCCTATTTCTTTATTTCACTTTTTAAAGTGTGATTTCTATTGTACCTTAAAGAGAAATAGCTTTCTTCTTATATTTTAATAGTTAAAATCCTAACACCCATGTTGATTCACACTAGTACCTGTAACTATTTTTTACATTAAAAAAGCTTATTTTTCCCACCTCTCACTTCTTTTTCAGGTGTTGAAGTTGTCATTTGTACTCAAATTTATTTACAAATTTATGGCAATCTCAAAATGTTTATATGCTATTGTGAAAGTGAAATCTTTCGGTCCTGTCCGACTTTTTGTGACCCCATGAACTGTGGCCTACCAGGCTCTTCTGACCATGGGATTTTCCAGGCAAGGGTACTGGAGTGGTTGCCATTTCCTTCTCCAGGGGCTCTTCCCAATTCAGGGATCAAACCCAAGTCCCCCGCATTGCAGGCAGACGCTTTACTGTCTGAATCACCAGGGAGATATCTATGCTATTGCAGATTTTTTTTTAAACAAAAAAGTTGTTATTTCTTTTTAATTTCTAGATGTTTAAATTTGTTTAGATTGAATAGTTTTTAAATAGGTATATACTGCTGTTACCTTGTAAGTAACTAATTTAAAAGTCACTTTGAATAAATTCTTATTCAACAGAAAAAAAATTCACTGAAATACGCTACTTGATATGGCTTAATTGTTATTTTAATCTAAAAAGAAAGAACATTAAATTTGCACATGATTTATGGTAGTCTGTATGATAAATTCAATGTTTATGCATCAAAATTTAGACCACCATTCAAAGCAATAAAAGTGAGGAATTTCATCAGTTATTTTTCTGTTTATTTCAATTTTGAAATCTTACTATTTAGAGTAGTTTGTAATTTTATCACAAGCTTTAAAATTTGAACATGTTCTCTAAACTTCATTATCTTTTAAACATGCATAGTGGGCATTATGCTAATTTAAGATATTTATTTAGATTTATGTGTTGAAGCATTAGGCCATTAATAGTGGAGTTCTGGAGGTAAGAGTTCTTATTCTCAAAAGCATATTAATTAGATTAGGGTGGGGGTACAACTTTTTTACAGTTTGTTCAATTGATTTTTTTAAATATAAAAATTAATGCTATGACAAACGTAGGCAGTAAAAAGCAGAGACATCACTTTGCCAACAAAGGTCCAAATATTCAAAGCTGTGGTTTTTCCAGTAGTCGTGTAAGGATGTGAGTGTTGAACCATAAAGAAGGCTAAGCACCAAAGAACTAATACCTTCAAATTATGGACAGCAAGGAGATCAAACCAGTTAATTCTAAAGGAAATCAACCCCAAATATTCATTGGAAGGACTGATGCTGAAGCTGAGGTTCCCATAGTTTGGCCACCTGATGTGAAGAGCCGACTCACTAGAAAAGACCCTGATGCTGGGAAAGATCAAAGACAATACGAGAAGAAGGTGGCAGAGGATGAGATGGTTGGATGGCATCACCAATTCAGTGGACATGAGTTTGAGCAAACTGGGAGACAGTGAAGGACAGGGAAGTCTGGGGCAGCGAAGTTCATGGGGTTGCAAAGAGTTTGAAACAATTTAGCAATTGAACTGCAAGTGTTCAGTGTGTTAATATTAAGTTAGCCAGGAAATACTGGGCAGATCACTGAACTGTCAAGATGAATACAAAGTAGCCCTTAGGATGAAAAGTTAAGTGCATGAGCTAAAGATGAACAAGGGTTTTGAGAAACTGAAGGAGAATATGCAAGCATTGTCCATAGAAGTCACTGGCAAGTTTCATGCAGAGGTGACATTTGAACGGATTCTTAAAGGATAATAAGGTTTTATCAGGCAAAGGGGAGGAGAAAAGTATTCCCAGCAGTGGCAAGAGCATGTGCCAAAGCTGCACACAGGATGGAGCACAGTTTCTGGGTTTGATGATCAGTTTTACAAAGTTTGGGCTTCCCTGGTGGCTCAGATGGTAAAGAATCTGCCTGCAATATGGGAGACCTGGGTTCGATCCCTGGGTTGGGTAGATCCCCTGGAGGAGGGCATGAAAATCCACTCCAATATTTTTGCCTCTCTCCATGAGAATGGAGAGAGGAGCATGGTAGGCTACGGTCCATGGGGTCGCAAAGAGTCGGACACAACTGAGTGACTAAGCACACACATGACAAAGTTTGAACAATGAGTATATGAGGGAAAGGGTCAGGAGAGAAAGTTAGGAAGTGATTGTGACCTAATGTAAAGTGTTTATATTTTAAGCATGAATACACTTTCAAAGAAGGATGAAAGAAATCAATTATCTTCTAAATCGGTCATTCTGTAGTGACATGACTCATAATCTCATACCTTTTAATTTTAAAAACCACTTCACGATGTCATCTGATACAGCTACCAATCTCCAGGGAAGAGTAATGTCACTATTTTGTACTGGTAGCAGTGGTATTTGTGGTTTGGAAAGTGTGTGAAATTCAAGTTCAGACATCTAGTAGAAAGCAGATGTCAACTGTACATCATAGAGATTTTTGAAAATAAGTGTTCAAGTGGAGAAAAATCCTATTTTTTATTTTTCTTAG
Seq C2 exon
ATGGCAGATCTTGCACTGGAACGTTAGTAGTTTTTTTGGAAGATAAAAATGACCACCCACCGCAGATAAAACAAGAAGAACTGACAATTTGCCGGCATGATAAGGATTATGTTGTCCTCGAACCTACAGATCAAGATGGACCTGACAATGGGCCACCTTTTCAATTCATTCTTGATAATTCTGCCAGCAAACTTTGGACAGTAGAGACAAGGGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019876:ENSBTAT00000026483:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.020 A=NA C2=0.205
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002812=Cadherin=FE(51.6=100)
A:
NA
C2:
PF0002812=Cadherin=PD(14.0=17.8),PF0002812=Cadherin=PU(51.2=57.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]