BtaINT0061037 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002278 | FBN1
Description
Bos taurus fibrillin 1 (FBN1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174053]
Coordinates
chr10:61931072-62000188:+
Coord C1 exon
chr10:61931072-61931167
Coord A exon
chr10:61931168-61999990
Coord C2 exon
chr10:61999991-62000188
Length
68823 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAATT
5' ss Score
8.88
3' ss Seq
TTCTCCTTTTTTATTTTCAGATT
3' ss Score
11.82
Exon sequences
Seq C1 exon
CCGTCTGTGAAAGTGGCTGTCTTAACGGAGGCAGGTGCGTGGCCCCGAATCGATGTGCGTGCACTTACGGCTTTACTGGACCCCAGTGTGAAAGAG
Seq A exon
GTAATTTTTTAAAATGTATCGGCGTAAAGATGTTCTGGTGGCTGAAGCGATGATTGATTTCAGCAAGCATTTGCCTTCTTGCAGCTGCTTCGTGAATTTTGCTGAGCTTTGATGAGGTTTCTGAATTGTCATTGGGAAGGTTCCTAGGATGATACGAGAGTGGCCCCAAGCCTCTGCATGTTGTTCAGTAATTCTTGTCTGGACTGCAGGACTCAATAGTGAGCCTATGCATAAGTACCAGTTGGCATCAAGATTAAAAGAAGAAAATTTTCCATAGAGTAAGGATTGAGCTCATTATTATCCTAGTAAGTTAGGGAAGTGGCTCCAAACAAAACAACTGTGTGGAAATGGGAAACATCCAGAATGAAACAAAAATTACACCTAAAGATCTCTTGGGACCTACTGGCTATAGTGGCATACAAGCTTAGCATTCAAAGTTCACTAGAAATATTAATTGCCGAGAAACTGTGCTTTCACAGCTGTGATTTATTCAGTACTCATTGTGGCTCATTGACGTTGTGTATATTCATCCTCATTTTGCCGTGTGAGATGATCAAGGCTCTGGGTGGTCAAGGAAGCTGCCTAAGGACACACACACATATAATAAGCAGCTTTAATTTGAATGTGGCTTTTCTGTTTTCAAGTATACTGCTGCTCTTAATTGAAAAAGATTTCTACCTGCTTTGCCTACCTATCCATGCAAACATGACATTGAGATATATGTAGATGTGCAATCCCCTGACTTTTGCTTTGTTGATCATCTTTCTCTACCTTGATAGGCACGGTCTCATCATTCCTAGTTTTATAGTGAAGGTTGAGGAGATTCATTTCATATCAAATGGCAAAAATACTCTTGAAAAATACCCTATGAAAAATATTCATGAACATTTTAAACTGCAATCATCACTTTTCTCCAAAGTTGTATAAAGATCATTTTATTCTAAGATGGAAAGTGAAGATTCAGTTGCAAGTGTTGACTATATGTTATTTAAAAACAAAGAGTAGAGGGTGGTATGTGAGAAATTGTTTTCTATTTCCATTTTTACGAGTTTGTCTAAATTCAGTTCTTTGCTGATGAAGTAGCAATTCCTGTTTTAGCAAGTAACTCTACTATTACTGGATAAATTATATTGAATTTCTGTTCACAAGGCCACCACATGGTCTAGATATATGAGACACTGTGAACTCTTGGCCTTTCCATTGTACTTGGCATCATTTTGGAGTCCCTCTTTAAAACTGCTTCTTTTTTACAGTTTGATGTATTTTTATTGACTTGGAGCTAATGTATAGCTAATAGTCTCAAGAGTAACAAAGACAACTGTTTTGATTAGGTAGTATCATTCTGTGGCCTTATTATTTTACTCAGTGACAAGGATATAGGATTTAAACTGTTGAGATTAAAACTTCTTAACATGTAACTTGAGCAATGTGTGAAAATAATTCGACAAGTGATAAAAGTGGACTTAATTTGTTTTAGAAAAATCACTGATAGAATGAAGTTACAGGGCATTTTACCTCTAGGAATTTATGGCAAAGAATACTGACACCCATAGTTATAGATATTGAGAACACAGTCTAAAACTATTTGACCAACTACAGTTATTTCTTTGACCAAGATTAAGCAATGATGTGAATGGATTAAGTTGCTAAACTAGTCATGAAAACTGGCATATTTACTTAGGGATATTTCCAAATTTTGGCGTGTCTTTAACTGCTCTCCTCCATGATAAAGGTATCCTAAAATTTGCACTTAGGTATAAATACATGTTGGCCCCAAAGAAACTTCACAGTGGTCATCTAAATCAAATTGACCCTTGAATGGCAGATTTTCAGGCATTTGTGGTTGTGGAGAATGGGGAGGAAAAGGTTCTTTTTAATCATTGCTGTTGTTGTTGTTCAGTAGCTCAGTCATGTCTGACACTTTGCGACCCCATGGACTGTAGCACGCCAGGCCTCCCTGTCCTTCACCATTTCCTGGAGCCTGCTCAAACTCATGTCCATTGAGTTGGTGATGCCATCTAACCATCTCATCCTCTGTGGTCTTCTTCTCCTCCTGCCTTCAGTCTTGCCTGGAATCGGGGTCTTTTCTAATGAGTCAACTCTTCACATCAGGTGGCAAAAGTATTGGAGCTTCAGTTTCAGCATCAATCCTTCCAATGAATATTGTGGACTGATTTCCTTTAGGATTGACTGGTTTGATCTCTTTGCAGTCCAAGGGACTTTCAAGAGTCTTCTCCAAAACCACAGTTCAAAAGCACCAGTTCTTGGGTGCTCAGCCTTCTTTATGGTCCAATTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTAGATGGACCTTTGTTAGCAAAGTAACATCTCTGCTTTTTAATATGCTATCTAGGTTGGTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTTGCAGTTACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAGTCTCTCACTGTTTCCATTGTTTCCCCATCTATTTGCCATGAAATGATGGTACCGGATGCCATGATCTTAGTTTTCTGAATGTTGAGTTTGAAGCCAACTTTTTCACTCTCCTCTTCACCTTCATCAAGATGCTCATTACCCTTTGCCTGTTTCACCTGAGGATAATCTCAAACCTTCAAAGGGAGAAGGGAAATATGAGTGTAATTTCCCTTACCACATGGGAGAGGGGGGTTTCTTTGATTCCAGGATTTTATTTCCATTTATAGTCTTCGCTGTTTTCTGTTGTTATGGAAGTTGTCTACTTACCTCTCTAAAGAATTAGAGGCAATGTATCCTTTTATTCAAATGAATGCTTGTGATTTCAAGAGTGATTAATGAAAATGTCAGACTGAGTCAGCACAAATCCATCCTGAAGCCTAGGAAAGTATTCACTGTTACTTCAGATGGTGGGTCAGTATACTTGTTAAGTTGTATAACTACTTAGGCTAGTTCCATTATGTTTTCATTGGAATATGGCTCTTTACTTTTCAAAATGAACTTCCAGAAAGTCTTTACTGATTTCCTTTCCTTCTTCCTGGAGACTGAGCCCGGGTCTGCTTCTGCATTCTCCCTGAGCACACTCTCCACACCTCTTTTGATAGCAGTTACACGACCAAGTGTCTTCACTTTCACTTTTCATTCATGCACTGGAGAAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTGTTCTTGCCTGGAGGATCCCAGGGACGGGGGAGCCTGGTGGGCTGCCGTCTATGGGGTCGCACAGAGTCGGACACGACTGAAGCGACTTAGCAGCAGCAGCACATTGTATTGAAATAGCTCATTTCCACATCCCACTCTCCCACTAGATTATAAGCTCTTCAGCAGCAGCTGTGGTTTCATCATCTCTTAGATTTCCAAACCAAACTCAATGCCTGATGCATAGTGTATGGCCGGTAAATGTTGAACTGAAATTATTTTGAAGCACCAGAAAACCACCTGGAGATATGATTATCAGATAGTGTGCAAGTATCCCCTGAAAGGAATTGCTTCTTGCCTACTTGTGGTCAATCCTATTATTTTTCATTGGTTTCATTTTAAGCAGAGCTAACAGTGCTGATGCCTAATTGAATTTGGCCCCATCTTTCAGAAGTTTGGTCTTTCAGGGTCAAATGACTGTCATTTTTAAGTTGGGAAAGATGCAGAAAAGAAGATATGTTTTGACCTAAGCCAGGTGGCAATAAACAAATAATGTCTTATCATGATGTAATACACAGGGAAGGCAACATTTCTAATGTCAGTTACAAGCACATCTCAGGATAAGCATCTTTGTTCTGGGAGAGCTTGGAACTTTATCTGCAACTACTTCAGAGAGTTGAAGATAACTCTTCGACTTATATTGAAGATATATTCGCTATCTAGATGTAGAATATTTTTGAGGGGTGATACTGGCAGGATTTAGATCACTTTAAGTCAGTAAGTGAATCTTAAGAATCCATGAACATACTGTTTTGGTTTGTAATGGAGACAAGCAGTGGATCCATGCTTGGATTACAAATCATAACATTCATTCAACCAGTGCAGTCAGACTATGAAGCAAAATTTGTCTCACTTGTAGCTTTAAGCCAGTAAAGTGAATATTTTTTATAAGAAATTTTTTGCCAATCAGTCCAACTGGGCAGGTGATAATGATACTCTTGCCTGTTTACATTCAGAGGAAGAAAAGTAGAGGCCTGTGACGTGTTTGGCCTGTAATGTTGAAATTTTAAAAACTGAATTAGAGTAGCTTTATTTATAGTCTCCAGTTTGCCGCAGTCCCTACCACTCCCAGGATGTCATCCATCCTGCTCACTTTGTTCATTTAGCTTACCTTTAGCCCCTGTGGGCATTTGAGTTTGCCACCTTGTACTACATTCTGTTTCAAAGGTTGCATCTCTTTGTGTTTTCTTTCACACCCCAAGTTTCTTTCATTATTCTTCCTCTTATATATTTTTTTCTGTAAATTCAGATATATGATTTTCCTGATTGCCCCTCTGCCTCATTCTTGCCCTCTCTCTGCTTGGGTCTTGAGGAACTAATAAAACTTATCCTTGCCTAAGCTCAGTGGTATCATATGTTCACGTTTGTTATTAGAATCCTGAAATGAGGTCAGTGCCTGTTTTGGCAATGACAACATAAGCTGGTTGTGTATTGCCATAGTTACTGCCAACAAGACTGTTGGAATCACTTTCTCTTGCCCTCTTGTCTCAGAATGCAGGCTATTTAAAATCTTGCTAAATGCTCTTCTAGTAAATCCAGTAAATCAAGGAAGTGGATGAGACTTCTCAAGGTAATGAAAAAAGAGAGAAGAATGTTGGAGATAGACCTGAACTTGGAGATGGGGAGGGGTTAATGATGAACAAGCCCACAGAAGAAGAGAACAAAACACAGACGCTGAGAAAACCCGAAGAGAGCCAGGAGAAACAACAGAGCGCTGAGCACGCGAGGAGGACTTCAAGAAACAGAATAGACTGTTCAAGT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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development