BtaINT0071870 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000017664 | HGF
Description
Bos taurus hepatocyte growth factor (hepapoietin A; scatter factor) (HGF), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001031751]
Coordinates
chr4:39129023-39131094:+
Coord C1 exon
chr4:39129023-39129135
Coord A exon
chr4:39129136-39130979
Coord C2 exon
chr4:39130980-39131094
Length
1844 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACT
5' ss Score
9.01
3' ss Seq
TTTCTGCTTTCTTTTAATAGACT
3' ss Score
9.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GGCCTTTGTTTTTGATAAAGCAAGAAAACGATGCCTCTGGTTCCCTTTCAATAGCATGTCAAGTGGAGTAAAAAAAGAGTTTGGCCATGAATTTGACCTCTATGAAAACAAAG
Seq A exon
GTAACTGGCTTTTCTCTAAATATTTCATAATGAAATAAAGTATATGTAATTACCTGCCACAGTGTTCTTTCTGACTTTTCCATCATATCCTGATCTGTTATGCAGTCAATTCATCCGTTAAGACAGATGACACTAACGCCTTGACTGTTTTCAGTGTGGCCCTTTAAAAAGAGCTTGTCCCAAATTTTCCATAATTAGATTACCCCCTCTCTCTCTGTTTATTTCTAGTAACATCTCCTGGGACTGATATTCTCCACATTCATTTTAGAATGTGCCACCTTAAGTTATTAGTTTAAGATGTTTTATTTTATTATTTTTCTGGGGGGGTATAATTAGGTGCAGCTTTTATTTATTTATTTATTTTTATTATTTATTATTTTTTTTACTTTACAATATTGTATTGGTTTTATATATTTATATTAGTTTAATACATTTTATATATATAAATATATAAATGTATATTTATACAGTATTCTAAATTTTAACAACTTTTTTCTAATAACTAAATTTTAATCTATGGATAATTAATCTAAGTTATACTTATGATGGCTGATAATAATAAAATATGGAGGTTTTGAAAATTTAATTGGATCTATTGCTAGTTATATACTTAAAAAAATCTTTAAAAGAATTGAGACCATATTATTTGTTAATTTGTCTATGCTGGTAATTTGATATCGTATTCTCAAGGTATTTACTTTGCTCAAAAGCAGATTTATATCAATAAAATAATCTCTCATCACACAAAATAATAATCATGAGTTATGTTTTTGATAATACTATGTGTCTCAATTTTAATGTTTTGTTATATCATATTTTCATAAATTTAGTTATTTAGTAATACACATAGACATTTCTTTGTTAATAGGGAAAATGCTTAGATTACATTAAAATTAATTCATGTTAGAAAATAAGATGATCTCTATGCACCCCAATAATTCTATAAATCCTAAACATGATTCATAATCTAGTGTAAAACCAGCTTCAGTCTTCTAGGTTGCTAATTGAATATACTGTTATTTGATAGGAATATACAGCTTGTTTCTATTTGATTGTCCTATAATTTAGCAGCCAATCTGTTAGAAAAAATATGGAAAATAATAATCAGAATAATGTAATTGTCACATACACACACATACACAAAAACTCACACGATTTTACTGATGTAAAGGCAAATCAATAGCATTGGCATATATACACTCTATGTGTAAGCTAGATAGCTAGTTGGAAGCTGCTGAATAGTACAGGGGGTCCAACCTGGTGCTCTGTGGTGACCTAGAGGGAGGGGATATACATATAGATACATATACACTTATGGCTCATTTGCATTGTTGTATGGCAGAAACCAACACAACTTTGTAAAACAATTATCCTCTAATTAAAAAAAAAATGAATCAGATCACTTATATCAAAATAATCAGTTATTTCCATTACCTCAAAGTAACTGCTTGAATTCAAATAAGTTTACAAATTTTTATTTTTAATATTTTCTTAAAATGGTCTCTGCACTTAAGCAAATAATTGGGCCAAATTAAATTTGCCTTGTCAATTGAGTATATAGAATAATCTGTGTTAAACAGGTAGACTAATCTCTAGAGTTTCCCAGGTATATACTCACAAAATTAAAACTTCTCAATGGTCTGTTGTTTTTGTTTGTTTTGGCTTACTCTAAATGCATTATTTTGAAAATATTAGAAGTTTTGGGCAAGAAATTGCAGTATTTGTGGTGGTTTATAAGCATTAATTACTTAAAGATTCAAATGGAATTTTATAATTTTTATTTTTAATATATACAGCGTATATTACACATGGTTATAACATTTTTTTCTGCTTTCTTTTAATAG
Seq C2 exon
ACTACATTAGAAACTGTATCATTGGTAAAGGCGGTAGCTACAAGGGGACGGTATCTATCACTAAAAGTGGCATCAAATGTCAGCCCTGGAATTCCATGATACCACACGAACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000017664:ENSBTAT00000023490:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0002421=PAN_1=FE(44.7=100)
A:
NA
C2:
PF0002421=PAN_1=PD(1.2=2.6),PF0005113=Kringle=PU(41.8=84.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGCCTTTGTTTTTGATAAAGCAAGA
R:
TGTGTTCGTGTGGTATCATGGA
Band lengths:
227-2071
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]