BtaINT0082175 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000018125 | KIF5C
Description
kinesin family member 5C [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6325]
Coordinates
chr2:47315201-47330099:-
Coord C1 exon
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Coord A exon
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Coord C2 exon
chr2:47315201-47315630
Length
14355 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000018125:ENSBTAT00000024127:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
3' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]