BtaINT0085464 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000019192 | LHX8
Description
LIM homeobox 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:28838]
Coordinates
chr3:69902022-69906847:-
Coord C1 exon
chr3:69906744-69906847
Coord A exon
chr3:69902124-69906743
Coord C2 exon
chr3:69902022-69902123
Length
4620 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGAC
5' ss Score
6.89
3' ss Seq
ACTACCTACATTTTTTAAAAAAA
3' ss Score
-3.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GTAATGGAATTAGTGTTGAAGGCGCCCTCCTTACAGAGCAAGATGTTAATCATCCAAAACCAGCAAAAAGAGCTCGGACCAGCTTTACAGCAGATCAGCTCCAG
Seq A exon
GTAGACATGACAATGAATTTGAGTTTTTGAAGTCCTTTTCCACCAAAAAGAAAAAGAAAAAACCCCAATAAACAAAAAACACCAAAACTAACAAAAGCCAAACAAAAAGCAATGTCTATTCTGTCTTAAAACATTTTTATTTTTTCAAAAAGGTTAGTCTGTGCTTTTTGTGCAAATTGACTTGTTGAGTGTATGAAAACATTGCCCTATTCCAAATATCCTATTGCAATATTCCAAGAGTTGTGGTATGATGTGAGCTTATGCAAGTTTGTCTCCCTGACGCCTGTTAACATTAACATCAAGGTGCAAACAAAATGTTGCTCTGTCTTGACTTCCTGAAAAAAATTACTTTAACCTAGGTATTTATGTTACTACATGTAATTTTAATAGAAGACAGAACATTTTGGGACACTTAACAGAAAGAGACATTCAGTATGTGGGTCTGTGGGACTCTGATGTGTTCATCTTTTTAACAAACTGCATTGAGTCTTTTAATAGACAAGATTGTAGATTTTCTGAGTAGGAAGGAATTGAAAATGCCTTACCATAAATGGAAATCTACTGATTGACTGCAATCAAGTAGACCTTTCCTTGTTTTTAAAGGGGGTAGAGGGAGTAATTCTATAATTTGATGCTAAAGTTTGATTATGTTCCCTGAAAATGGAAAGATTATTTTCAACTTAGTTGCCCTAAATATAATTGTCATGACTTCTATTTTTATAGTCAGGAAAATAATGAAATAATTACTCTTTGCTTTATATTTAAGTCTGTACACACAGTGATTTATTTCTGGCATTTTTTTTTTCAGATAAATCATTTTCTAAAAGATTAGTGTGACTGAAGTATTTGCTTTATGTTAAGGTGAGGTAACATTTATTGAGCACCTACCATGTAAGTATGGCTAGGTGCTTTACACATAGTATCCATCTTAGCTCAGACTTTAGAGGATATTTATACAATGTTAATAAATGAATGAAGGTAATTTTTTGAAAAATCACTGATAGTATTCTAATACTTGTCAGTATGTAAGATGAATGCAGTATGAGAGAATATTTGTTTTGACAATGATTAAGAAAGAAGCCTTGATATGAAAGAAATATCCCAAAGGACCTTAATGTCACTGAAAAGCAATCTAGCTTTAAAATCTAGATCCATTCTTTAAAAAAATTCCAGAAAATTATTTTTGATTCCTTAATTCAGGCATTGCCTACATAGTAAGTAGAAAATGGAAGGTAAGGCAGCTGAAAGAAATATCTGTTTGAAGCTTGTTTTTCTGGGTGCTTCATTTGGTTATCATGAAAATCACGTAAAGCCCCAGGTTAGGGGATACGTGTACCTGTGGGAGACCTGGTAGCAAAACACCCAGTAGCTAAAATATAATCTCTAATATAAATATGTTCTGTGTATAAAGTGGGCTGTTTCCGTGAAAGACTGGCCATAATTTTAATAGTCATAAGACCGATAACTTTAATTTGATATAAAAATTTATTAGTAAAAGGGTAACTGAAAATTTGAAGCAACTCTTGGGTAGATATGTACAATCTCATCTGGAAAATATAGATACTAATTAAATAGAAAGGGAATAATATTTGTGGAGGTCTTTGTTTACCAAGTCCTTGCCAGATAATTTCCTGTACGTTATCTTCTTTCATCTCTTACAATTCATCCAAGAACTGCAGGGACTCCCCCAAGGCAGACAACCATGGGAATGGCAGAGAAGAAATTTGGACCCTACTTTCCAAACTTCTGGTCTTTTAATTTTTCTTAGCCTCCCAGGAGACCATGAGTAGAACTGTGCTTTACTAAGACTCCATTTAACGGCTGGGCAGCTAAAACAAGAGTGAGATTCTGAATCTTGAAGATGGCTTTATAGTTTTAAATTGCAAATGTGCATAAAAACTACTTAAGCCATGCATTATTATATGAAAATGTGATCTGAATCATGAGTTTTTAAAAATTTATACCAGAATCATAGGTTTTAAAAATGAAGGCAGAGGTGCCTCGTTAGCGCAGTAGGTAGCGCGTCAGTCTCATAAAAATGAAGGCAGAAATTATATTCTTTCTAAGCATGTTCTCATTTATTCAGTGTTTATTAGCATCTACCTATGCCAGGAATAACTGAAACAATGAGGCATACTCTTGTCCTCAAGTGTTCTTTGTTGCTTAGGTATCTAGGATAAATTGCATCATTATACTTTACCAGAGTTTTAATAAATCAGGCCATGTACCTCATTGTTAAATTGTCCTACTTTCCAGAAAGCTAATTATTTAAGTAGTGCTTGAATTTAACAAAATAATAAAATATAGGTGATCAGTAAGTCAAGACTATTCATACAGTACCTTGCTTGGACTTAGAAGAGTTAAAGTATGAGGAACAAACAAACTTCCCAAATTCTTTAGAAAATTATGAGAAGAAAAAAATAGTTTAACACTGACAAAATAGACTATTCTGTGTTGGCAAAAATATTTCAAATATTGTCTCATTTGTATAAATTGTATTTTAAAAGTTCCTGCCAATATTATGGTTTGCTTATTGTAGTTGGAAGTACTTGCTCAATGATTATTAATGTTAAACATGCCAGGGTTAGCACCTACTTTAATCTACTTTCAGATTAAGTTGGTCAGCTGCTACTATGCAGACTCTTGACATTTTTGGTAGACTTTCTGGCTTTAAAATGATGTGTCTACAGAGGCTAGATCCTTGACCATTTTAAATAGCTCAGAAGAGGAATAGGGTAGATTTTTGGCATCAATAGTAACTGGAAAGCAATGAAACCAAGTCGAAATTAAAAGGATTCTTTTGTGAGACTAAACACTGATGAATACATCTTACTTTTCCGTTAGCATATTCCAGTTGTAAACCATCAGTGTTGATTTAAGTTTTCCTTTATTCCTTAATGAGAAATTGCTTTAGTAAATGTAATTTGGTTCCATTATTAAACTTGTGAATTTGAAATGCATTTGTGAAGAGAATATGTTTTTTGTTTTATAAATTATCTATAATGACATTACAAATAAATAGCTGTTCAGCTTTTCTCCTTGAAAAAATTAAAAAAACAAAGACATTAATTTGTTCATTCTTTTTTTCTCTTTTGGATGTTACATGCTCAACTACATATAAACACAACTATTTGCACATGAAGATATTAAAGTAACACATTTGGAGTAGGAGAGGAAGAATGAAGCAAACTGGGCATGATAATAAACTTTTAGGCTGTTTCTGCCCATTTTTAAAAGCAAAAGTACAAGTGCTAGTTTACGGCAAGTATGTGGACAAGTATATTGGACTGGAAGCCAGGAATGCCTTATTCTGGAAGAGTCTCTATCAGTGAGAACTTAACTGAAAAAATACATAATTTTTAAACCTCATAAGGTTTCTCGGAACAACATTGATCTTTTTCTCCACACTATCTTCGGATTTTCTGCACATTGTGGAGGTTCATTCAGTTAATCTTGCATTATCTCCAGATATAATGGATAAGACATTCCCTTTGCCTTCCAGAAAGTCACTTTCTGCTATGAAGAGCTCGACTTGCTAGCAGATTAGCTAACTACCTGGTGACAAATGCAGTGGCAGAAGATGGTATTATTTGAGGAACATAGTAAAGAATGCAGTTAATCTTGACTGTTGGAAATGATGTCAGGGTCAGCAGGACTTTAGGTTAGGTAGATTACCCCCATCCCATGCCCAGGACATGCACAATCATTTGGATGCTAGGCTCCACTCTCTCATTCTTATAATACTTTCTTTATATTTTATACTTCCCTCTATTGACTTTTAATAGTAATAAAATTCAAATATCTTGCTTGATTCCCATTACTTTCTTTTCTGAAGGAATCTAAAGCCCTTTGCTTGTGCTTTTATTCTGGAGCTCCTCTTCCTCCTCCTCCTTCACTCCATGCATCTCACTTTAACTTGTATTGTTGTATTGTTGGCATGCATATATCTTTCTCCCAGGAATCTGAGGCCAGGTTCCAATCCAAAGGTTCACATCAGAATCACCTGGGAGCTTTTCGATCTATGAATGTTTAGATCTCAGGAAATTCTTATGCAATAGACTGATGAGTATCTCTCTTTTAAGGTCCCAGATGTTCCTTTGCATAGAACAAGTGTCGAAACAAGGAATGATGGAGTAATTGCAATTAAGTGGAGTGCAATCTGTTGCACTGTCTACTATTTTCATACTAATAAAAATTGATGTAGGGGCCTTGAACCTGTTTAGTTGAATAGAGGTCAAAGATATGATTTTTATATTTTTAAAAATTGCTTAATGCTAGTAATTTTTAACAAAATGGAAAAAATAGTAAATACTTTTATGCATTTTTTGTGGGTTGTAAGAATGGAAGAAAAGGTGAGCTTATTTTTAACAGCATAGTTGAGAAACAAGTTTTTTATGTTGAAATTTATTTTTTTAAAGATTTGAGCATAGCAACTTGTGCATAATTTTACATAATATGCATTCTTTTTATTGATATACACTTCTCTGTATTGATTTTCAAGTAGTAAAATACAAGTACTCCATTTTCTTGTGCATGCCTTATCTCTCCTGTCATCAAAGTTCAGAAGATTGAGCTTCTTATTTTTAGCTATTTACTATTTACTACCTACATTTTTTAAAA
Seq C2 exon
AAACAGGTTATGCAAGCACAGTTTGCTCAGGACAACAACCCAGATGCACAGACTCTCCAGAAACTGGCAGAAAGGACAGGCTTGAGCAGACGTGTGATACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000019192:ENSBTAT00000025544:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.514 A=NA C2=0.441
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF099434=DUF2175=FE(32.7=100),PF0004624=Homeobox=PU(20.3=34.3)
A:
NA
C2:
PF099434=DUF2175=PD(23.1=70.6),PF0004624=Homeobox=FE(55.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]