BtaINT0095729 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004073 | MTA3
Description
Bos taurus metastasis associated 1 family, member 3 (MTA3), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001101964]
Coordinates
chr11:25149674-25156387:+
Coord C1 exon
chr11:25149674-25149896
Coord A exon
chr11:25149897-25156300
Coord C2 exon
chr11:25156301-25156387
Length
6404 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGA
5' ss Score
5.55
3' ss Seq
CCGTGTTTCTTTCTCCTCAGATG
3' ss Score
11.49
Exon sequences
Seq C1 exon
GACCCGCGAGTTAGAAGTCATATGTCTCGCCAGGCCATGCAGGGGATGCCAGTCCGAAACACTGGGAGCCCGAAGTCTGCAGTGAAGACCCGTCAAGCTTTCTTCCTTCACACTACATATTTCACAAAATTTGCTCGGCAGGTCTGCAAAAATACCCTCCGGCTGCGGCAGGCAGCAAGACGGCCGTTTGTTCCTATTAATTATGCTGCCATTAGGGCAGAAT
Seq A exon
GTAAGATGCTTTTAAATTCTTAACCTTATATGTTGTGCTTCTGACCATCTTCTCTCTTCCCTCTCTCTGTTTTTATTTTTGTTTGCAATAAACATAAGTTCTTGTGTGCAGCCTTTTGTTTTTTTTTTTTAACATTGTTTTGTCTGCTGCCATTTGTATCACGCCAACCTGAAAAGGAAACATTGAAACTTCTGCAGTCTTTGTGAGAAAGTAGTTCTCAGCAAAAGATAGATGGGAGGTGATCCTACCCAGTGGGGTTTTGTGATGGAGTTGCCTAAAAGCCCTTATTGGGGAAGCACCTTTACCCCTAACGTAGAATAAAGCTTGCCAATTTGCACTAATGAGAAATTGTACGTCTTTATAAACTTCTCAGTTTCCAAAAAACCCTTTACAGTTATATAATATTCTGGAAATTCAGTGTTTCATAACAAATTAGAAGATTTAACAAGCTATAAATGAATTTTAAAGTCTTTTGGGTGAATTTTCTGAAAAACATTTAATTTTTACAAGCTAGTGTCTGAATTTGTGGTTGAGCATTCTATTTGTCCAGTTTGGCTTCCATTTCATAATTATATACCATATGTATTGGTATATAACACATCATTTTATTACATTTTCAACACATTCAGTCTTGCTATTCAGTCTTGCTAGCTACAAATGTAGCTATCATAATGATGATGATCATAATAAAAGAGGCATTTGTTGTGATGAGATTCAAGGGGCATATTTTATTTTGTAGTTAGCTTCATTGATCAAGTTTATAGAATCAGATTCTCAGAATAATTTTACCTTGCAACTTAAAATGTAAAAGTTTCACCAGCCGTGTTCTCAGTCCTGGTCCCTGCAACCAGCAAGCAGCTAATGAATTCTTCCTAGCATCTGATTGCTTCTTGCATCTTCTCATATGTGTACCTTGTTACAACCTGTTTAGCAGATTTCTTTGATCTTGGCTTGTTAGTAAGATTAGGTGTTAATAACCTGATGTCTGTACACAACCATGTTTGTGGTCCAGAGGGAGGGTAAAGCTATGTTATTTTTTTTTTTTTTTATATAAGCTTTCCTTGGTTTCTCAAAGGTAGTGGTGACCCTGTCCCTCCCCATAAAAGTTAAGTCACTATGATGCAGTATGAATGCACTTTCAGATCAGGTGAAAGTTAATAATTCTAAAGGTATTGATGGATCAAGAGCTCCAATTTATATGTTTAGTATAATTCTTCATAATATTGGAAAAGGAAAATCGTTTTCCCTGTGAACTTGAGATTCTTCCTCTTGTAAGAACTGCAGAAGTTGATGCCTGTGGCTTCTGGCCTTGGCAGCACCACTACAGCAGTATCATAGCCAGAGTTTATGGGATGACAGATGGTGTTAGAGTGAAGAAGTGGGGAGCCGAATAGATAAATTCTCAATTACATGAGGGAGAGCATAGTCATACCTTTGAGTTTTCACAAGCTAATTCTTGTGTAGAGGGATTTTTGTTGTTAACAGCAGCACTCTCTGACCTTTATTTTCATTAAGAAATGGGTGTCAAAGAATACAGTAGAGTGAGTAGGTGAATCTTTGTTTGCATGTCCATAAAGTATCTCAAGGAAAATGTAAGAGTATTGTCCTCAGAAAGGAAAACTGGGAGGCTGAGGGAAAGCGGTGGGAAGGAAACTTACTACTGTTCATCTTTCTAAACTTTTTCAATTTTGAGTCATGGGAATATATTTCCTATTTAAAAAAATTTTTAACCTGAAATAAACATATGGTATAACCAACATGTGTTTTATAGATATAGATATAAAATGATTCACAGTTCCAAACCCCAAAATACCTATTTATTTTAATAATATACCTTTATATGTGATTATGTAAGTCCATGCTGAAAATTACTAATGTAAGTACAGAGCCTGAACCAGTTCTACCATGTAAATAGTGCTTAATACAAGTGGATTGCAGGACCCAAAACCAAAACACTTGAGAAAGAAAAGTATGATGTCCTTGACAAGATTCGCAGACCGACTGCATGGTTGTAACACAGCATCAGGTTTCGATAGCCTGTCTCTTCTCCCTCTTGACACCCCTCCCCTCATTAAAAAAATGCCATGATGTAACGATGATGGTGTTCCTCCTTTGTTACTGTTATCAGACATCACCACTGAGTTTACTGGATAACTTGTCAAAAATCTGTAAAATCACCCGACGCCTGATGAGCACATGGTTTCTATCTGAGACTTAGGATACAGAGACTGGGGTTAAATACGAGCAATATGTTAGCATTCAATAGATGAAGCAGAAGTTCCTAGAGAAGTGGATCCAGATGACTTAGGTGCCCCCTCTGTAGCTTACATGAATAATTAAGTAGTTTTTGAGTTGATAATACACTGAACTTTAATGACAGAACCATTCCCCAGAATGAATGTCTTCAAAGGGGAACCTGGAGCCCTTTTTCTCTGAACATGCTAATTCAATTTCAGATGTATTCCAGGGGCCCATATTCAGAAGAAACTTGTTATATGTATTTTGAGTTTTCTAGAGGTTTCTCAGCAAAAGTTACTATTAATAATTATATAAAGTTTTTGAAATTTTAAGTTCTAACTTTAAGAGAGAACAGTTCTGGCTTATTTATTTTGATAGTCTGTTATTTTAGTAAAAACTTGTCTTCGAATGGATGTTTTTAAATTTTTCTAAAGGAAGAAAAATGGCTACAAGTCTTAGGCCAAATCAACACCATTTGCGTTCATACCTTTTTTAGAGCTAACCGTTGTCATCAGTGTCTCAAGTATCCAGAGATGACATGTGTATCTCTAACAAACTAGGTGTCTTCTTTGTTTTTGTACAGATGTTAATGTCTACATTGCTCTGTACCTTGCCTTTTTTACTTGATGGATCTTGGAGGCCATTTCATACCAATTCATTGAGAGCTGCCTCTTCTTTTATCAGCTGCATAATAGTCTGTATTTTGTACTTGAGCCAGTTCCCTTATTTTAAAACACTTTAGGTTGTTTCCAGTCACTATTATAAGTAATCCTGCAACAAATATTCTTATATAGATACCTTTTAAGAGTGATATATGTACCTTACAGGTGTGTGTGTGCATGCGTGCTAAGGTGCTCAGTCATGTCCAACTCTTTGCAATCCCATATGATCCCTAACAGTAAAACATCTGGGTCAAGCAACTTTCATTTTGAATTTTGATAGTCACTGCCCAGTTGCCCTTAGAAAAACTATGGTTTACTCTCCCACCAGTGTCTACCAAGTGCCTGTTTCTCTAGAATCTTGCCAGCAGTGTTATTGATCTCTGAAACCCTTAACTAGTTGGTAAGTGACATGTAAGTTACATCAGCTTGCATTTCTCATTTTGAATAAGGTAAAACATTTTGCATATGTTTGAAAACCGTTTGTATTTCCTTTTTCGTCAGCTGTTTTTGCCCTGGCCTGTTTTCTGTTAAAAATCATACCAGCTTGTGGGAACTTATTGTATTTTAAGGTAGTTAGCTCTTGATCTGCAATTCAAATATTGGGTTGACCAAAAACTTTGTTCAAGTTTCCCCATACGGCAGAACCCAAACAAACTTTTTGGCCAACCCAGTATTTCCCTTGTTTTGTCCTTGATTTTGTTGAATCTGTATTGGCCAAGCAGGTTTTGTTTTGTATTTTTTTAAGTAGTTGAATCTTTTCTTTTTTTTTTAATGGCACATTGGTTTTGTGTCTTGTTTGAAATGCCTTTATAAGAAAATTTTCTTATAAGAAAATTCTATAAATGGTTTTACTATGATAGCAATTTTGAAGCCCATGCGGGAGACCTGGGTTCGATCCCTGGGTTGGGAAGATCCCCTGGAGAAGAGAAAGGCTACCCGCTCCAGTCTTCTGGCCTGGAGCATTCCATGGACTGTATAGTCCATGCAGTCGCAGAGTCGGACACGACTGAGCGACTTTCATGTGAGATAGTATTGTGAATTTTAATTCAGTATGTACTTTTTGCAAGCTTTCTATTTTCCCCTCTAATATTTCCACAACATCTTAGAAAGATAGCCGTGCGTTGCCCAAAAATGGGCAACTTTTTTCCAAGTTTACCTCAAGGAAGTAGAGCTCGGCCTTCCAGAAGCCACGGAAATACGCCTCATACTTGGTCAAGTGTTTCGAGAGAGATGAGGATGTTCTCGCTCTGGCTGGATTTTGATTCTTTCTGGTTTCTTTGGGCATTTCTCAGTTTGCATTCTTTCCCTGTGCGCTTTTAATACATACTAATTAATCCTCTTTAGATAGAGTTAGGTGAATAACTTGAGAACAAGGTTCCACTGGCCTGGTCTTGAGTACAAATCACAATTTTTTTTAACCAGCTCAAGTGTGGCCCTGATTGTCTTTGTTTATGATCACTCCCTCCAGACAGAAGCTTTTTCTCTTTTCTGTTGGTATTCAGTATAATCGCTTAATGGTTGCAGTTTCTATGTTAAATAGTCTTAGCACCCACTTTTCATCTTGATTTATTCATGGTTGAGACTGATTTTCTTGCCACCAACTACTACCTTTATAATGATTGATGAAAGATGGATCCTTCTAAAGAGCTTTGATCTCCCACTCAAGTGCTCTGTAAATTGCCACTTAGAACACTGCATAATTAATCCTACTAATTTAGTGAGAAATTAAAAGCAGATTAATATAAAGTGAAATGGTCTTTGGGTATTGTGTTGGTAACTCTTGATGGGTTTTTTCGATTATTGTCAAGGTGACAGTCATGTGGGAGTTTATCGCTTGGAGTCACTTTGGCAGTTTTGCTCTGGGCCTTAGAAACTGCAGTAAAGAGTGAAGTTAATCTTATTACTAACAATACAGTAATGGTTTTTGTCCAAAACATTGAGGAAATACTAAGATGATTCATTGAAACTTTATTAATAGAATATTTTTCTCATGTCCTCTTCCTAAGTAGAACTTGAATTCTTAATGAATTAGTAACACTAGGAAAGAATTCTTACTGTTAATTCATAGCGATGTGACATGTGTCCAATCCCTGCAGGGCT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Seq C2 exon
ATGCAGACAGACATGCGGATCTATCTGGAAGTCCACTGAAAAGCAAAAGCACTAGGAAGCCTTTGGCATGTATCATTGGGTATTTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004073:ENSBTAT00000033090:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=1.000 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development