BtaINT0097653 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020126 | MYO10
Description
Bos taurus myosin X (MYO10), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_174394]
Coordinates
chr20:56431161-56444367:+
Coord C1 exon
chr20:56431161-56431348
Coord A exon
chr20:56431349-56444232
Coord C2 exon
chr20:56444233-56444367
Length
12884 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACC
5' ss Score
8.66
3' ss Seq
GTCTCCATTTTATCTTCCAGTGG
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
ACCTACATCGGCTCCATCATTGCCTCCGTGAACCCCTACAAGACCATCGCGGGCCTGTACTCGAGGGACGCCGTGGATCGCTACAGCAGGTGCCACCTGGGTGAGCTGCCCCCCCACGTCTTCGCCATCGCCAACGAGTGCTACCGCTGCCTGTGGAAGCGCCACGACAACCAGTGCGTGCTCATCAG
Seq A exon
GTAACCAGCCGGCCCCCAAACACAGAGCCCGCCTCCACGCACGTCAACCCCCAGATTCCCCAGACAGAGTTCTCCGTTTTGAATAGCCCAACGACTACAGCTTCGGAAAGAAACGGAGGACTTGATAAAAAAGCAGGATGTACCGTGTTTGCTGGCTCTTGTCCTCAGTGATTTCTCCATTTCGGGTCTTTGTTTTATTTACCTTAGTTATTCTTTGGTTTGTTCCAATGATCAGGCATCGTCCTTCTGTTGACTTATGGAAGCATTGCCTAGTACTTCCAAATTTAAAATGTTTTCTGTATTCTAGAGTGCTCGTTAGAATGCTTGCTTGTTCGAGCAAGGTTTTGGTTTTTGCCAGTATCAGATTACCCTAGAATCTCCCAAATTTAAGGATTTTTAAGGAATTTAATAATTGGATGTTCCTAAAGTTGAGCTTTGAATTAGCCACAGAAGAGGGACTTACTCTGTTATATGTTGAGGGAATGATAGAAAGGCATAATGATTTCCATTAATTTTGGGGAGAGGTGAGGGACGTGCCATCTATTTTAGCCAAGTTTTACTCATTTATTAAAATAAACTACCAGATGCCTCACTCTCAAAACACTTATTACTAGGAACTACCTAAAAAAATCATAGAGTGTATTACTTTGAAGATACGTAATTTTTATTGAATAATAATTCAAATTGCCCTTATCACCTAATTTCTAGTGACACCCTGTTGGCTTATATTATTTATATTGGGATCATGTTCTAGAGAAGGAAATGGCTGCCTGCTCCAGTATTCTTGCCTGGAGAATCCCGTGGACAGCGGAGCCTGGCAGGCTACAGTCCATAGTACTGCAAAGAGTGAGACACGAATGAGCGACTGAACACTACACACACACACTCACACACACACACACTCTCACACACACTCACGTGTGTCTTAGTGGTGATCAGAACACTGCTGGATGAGATCCAGAGCAGACATGCTGAGTGCCCTGGAATATCCAAGCACTTCGCCCAGGCACTCGTTCATGGAGCTCAGCTGTTGCTAAGACCCGACTGAATCACTAAAACTGCTGATGGGACTGGAAAGCCATCAAAAACAGAGGTCAAGATCTTCTTTCCCAACTTGTGGCAAAATAATTATTTCAAGGGGAGAAGAAAAGGTGTTTAGAATTAGGACATCATATCAGGACCCCACTCCCTGATTTCTGATCCAGTGGAAGTGAGGCTCAGGAGAAAGGCGGAGAGCCATGTGTCAGCTTTAGACTCCCAGCCCCAAATTGCAGACAGACAGACACCCTGCTCAGGGTTCAGGCACGTCACTCGTGGCCGTGATCACTGTCAAAACCAGTCCCCAGATGGTGAGGAGCTGACCAGCCCTTCCACCCACCCAGTTCACCTGTCCAGGAAACCACTGCTGCTCTTTTGGGGAGGGAGTCAGGAGCAGATGTACCGGAGGAGAGACCTGCTCGAAGCTCCAGGAGAGAGAAAGGAGGCCATTTGGGAGGTCCTCACACTGTTGCCCACCGTCCCAGCTTCCCAGGTGGCTCAGTGGCAAAGAATCCGCCTGCCAGTGCAGGAGTTGCAGGAGACGTGGTTCAGTCCCTGGGTCAGGAAGATCCCCTGGAGGAGGAAATGGCAACCCACTCCAGTATTCTTGCCTGGACAGTTCCATGGACAGAGGAGCCTGATGGGTCCGTGGCGTCACGAGGAGTCTGATACAGCCGAGCACGCGCAGGTACATTGTCCCACATGGTATCTGACGGAAAGATGGGTGATAGATAATGACCAGCATTTCCAAAGGGTTTGAACACTGTGCCAAGAACTTCCCGTGCATCAGCTCATTGAAACCTTCCAGCAGCCCTTTGACGCACACGCTCTGCAAGTACCGTGTAGGGGACTGTGTTGTTGTTCTTGGCAGTGGTTTACCCGTTGCTCTTGTTCATGGATCCTTCATTTGCGATAAATCAGAATTATGTGAATGTGGAGGATAGAACACTGCATTTCTCCTTCATCTTTTCTCTCCCTGCTTCCTCCATCAGTTACTTTCTTTAAGGAAAGGGAAACACCTGGGCAGATATATTCTCTTTTCTTACCTTAAGGATGCTCACTCACCAGGTTGTGGAAACAACTTGGATAGAGGGACTGTCCATTAATCCAGTTAAGTAAATATGAATCCTTGTAACTTGCAGTTAATAAAAAATGAATCTAACACTTGGTATAAACACAGAGCATTTAAGAGTCACTTTCCCAATGAATTGACTTGCCTTCTGATTGAAGCAGTATTTGTGGGCTCTTTGATATGGTTTCACAAAAGTTGAAAGTGAAGTTTAGAAGTTAGAATTTAAGATCACTGTTTCAGCATACAGAATATAATAAGATTAGCAGAATATAATTTGAGAAGGTTAACAGAGAGTTAAAGAAGATCAAGCTGGTTTCCACACTTAGGTACCTAAATATTTGCCATTGATAATTGCCTGTGTTTATTACTTTCAGTGGAAAAAGTGAGGGCATGACTCATATATCACTTGCTAGACAGAGCAGTTAGGGAAGAAAGTGAAAAATCAAATGAGATCATTGTGCATATATATGTATGTGTAATAAAAACGGAAAGGGGTTAGCATGTTCCTGCCAAAGACTATGGTATTTAAAAATAAAGTCGGGGGTAGCCGGGAGGGAGAGGGGACCCCAAACAGAAAGCTCTCATTGTGTAATTCTGATGTGAAGAGTATTCAAATTAAATCAGGAAACGGCATTTTTAAGAATAGATTTCTCATTAAAATGTGTTTTGGTTTTTAATAGACCACTCTAGCAGGATTTTTTTTTTTTTAATGGGACTTGGGGCTGTGGGAATTTAGAGAAAATTGAGTATAAAAATAAAAACTGTAGGGCACAGTAGCCCATTTAGATTTCCTTGGGCATGATCTGCCCCCTGGTGGCTACAACATGTTACTACTTTTAAAACTTTCAGGCTAATTACCTAGGAAACTAAGAAAATAGGCCTATTTGGTTTTAGGCAGGGACCTCATAGATCATTTTTTCTCTCACTTTATGGGCCTCTGTTACTTCCAGTCTCCAGGATTCTAGTCCAGGCCTTTATTGTTTGTTTCACTTTCAAGAGTTTACCTCCCTTAATGCAAAGAGCTGACTCATTGGAAAAGACTTTGATGCTGGGGAAGATTGAGGGCAGGAGCAGAAGGGGATGACAGAGGATAAGATGGTTGGATGACATCACTGACTCAATGGACATGGGTTTGGGTGGGCTCTGGGAGTTGGTGATGGACAGGGAGGCCTGGCGTGCTGCAGTTCATGGGGTCACAAAGAGGCAGACACGACTGAGCGACTAAACTGAACTGAACCTCCCTTAAGCTCTAGTTTTATTTTACTTGATTATGTACATTTAAGCCAATGCTTACACTATTATAATTTCTAAAATATGTATTTAAATCTCCATGAGCTTTTTAATCTAACAGGGTCTGCATTTGATCTTGGTTGGTCTAGTACATTTCAGGTTAACTTCAGTTTGGGGCAAGCAGAGTTTAGTCTGTTTAGTCTTTTATGGTCTTTTCTGGATATATGACCTTTTAATGTCAAGTCCTGTGGTTAATTCATCTGTGCAACCCAGCGCCCAGGACAGTGCCTGATAGAGGGGTCAGCATCCAACATCCGTCAATCAAAGGATGGATGGGCGGAGCAGCTGTTGCTTTAGGACCTCTGCTTGCTTTGCGAAAAGTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTCAAAATAGTAGTGATTTCTTCTTAACAGAAGAAGAAATCTATAATGCAGGAGATGTGGGTTCGATCCCTGAGTCAGAAATAACCCTCGGGGAAGGAAATGGCAGCCCACTCCAGTGTTCTTGCCTAGAAAATCCCATGGACAGAGGAGCCTGGCCTGCTACAGACCATGGGGTTGCAAAAGAGCCAGACACAACTTAGCGACTACACAACAACAACATGTCTTTTATATTCGGGAATAGTACTTGGGTTCTCAGTCTTTTTTTTTTTTTTATTCTAGTGGTATATTTAGAAATCTTTGAATTGGAATAGTGAACAAAGCTTGCATCCTGGATTAAAAAGTCACTAACCGGAATAAGGCATGGGACATGCCTTGAGCTCGTATCATATGGAAGGTTACCTTGTTAGGCTTTTAGGATTAAAAAAACAAAAGTAGCCAACCACTGCCCTTTACAAACTTCTGCTCTGATGGGAAGAAACTGACGTAAACATGTAATTTCAGTGCAGCCCGCCAGTGCTGTCTGAGAAATGTGTACGTGGTTGCTCAGGGAAGATGACGGTAGATGCTCAAGAAGGAACTGAGAAAATATATCACAGAGGAAGGGCCGTGTGGCTATGAGCCCAAGAGTCTGTGGGAACACAGCAGGTGCAGAGGGGGGGAAGGGCCCAGAAGCATTTGAAAAAATTGGAAGAACAAGCGCAAGTCGCTCAGTTGTGTCCGACTCTTTGCGACCCCTTGGACTGTACAGTCCATGGAATTCTCCAGGCCAGAATACTGGAGTGGGTAGCCTTTCCCTTCTCCAGGGAATCTTTCCAACCCAGGGATCGAACCCAGGTCTCCCACGTTGCAGGCAGATTCTTTACCAGCTGAGCCACCAGGGAAGTCCTGGAAGAACAAGGATCAGCAAATGGAAAGCATGCCTGTAAAGTGTGGGATTTGCTAATAAGGACATGTAGGAACCAGGCTTGGTTGGAAAGGCAAAGATGGTGCATGGCTGTTCATTGAGAAAGACAAGACGTGGTGGGGAAGCTGAGGTTGGGAGCTGTGGAGTGGCTTGCCAAGGAGACTGTGAACTTTTGTCTCCTTGTATTAGTTTCAGAGCAGAGTCCTACTTCCTGCTGCAGGGTCCCACCTTAACGGCTCTGTCCTGCTTGCTAAGACCTGCCGACTGTATCTTCTAGGCAGTAGAGAAGTGTCCAAAGTCTTCTTAGTCAGCAGTGGAGTGATCCGTGTGTGTTCCGAGAAAATCACACGA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Seq C2 exon
TGGTGAAAGTGGCGCAGGGAAAACCGAGAGCACGAAGCTGATCCTCAAGTTTTTATCAGCCATCAGTCAGCAGTCTGTGGACTTGTCCTCGAAGGAGAAGACCTCATCTGTCGAGCAAGCCATTCTTGAGAGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020126:ENSBTAT00000026812:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006316=Myosin_head=FE(9.3=100)
A:
NA
C2:
PF0006316=Myosin_head=FE(6.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]