BtaINT0103599 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000003650 | NR4A2
Description
Bos taurus nuclear receptor subfamily 4, group A, member 2 (NR4A2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001076208]
Coordinates
chr2:39999717-40011490:+
Coord C1 exon
chr2:39999717-40000020
Coord A exon
chr2:40000021-40011366
Coord C2 exon
chr2:40011367-40011490
Length
11346 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
TTCCTGTGTCTTCATTTCAGGGA
3' ss Score
11.04
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCCGCTCCCCGACCCCCCTTCCTCTCGCCCGCGACCCCCCGAAAGGTAACCGGCCTCTTCTGCCCCTGGCCGGGCCCCGCCAGCTGCTTTTTTCTTTTCTTTTAAAAAAATTTAATCAGTTAAGTTTCCCTCGCCCCAACCGCTTCCATCTCCCCCGCTTTCCCTTCTGGCCCCCCAACATGACGAGACAGGGGGCTTTAGCCGGCCGGGGGCGACCGCTTTGTGCGTTGCGGGGAGCGGGACCCGCCCAAGGCGCGCCCAGCGGGGGACGCGGTGACCGAGGGGCCGGGAGCGCCGGGCAG
Seq A exon
GTAACGTATCCTGGACCAGGAGCTGGGGCTTTGTTTGGGTCGGGGGAAGGGAGGGGACCTGGGGTGGGTGTGGACGCCGGGCAGCCCTTCTGGGACTCCTGTCTCCCCTCCACTCCCCGCTCTCCGCCCCGCGGGCCGGCGCGCAGGAAGCCAACCTGAGTGTGTGGCGCGAGAAGCGAAAGAGAAACTTCTGCGTGACTAGCTGAGGCTCCTTCGAGAGGCCAGGACGCTAGAGGCCCCCACCCCCTCCCCGCCGCCGCCGCCCCTCCCCCTCCCGCTCTCTCTCCTCGCCGGGGACTTTGGAGCCCTCCCTTCGCCCGCCCCCGCCCCGCGGAAGGAGGGACTGGCGAGATTTTTAGGGACTTCCTGGGACACGGAGACCGGCTCTGAACCATCCCCTTTCAGCTGTCGGAAGCTGGGCAAGCTAGCTCTGGAGCCTCTCGCACGTGGCAGGCAGGCAGAGAACTTGCTGTGCCTTCTAGGAAATTGCAATCGATTTGTAATGCAGTTTCGCTAATTGGGAGTTCAAAATTAAACTTTAATAAAGCATTTGTGTCGTCTCGTCTAATTGTGAAAGCTTCCATCCGTCCTGGTAGATAGACTCTGAGTCTCAAGTTAATGGCGCTAAGCTAGATTTCCCCCCAAGTACAATTCCGTCAGCCGGCGTCGGCGCAGCTGGATTTCCGTTAGGTACAGATGTTGCTAATGGCATCTTAAGCACGGATGGGCAGATAGCATACGGAATGCAACATGTTGCCATATGGTTCCGTTAGCCTTTCACCTCCAGGGATATCAATCACATATATTCTGGGAGGAACTTAATGACTCTCTGAACGGCAAAATGAATTACCTGGTACAATTTATATCCCTTGACCTGATACGTTATAACAACAGGAAGATAGCATCCCACAGTTTCTGTGGTATGAACTGAACTTCAGAGCTACATTTCAAATTTTATAACATCTATTTGTAGTGTGAGGGGCCCTGTCAAACCACTCTGGCTGAAAAATCCCTTTCTGTATTGTCCTTCTTCCCCCCCGCCCCCCCCCAACCTCTGGCTTATAGTTATAAAAGTTTAGCGAAACTGTTGTCTTGGTAATTGCCAATCAGCTGACCAAATACTAATTGAAGAGAGTATGGAGAAATAGAAAATACGATTTCCAGAGCTAGTGACTTAAGACCGATCATCAGGAACACCATACTTTAAGAACTCCCCAAATTAAAGGACTCCCAAGAAAAATCTATTTTGTGAATCGTTTCACTATAACTCCTAAAATCCATTTATTAACTCTTTGAAATTTTGTTTTTTTAATACTTCATTCTTAGGAAAGTAACTTACAAAAATGTACTCAGAAATATGAAATATAAGGACCTCCTTAGCAAAATAGTTTCTCTTCCCTCGGCAACTCACCTGAACTTGAATTCTGTATGTGGTGGTACTGGTGGTTTGTTTTTTTTTCTTTGGAACATGTCAGTGACAGCATACTGAAGTCACTGTTAGATCCTAGTAGAATGATCCTGTAATATTTCCCAGGTCTTTTTAAAAATATCCTGGTGATTAATAAAATGTTTGACTGGCTCTAATTTCAGATTATAAACATGGTTGTCTTTTGCTGTATCCCTCCTTTTTCCTTCACTAATACAGAGATGCAACATTGCAAGACAAGAAACTTAAGTGTAAAAACAGTAAAATACTACAACTTTTTAAAAACTTTTTCCTATTAAGGGATATATGAAAGCTGTGGGCGTACTATCTTTTAAAAGATTTTGCTTCCAACAATACATAAACCACATTAATTCATGTGAACTGATAAACTAGGGTAATACACAAAATAGACCTGAAAACATTTTCAGTCATAAAAGTTTCATAATTCATTTTTAAATTACAAGATAACGTCTCCTTTTTTTCTTTTTGTAATAGATGATTTTTTACCTAGCGCTTGAGTCCGGGCAATGATTTTGATAATGAAATAATATAAGATCTTTTGTGTATGTAAATAGAAAATTTTATACAGAACAAAATAAGATATATCTGAGTTATGACAACCCTTACTGGAGACTGTTTTTGGGTAGTCTTTTAATGGCTGAAATTGTATTTCCGTAGCATCAGCATTCAATGAGTTTTAACCTTGATCTGTAGTGAGGCTGTTAATCATGACTACATCTCCATGACTTCTGAATAGGTTGTGAGTGTGTCCTTTAATCAGTCACACAGAACTCGCCTTATAAAGCTGTTATTGTCATGAGCAGATACTGCAGGCTTTTGTCAAGCCCGGTGATTATTAACGTTTTCGTTCTTCAAAAGCCAGGCTGAAAGTCCTGCTGTGCTTTATTTCACAATTCAAGTCCATTAGTACGTAAAATCCTAAGCAGCAATATTTGCCTTTTCTCAAGTTAAAGTATTACGTACATCGTTCATAATTTCAGGCCCATTCATGGACAAAAACTATGTGTGTATTTGGTATACATATATAATAACAAAAACAAGATATGCGTCTTGCATCATGACTTATTTGAAGTGAAGATTTGATGGATGTCCATTGTTACTCTAGATGAGGTGGCTGGCTGCCAAGGCAATCCCTCTAGCTTTGAAAGTACTGGCATTGTTATTGTCTATCAGGGAATCACTTTCTAATTTTTAAGCTCCCAACTTCACCTCCCTCTTTCAGTATGGCCCTTCCATACTGCTAATCTGAGAATTTGTTTGAATGTGAAAACTTTTGAAAATGTGTTTGTTTTGGCCAAGATTTTCATCAGTATTTCTGGTTGCCTGCTGGTTTATCTTGAGCTGGCAAGTATGTTTTTAATTGAAAGTGAAGAAATACTATCAGGACAAGGTATATTCCCCATGCTCTGAGTAATTTTAATTGTGATGTAATCCTTGGTGCTTTCTTATCTTTTTTACTTATGAATGTATTTTAAATTATTTAAGATAGGACAGATTTACGCCTTTCTCAAGGTAATATGGGACAAGTTATGGATAGGCATTAGGCCTCTATTAGAACACGTCATTCGAGTGGGTGGGGGTGGGGAGGAGAGCCCTCAGGAAAGAGTATACAGGCCCACTGCACTGGCCCTGTTTGCTTTTCAAATTTAAAACCCATATTGCTGTGTTGGAAACTTGTTTCTCTTTTATAACCTTTCATTTAATTTTTTTTTTTAAACTGTCAATCTGTAAATATTTAACCAGCCAAGCAGGAAACAGTCTTTTATTCTCAACTATATGCAGCTTTGTTTTTATCTGGGTTAGTGTGAGGGGCATGCAAATACATAAAAATTTGATTTGGTTTTCCTTACTTTGAAGATTGACAGAGGCTTCTTTAGTTAATCTTGTTCTATTCCATGTTCTGTATTCAGATATTGAAATACAGTATTTTTATACATTTATAAGATTGTGTTTGCATTTATTTATTTATTTATTTTTTTAAAGCATGTAGCCTTGAATGTTTGTTCTACTTTTTTTTTTTTTTCTTCACATCATTACTCTGGTACTGCTTGATGTAACTTGATTAGCTCCCTCCCCAGTCATGATTGGTAATTAAAATAGGCATTAAAATTAGTCACTTAGCAATTTTGCTGTTCAATTGGCAATTAAATTACTTAATTGCAATTAAAGTCCTAATTTTAATTGGCAAAATGATAGATGTAGATTTAAGATAATATGTATAAATACTTTAATAAGTGTCTATATAAGGATTACTTAATTACTCAACTTCAAGTTTATGCTGTTAACTTTAGAACTTTTAAGTGAGCAATGAAATTTATATTACATCTATTCAAAGAATATGGTAATTAGATTTATTACTTATCACTATAAGGGTCCTTGCTATAAGTTAACTTTTGTAATGTTAAAATTGTAGACTTGTTAATTGCAGAATTATGTTGAAAAAGAGGGCATATATGTCTTTGTCGTAATATATCAATAACATGTCTTCAGTTTTTATTAAATTGAAAAGTTGGTGAAAAAAAGTGGTTATTTTATCATTAAAGGTAAAATTAAAAACTAGCTAGCTGTTATATATAATGAAGACTCTGGCAAAGTGTATGTATTTTATCTACTAAAAGAAAATCCTACATAGTACTATGATGGTTATTGATGTTATTAGCTACTTTTACAATTTCAAATGCCCTTGGTGTTTTCTTAGCATATAGCACCTTATTCTCAGAACCTTTAAAGCATTTTTCAGGACTTTGTACTTTTTAATGACTCCCATGTTTAGTGAAATTAGCAATAAAATCTAAAACCAAAGTAACCCTTCCTTGCTTAATCAAAAAGAAGTCTTACATAAGAAAATATTGAAGATTGCTAGGTGTGGGAGGAGGGGAGAATGGAGAATTATTAAATGGTTACAGAGTTAGAGTTTTATAAGATTAAGAGTTACGGGGGTAAGTAGTGGTGATGGGTGCACAACAGGATGACTGTATTTAACACGATTAAACTGTACATTTAAAATTGTAAGGTGGTAATTTTTATGTGTGTTTTACCACAGTAACAAAAAAAAGTATTAAGTGGTTAATTTAAAAGTATTTAGGAGATAGTTACTGAGAGTCAAGAACTAGAGAAAAGATGAAGGATTTTTATTATGCAAAATACTTTTTGAGTGGCATGAGGTTTTACCATATGTTCAGTTTTATAATTTTAATTTACAAGTAGATGCTTCTAGAAAAAATGAGAGCTGTTTTCTTCTGCACATCTTTACACATTTCTAGAACTGAGTTCTGTATCAAAGAAACAATTTTTAAAATCTTTGGATTAAGTGATTTGGGATGAAAAACGGGCTGGGTAAAACTGAGTAAAAGCCACAACTACCCAAAATGTAAATTACCAGCTAAGCATTTTACTTATTCTCTAGGCATCTCATAGAAAAGGAAAAAATGATTGGTTGATTAATATCTTTTTAATGCAAGTGAAATGGCAAAGTAAATAACTGGAAACCATCCATATTAAAAAATGATTATGTATTTTCAGAAACTCAGATTTTTTTCAAAGTGAAAATTTC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Seq C2 exon
GGAGGCGATCTGACAGGCTGGGCTCTCCACTGCTCTTCTAAAAATCTTGGAAACTTTGTCCTTCATTGAATTACGACACTGTCCACCTTTAATTTTCTCCAAAACGCCTGTAACTCGGCTGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000003650:ENSBTAT00000004758:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]