BtaINT0111704 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020715 | PIK3C2G
Description
phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase, catalytic subunit type 2 gamma [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:8973]
Coordinates
chr5:92161432-92171613:-
Coord C1 exon
chr5:92171485-92171613
Coord A exon
chr5:92161547-92171484
Coord C2 exon
chr5:92161432-92161546
Length
9938 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTAAGT
5' ss Score
9.49
3' ss Seq
ATATGTGTTGTCTTTTGCAGCAG
3' ss Score
10.98
Exon sequences
Seq C1 exon
GATCAATTTTCCTCTCGAAATAAAATCACTTCCAAGGGAATCCATGCTCACTATAAAATTGTTTGGGATTACCTATGCAACCAATGCAGATTTATTGGCCTGGACTTGTTTTCCACTGTTTCCAAAACA
Seq A exon
GTAAGTATATCTTTTGTGATTAATAAAACTTCCATCTCAATAAAACCTCCTTGGAACTAGATAATGTTCAGTATATGGCTTAATGAGAAAATCAAGAAGACATTTTATTCTAAAACTGAGCTGCTACTGCTGCTGCTAAGTCGCTTCAGTCGTGTCCGACTCTGTGCGACCCCAGAGACGGCAGCCCGCCAGGCTCCCCCGTCCCTGGGATTCTCCAGGCAAGAACACTGGAGTGGGTTGCCATTTCCTTCTCCAATGCATGAAAGTGAAAAGTGAAAGTGAAGTCGCTCAGTCATGTCCGACTCTTCGTGACCCCATGGACTGCAGCCTACCAGGCTCCTCCATCCATGGGATTTTCCAGGCAAGAGTACTGGAGTGGGGTGCCAGCTACCTCAATATAAATCATGACAGTTGAAAGCAGGACTGAAAAGCAAAATGTAGAAATGGCTTTAGAAACAAGCTTCATGCTCAGCTTGTCAACTGGATCATTTACCATGAAAAGGTATCACCATTACTAATATCAATTTCTTTTCCTTCTCTGACCAGCCAGTTTCTCTGGAATTACTAATGCAAAATGATTTAGATCAGTACTGTCATTTAGCAACAATGTAAGTCTTGAAATTCTGACTGAAGTAAAATTATTCAATGTAATTGGTTTACTGACCTTTTATTGCCAAGAAAAAATATGTCAACTTTAAGACAATATTTTCAGAAAAGTAAGCCAAATAGGAGTTCTGTCAGAACTGGTTGCCACTGAAAAAGTAGCTGTCAATTTAACCATAAGGATTTGGAATTATTAATACTTAGAATATTTGAGAAAGTCAGTAATGTGATTTTCTGTGTTACTAAAGAAAAATATTTTAAAACATCTTAGTTACTTTCCTTTGACGAAACTTGCTTTAGAATCAAACTGTTTAAAAAAAAGGACTTTTGAAGAATTAGAACTTGTGTTGTTATTTTAATATTATAGAGTGTTTCTGCCTCCGCTCTTTTAGAAAGATTTGGTAATATGAAAATGTTAACAAAATTCTTCATCAGGTTTTAGTTCCCACTTTTAGTCAGTATAAATAAAATATCATCAAAGCAACTGTGATACATATTTTGGTTTTGTTTGCTTGTTTGTTTTGCTTTTGGCCATACCTTGTACCATGTGGGATCGTAGTTCCCCAACCAGGGATCTAACTCGTGCCCCTTGCAGTAGAAGCACAAGTCTTAACCACTAGGTCTACAGGAAAGCCCCCTGGAATACATTTTAAAAATCATTTCTATTGGATTAATTATGACATGGTGTGCATGTTTGTATGTGTATATGTGTTGCTCTTTTATTTGTTTTCATGTTATAGCCAGTTTCCACATGTGTGAGCAGAGGGAATGTATTTTCTTGGTAATTTCTGTCATCTAACATGGTACCTCTTATAAATAGGCGATCAGTACAGGTTTGTTTATTAAGTTGAATTAGAAGAAAATCAATCTCTATAGGAGATTTAGAATGAGATAAGATCTCAAAAGTCTATAAGAAATAGTTCAACCCTAACGGGAATACCAACTGCTGTTAGCAGATATTTCAAAAATCTGATTTGTGGGCTAAGAACTTTCATTACTTTCTCACTGGGAGCAGCTGCACAGGTGCCTTTCCTTCTCTTGAGTGAGTTTCTTTAAAGTTTCATCTGCAGTATTTGTAAGATCTAAAATGTTTGTAGAATACATTTGTAGCTATTCACTGAAAACAAAAATCCATTTTATTACCTCTAACACACTATTTTGTACATAACAGGCAATCAAAAACTTGTTAAATATATTAAAGGTCTGGAATATTTTTTGTCTTTCAAACTAATCTTCAAGGCTTTTTTCTACATGCTTATTGTGATAGCAAAATACTGCCTTCGTGTTGTTTTGTCATCTGTCACTTAACCTTTGGTAGACATTTAAGAGGCAAGTGATTAGAGACAATGGGTATCTTTAAGGAATGCCATCTGGGACTGATACTAAGTGCTTTTCCTAAGGGTAAATGGCAAAATTGTGGATGCTGAGACATCACAGAAACACAGCTTACTTCAAAGAGGATTTCAATAAGCATTTGTGAAAGTGTTTCCGAAAGATCATTTCTTATGAAAATCAGAAAATCTGCTCTGTCCTGGGCTAAACAACGTAAAGAAATTTAGATCTTTTTAAGACATCAGAAATCCATCACGTGGCCATTTGGGGAGATGTAATAACTCCCACTGTGTTCATTGCTTTGAGTTACAGAGATTCTAACCCAATTTATGTAATGCAGGTATTTCAAGATCACATCAAATAAGTCACTTAATCTCATTTCCTTTCACAGAATGACCCCTGCCCATAAACATTTGGTATCATTTATGTCATTTATTTCAGTTCAAATTGCTCATACCTAGTCGTGTGGAGCTGTAATGAGCATTTATGTCTTTATTTTTTTCCAAGATACACACAACCTGAAAATATGCAGACTTAAAGGCTTTCTGTCTCTTTGTGGTTTCCAGAGATGGGTTTCAGAAGAACCAACCAAGGTTAAACTTATATGTATTGGTTGTGGCTGCATCAAGAGTGTGTACAAATAAAAATAAAGTTCAACATTTTCAAGCACACAAACTCACTTTCAATCCTATTAAAAAGATATGTTTCAAGAACAAAGGTAAAATATTGCCCACAGAAGTTTTATTATCCTCTCCTTTGCAGACAGGGCTTATACCACATCTGTATTCACAATGCCTCCACTGCAGTAAGACAGGGTTATTCTCACCTCAGTCATTTCTATGAGCTACCTTTCCTACTTAAATTCAAAACAAATAGTGTAGTCCTTACTTAGCATTTCTAAACTGCAGTAAACTCCTTCAATGCAGAGATGCTCAACCCTGGTTGAACAATAGAATCTCCTGGGGAGATTTAAAACTAAACCCAAAACCCAAGTGCTCCCAAAGATTCTAATTTAATTGGTCTGTGGAGAAGCCCAGGCATCAGTATTTCCAGAGTTCCTGAGATGAGTTAAAATCCAGGAAAATGAGAATCTCTTTTGTAGAATTTAAAAAGAATCCTAAGTAAATCATAATAAAATTTTATTCCTGAGATTGTTCTCTGAGTGGCCAACCCTGACCACACTAGGTATTGTCATTTCAGATATACCCTTAAAATCAAATAATAAAAACAAGTTGTAGATAAAAATGCCTTATCGTTCTTCCATCCTGTAGGAGAAAGACTCTCAGGATTCAATTCAAATATCTTACTAATATATGAAGACCTTTATGATGAAGGAAGGTTAAGGGACTGGCTAGAGGTTACTGGGCTACCTGGGAATAGAACAAGAACCAGAATGGAGAGTTGCCTTCTCTCCACACATCTTCCTACTTCAAGTCGCCTCCCTTCCTGCCATTAGATACCACACCCTGCTTCATGAATGAGCTGTGGAAACCTCACCAGCACAGGAGGGGATCCTGTTTCTCTTCCTGGCCACGAAACCTGTTAGATCTATGAGAGTCAGAGTCTCAAAGAGTTTTATAAGATCAGATCTTCTGAAAGTGCTGGTTCCAGAATGTCAAACCATAGACTCCTGTACTTAAAATGGGAGTAATTAATTTATTCTGACCATTTTTTTAAAATTCTCTGACGAAACAGGGGGACAGAGAGGGTCAACTAGCCCATCTGTTCTCCTGGTGCTACAGATTTTCATTTCGTTTTTCCCGGGATAGGAATTTGTATAATATTGAAATTTAAAGGACCCTTAAGGTAGAAATGGGATGAACCTAACAGGTAAAGGAGCAAAAATGGTATGGACCTAGTAGAAACAGAAGATACTGAAAAGAGGTGGCAACAATACACAGAAGAACTGTATGAAAAAGATCTTCATGACCCAGATAACCATGATGGTGTGATCACTCACCTAGAGCCAGACATCCTGGAATGCCAATAAAGTGGGCCTTAGGAAGCATCACTACAAACAAAGCTAGTGGAGGTGATAGAATTCCAGTTGAGCTATTATAAACCCTAAAGGATGATGCTGTGAAAGTGCTACACTCAATATGCAGTCTAATTTGGAAAACTCAGCAGTGGCCACAGGACTGGAAAAGGTCAGTTTTCATTCTAATCCCAAAGAAAGGTAATGCCAAAGAATGCTCAAACTACTGCACAGTTGCACTCATTTCACACGCTAGCAAAATAATGCTTAAAATTCTCCAAGCCAGGCTTCAACAGTACGTGAACGGAGAACTTCCAGATGTTCAAGCTGGATTTAAAAAAGGCAGAGGAACCAGAGATCAAATTGCCAACATCTGTTGGATCATCAAAAAAGCAAGAGAGTTCCAGAAAAAACATCTATGTCTGCTTTATTGACTATGCCAAAGCCTTTGACTGTGTAGATCACAACAAACCGTGGAAAATTCAAGAGATGGGAATACCAGACCATCTTACCTGCCTCCTGAGAAATCTGTATGCAGTTCAATAAGCAACAGTTCAAACTGGACACGGAACAAAGACTGGATCCAAATAGGGAAAGGAGTACATCAAGGGTGTATATTGTCACCCTGCTTATTTAACATATATTCAGAGTACATCATGAGAAAAGCTGGGTTGGATGAAGCCCAAGTTGAAATCAAGATTGCCGGGAGAAATATCAATAACCTCAGATATGCAGATGACATCAACTTTATGGCAAGAACCATAATGGCAAAGAGCCACCCATATGGCAAAGAGCCTCTTGATGAAGGTGAAAGAGGAGAGTGAAAAATTGGCTTAAAACTCAACATTCATAAAGCTAAGATCATGGCATCTGGTCCCATCACTTCATGGCAAATAGATGGGGAAACAATGGAAATAGTGAGACTTTAATTATTGGGGCTCCAAAATCACAGCAGATGGTGACTGCAGCCATGAAATTAAAAGATGCTTGTTCCTTGGAAGGAAAGCTATGACAAACCTAGGCAGCATATTAAAAAGCAGAGACATTACTTTGCCAACAAAGGTCCGTCTAGTCAAAGCTATGGTTTTTC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Seq C2 exon
CAGATCCATTCTCGGGTCTGCGCTATTCAGCATGACATTACAAAGTGAGCCTCCCATGGAAATGATTGCTCCAGGAGTGTGGGATGTAAGTCAGCCATCCCCAGTGACCCTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020715:ENSBTAT00000043102:12
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0079219=PI3K_C2=FE(33.3=100)
A:
NA
C2:
PF0079219=PI3K_C2=FE(29.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]