BtaINT0112887 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000032515 | PLA2R1
Description
Bos taurus phospholipase A2 receptor 1, 180kDa (PLA2R1), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_175051]
Coordinates
chr2:36471425-36480750:+
Coord C1 exon
chr2:36471425-36471582
Coord A exon
chr2:36471583-36480685
Coord C2 exon
chr2:36480686-36480750
Length
9103 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCGGTACTT
5' ss Score
5.56
3' ss Seq
TCTCTCTGTCTTTTAAATAGCTA
3' ss Score
8.24
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCACCCTGGCTCTTTTATCAGGATGCAGAGTACCTTTTTCATATTTCTGCCTCAGAATGGTCCTCCTTTGAGTTTGTCTGTGGCTGGCTGCGCAGTGATATTCTCACTATTCATTCTGCACACGAACAAGAATTCATCCACAGCAAAATAAGAGCG
Seq A exon
GTACTTAAATTTAATTAACTATGAGAAACTCAGAGCTTAACTCTTCTTCAGTCCTTGAGGGGTTTTGTTTTCAAAAGACCAGACATTAATTTGTTTCATTGAAAGTCTTAGATTTTTAAGAATTGTTTTTCTTCCTGTTACAAAGATTTAGAGAAAATAATGGAAACACAGGTTTACTATGCTTGTTGGTTATTTCACTTCCCATGCTTTTTTAGCAACAAGGATGAGTGAGTAGCATTTTATTGTTTTGTGAGGTTCATTCCATCATTCAATGTTTATTTATTCTGCATCTACTATTCTAGGGACTGAGGTTTTATCAGTGCTTCCAAAAGACCAAAATCGCTGCTCACCTGGAGCTTATAGTCTAGTCTAGGCAGGAAGACTGCAAGCAATACAAGTAAATAGAACTACGTAGTATTTTAGAAAAAGATACGTGGATAGATGCATGCAGGAAGATAAAGCATTGATGAGGGACAAGGACTACTGGGAGGTGCATGCTGTTTTAAAATTCCAAATTTTACTTATAAGAGTACAGTATTTTTTAGACTCTACAGAAAATGGTAAGGAGTGGTTCTACATTTCAACTTCAGATAAAGACTGGACTTAATCCTTTGAGAAGCTAGGCTAATTAGGAGCATGGAGAATCTGTTACATATGAAATAGACTACCAAGGAATAGTGTCAGGTTTTCCATGTATTTCTTCAGCAAGCATTTATTGAGCATTAGCTTGGTCTCAGGCACTGTGGTATTTGTCAAGGACACAAAAATGTCAAGGACACAAAAATGAGATACAGTCAGTGTCTTTAAAAAGCTGGAAATAACACAATGTAGTAAGAGAAAAGAGAGCAGTCTGTACAAATTACCAAGGGGGCACCAGGGAGGAACAACCTCATTCCTAATTTTCCCTAGGAAATTGTTAAAGGTAACAGAGAGCCTTTTTTCTTTTTCCATAATTTAACATTCTTTCATGGTCTCCAGGAATCCTTTATTGCTCTATCATCTTTTCATATGTTTGTAAGTTAACTGTTAAAATGAAGTTCTATGTTAAAGCATCCTTGACTTGTAAGAGAAATGTCTTCCCTCACATCTCACAGGGCTTTCCTGTGTCTGTAATTCTCTCTGATACACATACAGTGAGGAGGATGCAGGTTGGGTCCACTACTGAGTTTTGATGGAAAAGCCAAGAACCAGAGGGTTTAGGTGACAACTACACTGCCCCACAGAGACACAGTGGCAGACCAACCAGGAGAACAGGCTATCCCAAATATCGGTTCATGCATTATATTACTACTCTTCATCTCCTACAAATGGAACACTCAAGTCAAAACCAGAACATTAAGTATCAATGAGTTATATATCACAACCTCAGAAAATACATTTGTCTCTTTAGCTAGACAGCAGAGGCAGACCCCTTGCCCCAAGTGGCAGTAATAAGAGACCAGGTGAATGGCTAAAAACCAATCTATCAACATGTAAAGGGCACATCCCAAAAGGAAGTGATAATTGGCCAATACTTACTGTAACAGTGTCAAGCACTGCGAAGCACCAATGTTTAATGGCATTCAATCTTTCTAACAACTCTCTGTGGGAAGTCTGCCATCAGCAGATTTTACAGATGAGGAAGCTAAGACTCTAAAGAGGTGAAACAACTTGGTTACACAGCAGCTAGGCAGTGGAATTTGGAAGTGAACTCGAGTCATCTGACTTACAAGGTCATTTTCAAAAACCGCTGTGGGCAGCAGAACAGCATATGCATTATATTAAAACAATCCATCCTCTGAACAGTAGCGCTTGTATATTGTCGGTGAGAATGTAAATTGGTGCAGCCACTGTGGAAAACAGCACAAAGCTTCCTCAGAGAATCCAGCAATTCCACTCCTAGGTATATACCTGGAAAAAATAAATACACTAATTTTAAAAGATACACGCACCCCAATGTTCATCAGTCAATTCAGTTCAGTTGCTCGGTTCTGTCCAACTCTTTGCTACCCCATGGCCTGCAGCACGCCAGGCTTTCCTGTCCATCACCAACTCCTGGAGCTTGCTCAAACTCACGTCCATTGAGTTGCTGATGCCATCCAACCATCTCATCCTCTACCATCCCCTTCTCCTCCTGCCTTCAATCTGTCACATCATCAGGGTCTTTTCAAATGAGTCAGCTCTTCACATCAGGTGGCCAAAGTATTGGAGTCTCAGCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAATATTTAGGATTGATCTCCTTTAGGATGGACTGGTTGGATCTCCTTGCAGTCTAAGGGACTCTCAAGAGTCTTCTCCAACACCACAGTTCAAAAGCATCAATTCTTCGGTGCTCAGCTTTCTTTATGGTCCAACTCTCACATCCATACATGACTACTGGAAAAACCATAGCTTTGACTAGATGGACCTTTGGGGGCAAAGTAAATGTCTCTGCTTTTTAATGTGCTGTCTAGTTTAGTCATAGCTTTTCTTCCAAGGAGCGAGCGTCTTTTAATTTCATGGCTGTGGTCACCATCTGCAGTGATTTTGGAGCCCAAGAAAATAAAGTCTGTCACTGCTTCCATTGTTTTCTCATCTATTTGCCATGAAGTGATGCGACAGGATGCCATGATCTAGTTTTGTGAATGTTGAATTTTAAGCCAGCTTTTTCACTCTCCTCTTTCACTTTCATCAAGAGGTTTTTTTGTTCCTCTTTACTCTCTGTCACAAGGGTGGTGTCATCTGCGTATCTGAGGTTATTGATATTTGTCCCGGCAATCTTGATTCTAGCTTGTGCTTCATCCAGCCTGGCATTTTGCATGATGTATTCTGCATAGAAGTTAAATAAGCAGGGTGACAGTATACAGCCTTGACGTACCCTTTTCCCAATTTAGAACCAGTCCATTGTTCCATCTCCAGTTCTAATTGTTGCTTCCTGACCTGCATACAGATTTCTCAGGAGGCAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCCATCTCTTTTAGAATTTTCTAGTTTGTCACGATTCACACAGTCAAAAGCTTTGGCATAGTCAGTAAAGCAGAAATAGATGTTTTTATGGAACTCTCTTGCTTTTTCTGTGATCCAGTGGATATTGGCAATTTGATCTCTGGTTGCTCTACCTTTTCTAAATCCAGCTTGAATATCTGGAAGTTCTCAGTTCACGTACTGTTGAAGCCTGGCTTGGAGAATTTTGAGCATTACTTTGCCTAGCGTGTGAGATGAGTGCAATTGTGCAGTAGCTTGAACATTCTTTGGCATTGCCTTTCTTTGTCATTGTAATGAAAACTGACTTTTTCCAGTCCTGTGGCCACTGCTGAGTTTTCCAAATTTGCTGGTGTATTGAGTGCAGCACTTTCATAGCATTATTTTTTAGGATTTGAAATAGCTCAGCTGGAATTCCATCACCTCCACTAGCTTAGTTCATAGTGATGCTTCCTAAGGCCCACTTGACCTCACACCCCAGGATGTCTGGCTCTAGGTGAGTGATCACAGCATCATAGTTATCTGGGTCATTAAGATCTTTTTTGTATAGTTCTTCTGTGTATTCTTGCCACCTCTTCTGAATATCTTCAGCTTCTGTTAGGTCCATACAATTTCTGTCTTTTACTGTGCCCATCTTTGTATGAAATGTTCCCTTGGTATCTCTAATTTTCTTGAAGAGATATCTAGTCTTTCCCATTCTATTGTTTTCCTCTATTTCTTTGAATTGATCACTGAGGAAGGCTTTCTTACCTCTCCTTGCTATTCTTTGGAACTTTGCATTCAAATGGGTATATCTCTCCTTTTCTCCTTGGCCCTTTAATTCTCTTCTTTTCTCAGCTATTTGTAAGGCCTCCTCAGACAACCATTTTGCCTTTTTGCATTTCTTTTTCTTGGGGATGGTTTTGATCACAGCCTCCTATACAATGTTATGAACCTCCATCTGTAGTTCTTCAGGCACTCTGTCTATCAGATCTAATCCCTTGAATCTATTTGTCACTTCCAGTGTATAATCGTAAGGGATTTGATTTAGACCATACCTGAATGGTCTAGTGGTTTTCCCTACTTTCTTCAATTTAAGTCTGAATTTTGCAATAAGGAGTTCATGATCTGAGCCACAGTCAGCTCCTGGTCTTGTTTTTGTTGACTGTATATAGCTTCTCCATCTTTGGCTGAAAAGCAGATAATCAATCTGACTTCGGTATTGACCAATCTGGTGATGCCCATGTGTAAAGTTTTCTCTTGTGTTGTTGGAAGAAGGTATTTGCTATGACCGGTGTGTTCTCTTGGCAAAATTCTGTTAGTCTTTGCCCTGCTTCATTTTGTATTCCAAGGCCAAACTAGCTTGTTACTCCAGGTATCTCTTGACTATGTACTTTTGCATTCCAGTCCCTTATGACGAAAAGGACATCTTTTTTTGGTGTTGGTTCTAGAAGATCTTGTAGGTCTTTATAGAACCATTCAACTTCAGCTTTTTTGGCATCAGTGATTGGGGCATAGACTTAGATTACTGTGATATTGAATGGTTTACCTTGGAAACAAACAGAGATCATTCTGTCATTTTTGAGATTGCACCCAAGTACTGCATTTTGGACTCTTTTGTTGACTATAAGTCCTCCTACATTTCTTCCAAGGGATTCGTGCCCACAGTAGTAGATGTAATGGTCATCTGAATTAAATTCACCCATTCCAGTCCATTTTAGTTCACTGATTCCTAAAATGTTGATGTTCACTCTTGCTATCTCCTGTTTGACCACTTCCACTTTACCTTGATTCATGGACCTAAAATTCCAGGTTCTTATGCAATATTGTTCTTTACAGCATCAGACTTTACTTCTGTCATCAATCACATCCACAACTGGGTGTTGTTTTTGCTTTAGCTCAGCCTCTTCATTCTTTACTGAGCCCTTCTCCAGTAGCATATTGGGCACCTACCAACCTGGGGAGTTCTTCTTCCAGTGTCATATCTTTTTGCCTTTTTATATTGTTCATGGGGTTCTCAAGGCAAGAATACTGAAGTGGTTTG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Seq C2 exon
CTATCAAAGTATGGTGTAAATTGGTGGATTGGACTTCGAGAAGAAAGAGCCAGTGATGAATTTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000032515:ENSBTAT00000046112:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005916=Lectin_C=PU(32.1=67.9)
A:
NA
C2:
PF0005916=Lectin_C=FE(18.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]