DmeINT0033725 @ dm6
Intron Retention
Gene
FBgn0044510 | mRpS5
Description
NA
Coordinates
chr3L:24537363-24543534:+
Coord C1 exon
chr3L:24537363-24537616
Coord A exon
chr3L:24537617-24542409
Coord C2 exon
chr3L:24542410-24543534
Length
4793 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
ACCTTTTTGTTTACTTTTAGTAC
3' ss Score
9.2
Exon sequences
Seq C1 exon
TCTTATAATTGTTTTAATTTGGTCTTTTTTTGTAGCGTTACTGCTAGTGTTGCTGTATTAACCTCATAAATATCCTCAGTATCAAAACGTCTTAATAAATTCATATGTAAATATGAGTCAAACATTGATCCGTCGTCTCTTCAATCAAGCTTGTAGCAGAAATATTTTTATTTTGAACCAAAGCTTGTTATCTTCACATGAACCCATTTTACCAGGTTACATTGGTTTACGTAATACCAGCTTCTTTAACAAAT
Seq A exon
GTAAGTAAAATGTTTTAATTCAATAAAAGAGCAGAAATGTTTCTATCTGCCATTGGATAAAAATGGTTCTAGGTAGTAGTAATGGTGCAAATAAAATGAAACAAGGAATTCTTTTTCTGGCTGATTTACAGTGAAATACAGTGGGTCAGAAATTATTTCCACGAGGTGTAATTTGAATCTTTCAAAGCCTTTAAAAGAAAAATGTCAGAATCATTATGTATTTTTTATTTAAACAACAATGATTTATTATTTTCGTGTATTTTTACAAATATTATTTTTTCCTCATATTTAAAGGACTTTGCAGTAATAATGACCCTTCGTATTTAGAAGTATCGGGTCACTAGCCGAGTCGATATGGCCATGGACAAAAAACTTTTTCCACGCTTACAATCCGCCCAAAACTACTGCGACCATACTTTTGAAAAATATTTACAGTTTTTCTTTATATTTCAGTCTTGAAAATGTCTCTGTATTTTCTTATAAATATTTGAAAACCCCACAAAAAACGTATTATTTGACTTGCAAATTTTTTCTCGGTATAAAAAAAACCTTTTGGCCATGCTCCTTTAACGCCCACTTACCGGCCAAAACTTTAAATTTGTTTTCATTTTATTTGTCATTTTCTCAATTTTTTGAGATGTCTGAATATGTTGAAATTTCTAGTTTGCACTTTCACTAGCCAAAGACACTAGAATAACAAGATAAGTAACGCTCATACATTGGTTTGGCACTATGCAGCCACTTTTTTAGTGACGGTTTAATTTGCTCTCTGTCCGCTTGCTTACGCTGAGAGCGTAAGAAATCTAAAAATAGAATTTGCTTGCTTGTGCGCACTTTTTAAATATATCAAATTGGAATAGACAAAAAAAACTGAAACTGAACAACCGAATCTATTAAAAATGGATAATTTACATACATCATATTCATATTAAGTCAAATGACTTCATAAATATACTTAATAATTAAAGCAAATACAAAGGAAATTATTATAACTACTGTAACTAGTTAAATGTTAAATTTTCCAAAAAGAAGACATAAGAGAAATAAATATTTCATAAAAATAATACGTTGTAGAAAATAAAAATTTATAAAATAAACTGTTTATTGCAAGTCATATCTTGAGGCACGAAGTGCGGACACAAGCACTCAACAATCATTGTCGCATGCTGAACACTCTATTGACAAAAATTCGAATAAAAAGTAATTTTTGAAATTTATTTTGTGATATTATGATTCGGCTATTACTATTTCTAAGCTATATTTAAATAATAATAACGTTAAGGCAATGCAAAACAAGAATTTTTCGCGTGGTGGCAATTGATTAAAAATAATATAGATTTAAAGTCTAAGAACTTCTAAGGTGAAGGGCATATTTTGTCAAATTTAAAATGCATGATCATACACACTGTAAAATAAGTTGAATTTTTGACTTTAAAGCTAAAAATTAAGAGTTTTTTGCTTAATTAAACGCAATTTTTTTATAAAATATAATTAAACAATATTTATTTTATCTATAAATCACAAAAACAAATTAAAAATATTAAATATACAAGAAAATAAACAACAAATTCCAAGTTTACACACTTTTGAGACTGTCAAGAAACAGCACACTTTGAGAATTTATCAACACACGTTAGGAAGTATTTTTGTGTGTAGAAAATACATCAATGTGTTAACGTTCTCCTGCGTAGGTGGTGATTGGCATTTCTTGGATGTCATTCAAACTTAGCCCTCGAGCAGACCTTACAATTTGCAACAATTTGCTGTTAATTTCATGTTAGGAAAAAAATAGTCACGCATTATTTGCTTAACATTTTCCTGTGCCGCTCGGTGGGCGCGGTTGTGTTTTGCCTGTACTTTTTCACTTTGCTCCGATTTAACTGGGAGTTACCAAATACTTTGAGTATCGAAATTTTGTTGACGAGAAAAGTTCGATCAGTGTGTGTTGTTTAAAAGCAAGGATCGGTAGTTCGCAATGGATTCCTTCGACGATCCCTGAATTTACTTCGTCTTTTAGTGTTTGGAGAAGAGTGCTCCGATTAGAGATCCATTCTGAAATAGCACGAAGGTTCTAACAGATAGGAAATCAGATTCCTCAATAATTAACTGATTCCTGAAGCAGTTCACTGATTTGTCAGTAGTCTCTATAGTGTATGTCCATAGCAAAGAATCGCTGACCTACACTATAGAGACTACTGACAAATCAAATCAGTGTAGGTCCATAGAAAAGAATCCCTGACCTACACTGTAGAGACTACTGACAAATCAGCCAGTAGTCATCTTATCAGCGGGTGATGATCTGTATAGATGTTGAAGTTTCTCACACCATACAGGTAATTTCTTAAATTTTTTAAATTTGTTGCGAGATTTTGTTCGTTACTCCGTAGTTCCCGAGAAATAAGTGTAATGGGGCGACCTTCTTGGGATAGCACTGCTATATATCATACCCCGAGGCATTTGTTGTTAGGTCAAAGGGTTTTTTTATCTGGATATCTCAAAACGACATCTTCAGAGGTTCATCTTCGTTAGTTCAATAATCACTCTCCTTGAGTGATTAGCACTTATTTTGCAATTTTCGCCCTTTAAGACGTCCGTTAGGGGTCTGGCGAATCCCTTGATAATAATAATAATTAGGTAGCCCTAGATATGATCTAAGTGCAAAAAGGGTTCAAGGGATTTGAAAATTTTGTAAGGCTTGTACCTTATCTTGCGAAGTTTGAATTCCACCTCTGGACACAGTAAATCCCAGATAGTCCACATTATTTTCAAAGAACTTGGATTTTTCCTGAGACACTTTCATGTTAACTTCATCAAGGTTTTTAAAACCTGCTTCTTGTGGTCCTCTTTTTTTTTTGGAAAAAATTAGGAATTAAAAAAAAAAGAATTAGGAAAATAAGTTTCCTGATCTATGACCATTCTTTTCTTTTTATGACCGAATTCATCGACACCTTTTTTTATCAACAACCCAAATAGGGTTATTGTAGGGCGATCTTGATGGTCGATTGATGTCGTTTTCTAGAAGTTGATTAACTTCTGAATTAACAAAGTCACCTACACCCGTAGGGTATATGTATAACCCGTACTACCCTGGCTCATCATATGTTCGTATGGTAGCCAGTGTTTATATTGTAGGGTACCGACTCGTTTGGGTCCTCAAATGCATTTGATCTAGATTTGAGCATGATATCGAAGGATTCTTTTATAGACAAAGGTACGTCAGAGTCATCGACCTGTGTGAAATTTACATTGGGAAACGTTTTGAAGTTAAGCAACCGGGTGTCGCCTTTAAACCTAATGATACCGTTACTTAAATCAAGTTATCCGTCAACGTGCATAAGCAGGTTAAGTCCCACTATACCGTCAAAATCTTTAAGAGTTAGTTATATGAAGAAAAAGGTTGTTTTATTGAACAATTCGATCGGACATTTTTTTGCCCCCATTGATGGACGGAACCTGAAAAGATTTTTCAAAGGGAAAGAAATTTTTTAAGGTGGTAATCGTAAAAAATTACAGGAATCATTGCTCACATCATCTTCATATGCTTGAGCATTTTCCTCAGCTAGGGACCGGTAATCATTATCAACAGGGTCCTGCTCCTGAATAATTTACATTCTGCAGGCTCTGGGTTGAGTTAGCTTTCTTGCATAATAATGTAATGCATCCTTTTTTAAGTGCTCATTTAAAACAGCTGCCTCTGCAGGATAATTTCTTATGATTGTTTTTTTACTTCGTCATAGTATTCTAGTCTAAGAGTACCGAGTTCCTATAAAATAACGCGTACTGGCTAGTCTGGCTATAATCAAAAAAATTATATCTCGTTGTTATATGATTGTGATGTTTGTGTCTAACAATCATCCATTGCAGCAAAATTCGAAATAGAAATTACGTTCTCAATTGGCATAAAATTAACATCAATAATATTGGTAGCGCCAAAAGAAGTCGTTTGGATGCAATTATACTTTTGAATGTAAGGGAAGAAATGTGTTCAAACTGGACCATCACCAGACAAAAGATTGCAATGGCTCTGGTGGAGGATATTATGGTGGTAATATGGTCTGTTTTCTTTTTCTTGATCATCAATTGCAGCAGAACGGTCCTCTCCCCACATTATTGTTTTTTTCTTGAACGGATATCTTTTCGATGCTATTTACGCAGCTCATCAGTCTACTGTTCTACTTCGAATTGCACGATTTGAACGTCGGTGGAGCGGCAATATTTCACTAAGACAAAGACGTTGAAAAATCGCTGTAAAAAAAGCAGTTAGAAATAATTTTAACAATCAATCAAGCCACGGTGCCGGTTGAATGCACAAAAACAGATAATAAAAAACCCGAAAACTCGAAATCGATTTACGGCTAACCTCAATTAGCAATACTTTTAAAAAACACACACGTATTAAAACACAAATATATCACAAATCCGCGAAAACAACAATAACAAGTCTCTTTTTTTATGTTTTCTCTAAGACTCGTTCAATTTTTATCAAAAACAGCAAAGAAATATTGTTTCATAAGAAAATGTTCCGATGTCAAATATTAAACTAACGAATGTGTTGACGTTTGTAACAAATTTTTTCTATTTTGCGTTTTTTTTTTAAAGATTTTCTCGAATTTACACATAGCCAAATTTTTGTTCCCAGAAAATACGAAGCCAACAGAAAAAAATCCAAATCGGACTTTAGGAAGTCGTAGAAAGTCCAACTTTGATTTATTTATAATATATTAGAAATAATATTTTGAAAGCAAATAATTTAATTTTACTCAACTAATTAAAACCTTTTTGTTTACTTTTAG
Seq C2 exon
TACCTGCTGAAGACATTTGGCGCGGAGTAACTGCGGTTAGCAATGCTGGAAAAAAAAGAGGCCGTGGGAAAGGAAGTGGAAAAAAAGTTGCAAAGGATCTTAACAAAGGGCAATCTATCGGATTCGGAAAATGCGGTCGCATATGGCCTGGATTGAATTCACCTCTTATACGAGGAAACGAGTTAATTAATCAGCAGAAACTCAATGAGAATTTAGATAGAGAAAATGGTATTTTAAAATTACGCGATTCAATGGGAAGTTTTAAATTGATGAAACTAAATCCAATAGACCGAGGTTGGTCTGGAAGTAAAATGCCCGGCCGAAGCATTGGACCTCCTGATCCTGTTGGCGACGAAGAGTTTGTGTCATTTGATACTAGAGTTTTAGAAAACAAAATTGTTTTTATTATGAAAGGAAATATGGGAAGAAAACGAAGATATTCCGTTCTTTCAGTCACGGGAAATGGTAATGGTTTGGCAGGATTCGCTACCGCTAAAGCGCCAGAAGTTCGTACGGCCCTTCGAAAATCAAAGAACCGAGCAGGACAAAAACTAATCAATATAAGCCTTTGTGAAAATAGAACAATTTTTCATGACTTTCGTACAGATTTCGGAAAAACAAAAATTTTTTGTTTTCAGAAACCTGATGGATACGGCTTAGTCTGTCACCGGGCAATTCAGACAATTTGTAAAGTTATAGGTATCAAGGATTTATATGCCAAAATTGAGGGGTCTACGAATATCCAGAATATTGCAAAGGCATTTTTTATTGGTCTGATGACGCAAAGGTCCTATCAGTATATTGCTAACGAAACAAATTCAAACATTGTTCAACTGCAAAAGACAAGAAATAGATTCATTGATGTAAAAGGAATGCCTTTTCCTAATTCAACTCTAACGCAGAACACCCAAGAAATTGACTATATGCATTTCACATTAGGAAATCAAATAGTTTTACAGCGAAAAGGCACAGTACCATTTTATGTTTATAGCAAAGGACATGACTTGCATCAATTTAAAAAGGAGCGATTTCGGAACCAAGTTAATGTTCGGCTACACAAGCTAGTTAATGCTTATGATTAATTTATGAAATATTAAAACTGTTAAATAAAAATGTAATATTATT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
FBgn0044510:FBtr0111146:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.103
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0033315=Ribosomal_S5=WD(100=18.8),PF0371910=Ribosomal_S5_C=WD(100=20.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
FBpp0110438
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
FBpp0110436, FBpp0110439
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Neural diversity
- Neurogenesis
- Neuronal activity
- Splicing factor regulation (brain)
- Splicing factor regulation (SL2)