DreINT0006643 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000078541 | CERS3 (2 of 2)
Description
ceramide synthase 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:23752]
Coordinates
chr7:9690359-9693714:+
Coord C1 exon
chr7:9690359-9690451
Coord A exon
chr7:9690452-9693585
Coord C2 exon
chr7:9693586-9693714
Length
3134 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTCAGT
5' ss Score
8.68
3' ss Seq
GCAAGCGATTCTGTTTTCAGGAC
3' ss Score
7.08
Exon sequences
Seq C1 exon
TCCATGTTAGACTCACAGTATTGGTATTATACTGTGGAGATGAGTTTCTATTTATCGCTTGTTCTCAGAATAACCTTCGATGTCAAACGAAAG
Seq A exon
GTCAGTATTGCTGCATAACACTATGTACTAGAAGCTTTTTTAATTAAATCTGTTTCCATTGAGCCTAATTGTTTATCACATTACTTATTAGCCCCCAGGTAATACGTTTATTTCAGAGGTGTATGACTTTTGTAGACTTTTAATTCCAGGCAAACAGTTTTTTTTTAAACCTTTATTTGAATATGGCTACATAATATTAACCTTTACAATGTTTTCAAGAATAAATCTATGACAGAGGCCCTCCACTTTTCAGCCGATCAGGTTGTGCATACCGAATGAACAAAATGATCTATAGCAATATCTATTACCCATAGTTAATTCTTATTCTCATATTCTCTGCATTCCTAAGTAAAATTTTGTCTCCGCAGCTTTGTGAATAGGTTTTAAGATAAAACTTGCAGCTTAAAACACTGTAAAAATAATTTAGTTGGCTGTACTTTAAAAAAGTTAAGTAAATCCATTGCTTTTTAAACCGATTAGTTTGTTTTACTTTAAAAACTGAGTAAACTCATGGCCTTAACTTAAAAGACACCTATGATGAATATTAATGAATATTGATTGAATATGTTTGGAAGCTGTTTGGACAGAACTGTGTGTAGGTATGGTGTGTCCACGATCACACTGGTGTGATATAAGCACAATAAGTCTCTTTTTTTTAAATTACCTGATGTTTAAAAAGGATCCAAATCCCTCCTATTTTGAGGCCCACTGCAATGTGACGCATGAGTGTGTTCCCCGCCCACTAAATTGATTGACAGCCTATTTACAGGTCTCCATAATAATGCATATTCTCATATTTACAAGACAGGACATGCGCAAAGCAACTGAGATGAAAAGATCTGTTCGGCTCTCTGTGATCATCTGCACCTCAAGAATGAGTTTTACAAGTTTAAAAAGTTTCCAAAACAGTATATGTTTGTAATAAAGACAGTAAAATAGCTGTAATTCATCACCACTGCGGCATGTCAGTACAATTGTAAAAGAAGACGCCTCAATCCCGGTTTGTGGACCTTAAATGAGTTTATTTTGTACATTAACACAACGGATATCCATACAGCAGTGGATATTATTGTGTATCCTGTCATATTTGTTGTGAAAAAACAGTGCTAAGCTGAAAGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTGCGTGCTAACTTTATAACAACATTGTGTGTGACTCATTGTTGCAGAAAGGCTTGAATTAACTCCACAACAAATGCATCAAGTAACCATTGTGAAAGTTCTTACTGTAGTAAGAGAGATCTGCTTCATTCTTGTCTGTCACTGTGCTGTTTATCTAGATGAAGGCTACTCTCTATGGCTCTGACATGCACTTGGGAATGTTTTTGATTTCCTAATAAATAATAAATATTAAATTTCATTTTAAAATAAATTGTCACATTATTTATTTATTTATTTATTTATATGATTAATATATGATAGAATACGTGTTAGCTTTTGTAAGTGATGTTTTAGAGTAGAATATGTAATCTCCTCAATAATATTTTTAAAGGAAACATAGGCCCTATATGTGCCATTTACATATATTTCAATTAATATAAAAAGCGATTGCATTTTTTAGCAAATCTAATATTGATTAGATATTATTAGATAATATTAAATAAATGCATGTGCGTTTAAAACAGTATAATTTGTGCAAACAAATGATGGGGTTCTTCTCTAAAGAAGTTGTTTCTCCACCTCTGGTCAGGAAGGCTCACCTGCGCCTATTTTTTTTAAGGCAGCTTAAGAAGAACCAGCTTTCATCAGCCGTCTTGGTGAACTTCTAGCGCTGCACAATAGAAAGCATCCTGACCAACTGCGTCACAGTCTGGTATGGAAGCTGCTCTGTTGCTGAGCGTAAGGCACTGCAGCGGGTGTGAAAACTGCCCAATGCATCACAGGGACCACACTGCCAGCCACAGGGGACATTCAGAAGAAACACTGTCTGCGCCGAGCACGGAGTATTCTTCTGGACACCTCTCACCCTGCTCACAGACTGTTTTCTCTCTGCCTTCAGGCAGGTGCTTCAAGCTTCCCCGGACAAAAACCAGCAGACTGAGGAACAGCTTTTTCCCCAGAGCTGTCTCCCTTCTGAACTCTGCCCCACACGGACTCTTTTGCCCTTCATATACACCCCCCACTCCCCTCTAACTTATACTCCTCACAATCACTGCACTGTTTAACATTTGCACATTTAAAATTTGCACATATTCATTGCACTACATTGCACTGATTCACTTATTTGAACTGTACATACCCACTGCACATGGACATTTGTAATTGTTTATCTATCTGCACACTTCTGATTATTAATAGCATCCTTTACATATATTCATTTATTGTAAATCTCTGTTCATAGCTAATACAACCTGTATATATTGTTCATAGTACATCCATGTGTAAATATCACTATAGTTTTTTAATAACTGCACTTTATAACTTATACCTGTATCCTGCACTTGCTGCTATTGCACTGCTGGTTAGACCTAAACTGCATTTCGGTGCCTTGTACTTGTAAATGTGTAATGACAATAAAGTTGAATCTAATCTAATCATTATGGGGGTTTTACTTAGTCCGGAACATAGTTCAAACGATTGATCTGCCACCGAGAAAGTGTGGGTTTTGGGAAACACTGGTCACTACATCGTTCTTTTCCCAAACGATGCATCGTACTATTATAGTTCAGCCGTGATTTACGTCATTGTTTGGGAAATGCACCCCTGGAGGACTTCAGATAAAATGCTTTAGAATCCAATCTCCGATCATGAAAAAAACAACAACAAAAAACTAAGATGTAAGATAATGACTGAACTCTATATATTTAACCTATATATTAATTTGGTGTTTTCATTATTTAGATTCAGATCTCATCTGTTATTCAAGAACTGGTTAAAGTCTTTCCACTGCAACTTAAGCCAAATAAACACATTCAAATTCAAATGTTATCTGAAGCTAAAATGTAAGAGCTGATTAAATCTAATATTCAACAATTGATGAAATGAGAAATGTGCATGGCTTCAATGCGATGTAAATTGATTTGGATAAAAGCATCTGATCAATGCAATGCTGTTTTGTTTTCTGCGACAGAATAAGTGTAAAAATAATACTGCAAGCGATTCTGTTTTCAG
Seq C2 exon
GACTTTAAAGAGCAGATCATCCATCATTGGGCCACACTGACACTCTTGGCTTTCTCCTGGTGTGGAAACTACATCCGCGTCGGGACATTGGTCCTGCTTATTCACGACTCCTCAGACATCCTTCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000078541:ENSDART00000113396:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]