DreINT0009180 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000094282 | DNAH11
Description
dynein, axonemal, heavy chain 11 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2942]
Coordinates
chr16:19385260-19392082:-
Coord C1 exon
chr16:19391963-19392082
Coord A exon
chr16:19385503-19391962
Coord C2 exon
chr16:19385260-19385502
Length
6460 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAA
5' ss Score
4.79
3' ss Seq
AATGTAACCTGTCTGTTCAGTTT
3' ss Score
5.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACCATGGGAGGATCTTTGTTATCTGTTTGGAGAGATCATATATGGAGGACACATCACTGATGAGAGAGACAGGATGCTCTGCCGCACGTACCTTCAGGAGTTCATCAATCCCAAGATG
Seq A exon
GTAAAAATATTCAGGGCAGTGCAATATACTATAACACACATTGGAAATTTGATCAAATCACTGTTATATGTCTTATCATGTTTTAAGAATCACATTTGAAGTATTTGAAGGTTCAGTAAACTAGCAGTCATTTGCCAACTTTAAAGTTACAACACTGATCTATATTAGAGATCTGCATTGCTTATGACTGGATTGCTCATAATAAAATAAAAAGAAGCTTTTATGGTGAGGGTCATTATTGGACGAGGCAACTTATATGAAGATTTTAAAACAATTTGGGAAGACACTTTGTAAACCTGATAGTTCACTTATTTATAAATGAGAAATATACATAAATATATAATACACAAAAGGCCTAATAAAGATTTTATTTACAATTTAGTACTAACTGAGCTCTTTCTGATTTAGTGTACAGTGATTTGTTTGAACTTTGTGCTTGTTTAGTCAAGTACTGTAATACAATTTTAAGATTTAAAGAATTTATTGGTAAATTAATTCATGTAATTTTTTTTTATATGGCTCTGTGTCTGCTTTACAAAACGGTGTTGTTTCCATAATTGTCAGGTGGTTTCGCCATTGGAGTATGCATTGGAATATATAATACAGTAATAAAGTATTTTATTTATTATGCTGTTTCTCAGTTGTCACTACTCTTGCTTCGTAGGAAAAGAAAACTTCAAATATGCACATAAATCAATAAAGTTTGAAGCGAACCTTTGAACAAATTTGTCACATTTTAAACTTCATGTTACACTTGTAGAATGCACAGTGGGTCATTCTTGCAGCGGATTGACCAATTATTCAGGGCAACTTCAGTGCTCTCTGGCGGTAGGGAATTGTAAGATGGCAGATTAAACATTTCCTGTGGCTTCACTGCTTCTACGCAGTTTAGAAAGCAATGAGCAATCCAGTCATTCTACTGTATATAGATCAGTGGGTGCAAACTGTTTTAATATATTAATGCAATATACATTCACAGGGCACTTTATTAGGAACATCTGTTAATGGGTTTGTAACTTTATTTAAAACTGCAAAAATTATTTATGACTTACATTCAGCTATTAGTCCTCATAGATTTTGGTTTACAGTAAAATGACATGCAGATTTTTCATCTGTACATCCATGATGACATTATACCGAATCCCAGTATCACTCTATTGCATGTGCTTCCTAACAGTATTCCTGAAGGACACAGACAGAGCACATTTTGGATTGGTTCCTTTTCTGAGCCATATATTAATGGGTTGATTCAGGTGTGTTTGATTAGGAACAGCTGGAAAATATTGTCTAGGAAGAGCTGGAAAACAGCTCTATTGGATTTAAACCTGGTGACTGTGGAGGGAAGCTGAGAATAGGGAACTGATTGACAAAAATAGAACAGACTGATATTTTCTGAACTTTGCCACAATACGCTGTAGGCACAACAAGATAACAAAACTGTGGTTATAAAGTTGTAGACATGATCACCATCAATTCTTAGGTAGGCTTTAGCATGTAAACAATGCTCAATTGGTGCTAATGGCAGGGCCGGATTAACCAATGGGCATTATGGGCACAGGCCCAGGGGCCCATGTGCACTTGAGGCCCCTGCGAGGGGGGCGGAAATGCCAATTTTGGAGTGTCTATTTAGGCTAAGTGCAAATAGCGCACCTCGTTGGAATAAGCTAGTTGAGTGATTCTCGCGCATCACCGTTTGATTGACAGAGACAACATAACTATAGAGAGCGGCAAACAGCAGCATGAGTGGCGTAGCTCGTAAAGCACATAGCAACATGTTTTAACCCGATCGATCATGAACCCGGTTCGAATCTTGGAAGACTCAGATTCATAGAACTGAAATGGAGAGGTGTTATATCCAAATCATATGCAGTTGAACTCTCAAGTGTTTTAAAATCCATTAATTTTCACTAGTCGTATTAGTATTTTTTTTTCAAAGTATGATTTAAATGCGTTACATGATATACAGTACATTCATATATTTGTAGTCTACAAAGATTTAACTTATTTTTATTTTAAAAATGTGGGCAATACATTATAGATTCATTTTATTTAAAAAAATATTATATTAATCTTTTTTTTTTAATTCAACTATAGGGGTGCGACTAGGTAGGGGGCCTACAAGACGTTGTACCCAGGGGCCTCTGAATTCTTAATGCGGGCATGACTAATGGTCCCAAAGTGTGCTAAGAAAATACCTCTCTCACCATTAAACCACCAGCTGAAGCTTGAACCATTGATATAAAACAGAATAGATCTATGTATTCATGTTATTGCTGCCAAATTGTGACTCTACTAACCAAATGTCATCATCGAAATTGAGACTCATCAGATGAGGTAACATTTTTCCAGTCTTGTGTGTTCAGAGGTGCAATGGTTGTTTGAGTTACTGTTACCTTTATATTAGCTCAAACAAGTCTGGCCATTCTCTGGCATCAACAAGGCAGAAAAATGGCCTGCTCACTTGACGTGTTCTGTTTTTTATCACTCTTTATAGAAAGATGTCTGTGTGTGAAAATCAAATTTACACCGACAATCTGCCACATTCAAAGTCACTTAAATAATCTTTCTTGCATATTCTGATATTTAGATTAATCTTCTTGAACCTGGCTGGATCCGAAATCACCCCAATACACTTAAATGGTGAACTATTAGAGAGAGTAGCCATTTATAGAGGTGTCTTAACACAATAAATGTTCGGAAGTGCACTCAACTCAATCCCACAATGCACCGCAATAACGAGTGTACAACTGTTGTCCACTCAACAACTTAAGAATACCCACAATGCACTGTCAAGAGTTTGCATTCTGAATGAACTACTGCATCCAACCACAAGATGGCATCCAGTCATTAACTTTCTAAATTGACAAGTATTTAATTACCAATTAAATAATACATTATGTTTTTCCTTAACTAGCAAGGCACAAACAAAACAGCATCCCTTCCAGTGAACCCTTCCGGTGCTTATTCACTATTTAAATGGATTGTAATAGTGAACCAATGTAGGCAACAGGGAATGAAGGGCTATTTCACATGCCTAAATGCTATGGATATATACACAAATCTTCTAAAGTAGATTTGTGTATATATTTATGTAGTTTTATCAATGTTCAAGTTCTGCAGACAGCATCAAGTCAAAATGAGACTTTAAATGAATGTTTGTAGAGTAGACCTCCTGCATGTTTGCACATTTTAAAACTATAGCTGTATGGTGCTCTCTAGTGACGAAGATCTGCATTACATCACAGTGGTCACAGATAACAAAAGAGAAGATGAATGTATTAAATGTCCTTTAGCTCCACACACTGAAGACACGTTTGTCTGTGTTCTCAAATAATATGCCACAATGTTCTATCTTGAATGCTGAAGTTTAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTAAAGTGAGGTCTGTGTGAGATGATTAAGACTGTTTTTTAGCAGTGGTCAGGCATGCAGCCCAGTGTTTTCTCAGCGAGTCTCATTAGGCCTTAGGATGAGCAGCCATCAATCACTGAGTTCCTCTTTAGCCTTTCCGCAAAGCTGCATTACTCTCCCAGTGCCCAGCACCAGCCCTGCTATCGATTACCACACACTCCTTCATCTGTTAGTGAGCACCAGCACAGAGAAACCTTACAATGCTGATCAGGACAAAACACTGTGTAGAAAAACTCCATGTTTAAATGTGTCATCGTGTTGTGTTATATGACAGATTATGTTTAAAATTATGTTTTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTAGTAATAATGGAATTTTAACCGTTAATATAGCAAGCTGTTTTAACTCATAAGACATACAAAAGTAGCATTCTAGATTTTGTTTTAGGGGATTTTGGCACAGCTTATATTTAGAAGATACTGGTAGCTACTAGTTCTTATTAACTAAATAGGTCATACTTTATTTTGATGGTTCATTTGTTGAATTTAAGTTACATCGCATCCACATGCCAACTAATTTTCATTAGATTATAAGTAGACTGTTAGGTTAGGGTTAGGGTTATGGTTAATGTAAGTTGACGTGTATTTGCAAAGTTTCTTATAGTCACTTAAATATCTGTTTAGCAGCAGTATCAATAAATATTAAGCAGAAAGTCTACTAATACTCAAATGGACTATACAAATGAAGGGTTACCATTAAATACTAGTATTCACTTGGTACCAGTGCATAGATGTTGGTACTTATTGAATACTAGACATACCGTATACAATTTATTGAATTGATATTGTGGCACTTTGAAATACGGTGAATAATTATTTATTATTTCAACTTTTTAAGAAGTGAAGAAGTTTAAGAGTGCTTTTTAAGAATATTAACAATGTTTTTTCAGTGGTGGTCATAACAGTGCAAAATTATTGGAGACTTAATTGCTTTATGATTCAAACATTAACATTTTAGAGCTATTGTATGGTAGCACCAGGCAATAAGGTTAACATTAACATAAAAGTTAACATAAGTTAATTTAACTAAATTTACAATGAAAATGACAAAAGCTCACTGTTGATTTAAATGGATGAACTAATATAATTAAACTTTCTTGTAAAGTGTTACCTATTGTACTTTACAATCACTTTGCAATTTGGTTTGGTTATTTACTCTGATCCCTAAGTACTTCACTAACTATTCTGTTTTAAGTTGACTTCCATTATGCTATTTAGATATCACTTTTGACTAGTATTACAATTAGGACGTAATTTTATTCATTTGGCACTAGTACTTCTTAGATACAACCATTATTAGTAAGACAAGGAAAGTTTAATTACATATCATATTTGAATTACCATTGTGTATGAAGGTGCTTTACATAAACAAGAAAAAAAGAAATGAGAATAAAAACAACAAAGAGTAAAAATCGTTAAAACAGATTAAAATTTGTTAAAACAAGTTTTAAAAGACTGAAAAAGAAAAAAAAAGACATAATTGTGTGATCTGTCGGATGGAGCACGGCACAGCTAAACAGATGTGATTTAAGCCTTGATTTGTATGTGCGTAATGTTGGAGCACATCTGATCATTTCTAAAAAAGCTGATTCCAGCAGCAGGAGGCATAAGACGGATTCCCCCTGCTTTGACCAAATTCTTGCAATTTCTAATTTACTGTTAATTTATCTGTTAGGTTTGTATTCAGTGAGCATATTTGTAATTTATTAGGATCCTAGGCCATTTAGTTATTTATAGACAAGTAATAATACTTTTAATACAATCGATTCTGATTGTAACTGGGAGCCAGTGTAACCCCTGATGACAGGTGTGCTCTAATTTTCGTATTTTATTGATACTCAAACCTATTAAATACATACTAACATTATTTGTATTACATACTGGATGTAATACTTTAAGTACTAGTGATAATTTTTGTTTACATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTCGTACTTATTTATCAGGCATTTGTACTGTACATAGTTAATAGACGTGAATGCTTATTTATTTTACTTAAACATTACTGTAAGATTTTGGAGTGGAACTCTACTTTGGCCATTCTGACCAAGCACAATATAAATGAGACTGTAAAAAATAAAAAAGCAGAGCCTATGATAAATAAAACCAGCAAAAAGCAATTCATCAGAATTGTTACTGGTGATAAAGATACTGGTGTGTAACATGCACATAATGACTAGTAATACATACTAATTTATAATGAATATGTACTAGTGTCTGCTTAATATGTACTTGTATATAAATATACATTTAAAGGTTTTTGTACATAAAAGAAAAACACTAGTACCTGGAGATTAAGCCCACACTGTAAGAAGTAACACATTGATTTGCCTCGCATTTATAAAGCAAATAATTTCACCAACTTTGAGTAAATTTTACTACTTTGTTTGGGTAACTTGTTTACTTGTATTGGTTGCTAAACAACACGAGACGGATTACTAAAAATGACTGTAGTTATGCTTAGTAACACCTAACTTATAGCAAAGCAGTATTTATAACTAGCCTGCTTGTTCATATTACTAGACAAAAGCATGGAAACTACAATTACTTTGTGTAGGTAACTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGCATTGGTTATTAGACAACACAGAGTAACTGTTAAATAAGCACTAGTTATTAATTGTAAACGCTGTATACATATTATAGTAGCATAAATACAAATACAGTTTGCCATATACCATAAGCTGTTCTCTGATAAACGATTAAATGTACTCTAGCTTCTCCATGCTAAAATGCAGGGCTCCACACAATCGATTTGGGTTTGCACAACATGGAGGAATTCATTATTTATTAATTTATTAAAAACTTGCTGTGTTACAAACTTAAGTGAATTGAACCTAAAACAATGAAGTTGTCCCACAAATACCTCACGAATTATGTTGCTTCAGCTCATTATAAATAAGTACTTTGAACAAACAGCAAGCATAATTTTTGAGTGTATCTAGAGTGAATGTAACCTGTCTGTTCAG
Seq C2 exon
TTTGAAGGGGAGCTGTTTTTGTGTCCTGGCTTTCCTGCTCCTCCAGATCTGGACTACAGTGAGTATCACAGGTATGTGGATGAAAGGTTGCCCTCGGAAAGCCCCGCTCTCTTCAGACTGCACCCGAATGCTGAGATTGAGTTCATGACGGCCACGTCTGAGAGCCTCTTCAAAACCTTACTGGAGCTGCAGCCTAGAGACTCCACAACAGCAGAGGGAGCAACACAGTACACAGAGGAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000094282:ENSDART00000138744:23
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.136
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(5.5=100)
A:
NA
C2:
PF0302810=Dynein_heavy=FE(11.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]