DreINT0013619 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003803 | LHX3
Description
LIM homeobox 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6595]
Coordinates
chr5:71040072-71043786:+
Coord C1 exon
chr5:71040072-71040274
Coord A exon
chr5:71040275-71043621
Coord C2 exon
chr5:71043622-71043786
Length
3347 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTACAG
5' ss Score
6.62
3' ss Seq
TGTCTGTGCTCTTCTTCCAGAGG
3' ss Score
10.41
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGTTTGGCACCAAGTGCGCGGCGTGTCAGCAGGGGATTCCGCCGACGCAGGTGGTCCGCAGGGCGCAGGATTTCGTCTATCACCTGCACTGCTTCGCCTGTATCGTGTGCAAGAGGCAGCTGGCCACCGGGGACGAGTACTACCTGATGGAGGACAGTCGGCTGGTGTGCAAAGCGGACTACGAGACGGCCAAACAGAGAG
Seq A exon
GTACAGCAGCTGCTCGCTTTGCGCATGTCTAGGCACATTTAAGTTACAAACAGGTCACAAATATCACGCTTGTCACATATAGCAATGGTTGATTGGTTTAACCCAGCGTTGAGTCAAATATTGACAAACCCAAACATTGCGTAAAAAGTGTCACTTAAATTAATTCGGGGAAAAATAACCTTGGGGTCAAACATTATATTTTATTTATTTCTAATTAAATGTAACAAACGTTTTGTCAAATATAGACAAACACAAACAAGTTGGGCGAAAAAGTGTCACTAAATTAAATTGGGGAAAAAAACTAAGAGTCAAACCCAATTGAATGTTAAAAAACACTTATTTGTAACACTTTTTAACCCAAGCTGAAAAAAACCTGGATCAAATATGGACAAACCTAACGTCGGATTAATAATAATTAAAAAAAAAAAAACTTTTAGCCAAACTCTGGGTCAAATATCGACAAACACAAAGTTGTTGTTTTTTTAAGTTAAAATCACACGTGTATCCAAATTTGAGTCAACGTTACAGGATACAACAACCCAGCATTTTAACTAAAGCGTATAGGCTAACTCAAGGTTGTGTCAAATATAGACAACCCAAATACTTATTTAAAATTTTAAAAAAAAATTTAAATTGAGGAAAATTCAATTAAATGTAAATTTTTAACCAAACGTTTTGTCAATTATGGACAAATCCAATTTTGGGGGTGAAAAAGGGTCAAGTAAATCAAACTGAAAAATAAACAACAGTGGATCAAATATATGGACAAACCTTTGTTTAATAATAATTAAAAACAACAACATTTTAGCCACACTCTGGGTCAAATATCGACAAACCAAAAGTTGTTTTTTAATAAGTTTAAATCACACTTGTGTCCATATTACCTGTAACGGTACAGGTTACGACAACCCAGCATTTTGTAGAGTGATTAAAGTGCAGGTTAACCATTGTCTCAAATATAGACCAACCCAACTACTGATTTAAACGCGTAATTTGAATTGAATTGGGGAAAATAACCTACATTTGGGTCAAAAATGGACCAAATTAAATGTAAAAAAAATAAATAAATAAAAATTAAATGAAACCAAAGTTGAAAAAACGTGGATTAACTAAATGAACAAACCTAATGTCTGGTTAATAAAAACAACATTATAGCCACACTCTGGGTCAAATATCGACAAACCCAAAGTAGGGTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTAAAGTTTTTGTTTATTTAAAGTTTAAATCACATATTTGACTCAACGTTAAAGCTTACTACAACCCAGCATTTGTAGAGACTAAAGCGTAGGCTAACCCAACATTGTCAAATATAGACAAACCCAACAACTCTTCATTTAAAAGTGTAATTTAAATTAAATTGGGGAAAAACACTAGATTTGGGGTCAAACATGGAGAAACCCAAAGCAGTTTTTTTAATAAATGTAAATTTTTAACCAAACGTTTTGTCAGTTATGGACAAACCCAATGTTTGGGTGAAAAAAGGTAAATTAAATTAAGTTAAAACAACAACAACAACAACAACAGTGGATCAAATAAATGGACAAGCATAACGTCTGGGTAATAATAATAATAATAATAATAACTACAAAAAACAACAACAACAACATTTTAGCCAAACTCTGGGTCAAATATTGACAATTCCAAAGTTATTTTTTAATTAAGTTCAAATCACACTTGTGTCCATATTTGACTCAACGTTACAGGTTACAACAACCCAGCATTTTGTAGAGCTGCTACAGTTTTTGCTTCCTTCATTCGATGACCTGGCATTGATCGGCAGCTTTTAACTCTGAACTTAATCTCGCCGGTCGTGGCTCGTCCATAAACATTTGACCCAGCTCAGGTAATTGCGAACCCGCCAGCCCCCAATCGATAAGTGCCAGCGGGAGCAGGAGCGCCGGAGAGCCGCGCGGAGCTGATGAATGGAGCCCGATACACGCGCGCTCCGCTGCCGGCCACTTTCAGCCCGATTCAGCGCTTTCAATATTGCACAAATCCGATGAAGCTACAGTGATATATTTGGAGATGGAGTCAGGAATGCTTCTTATAGTGTGATCAATTGAGGAGTAAACACACATGCGCTGCAAATCTCTGCTTTTGGGTATTGTGCATGTTGGCGTATACAGTGTAAATGTTCAATAGTGTGCATACGGAGTTGTGTGTTTAAAATAAGTCTAATAGACGTCTAATAAACATCTAAACACAGATGGTTTGGCTAAAACAAGTCTAATGATAAATATTGGGCTGTAAGTGGAAATCTAATAGACGTCTAAAGAATATCCCAAAACTAGACCATTCATCAGGAATGAATTGAATACTAATTTGAAGTTTGTCAAAACGTTTTATTTAATTTCTAGTCTAATTTTAGGCATTTTTAGGTGTCTGTTTAGTTTATTCAGATGGTACACATTTATACATCGGTGTTTAGATGTCTAACAGACGTCTAATAAACATATGGAATTGCTTGGTGAAAACCTTTCTGGGTTTCTAATAAATAAATAAACGAGATAACAAATGAATGAATAAATGAACGAATGACTTATAAGAACATTTAAATAATCTGAAGAATGTTTTCCCAATAAAGGAAGAATATTTTAACATGTTGTGCAGTTGAAAGATTTCATGCATATTAGTTTTCTGAATAAATCCGAACAAAAACATATATAAATCCCACCATTCCCGTTTCAACTAAAGCTAATACGCAACAAAACAATGCGATTAAAATTAAAATAATGCAAACATATAACACAGGTTGCAGATAAACTTACATTAAAGCTGGCTAACTAGTGTAAATTCAGCTTCACATGTTTCTTTTAATTGTTTTAATATTTCACCGTGGCATTTCCTAATGTAGCCTGGTTTAAATAATAATAATCGGATTGATTGGCATCTATTTAAAGTAATTAAGGTTAAATGTATCGGCTAGATTGGCATTTATAATTAAAGTAAGATTTTATGTGAAATCATGCAACAAAAAAAGGATATGAGATTAAGTTTACAGCATCAAAACATGCACAGCTCACTTCAAAAAAGCCCCAATCGAGTGATTCTAAACTGGTTTGAGTTTATTTCTTCTGTTGAACACAAAACACTGAGAATGTTGGACAAAAAGCTGCATAGTAGAAACAATAAAACACAATGTAAGTCACATACGGCCGATTTTCCCAACAAATATCGTCATTTTTGTTTACCAAACTAAACCGAATAATGACGACTGAATTTCAATTGTTTAGTGAACTATCCCTTTAATGGCGCATTCTACTTGATGCATATGGTGATTGCAGAATAAATTCGTTTTCATGATGTGTCTGTGCTCTTCTTCCAG
Seq C2 exon
AGGCGGATTCGACAGCAAAGCGACCCCGCACGACAATCACCGCCAAGCAGCTCGAGACGCTGAAAAACGCGTACAACAACTCACCGAAACCCGCGCGGCACGTGCGCGAGCAGCTGTCCACGGAAACCGGACTGGACATGCGCGTTGTGCAGGTGAGATACACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000003803:ENSDART00000171230:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.017 A=NA C2=0.614
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0041217=LIM=PD(3.6=2.9),PF036609=PHF5=PD(82.9=91.3),PF0041217=LIM=WD(100=87.0)
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(90.7=87.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]