DreINT0016708 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079438 | PKP3 (2 of 2)
Description
plakophilin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9025]
Coordinates
chr7:32681521-32691695:-
Coord C1 exon
chr7:32691572-32691695
Coord A exon
chr7:32681726-32691571
Coord C2 exon
chr7:32681521-32681725
Length
9846 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTAAAA
5' ss Score
4.79
3' ss Seq
ATTTATAACCTCTTGCACAGGTG
3' ss Score
6.75
Exon sequences
Seq C1 exon
AATCCATAACCTGGACATGACCACAGCAGTCAGTTACCTCTCTTCTACTGACGTCTCCATGCAGATGTTGGGAGCAGCTTACGTACAGCATCAGTGTTACCACAGCAATGAAGCCAAGACCATG
Seq A exon
GTAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAAAAAAAAAAATAAATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATACAGTAATATAGTATAGGGGATTAAATATATATTTTTAAATTGTCCTAAGGCAAGCATGGGTGTTGTTTTAGTTTTAGGACAACTTCAAAAAAGGTTTTAAAGCACTTCAATACTGCATACCCTCTAACAATTTTAACTTCATAGTATGGACATCACTTTAAAGACAATAGCCTGTGTTACTCATAATATTTTTTACTGTCCCTGGGCAAGAAGTTTAATATTGTGATACTATCTTTGAAATGGCCACAAATATGTATTTTTCGTTTAACATTTTTCTCATTTTTCAATCAAGAACAAAACAAAGTTAGATCTTTGGTTATAGGGTTTTTTTGAACTGTAGCTCGTGGTCCAGTCTGGGCAGACTGCATTTTGCTGGCTTTGTATAAGGAGACTTTTAGTCCTGGGTAGCAACTGAAATGAGTTTGGACAGGAATAAAGGGCGTAAACACAGGATGTGTTCTTCCTTTCAAAAACAGCCAGATGAAGTGCATCTGACAGGAACAGAATGCATGCCGGGGTCTAAATGACGTGATTTCAAGACTTTGAACTTTACGCTTCGTCTTAAAAACACGAAGCAAATAGAGTGAGAAGCTAAAGCAGCAGCAACCAAAGACAAATGATCAAATACAAATTGTGCAGCAGGAAGCCCAGTCAATTGCTTGTTTATCTGTTGATGGCCATGTAGACAAAATGACCAAAATTGCCCTTAAAGTCTATAAGAATAATTGTTCAGGGACAGAATGAATAATAAAACAATGCTTCACAATAAAAAATGATGTTTGGAAAAAATAAAAAAACATTAAAAAGTAGGATTAGAGTGTATTTTGTGAGTAAAATATACAGTGTAAGATACTTCTCACAGAGAAATATTTCTCAAGTGCTGCATTTATAAGTATAATAGTTTTAATAAATACTTTATTTTGTCTTTGCCATGATCACAGTACACAATATTTAAGCATCTATAACTTTTAACTCTTCTTTGCAAAAAACTGTGGATGTAGAACAGATTTTTCAGCAACTGTTACTGTTTTAGTTTAGGAAGATAATTATTGAGAAAATTCCTCTGCTGGTGTGGGAGAGAAGTACATTGACATAGCCTTGCAAAGCTTTTTACAGAAATCTCATTTTGCATGCTATCTTCATCAAATGTGAAATATAAACTCATAAAACATTTGGCTTTCAAGCATTATTTTTTCTAGATCATTACATTAATGTTTTCCTTTGTTTGTATATGGAAAAACAAATATTGAACATGATACAATTTTTTTCACATAACTTCATAATATCTAACTTTTGATAGCATGAAACTTCCCTGATAGACCGTAGTAAAGCTCAAAGTGTCCTCTTTCCAATGATACCTAATTTTATCAGCTTACTAGGGTCAAGAACTGTTACTGTTTAAAGTTAGGTAGGTGTAAATCCCTAACTAGTTGTTTTACAAAAAACTTCAGCTTAAGGTGCAGTTTAAATGTTTAACTAGGTTAATTAGCCAAGTCATTGGCTCTGTGGTTTGTTCTGTAGCCATCAAAACAAAACAAATAAACAAACAAAAAATATTATATAAATAATATTGACCTTGAGTGTGTTTCTGAAAACCATTGTTAGCCAATTAAGGTTGCAAGTTCCGTCGTTACAAGCATAGTTCTTTGATTTAGTGTTTCCCAAATCTGTCGTTCCAACGAACATTCGCAAACTGCTTCTCAAACTTGTACGCTTGTAACTACACCTCTAGAGCTGTAGTTAAGCATAGTTCCATCCTGGTTGTGTTCTATTGCCAGTTATCCCCCCTATGCCCTATTCATTTAGAACGTTCCAATATTTAACCTTGAATGATTAAAAAAAAAAATTAAAGTCATCACTCTTAGGTGTAATTTGATTTTAAAGTATTTTTGCAATTTAGTTTTAGCGATCTTCATATTGACAATTGCGTTCCCTTTGTAGTGTACTTTGAAAACATTTATGACATTTTGAATGCAGCCATGGCTCATGACAAAAGTTATAGGTAACCTATTATTTTAAAGCGGAATCTACATTACCAAAGCTGGTGAAAGAAAAATATATAGCATACAATAATGCTTTTAATTTATAGTAGGTTATTCATTAAGAAATGTATTTGTAGCCTACTGTATATGACATGGGCTTAGTGGTTAGAATAGTTCTGCAGTTGTTTGAATGTATCACATTTGTAAAAGTAGAAAAATAAATAAATAAAAAATACCCTAGTCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTGTTTCTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTATTTAATTATTTTCTGAATAAATAGCCTACTGTAGTTTACAACCATAAACAAGTTATATGACTTATATATAAGATTAATGTGTTAGCTAAGTGGTTTTATGTTTTAGCATAGAATATGGCATATTCTGAATAATATTTGTAAAAGAAACAAAGGCCCTGTATGTGCTGTTTACATATGTTTCAGTTAATATAGAAAAAGACGAGTGCATGTTTTTACCAAAACTAATATTGTATTTTTTTACGTATGTGTGCGAGTAAAACAATATAATTCTATACAAGAAAATGATGGTAATTTTCTCTTAAGGAGTTGTTACTCCACCCCATTTAGAGCGTCGTTAAGGAGGTTTTACGTTATAACTAACATGGTTTAAATGATGGATCTGTAACAGAGAAACTACGCTTTTGGGGAAACACTACAGAAGTCACTACATTGTTAATTTCTCAAATGATGCATCGTACTATGATAGTTCAGTCACTAGTTATGACGCTTAATGTTAATAATTTTTTTTTGACATGGCTTTTTGTCTGACTGCAATAAAAATATATAGATATTTTTTGAGAATACTATGGAAAAAATTTTGCTCCGTTAACATCAATTGGGAAATATTTGAAAAATAATTACATTTTGACAGTAACGCTAATAATATAGTATTCAGCTGTATCTCTGTATGATTGAGCATCGTCAAGCTCAAGGCTAAGTGTCCTGTTCTTCGCTATTGTTATGTGTTTTATTCAAGCCACATGGAGAGAATACCTTCACCCTGACCTTAATCTTTTTTCCTGGACCTCAGGGGGCAGAACATTCCGCCTGAGAGCACATCATGGCAAAACACAGTCAGATGTTTGAGCTGGTTGCCATGTTGGGCAGAAAAAGTTTTTTAAGTTAAGCTTTTTTAAGTCAGGTGAATTCCTAACTTTGTCTGATGCACAGAAACGGGATCCTTTAAAAGGAACTCGGGTCATTAAGATTTGTAGGGCCTCATATAAAACAAAAGATGTTGTTGAGTGCTGAAAAATGTAGTTAAAAACACAAAGATTTATTCTATTTAATAAAAGGTATATTCATTTCAACTATAGGTGCCATAATTATTTTAAGTGTACAGTGCCTAATGTTATTCTACTCTGAATATAAAATTCTAATATGACGCCACATTTAGTGGCTTTTCAATTGCTGCTTGTTAAAAATATTTATTTAATATCGAATGAGAAGCGCCTTGAAGGGGCGGGGCATGTCAGATACTAGAGAGCATTTGATTGGTCAAGATTTAATGTGAAACTGACTGAAGTATGAAGTGACATGAATAAAAGTGTTGATCAATTTAGACAGAGGTGACCATCTGCAAGCTTTGGATGTTTATATCAGGTTTATAACTTATAAATGCGAAATTTGTCAATGTTTTGGTGTGCACTAGCTTGTAGATATCCGGAAAACTAGCAATACTGATACTAACATCCAGTGGTGGAAAGAGTACTGAAAAATCATACTCAAGTAAAAGTACCACTACTTGCTTAAAAATGTAGTGCGAGTAGAGTAAAAGTATCAGTTGTAAATATTACTCAGAGCATGAGTAAAAAGTAGACCTTTCAAAGGTACACAAGAGAACTGAGTATTATGCTGTGTAAAGCTGATGCATTTACATGTAATTACATTTGTAAAACACTCCATACTTGATACATTCTTGTCAGCATCTGGGATAGAACCTGGGTCTCCGGTGTGAGAGGCGAATCACTTATCCACTGAGCTACTGGAAGTTGATATATGCTGACACACTATACATATACACACATGTACACTCCATACATTTACACACGATACACTTTATACATATACATGTTCCATACATGATACACTTCATACATGTGCACACATGATATACTCCATACATATGCACACATGATACATTCTATACATACACACACAATATACTTTATACATATACACACATTATACACTCCATATATGATACACTGTAGACACACATGATATATTCTATACATACACACATATGATACACCATACATATACACACGGTACACTTTAGACATATACATATTCCATACATTTACACACATGATACATATAGACTTCATACATATGCACACATAATACATTCTATACATACACACATGATACACTCCATATATGATACACTATAAACACACATAATACATTCTATACATACACACATATGATACACCATACATAAATACACATGATACACTCCATAAATATGCAGACATGATGCACTTTATACATAATACACTCTTGTCAGCGTCTGGGATAGAACCTGGGTCTCTGGTATGAGAGGTGAATCACTTACCCACTGAGCTACTGGAAGATGATGAATCTTGACACACTATGCATATACACACATGTACACACTATACATATACACTCCATACATTTACACACATGATACACTTTAGACATATACATATTCCATACGTTTACACACATGATACACTATACATATACACTTCATACATATGCACACATGATCCACTCCATACATATGCACACGATACTCTCCATACATATGCTCACATGATACATTCTATAAATACACAAACGATACACATTATACATAGACACACAATACATTCTATACATATGCACACATGATACATTCTATACATACACACTAGAGCTGCACAATTAATCGTTAAAAGATCGCAATCTCGATTTGACCACCTAGACGATCTTAATCCAGCATTTCTACGATTCTGCCAATCATATTTTCAAGTTCAGGAGTGAAGAAAAGGCGAGTGCACAAGTCTTTTCATTGTTTCACACACGTTGCTCAGTGACATTGACACAAATAAATGTTTACAGTGTCAGTATAACTACTCTAGCCTATATAATGTTGAATATAATCTGATAATGGCAATGTCTGATTTTACCAGTGAATGAATTTGTCTAATATGACAGATAGCAAGTATATATCTCAAACATAATAATTCAACATCGGAATTATTATTTGTAGAATAGAATTATTTACTGAAACCAGTAGACCTACACATAATATTATTATCGATGTAGTGCCATATGTTTTTTACCATAGGCTACCTTTATTTTACATGTACAGAATCGTAAGAGAATCGTGATCTTTATTTTAAGCAAAAAAAATGTGATTCTAATTTTAGCCAGAATTGTGCAGCTCTTATACACACATATGATACACCATACATATACACACATGATGTACTCCATAAATATGCAGACATGATACACTTTATACATAATACACTTTTGTCAGCCTCTGGGATAGAACGCGGGTCTTCGGTGTGAGAGGCGAATCACTTACAAACTGACATATACATATTCCATATGTTTACACACATGATACACCATACATATACAATTCATACATATGCACACTTGATACACTCCATACATATGCACACATGATACACTCCATATATGATACACTGTAGACACACATGATACATTCTATATATACACACATATGATACACCATACACATGGTGTGAGAGGCGAATCACTTACCCACTGAGCTACTGGAAGTTGATGAATCCTGACACACTATACATATACACACATGTACACACTATGCATATACACTCCATACATTTACACACATGATACACTTTTTACATATACATGATACACTTCATACATATAGACACGCAATACATTTTATACATATGCACACATAATACACCATGCATACACACACATGATATACTCCATACATATGCGCACATGATACACTCCATACATATACAAACATGATACACTTCATATATATAGATACACGATACATTCTATACATATGCACACATGAAATACTCTATACAAATGCAAACATGATACATTCTATACATACAATACACTTTATACATATACACACATGATACACTCCATATATGATACACTGTAGACACACATGATACATTCCATACATATACAAACATAATACACTTTAGACATATACATGTTCCATACACTTTAGACATATACATATTCCATACATTTACACCATACATAAACACTTCATACATATGCACACATGATACACTCCATACATGTACGATACATTTTATGCATATACACACATGATACACTCCATGTATGATACACTGTAGACACACATGATCCGTTCTGTACATACACAGATATGATACACCATACATATACACACGATACACTTTATACATGATACACTTTTGTCAGCGTCTGGGATAGAACCCGGGTCTCCGGTGTGAGAGGCGAATTACTTACCAACTGAGCTACTGGAAGTTGATGAATGCTGACACACTATACATATACACATGTACACTCCATACATTTACACACATGATACACTTTAGACATATACATATTCCATGTTTACACACATGGTACACCATACATATACACTTCATACATATGCACACTTGATACACTCCATACATATGCTGACATGAAACACTCCATACATATGCACACATGAGACACTCCATACATTTACACACGAAACACTTTATTCATATACATATTCCATATGTTTACACACATGATACACCATACATATACACACATGATAGACTCCATAAATATGCAGACATGATACACTCCATACATATACACACATGATACAATTTATACATACACTATACATATACATTCCATACATTTACACACGATACACTTCATACATATAGACACGCAATACATTTTATACATATGCACACATGATACACCATGCATACACACACGACATACTCCATACATATGCGCACATAATACACTCCATACATATACAAACATGATACACTTCATACATATAGATACACGATACATTCTATACATATGCACACATGATACACCATACATAAACACACACGAGATACTCTATACATACACACATGATACACTTTATACATATACACACATGATACACATGATACATTCTATACATAAACACACATGATACACTTTAGACATATACATTTTCCATACACTTTAGACATATACATATTGCATACATTTACACCATACAATAACACTTCAATAACACTTCATACATATGCACACATGATACATTACATACATGTACGATACACTTTATACATATACACACATGATACACATGATACATTCTATACATAAACACACATGATACACTTTAGACATATACATTTTCCATACACTTTAGACATATACATATTGCATACATTTACACCATACAATAACACTTCAATAACACTTCATACATATGCACACATGATACATTACATACATGTACGATACACTTTATACATATACACACTCTATATATGATACACTGTAGACACATATGATACGTTCTGAACATACACACATATGATACACCATACACATACACACGATACACTTTATACATGATACACTTTTGTTAGCGTCAGGGATAGAACCCGGGTCTCCGGTGTGAGAGGCGAATCACTTACAAACTGAGCTACTGGAAGTCGATGAATGCTGACACACTATACACATACACACATGTACACTCCATACATTTACACACGATACACTTTAGACATATACATATTCCATGTTTACACACATGGTACACCATACATATACACTTCATACATATGCACACTTGATACACTTCATACATATAGACACGCAATACATTTCATACATATGCACACATACGATATACTCCATACATATGCGCACATGATACACTCCATACATATACAAACATAATACACTTTAGACATATACATGTTCCATACACTTTAGACATATACATATTCCATACATTTACACCATACATAAACACTTCATACATATGCACACATGATACACTCCATACATGTACGATACATTTTATGCATATACACACATGATACATACCATGTATGATACACTGTAGACACACATGATACGTTCTGTACATACACACATATGATACACCATACATATACACACGATACACTTTTTACATGATACACTTTTGTCAGCGTCTGGGATAGAACCCGGGTCTCCGGTGTGAGAGGCGAATTACTTACCAACTGAGCTACTGGAAGTTGATGAATGCTGACACAATATACATATACACATGTACACTCCATACATTTACACACATGATACACTTTAGACATATACATATTCCATGTTTACACACATGGTACACCATACATATACACTTCATACATATGCACACTTGATACACTTGATACACAGATTGTTATGTTGCTTAATTTTAAGCCCTGTCAGTGATCCACACATCATCCACATTTCTGTCATATTTAATTTCCTACCTTATTAGAGAAGCAGCACCAGGTTAATCTCCCCTTTCACAAGTCTTTCATGCAAAGAAATCTCCTCAGGTCTTTGGATAATTCTGCATTCAGACGTTCAGACGTCTTTATATAAGTTCAGTATTGTTGTTGCAGATGAAATCTTACACAGAAAATGCGATTTAAATATTTTCCAGTTGGTTAGAGATTAATTAACAGTCATACAAACATCTTTACCGAAGCCTCTCTACTTAACGGTTGGTCTCGCTCGTCCTTCATGTTTGTAGTTTTTATATACCTCTGTGTGTAGTTCTAATCAAATATATGTCTAACACACAATGTACTGCTGGCAATATCAGCGGTTAGAGTATGGACGCTTATACACTTAAAGTTTTTCCTGGAAATAGTAAACCATCCGGGAACCTTTGACATACTCTTTTTCAACATACTACAATTTGGGACATACTAAATCTATTTTTGAATGCTATTTAGGACGAATAGTATGCGAATTGTGATGCAGCAAATAAATTGTTTAACATTTTATAATGAACTTATTACAGTAAAAACAAAAACAATTTCATTGATTATAGAATGGAGTTACACTAGTTTTTGCCTTGATTTGCTCGCTAATGTCTTCTGCATAGACCTCTTGCCATCGAGTGACAGTATTTACATTTTTGAAAATCCGATTCACTTACAAGATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAATAGTTTGCTTTTTGGTAGCTCAGCAAAAAAACAAACCACACACAGGAATCTCTGGACTAGGCCAAAGGAGAATGACTGAATGAAAAAGTCTTGCATTGGAAGGTAATTGGTTCATGTAAACCAGATTCTTTCAATGTAAACATGCTCATTAGTATAAGCAGTCATTCATTCATTTTCTTTTTGGCTTAGTCCCTTTATTCATCGGGGGTCACAACAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCATATGTTTTATGCAGCAAATGCCCTTCCAGGCGCAACCCAACACTGGAAAGCACTCACACACTGCGCCACATTGACGCCTAAGTATAAGCAATGAAGAAATAATTTTAAAAAGTATTTCTTCCAGAAACAAACTAAATTTATAACCTCTTGCACAG
Seq C2 exon
GTGCGGAGTTTAAAGGGCATCTCAGCCCTGGTGCAGCTGTTCAGCAGTGAGAACCAGGAGGTGCAGCGCTACGCTACAGGTGCTACACGCAACCTCATCTATGAGAATATGGACAACAAAACAGCCCTTATTGAAGCCGGCGGCATTAGCAAACTCATTGGTGCTTTAAGAGAACCAGATGATGAACTACGCAAAAATATCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079438:ENSDART00000113744:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0051418=Arm=PU(14.6=14.3)
A:
NA
C2:
PF0051418=Arm=PD(80.5=47.8),PF0051418=Arm=PU(80.5=47.8),PF040639=DUF383=PU(5.6=23.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]