DreINT0018779 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000067801 | SEMA4D
Description
sema domain, immunoglobulin domain (Ig), transmembrane domain (TM) and short cytoplasmic domain, (semaphorin) 4D [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10732]
Coordinates
chr21:2753527-2756920:-
Coord C1 exon
chr21:2756874-2756920
Coord A exon
chr21:2755332-2756873
Coord C2 exon
chr21:2753527-2755331
Length
1542 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGTGT
5' ss Score
6.99
3' ss Seq
GAAAGTTGTCTGTCTCTCAGTGT
3' ss Score
5.2
Exon sequences
Seq C1 exon
TAAGATGATTCAGAACCTCAAAGGGGATGCTGGGATATGTCCTCCAG
Seq A exon
GTGTGTAATTGTGTAAATGTTACTTGTATTCAATACACTTACTTGAGTTACATGAGTGAACTGCAGTGGAAGAGACTAACAACAACACATGAACTTTTAAAACAACACAATACTGAAGTTTTCATTTAATTTTAAATCCATATTCGCTGGAATAACCCTGATTATCTACTCCATTATCTTACCAACTGTCATAAAAAATAAATGGTGTAATTCTATTAATAAAAATAAATGATATGGTTAAAACATAAGTAAATAAGCAAATAGGTAAGTGAGTAAATATGTATGTAAATATATAAATAAATATGCAAATGAAATGTAAATAAATATGTAAATAAATAATTTGTAAATATGTATGTAAAAACATATGTAAATAAATATGTAAGTATATATGTACATAAAATAATAATTTATGTAAATTTGTAAGTAAATATGTAATTCAAATAAAAATGAATAAATATGTAAATAAGTGAAGATGTAAATAAAATAATAAGTAAATATGTAAATAAAATTGTAAGTAAAATAATAAGTAAATAAACATGTAAATAAGTGAATATGTAAATAAAATATTAAACAAAGTAATTATGTAAATAAATATGTAATTAAATTATTAGGTAGATAAATATAGAAAAAAGTGAATATGTAAATAAAATAATGAGTACATATGTAAATACATAAGAGAATGAGTAAATAAGTAAATAAATATGTAAATACATATCTAAATACGTATGTAAATAAGTAAATAAATATGGAAGTAAATATATAAATATGTAAATAAATAATATGTAAATATGTAAGTAAATATGTCATTTAAATAATAAGTCAATAAATATGTAAATAAGTGAATATGTATTTAAAATAATAAAAAATTTAAATAAATAAGAGAATAAGTAATATGTATTTAAATCAGTAATTAAATATGCAAATACATATCTCAATAAATAAATAAATACATAAATACATATCTAAATAAATATGTTAAAAAAGTAAATAAATATGTAAATACATATGTACATAAGTAAATTTGTAAATAGATATGTAAATAAGTGAATATGTAAAAAAATGCATAAATATGTAAATGAATATGTAAATATATCAACATTAAGTAAATGAATAAAAAAGTAAACATGTAAATAAAATAACAGATAATTTGTAAATATGTATGTAGATATGTAATTAAAATAAAGGGTAAATAAATATGTAAATAAGTGTATATGTAAATAAAATTTAAAATAATAAGTAAATATGTCAATAAATAACAGAATAAGAAAATAAGTAATGTGTATGTAAATAAATATGTAAATACAAATCTAAATATGTAAATAAATATGCAAATACATACATAAATAAGTGAATATGTAAGTAAATACGTAAATAAAATAACAGATATGCAAATGAATATGTAAATATATATCAATATTAAGTGAATCAGTAAATAAGTAAATAAATGATTAAATATATTTTTCTGTTGCTCAGTAGAAGGTTTGGAATATCTTGATATAGCCTGAATCGTCTCTTTAATTCTGAAAGTTGTCTGTCTCTCAG
Seq C2 exon
TGTCTCCTCTGGCAGTGAAGGATTATCCGCTGCTGTTGGTGAAGCCGGGTGCTTCAGCTGACCTGCCGTGTCGAGTTCAGTCAAACCGAGCTCAGGTCTTGTGGAAACTCAACAATCAGCTTCTCAGCGACTCCTCTTCACGCCTCCTCCTGATGTCCGAGAGCAGTTTACTGCTGTACAGCGTGACTATGGAGGACGCGGGACGCTACGAATGCTGGTCCGTCGAGTCCGCCGCGGGACAAAACTTCAGCCGTGTGGTGTCCGGATACATTCTGCGCTTAGACCTTCCCGAGAGCAAATCTGCACAGCTGACCCGCGAGCCCACTACGACCTCAGAAGGTAATAGTGTTAATAATAATAACAGCCCGGTGACGCCTGGACTAACGTCAGCGCCTACAGATGCCCCGTCACTAACAACTCCACCAACCTCTGCTATTAAACCCAAATCCAACATCCCTCCAGAGGTCAGTAACTCGCCCGCACGCACTGAAACGATAGATCCTTCTGCCAAATACATCCAGCATGATAACAGCGCCGCCCTGCTGGCTCTGTTCCTGCTGTTCTTCCTGCTGTTTCTGGCCGCGCTCCTGTATAACTGCTACATGCAGTATCTGCCGGCTCCGTGTCTACGGCTGCGCTCCGCTCTGCTCGGATCCAGTAAAAAACCGCAGGCCGAATACGCTGCATGCGAAGCCGGTCTGATGGAGAAAACTGATCCAGCCAATCAGATCGCTGCTCATCCGCTCCGTGCACTCAGAGACACTGGATATGAAACGGAGCCGGAGGCGGAATTAGGAAACGGCGCTGTTCGGTCTAATAGTTTCGATGAGAGTCCGTGTAAAGATCGACCGTTTGATATCGACTGTGCTTCACAGCCTATTGAGTTTGCAGATGCAGATGCAGACGCTCCGTGATGATGATGCAAACACTTTAATAACCGCATTCCAAATTGGAAACATTCCATACCAAATTGGTACGTTTGAGTGTCGTTTTTGGAATTTGGAATTCCGGGTTGTTTTTGAATGTTCTTCACGATCGTTTAAAGTGTGTATTTCCTCCGTGTTTTTGGCCTCGTTTCAAAGTAAACTCCCTTGAGTTCGATACACATTCAGCTTGGAAGCAAAACTGGTTTGGATTTTAAATCTTACAGTACGTTGTTTATGCTAAATATTGTATTTATGTATTTATTTGTTTTGCATTTTGGGTTGAAATGTCAAGACACTTTTTTATGTTTTATTTTTTTTTGCATAAAGATGACAATTTTAGGAGCATTTTTCTATTATTTTGTCCATTTGGATATGATTTCAGTCATGGTTCATGATTTTGATGCATATTAACCCTTGTGCGCTGTTTAAATGTACTGCCCTTTAGTCATGTTCAGGATGAAAACATTAAACATTAATTAAAAATGCATCATATTAATCATTTTTTTCTCATTGTTTTGCATAAATCTGTTTATCAGCCTCAGTCGTGATCAAAACTACTAAATCGTTTAGAAAATGACAGGATATTAACTCTTTAATTGGCAAATTCACTAATGATTTGGTGTAAAAACACACACACAATGACGTATTTTCAGTATAAAAGAAATCGTGGACTGGATTTTTTGTTTACGTTTTACCACAGTCTTGGACATGTGAATGATTAGGAACAACATTGGCTTTGTCGCATTGTTAGTCTTAATTTTGTCTCCCTGATTTACTGCTGGTGACTGTTTGTGCCCCATTGATTTCCATTATAAGCACATTTGATGGTGCATAAATGCACAGTCTTTGTTTTTGTTTACTCCATGNNNNNNNNNNNNN
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000067801:ENSDART00000097664:13
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.296
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0143720=PSI=PD(26.4=82.4)
A:
NA
C2:
PF138951=Ig_2=WD(100=27.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GAACCTCAAAGGGGATGCTGG
R:
CGGGTCAGCTGTGCAGATTT
Band lengths:
351-1893
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]