DreINT0021001 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000088795 | TGFBR3L
Description
transforming growth factor, beta receptor III-like [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:44152]
Coordinates
chr3:5818128-5825368:-
Coord C1 exon
chr3:5825213-5825368
Coord A exon
chr3:5818218-5825212
Coord C2 exon
chr3:5818128-5818217
Length
6995 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACAGTGAGA
5' ss Score
3.45
3' ss Seq
TTTCTGCTTTTGTCCTCCAGGTG
3' ss Score
12.92
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACAGGTTTGGCCAGTGACGGCGGTGACCCTGCAAGATCCAGAGTGTAAAGCTGAATTTAACGGAAGTCATTTCCTGTTGGTTTCCCCCATCATTTCCTGTGGTACCGAGGGAGAAATGGATGAAGCCAGTGGAAGGGTTCATTACACAAACACA
Seq A exon
GTGAGAGTAAAACATGATTAAACACATGCTGTATCTGCTAAAGCATCACACTTGTTTCTCAAGACGATTTGTGTTGCTTGTGTGATTTAAAAAATAGTGGCTCAGGTTTTGCTCTAAAATAAAATGTATTTATATACAGTATTTATACATGTAATAGAGTTCGTTGTTTGGGAAGAAGGAGGCGGAGAACCGACGCAGTTTTTAAACTATTTATTATTACAGTTTTTTACAATGGCTATGACACTTTTTTCAATAAATTTAACAAGTTTGCTAAACTCTTAACGCAGCAACACACCTAAAACACACAATTGGCAAAACAGTTAATTTTATGCTCAAAATCACACATTATAAACTAAACCTCTAAACTACTTTTCAAAATACAATAATAAACGAACACACTACACCATGTCTAACAAAACACTGCAAACATGTTTCAAAATGAAATTATTGTTCAAAACACTAACACATGTTCTCTTCCAACATAAACATTCAGTCAATCAGAACACACTGCCAATAAAAACACCATCATCAGCTGACATTACAGAAACTCCATTAGTTTATGTGTCAGCTCTGCCCTTATATTTGAAGTCTCGTTACAGTTTTGTTTTGTTGGGTTAAGTAAATGCATGCATTTTCTTTCGTTTACGGCAAAAATTCTATACAAAACGAAGAAAAAAATTGCTTTATAAAATTTACAGTTTATGTAAAAAAAAAATACAGACACAGAATTTCTGCAGTACAGACTTTTTTTGCAGAAGGACATCACTGCAAACAGAAAAAGCACCACAATTATAATAAAATAACAAAGTAATCTTCTATTCTGCTCGGTCTTTTGCCACATGTTCTCATCCACATTATACTTGATATCTTCTGTGGCCCGGCACGGTAACTGTGGCCCTTTGGCCTATTATGTTGTTCCTACGGCGACATCCCCAGCCTTGTCAACATTGAAAATTTCATGTGGTACTTGATTGGCCTCCAACTTCATGACTCTCTGAAAGTAATTAGACACCGTGTATGCAAATGTTGTACTGTATGTACTAATGAACTCCAGGTTTAAAGAGTAGTTTACTGCAAAACACACTGTGTATAGTACAGTAATGACTGTATTGCATAATCTTACATGGACGTATTGGAGTCCTCTATTAGAACATATGATCATGTGATTGGAAAAACCAAAACAAGACATGAGTGTGCTTTCTAGATGGGAATCAGCTGTCATATATATATATGTATGTATATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAACCGCAATATGCTGTTTCTCATTGGCAATTGAATAAAATACAGGGAATAAACTTGTGTTTCAATTCACAATTAGAACAGCTGTTCACTTTGACTTTATCCTATATAATTTCTGTTTAGAACATGGCGTTATCTGTTCTGACATACTGTGTTAAAGCATTTGTAAATTTGACTGTAAAATTACATTGTTTTGTTCTTGGTTGTGCTTGTGTGTAAAAGAAGTTAAAGCATTTTAAATTTGTGTTAACTAGATGCATTTTGTGTCAAAACAACAAGAAATGTGTTAATTGTATAGCCCACGAAGACAGATGTTGTGCTAACTGTGTTAAGAGTTTAGTAAACTTGTTCAATGTATTGATAAAAGTGTCATAGCAATTGTAAAAAACTGTAACAGTAACAAACCAAAACAAACGGACGGCAGCTCCTCATGGAGACTGCCGTCAAACTGAAAGCAAAAGTAAAACATGTTCGGGCCCGGTCCTCTCTCGGCTTCCTCTGCCATCGTTCCTCCTTTTATAGTCCAGAGCTCCTTCTGTGGGATTCGAGCCCGGTGCGCACCGCAGGTGCATTCACTTACGTGGCGGACTCATTCCGTTCCCACAGCTCTCGGCCACACCCCCTCACCACAATATACAACCCCAAATCAGACAAAGTTGGGACAGTATGGAAAATGCAAATAAAAAATTAAAGTAGTGATTTCCAAATATAAATTTAACTCTTATTTCATTGCAGACAACTATTATTTAATTTGTTCCTCAGGATTTTTAATGTTTTTTTTTTTCCCCATAAAAAACACGTATTACAATTGTTTTGTGAAACACATTTTAAAAAATGTTGGACAGTGAAGCATTTACCACTTTGTAATGTTGCCATTCCTTTTCACAAGGGACGTTTAGGGACAAAAGCCACCAAATAACGAAGTGTTTCAGGTGCATTTTTGTCCCATTCTTCCTGCAAACAAGTCTTATAGTGGGCAACAGTGTGGGGTCTTTCTTGTGGCATTTTGAGCTTCGAAATGCACCACACATTCTCTATAGGAGACAGGTCGGGACTGCAGGCAGGCCAGTCAAGTACCTGTATCCTCTTCCTCCACATCCAGGACTGTGTAATGTAAGGCAAGGCAGGTTTATTCATATAGCACATTTCACACACAGAGACAATTCAAAGTGCTTTACATAAACAGGAATACAAGACAAGTGTAAGAAAATAAAAACAAATAATAAGAATTATAAAAATAAGAATAAAAAATTGATAAAAATATGTTTAAATAGGTTATAAAATAATGAAAAAGAAAAGAATGTGGAAAATGCACATGCAGAATGTGGTGTTGTATTGTCTTGTTTTTAGTTTAGTTTAGTTTATTTGTTTGCAGGGTCAATGCACATTAATAAACATTAATGTAAAATGTGCCAGAATTAGCCAAGAATGGCTATTTTTCATCTGCAGATCCCTTACTGAATGTTAAAAAGTCACATCTAAAATAGGAGCACAGCATAATAACATACAGTACACTATCATTTATAAAGTACAATTAAAATGTAAAAAACAAAAACTGATGGCAGCAGAAGAGGACAAAAAAGCCAAAGACAAACAGTACAAATAAGTGTCAAGAATACAGTACTAATGCTGACAATAGCCCCTTTAATTTTTCAGAAAGATCTGTTTGTGTGAGCAGGCCCTTTTGAAAACACCGGTAAATTCATTCCAGTTATTTTCCGGAAAGTGAAGTTGTAACATTACCGTAATTTGCCGGAATGCTGCGCTGTGTGAACTCAGAAGAAAGATTACCAGAAAGAGCGCGTTCACGTCTAGAAGGTGCTGACGTAAGACGTCTACTTTAGCCAATCAGAACACTCAGACGCATTCATGTCCGCGCGGTTGGTGAGAATAAATGCCTGTGAATGTTTTTCCAGACACATTTTAGCTGCTAGATGTTAGTCAGACAATGTTTATATGTTCCTTCTTAATGCCAACAGTGTAAATAATTATCGATAATGCTTATGATAAGCCGTTGTTTGTTTACCTTCAAGCTCACGCGAGTGCACGTAAAGCAGCTGGTGAGCGCCAGCACACACACATATTATGAACATCTCGACATGCGAAGTGTTTCTCTATGCTTTCATCAAAGCTGTTCACAACACTGACCCACCCACAGAGTTTGTAACGTAGTCAAATGTTTACAAATACAAGCGCGGCGGTTTAGAGGCCATTTCTGGTTAATTATGTCAGAATTTACCGCTATTTTGGAATGGGTGAGTGAATGGTCCTTTCCTGAAAAATTTCGTAACGTCCTCGCTTGTGTGAACAGGGCTTTTTTTAATTTACCTTTAAAGTCGTTTCGAAAAATTTCCCAGATATTTACCGGTTTCACTGTGCCACTTAACCTATTAAACTAACTTAGTTGAAATATGCATGGGCGTCCCTTGAAAAAAAGGCAGCAGATTGTGCTCCAAAGTCTCTGTGTACTTTTCAGCATTAATGGTGCATCACAGAAGTGCAAGTTACTTTTGCCAAGGGCACTGACACAACCCCATACCATGACAGAGCCTGGCATTTGGGCTTGTTGCTGGTAACGATCTGGTTGGTGCGGACCACACAGCATTCATTTCTCCTAAAACAATAGCTGAAGCCCAGAAAACTGCATAGCGCTTCTGGACACTGTTAACATAGGGCTTCCTTTTGGATTTTAACTGGCATTTCAGGATGTAACTACACATTGTGGTACTTGACAAAGGTTTGCCACAGTAGTCCTGAGCCCATATGGTGATATGGCTTCTAGATGAATGAGGATTCTTGATGCAGCGCCGCCTGAAAGATCGGAGATCACAGTGGTTCAGCATAGGCTTACGCTCTTGTCCTTCACACAGTTAAATTCCTCCAGATTTCTTGAATCTTTAAATAATGTTTTGCACTGTTCAAGGTGAAATATCCAAATGTCTTCCTCTCTTTCTCTGAGGAACATAGTTTTTAATCATTTCAATCATTTTCTCATGTATTTGTTGGCAAACTGGCGATCCTCGGCCCATCTTTGCTCCTAAAGGACAAGACCTTTCTCGGATGCTGCTTTTGTACCAAATCATAATTGCAATCACCTGTTGACATCACCTGCTTTGCATCATTATTTCACCAGTTTACCTGATGACTAGCTCTAAACTGCTCCTGTCACAACTCTTTTTGAATGTGTTACGGGTAATTCTTTAACCTTTTATGTCTTTGATCAGATATCCAAAAACATATATAATTTTGTTCAAATTCATCTTTGTCAAACTAATGTTAAAACTTACTTATAAAAAAATTACCAGCTTTCTATTGTATTTTTAATTTTATTCAACCTCCTTTTAGGTGTTAAAATCAGTGTTTTCGCCTTGTCGCACACTCAGAGTTTTAAACGTCAGCAATGAAGATAAAATTTTCAAATATTGTTTATCTGGTATCTATTAATGTATCCTAATTAAGCACTAGTAAAATAGTTTAAATATTTTATAGTTATTAATGTGAGACAATTATCAATATTACTTTTTATACAAAATATAGCTGTCGCACAGTATCGGTGTCATTTCCACCACAAAGTAGAGCTGCACGATTCTGGCTAAAATGAGAATCACGATTTTTTTGCTTAAAATAAAGATAACGATTTTCTCACGATTCTGTAGATTTAAAATAAAGGTGTGGTAAACACAAACATATGGCATAACATCAATAA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Seq C2 exon
GTGTTGCTGTGGAAACAGAAACCGTCCGAGGGTTTGACCAATCAGACGAGCCCAGAGCTGTGGGACGAGTCTAATCCTCTGGCTGTTCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000088795:ENSDART00000125008:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.038 A=NA C2=0.333
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(20.2=100)
A:
NA
C2:
PF0010018=Zona_pellucida=FE(11.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]