DreINT0025488 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000032079 | acsl3a
Description
acyl-CoA synthetase long-chain family member 3a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-050420-181]
Coordinates
chr15:43038949-43051861:+
Coord C1 exon
chr15:43038949-43038977
Coord A exon
chr15:43038978-43051789
Coord C2 exon
chr15:43051790-43051861
Length
12812 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TGCTTGCTTTTCTTGTTCAGGGT
3' ss Score
9.86
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAGTTCCTGTCTCTGGGGACGAATTAAG
Seq A exon
GTAAGTTTGCGGTTCATTCGGTGACTTTAAAAGGAGTTAATTATTATTAAATGACTATCCATCCATCCATTCATTCATTTTGTGGAGGAATTTGCAGGATGAGGAGCCTTTTTCAGAGACTTTCAGAGCTGTTAGCTTAATGTTAATCAAGTTACAAGAGAAATACTATTTTAGTGATAGAGTTTGATGTAAACTAATAACGATGAGATGAATTATTTGTAAAACCTTACGTTTTGTTGAAAGCGCTGTAATTTCTGTGTATGTACTTTGGAAAGGAATAAGACGGATTAAGAACCTTTCCCAGGGGCTTCCAGATCTGTTAGCTTGCTGTAAACTAGCCTACATGAAAGACGTTTAAAACTATCCCAAACTGTTTAAGTGATGTAGTTTTGTTATCTACACATATAACAATGAGATAAATAAATAAAATCTTGCGTTTTGTTGAAACTGAAGGTTCTGGGATTTCTATTCATTCAATTTGTGGAGGAATATGGAGGATGAGGAACTTTTCTCAGAGACTTCCAGAGCTGTTAGCTTCTATTAATAGACCTTTAAAACAATCCCAAAATATTTTAGTGATATAGTTTTGATATCTAAACCCATAACCATGAGATAATTAATACAGTATGTTGCGTTTTGCTGAAACTGAAGGCGCTTGAGTTTCCATCTATCAGTTTTGTGGAGGAATATGGAGGATGAGGAACTTTTCTCAGAGGCTTCCAGAGCTGTTAGCTTCTATTAATAGACCTTTAAAACAACCCCAAACTTTTTTATTGAAATTGTTTTGATATTTAAACCCAAAACCATGAGATAATTAATACAGTATGTTGCGTTTTGTTGAAACTGAAGGCCCTTGAATTTCTGTCTATTAGTTTTGTGGAGGAATATGGAGGATGAGGAACCTTTCTCAGAGATTTCAGAGCTGTTAGCTTCTATGAAAGACACTTAAAACAATCCCAAACTATTTTAGTGATGTAGTTTTAATATCTAAACCTCTAACAATGAGATAAATAATTAAAATCTTGCATTTTGTTGAAACTGAAGGTGCTGGTATTTCTATTTATTCAATTTGAGGAGGAATATTGAGGATGAGGAATCTTTTCAGAAGCTTCCAGTGCTGTTTGCTTATTAATAGACGTTTAAAACAACCCCAAACTGTTTTATTGAAATTGTTTTGTTATTTAAACCCATAACCATGAGATAATTAATACAGTATGTTGCGTTTTGTTGAAACTGAAGGCGCTTGAGTTTCCATCTATTAGTTTTGTGGAGGAATATGGAGGATGAGGAACCTTTCCCAGAGAATTTCACAGCTGTTAGCTTATATGAAAGACATTTGAAACAATCCCAAACTATTTTAGTGATGCAGTTTTGATATCTAAATCTATAACGATGAGATAAATTATTCATTTTACGTTTTGTTGAAACTGAAATGGATGGAGTCACCAATGGTTTAAGCACTTTTTTTCTGATGTACAATTGTTTACGTTTGCTAAACCGTATTATATTTAAAAATAAGTATTATTAGATCACAATTAATAAAGATATTTTTAATTAGGTAAATTTATCAGCTTTATGTCCATCCTTTGAAAGTCTGTTCATCAAAACTTTTATCAAAACCTTTGAAAAAATTGGAAAAAAAGAAATAGGAATCTTTATCCAAGTGTTCTGAAGAGAATCATTTTTCGACAGTACTTGTTAAATGTAGGGGAGAGCGGAGGACGAAAGTAACAAAGCGATTTTTCTTGAATGACAACATTTGATGTCCAGGCTATAGCATGCAACCCTTGAGGGAGCTGCCAATTATCATGTAATTTCAGGAGCGTGTCCTGCGGTTAAGCCTGATTTCCGTTTTTAAGTGTAAATGTAAATTGTTTTTTATTATTACAAGTTGAGTTTCTCTTTTGATGTGTCACACTGATTATCAATCTATAGGTTATTTAGTGCAATAACACTTCCTTGAGTTTGCAATCTCTGAGTTTTTCAGTTTAAAGTAAATCAGGATTAAATGGCATGAGCTTTTTGCAGGGATGAAATTAAGTTTTTATGTCCCACTGCTAATAGACAAACCTTATTATTCACTTCTACATTAGAGTTTGCAGTATTTGGATTCAGACCTTTAAAAAAAATAATGCATATTTCCAATAATTGTAGAGCACTTATTTTTTTTGTTAACTTTTTGCATTGTTGATTTACTTTTGAAACATTTGATGGAGCTGAAATTTAAAATGACAATGCAGTTAATTTATTATTTTTTTTTATCAAAAATAAAGGATAAAATATGTTTGCAGTGAACTTTAATAAGATCATAGCTAGATATTTTTAAAATAAACAAGATTAAGCCAGTAAATAGCAAATATTGTTGATATTTTTGACCTACCCGTGTGTTACTTTCGTCCCTGCTGACGGGGTCAAGACTAAAAATGTGCAACTTTTGTTTAAAGTGAAATCATATTGGAGTTTTTCTACATTAACATAAAATAATACCTGATTTTGATAGACCAATCCTGTGAGTTTTTAACCACATCAAATATATTTCTTCTAAAAACATAATTTTTTAAAATTAGGTTTTTATGAAAAATTTTACGCTCTCCCCTATGGAAAACCAAGAACAAACCTATAATATGCAAAGCTTGCTTGAGCTTCCATAACCAATTTTAAATGCATTATTAATGCATTGTTTGCTGATCAAATATCAATATATCATCACTATATATGCAAATCTGTCCATATAAACTGATTTCGTCTTTTAAAAGACAGAATCACCCACTTCGAATGTTATCAGTCGATTGAATGGCCGTTATCAGTGGTTATCATCTTATTGATATGGGCCAGTAGGGGCCTTCTGTGTCTACTGGTAGACTCAGTAGGCTGTTATCATCCATCCACATGGTTAATCAGCTATACAAAGAGAGAAGACTCCAGATCCAGATCTGTTTTTACATTATTGTGAAGGTTGGGTTTAGGGTTGGGGTAGACGTTAATAAAAATACAAATAATGGGAATTTTAATAAATAATATTAATAATTCTCGTTGTTAATCAGCTATACAAATAGAGAAGACTCCAAATCTCCACATTTTACATTACTATGACGGTTGGCTTTAGGGTTGGGGTCGACGTTAATAAAATACAATTAATGAGACATTTCATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTAATTATCCGGGGTCGCCGAAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCCCGCAAGTTTTAACACAGCGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCACACACACATTCACACACACACTCATACACTACGGACAATTTAGCCTAGCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCTGAGCACCCGGAGGAAACCCATGCGAAGGCAGGGAGAACATGCAAACTCCACACCGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCATTACCTATTGCACCACTGCCTCCCCTGAGACATTTAATAAATAACATAAATAATTCTTGTTAACTTCCGACCGCAGTCGTATGTGATCTATAGCTGATTAACCATGTGGATTGATGATAACAGCCTACTGAGCCTATACCAGTAGGCACAGAATGGTGCTACTGGCCCATATCTATCAGCTCATAACCACTGATAACGCCCATTAAATCGAATGATACCAGTCGAATCTGCTGACCGAATTCATGGATTATTTTTATGAATATTCTGAAGGTGAATAAACTTTGAAATGAAGCAGAAATAGGATTATAAATCTACAATTGTTTTACAAAAATAATCAGCATGTATTTGGATTCAAACATGGATGATTAAATAACACGTTTCACTCAAAAAGGCTGTCGATTTCACATGATGTAAACATTGCGTCATTTTTAATTTCCAGAGCAAAAACAAAGCTCTTTGTAGACACTTTAGGAACATTTTATTACAAGGCGATCACACGTTGGCAATACAAAGTTATTAATATACATGCAAATGCTTGCTTATGTCCCCTTTAAGAGACTCTTCAGATTCGTGGTTGTTTATTTCCCCATTCCTTCCTTCCAGAGAGAGCGAGAACCTCGCACACTACTTTAATAAGAAATCAAATTATGATTAGCAATGGCACACAGAGGCGCTTTTGTGCTGGACGTGTTCTGCTGGACTTTAGGGTGGGAGAGGAAGAGGTCATGAGATTGAGCTGTGGCAGGTATTTATGTCAATAAGCGGCAAACTTGCGTCATAATTCTGCTTTTGCATTAATAAGCCCATTCATTTTTATATGCTTTACCACATTCTTATCGATGGAGCATGTACAGTTTAGTTTACAGCACACTCCGGTTCTGTTCTCGTTTATTCCTGTCAGTTTCTTCCTCCTTTCGACCTACACAGATGGTTTGTCGACACTTCAAGTGCGAATGTTTCCGTGAATGAACTGTTGCCATAACAACAGTGTCAGTCAGTTCTCAATTGCCCGAGTTTATGATTGTGTGTTATGTTTGGGTAATAGCTTTAATGAGGGGTTGCATGAAGATTGAGTGACATAAATATGTTGTTGCTCTAATTTGAACTCAAAGTCAAATAGTAAATGATACCCCTTTGTAATGAAGAATCAAGCTATTTTTGCTCCATTCAGATTTTAATTATGACGTTATATGAATGAGAGCAACAAATGTGTACAACTGGAAAGGGAGCGGTATATGATGCAATAATCGTTTATCTCGATTAATGGTTTTTCATAATCGTTAGAAGCCAAAATCGAAATCGAGGTCAGACTTTCGATTAAATGCACAGCCCTAGATTCTCCTGTATTTTACAGTTTTATCCCACTATCATCCTGTAAAGGTATTTTCCGTATATCTCCCGTTATTTATGAAGGGTGACAATAAACATTAAAGAGCCGATCCTTCCTATACGCAACTCATACCGGCGAACCACCAGGGGACGCCCCCTGCTCTTAAATGCGAGTCTGTTCTGTGCTTTTATTTT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Seq C2 exon
GGTCAAGAGGCTTCGCCGACCGTCTCACAGGAGAAGAGCCAAAAGAAGAGGAGGAAGTGACTTCACAACTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000032079:ENSDART00000152222:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]