DreINT0025684 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000007219 | actn1
Description
actinin, alpha 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081113-4]
Coordinates
chr13:36200924-36204881:-
Coord C1 exon
chr13:36204735-36204881
Coord A exon
chr13:36201005-36204734
Coord C2 exon
chr13:36200924-36201004
Length
3730 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CGAGTCAGT
5' ss Score
0.53
3' ss Seq
CCCACGGCTCTGCCACCCAGGAC
3' ss Score
5.67
Exon sequences
Seq C1 exon
CACATCCGTGTGGGTTGGGAGCAGCTCCTCACCACCATCGCTCGCACCATTAATGAGATTGAAAACCAGATCCTGACACGTGACGCCAAAGGCATCAGCCAGGAGCAAATGAATGAGTTCAGAGCCTCGTTCAACCACTTCGACCGA
Seq A exon
GTCAGTATCATGAGAACACACAGTTTTGCACCATTACGAGTAGTCGGACGTCTTAGTCAATAACTCCATCACTTAATCTGAGTTGGAACCAACATGAAGTGACTTTTTTTAAAATTGGTTGCTGTGACACTTTAGCACTTTAAGTTAGCGTTTTAACTCTTTCCCTGCCAGCATTTTTGATGAATTTCACCGAAATCGCTTATCAAATATATTTTATGCATATACAAACATTTTATTCATTCATTCATTTTCCTTCGGCTTGGTCCCTCATTATATTCGGAGGATGCAGCCTCTGAAATGAGACACAGCTAGCTATCGTCCGTGACACCCCCGCCCCGCTCCAGCCTCTGGTAACAGGCCGGGTCCGTTACCCCGATCTGTTCCGGTACCTCAAAATTCACAAGTTAAGCACTGCATATAATATAACAAAAGTAAGAACTAAGTGTCTGCTTTTAAGCAGAAAATTTGTTCATGTTTAATCACCACATCAGCACAGATAGGTTTAATCAGAAAAAGAATAATTCTGACAAAAAAACAAGAAAATGTATATATATATATATATTTTTAAAGTAGTGCACTTTTAAGATATAACACACACACAAACATATAACTTCGTCCACATCAAAACAGGGTGTCCGCTGGGTCTTAAAAAGTCTTAAATTCAATGAAATATTGTGCTGTGTGTCTTAAATTATTTTAAACAGGTCTTCATTTTCCTCTGTCCAAGTAAAGCTACCCAATCGAGCCAACATCCATCCAATCACCTACAATCCATCTTAATAAAATCATGTAAAGAAAACTAAAAACAATTACAGTTCTTCTTAATCATAACAGAGCCATTTATGCCTTTACGTTATCTTCCATTCATACAAAAACTATTTACAGAAGTTAAGGGCGAGTAGACATAACATTTTTAAACAGACATGAAACTTAACCTCTTAATGCCCCAGGTGTTTTTTACATGTATTTTTTATTTCTCTTTGCTATTTGGGCTCATTGGAATCTAATTAAAATAAAACATAGGAATCATTTCTTGATATGATGTACTTTTAGAGAAAAATGATGTCCATATATGTGGACTCATGGTCTGAGTTTACATAGGACACTTTTTCCTGACTGTTTTTTAATTCATATATAACATATACATTTTTTGAACATGTTTTGACTATCGGAGAGTAAAAACAAATTTTTTTTTGCCCCTTTTGGACAGTTAAAATAGTGTTTGGGACATTCCATATGCTGCAAGATAGTTGCAGGATGACACGGTATGTCTGTAACAAAATATAAAACATTCAAAGTATTTTAAATAGCCACTCAAGAGCTAAATTGTGCTGTTCACGTATGCTAAAGGTTAAGGTTTTATAAAAGAAATGCATTAGGTTGAACAGGAGTTATACTCAGTCAATTTGGACCAAAAGCCAGCAAATATATATTTTAGATTACTTATGTAATTACCTCCACAATAAATATACTTTTAACAATGTTAAACTAGTAATTTAAAAAAAGTAATATTATGTTGAAAGTAGTGTATACAACTAGAGTTTTCTTATTTTGACATTAAGGTATGTCACTAAGAAATAACATTATTACATGTTTTTGTGGCTTGCAAAAAAAAGCAATTGACCCAACCAGACCATTAGAAATAATCATCAGTGTTTAGCCCTGTATAAGTCTAGAATTTAATTCATAATGGTCATAAAAGGGTCTTAAAAAGTCTTAAATTTGACTTGCAAGAAGTCTTGATAAAGAAGGGAGTAAGCCAAAGGAAAGTTGTATAACTCTTTATTTTTACATGCGATCTGACCTTAATTGAGAGCTTCCCTTACTGTAATATACCTAAAACACGGACATGGGGAAAGAGTTACAGGTTTGATAAAAGTAGAGCTGCATGATTAATCATTAAAAGACCGCCATCTTGATGCAAACACCTATGATATCTTATTCCTAAATGACGATTCTGCAATATCAAAATGATATAAACACTAATAAGGTAAGGTCACAGTCAAAAAGATTAAGTTACCCTAAAATAACTGTTAAAATAAAGATTGCCGTTATATAGCAGGTGTCATGACGTTACTGTTAAAACATTTATTCGTCACCAAATCCTATTCATTTAAGCGATTTCTGAAAAATGCAGATTCATCCAGTAATGAAACGAGAAGTCAATTTGATTGAGTCGTTAAATAATTTACTTTGACAATACAAACAAATCTGAATTCACATTTTATCAAAACATACAGGCTGCTGTTGTTTAGGTTTCTATTCAGAAAACATGTGTGAACCATAACCTCAGATTTAAGCCAAATCAAAATAATGGTTATTCTCAATTTTCCGCTTGTTAAGTCGTGACGTATCATTGACGTATGGATTACTGTTTCCGGGTCCAAGCCTCTACTCATTTGAATAGAGAAAATATTAGTTTATGACTATCACACATTAAAGTGAATTTTATATAAAATCATAGTGTACACAACAGTCTCTGGACTTGCTGCATCACAGACATCAATACTTTAACAATAAAAAAAATAAAAAAAAGAATCCCTTTCTAGGTTTCGGATATTAGGCATGGATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAGCAATCGTGATTTAAGAAAGTATTACATCGCTTTGTAAACAGTTATTATTACCATTTGTTGAGTCTCCCTATACAGTTTGATAGAGTGCTTGGATCTGTAAGCCATTCGCGTGACGTTTCTCTTAACAAGCGGATTCCAGAATCATGCAGTTCTATCAGGAAGTAGAATTTATTGAATTGTGAATCAAAGAAATTCACCAGGTGAATGATTAAAATATACAAGCAGGGCCTAAAAATAACATTTTACCACAGCTGTATTGATGGCTTCACTAAATTTACTGGCCATATAAAGTAAAACTGTACATTATTGGTGTAAAAATCAGACATAAACAAATCTAATTACAACTTATATTAATCTTACTAACATATAACTAAAGAAATATTTATAATCATTAGTCAAACGTATTAAGAAAATAACACAAATCCTATTCAAATGTAAAGTATTTCTTAATATTATTTAGTAATATAACATTATTAATATTATTTAAAGATTATTATTAAATGCTTTGTTTCTTTACTTTAAAAAGCTGTCTTTTGACCTACTTACTGTTAAGGTACAAGAAATATTTTATTTATTTACAACAGATTTAAAAACCATTGTAATTACAAGTTGTTGCATGTAAAATTTTTTATGCATTTTCCATTTGACAAGTGTTCCTGTTAGGCCCTGTAAAGTATATTTATAATTGTGCATTTATATATTTTTATACATTTATTTTATATTTCATATCAATGCATTTGTATAATTGACCTGATTTGCATACAGTTGAATTACACTAAGCATCACCCACACAAGCCCCAGATTACACGCTGCCACGCTGAAAGCTAACGCTGCTAAAAACACTAAAAACCCACACAGAAACCTTAACAGCATTAAAAACCCACAGTTAACTGAGCACAGATCATGTCAGATGTGTCCTCACGATCACTAGCCCTGCTCACACAACAGTGTGTGCTAACGGTTGTGCACTTTTCTCTTGTCTTGTGTGTTTGTTTGTGTTGTTCACTTCTGCATGGACCCTGTTCACCCCTCCACACGTGTGCATGCCAATCCCTCACCCTTCACATGCGTGTCCCGCATGCCCACGGCTCTGCCACCCAG
Seq C2 exon
GACCACTCGGGCACTCTGGGCGCTGAGGAGTTCAAAGCCTGCCTTATCAGTCTGGGCTTCGATATCGGGAACGACGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000007219:ENSDART00000140243:18
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0043516=Spectrin=PD(38.2=42.9),PF077816=Reovirus_Mu2=FE(29.6=100),PF0152612=DDE_Tnp_Tn3=PU(20.0=34.7)
A:
NA
C2:
PF134991=EF-hand_7=FE(30.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]