DreINT0029622 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000030364 | angpt1
Description
angiopoietin 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-010817-1]
Coordinates
chr19:47300600-47366372:-
Coord C1 exon
chr19:47365915-47366372
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr19:47300600-47300755
Length
65159 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
ATTGAGAACTACATCAAAGACAACATGAAGACGGAGATGGTGCAGCTACAACAGAGCGCCGTCCACAACCACACGGCAGCCATGCTGGAAATGGGCACCAGTCTTCTGTCCCAAACGGCAGAACAGACGCGAAAACTGACCGACGTGGAGACCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000030364:ENSDART00000043713:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.345 A=NA C2=0.635
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]