DreINT0029763 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000077582 | ank3b
Description
ankyrin 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060621-2]
Coordinates
chr12:7771756-7820233:-
Coord C1 exon
chr12:7819793-7820233
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr12:7771756-7771857
Length
47935 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTACCA
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]