DreINT0035438 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000020847 | atp6v0a1a
Description
ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 subunit a1a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-3027]
Coordinates
chr3:16772426-16779875:+
Coord C1 exon
chr3:16772426-16772509
Coord A exon
chr3:16772510-16779717
Coord C2 exon
chr3:16779718-16779875
Length
7208 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCAGTAAGT
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TCCTCACTCTATTTCCTCAGGTG
3' ss Score
10.03
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTCTGCCTAGTTCTGGTCAGCTGATGCCCGCGACGCAGAGGATTCAGACACCGCAGGACTCCGTTTTAACCCGTTTAAACTCA
Seq A exon
GTAAGTCCCATTACTCCAACTTTATTATCAGTGTTTAACTACTTCAAAACGTCCAAACGCTTGTATTCAGAAATCAAGAGCGTGTTTGTTTGTCAGACATGTTTTTAGGAAGCGTTGCTGAGTATTTACGTTCTCTGAGTTAACTTGGCGTTAACAACCTGTCGAGGATCATTAGCATTAGCGCTCGTACTGTTTAGTTTAGCTTATGCTTGTGTTTTAAATCTCTAAAGATGAGCTTTTCAGGAACTTTCTTACTGAAGTGAATGAAGTGGCACTTTGCTCTACTACTTGTTGACGCAACAAGCTCAAGTTGACAGTTAAGTACACAAATATCCTCTGTCAGGCTAGTTAAGCCGGTGTCTTGGTCTAGTAGTAGTTATAATTCAACGAGATAATTACACTTTCGAAATGCTGAAGTAATTTTAGCTTGATGATCAATATAGGATAAGTATGAAAGTACATAACACTTTGATCGATTTAGCAAAGCGGCTAATTTACTGCTGATATAATCGATGTGACGTAATGTTAGAGGAACGCAGTGTAAAGTATAGATGCTCTATTAATTTTACCCTATTATTGAGAAAACACGAAGAAAATTATGGCTCCAAAAAGATTTATCTTTGAGGGGTTGAATTCTTCTTACTAAAGGAAAAGCTATCTCCAGATCTGTCTCCAGAAAGTCGACTTTCATATGCTGCTTAGTCTCTCCATGTTGTCAAAACCATTTTTGAATCAAACTAATAAAATGTTTAATTTTAGTTGGAAAATGGTATTCATTATATTAAAAATATAGTAGTATAGCTTTGAGAATGGTGGTCTTAATATGCTGGATTTTTGTACATTTAATAATACTGTCAAAATTAAATAGGGTAAAAAATTTCAAAAATTCTACTTCAATCTGGAACTTTATTCTAAATGACATATTTTCTAACATTGGGTGGCTTTATTTCTTACTACTTTGTAATTATAATGTTGAAAAAAATACCAGCTAAATTATCTCCATTTCATAAGCAATTTCTTCTTGCCTGGTCACTATTATACAAGCACAACTTCCCTCCTCACAAATGTTTTATTTGGAATAACCAAAATATTGTATACAAAAACCAATCTTATTTTTTTCAAAGCTGATTTGAAGCAATTGTTCTGCTTGTTAGTCTATTATTTAATCCAAATGACCATTTATTAAATTATAAAGAATTCTTAATCAATTCAATAGTCTCATCCCCCCTAAAGAATTTGCTGTTGTATTTGATGCCATTCCATCTGGAGTTATACGATTATTCCATGGCATCCCCTATCCTTCTGTGTTTCCTCTTTTAAACCCTTCTACTACAATGGTAGAAAAATGTTGTTTCTTGCCAACCTCTTCAAACAAATCAATATGCTCTTTATTTTTTAATGGAATTGTGTCAGTTCCAATTGTTACTTTTTATAGGAACTCTTTTGTTCATGATATTGTTTGTGAACAAATATGGCTAATTTCAAATAGCTACTTAATTACAAATAAGATAAAAAAAGTTTCATTTAGAATTATCCATCGGACATTATCTGTGTATACTCTCTTAGTAAAATACAAAAAAGATATTGATACAAATTGTTCATTTTGTAAGCAAAAGAGTCCCTTATTTTGGCAATGCTAATTTGCTTTGGAAAGATTTTTCCCTTTTTTAATTGAGAATTTTTGAAAAATAATTTTCCTTACTATGGAAAAATGTTTTGTTTGGTTTTGTTGGTTGCAAAACAGAACCTTTAAATATAAAGAATATATATTTTTAATATTTTGCTTGCTGAAATGGAGTATTACTTTGAAACTACTTCTAACTCTTTTACAAAAAAGGCTTTAAAAACAACAAAAAATTATAAATTGCATAATATTTTTCTTTAATGTAAGTGTATATACCCCTTCTGGGTGTTTTTTTAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTTTTTTTATAAAGTACTTTAATTTGTATATTTTCACTTTTCGCATTATAAGAAAATATATTACTGACCCAAAAAATGCACATTTACACAATACCGAAATTTTACTTTCCTTGTTAAAATTTCATTCATTATTTAATCTCTTAAGCGCATTAAGAATAATACATTTCTTAAAGCTTATGATAATCTTTGTCTTAATGATTGAGGCCTTTTAAAGATTTTCTTTCCCTCTCTGTTTTAACTTTTGTTATTGCGTTTTCTCTTCAAGGCAGTGATGTTATTTTTCTTTTATTCAATAATAACAAAAACACATAAAGTTAAATGAGTAGTTAAATAAAATTCAGTAAAGCTTTATATTAAGTGGGTAAAAAAACGGAAACGACAGAGAAGCAAAATATTTCCAAATTAATATTTTTATTAAAAAAAATTCTGAATATACAGAGCTATAAATTATTATTATTATTGCTATTAAAAAAACAATAAACGTACCGATTTCTTGTCATGGTGATTGGCTGATACTGAGTACCGATTCTGATGCTTGAAGCATTATGTAACTTGGCCACTGCATGAAGCACATTTTTCCTCTAAGTAAGTGGAGATCTCTCCTTACCTAAGATAAACTAAGGATGCTGCATGCAATCATATAGATTATTATTACGGCATATAATCTTAAACATGTCTTTCTCTTATAACCATTTATTGTGGAAAGAAGCAGCTTCACAGAAAATAACAGATAATATGCGGGAGACCTCCGGAGCTTCCAGGAGAAATCATATGGTTGAATACCAGATTGGGCTAATTGCTTCACTTGCGTCACAGTAGCTCAAAACACTACAATGGCTGCAACAAAGAGACCATCACTTGCTCGAGTTTCACCAATAAACTGTAGAAACAGAGGCAGCACCGTATCTGTATACAGTATATTTTAGCTGCTGTGATCGGTTACGCCACTACGCATTATTTACCTCCTCACATGTTGAGGTGCTGCTATCTGTATAACCCGGGTGTGCATGTGCGTCTTTCTCTACTTGTAAACTCATAAACAAACACCTGCAATCGGTTTATAAGATCGGCCAGATTGGTGTGTACCGATTGAGTCATTAATTGTGATCATTGGCCAATCGATTGGAGCATCGCTATTTTTAATTAATTGTTATATGTATTTTATAGCCGAATGTTTGTGAGGAGAAAAATGCTTCTGTTTTGTTCATAAGCATTTCAAGCATTTTTAATTGTAATTTTTGTACTGTTCGAGTCTTTTTATTTATTTATTTTTTTTGTACAGCACTGTGGGTGTTTTGAAAGTGCTTTATAAATAATGCGTGATTGAAAGATTGATTGAGTCTAGTCTTATGCTCCGACAGCTCGGCTCAGTCAGAAAACTGCTCACATACTCGAATGAAACCTGATTAGATGCCCTTCCACAGGAGTTCACATTATTAATACGGTGTTCTATTGTAGGATCTGCTTTTGAAAGACTTTCTATGGCCCACTGCTCTCAATGCTGGGACGGCTGTAGTTGTAAAGGCGAATGGAAAAAATGAGAGGAGCATCCACAGAGACAACTGAAAGAGTATCTGCATCTTGATAATTCCCCAAAGTGCTGCATTATTTAGCACGTGTGGAATTACCCATGAACCACACACCACTTATACCATTTTGACCACTTTTCAGTCATCAAATGGAGCTAACAAATACATTGTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTCTATTGAATTTATTTGTGCTTCAACCTGCCCGAAAGTGCCTCTGTGTTGGTAATGTTTAGTATGGAGAGTCACATGGCGCAGCTTAATCCATAATCCGCTCCCTGTGAGTGCAGTTCATCGTAGTTTATAACAGGGTGTCCGCAGGGTCTTAAAAAGTCATTTTAAATCATTTTAAACTGGTCTTAATTTTAAAAGACACCCACAATCACCAACAATCCATCTAAATATTTTTTTTTATATAGGTATTAAACTTTTTGCAATTCACAACACACATTTTAATAGCAAATTCTCTTAATTAAATTCCCTTATCAGGAAAAGAAAGCTAAAAACAATTACACAATTCCTCATGATAATAACAGCAGTATGTTCCTTTACATGATCTTTCTTTTACACAAAAGCTTTTTGCAAAAGTAAGGATAAGTGCACAAAATATTTATAAATAGGCATAAGGTTTAATAACACATTAGGTTGAATAGGAGTTATGCTCAATTAATTTGGACAACAATTAAACATATATGTCCGCGGAGTCTTAAAAAGCCTTAAATTTCAAAAACAAAATTTTAGGTATTATTAGGTATAAAATTAAACCAGCTCTGAGTCACCAGGTTAGATTCACAGAGTAAGTTACCTCGGTAACAGGCTTTTAGTAAAAGTTACCTCTCTTTCAGGAACAGGCTTGACTTGCCCTGCTTTCTCGAGTTTGACGAATCGGTATCAAGATGGTCTCATAGTACATCCATTAAAAACACAAATGTTGATTTACAAATTGTAATGTGCATAAATGATCTAAACATTTGCATATTATTCAATAATATTACTGAAAAATGCCAAATAAATATGACTGAATAAACTAAATAAATATATACATTTAAGTTAATAAATAGATTAACTGCAAGGCCCAAATTTTTGTGTAAATGTGCAGATTTGTGTGGGCGCAGATTCCATAGCTATTATTTATAATCCACTCTTTTGAGCAGAACAGCTGAGAAGATCAAGATTTGCCCTAGGACAGCAGATGCCATGCGGTTGTAGCGGAATAGGTCCAGGCAGAGTAAAGTTCATCAGGTTATTCTGTGTGTTTTCTTCATCCTTCTGAGAGAGCATCTTAAATTCCCATAGCTGTTTGGGGCATCACATGCCTCAGGAATGGTGAAACGGCACAGAAGCATAACGCTATTATTTGTGTGCCCTCAGGGCACAAGATTGTGGAATCTTTCCTGAGCCTTTTTACTGGATTGTTTCTCCGCAGACATTAGTTCAAGATGACTTTTGCA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Seq C2 exon
GTGCTTCTCCCCTTAGTGCATTGGGTTAAGAGCAGTGCATTATGGGGGAGCTGTTTCGTAGCGAGGAGATGACCCTGGCCCAGCTCTTTCTCCAGTCAGAGTCTGCATACTGCTGTGTCAGTGAGCTGGGGGAGATCGGCATGGTGCAGTTCAGAGAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000020847:ENSDART00000017646:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF0149614=V_ATPase_I=PU(1.6=33.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]