DreINT0040137 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000099045 | cacnb2a
Description
calcium channel, voltage-dependent, beta 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080808-7]
Coordinates
chr7:71632480-71638073:-
Coord C1 exon
chr7:71637734-71638073
Coord A exon
chr7:71632600-71637733
Coord C2 exon
chr7:71632480-71632599
Length
5134 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GGCGTAAGG
5' ss Score
4.88
3' ss Seq
TGTCTCTGCTCTTTCTGCAGGGT
3' ss Score
11.65
Exon sequences
Seq C1 exon
TTACAGCTAAAATATTTACATTTACAGCACCATTTATCTAGCTGTATTGTATCTATTTAACGTGTTGCATATCCTTACTGTAAATTATACAGTAACTATACAGTAAAATACAGTTCATATTACAGTTAAATACTGTGTAATTAGCTAAAATTGTTAACAGTGTATTATGTTTGGTTAGCTAGATTGTTGGCGGTTTTTTTTGGTTGTTGCTAGAGTTTATTGAAGTTCGTGGTTGGTATGGTGACTAGAGCAAACGCTCTAATCGGATTGGCTGATGAAGGCCTCCTGGATACGACTGCTGAAACGAGCAACAGGAAACCGAGTCAAGAACAACATTGGC
Seq A exon
GTAAGGAGCTATAACACTTAATATATTGTGTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAGTGTTGTGATTAATAATGCTATTATCACAGGTATACGGTATTTTAAAGATAATACTAGGGTTGGGTGGTGTCGACCAACTTGGCATCGTACGATGTCTAATGTGAAACATCGCGATTGACGATGACATCGTCGTCATAGGCGTAGGTGAATTAATTATTCATGAATAATTAATTAATTAATTAATTAATAACAAATGTATTATTTGTAGCCTACCGTTTCACCTAACCCGCATGGTCTTTGTTTTACCCATAACCTAATCATAAATAAATAAATATAAGTGACACACTAATTACCACCTGTCAATCACTTTTCCCGCAGGACTCTGGCATGAATAGGCAGAGTGATCTGTGTCATTATAATGGCGTCGACAGACTTGGTTGGTAAAAAAAGATGCACAACCAACAGGAGCCAACCAACATTTTCTGAGGTTTACGCTAAAATGACTAAGTACAATCGTGAAATCGAAAGATTGAAGCAGTGTACTAACGTTAAGACACATTACCTGATATACTCAAAAGACCGAAGAGTCGTTAAATAGTGACACGATTATTTAAATATCACGTTTAACAACTATAGTGAGATGCCATCCAGCGGTACATCCTTGATAAACTGTCCGACGTGCACTGATCACTTCATGCTATTTTAAAACTAAGACGCGTTAGTGTAAACGGGTGTATTTTTTGCAAGCGAGTTTGCAAAAGGAGGCGGGGTGAAGGATTGTGATGCCGGCTGAGCATCGTGACTTCTATCAGCCATCGGCGATGGACGATGGCATCGTCTATTGACGCAACCCTAGATAATACGCAAAAAAAAGTACATTAACAGGTATAATAACCAATAAAAAAATACTGTACTGTAGAGGTGTGATCCTACACTGGTCTTACGGTTCGGTTACAATTATCATGCCATCGATTCGATTCAATTCGATATCTCTGTGCATCACGGTGCATTGACAATGCTTTCCATACACACTTTTACATTTATAATACAGCTATAACAAGCTGTCTGTATAAATACACACACACACATAGGCACACAGCACCAAGCAAGCGACACACAGCATCACGCTCTCTCATTCACAACACATAAACACAAAGCTCGGGAGCGATATTGTTAGAGGACATTATTAATACAAAAACTACAGTGTCACAAGGGGTGAGTGATTAGGTTGTGTGTTTTGATGTTCAGTATCTATCTATGGTGCTCAAACAGTTAAAATTAGAATGATTTTGTTTCTTTTAGCCTCTTTCATACTGAAAATACTATAGTAATTCATAGTAAATACAACAGGACCTTTGAACCATACTATAGTTAAGTGTATTATACTGTAAAGCCTATTGTAATATTTACAACACGTTGTTGAGGAATGTTACAGCATATAAGCTGTAATGGACTGATAAACTGTTGTTTTTACTATGTGGTTCATTGTCTTTTAATTTTTATATAGTTACTACATAAAATGTATAGGCCTAAAATATTGGGTAATTTATTACTATAGTTATTGATTTACCACAGCAACTAAATAACTACTAAATATTTCCATTAAAGTACTAATGGGGTAGTTGAACTTCACACAGGTCGTCCTGCATGCCTGCATTTTGATTCCTAATGTTGATGAAGCTGTATATGTTTTAATAGGCTAATTTTCGTCCGTGTTTCACGTTTTATAATACAACGATGTATGAAGCACATTTATGGATTCAGTTAGGGTTCAGATTAGACTCTGTGTTTACGTTCTGAATGAAACATGTCTGAACAATCCTGTATTTAGTTTTCTATGTTCAAGGAAAGCCTACTGATCATACTTTTAGCGATATTTGGTGAAATATAATTTGTACTGCTTACCCTTTTTCGATGTCTTGTTGTCTTGTTAGTCTGCAGATTAACCGCACCACTGCCGCGCATGCGCAGTATGCGTACTACGTGCTAGTCGGCTGTTAGCTGAAGTTCGTATTTTATCTTGGACACTATTATTAGCTGTACGCCTCATTTTGTTTACCAATTAGCATTGTTCCTGTAATATAGTCCACTCATCTCAAAGTAGTGATTGAAATTCAGACACTGATTCCCATAAGGGTCCGTGTACGTTTTGTTAGTTTGTTTTCCATTTTTATTTGTTCTTAAGCTATGCTTAATATCGTTTGCTACGGTGCTGCCACATATTGTTTTTTCCCACTCTATTATGTCGTGATAACAAGATCTTTAAAGTACTGTAAAATATTAAAACCACATATTTTCTCATAAGGATATGTTCTACATAACAGCTACATAATTTTAGTGTTAAAACTGCATATATGTCTCCTTAAAACAACATTTTTTTACTTTTTCCATTAAAACAAGACATTATAAAGCCTACACGACAACAGCTGGTAGACTCAAAAAAATATAGATCTTTTGCTTGTTTAAATTACTTATTTAAAATGAAACAACACCATTCTTGAGATTTTATTGGGACAACTAAATTGTTTTATGTTCAATTTACATAAATTTGTTAAAAGTAAATTAACTTAATCGATTTGTGTTGGGACAACATGAATGAATTGTGTGAAACCCTAATTTTTTTTAGTGTAAGGTTGGCAATGTTTTGATGCTTGTACGCTGGTCTTGCTGGTGTCGAGACCAGCACTGAGACCAGCAAGACTACAATTAAGACCAACAAAACCAGGATTTAAACCAGCAAGACCAGCTTACCAGCATCAAAACATACCTTACCACAGGGGTTCCCAAACTTTTCAGCCTGCGACCCCCAAAATGACAATGCTAGTGACTCGTGACCCCCAATATTCTCTGAGGTGGTGGTTATAAATACAGAAACCTTGTATGCAATGACGCACACACACACCAATAGGCCTTTTTCACACTTCCTGGTTCCGGTAAGCGAAGCAGTGTACCACAACATCCGGTTTCAATGCGACGGAGCAAGAAAGAATGGCAGGGTCATCTCAGCGCTGTGATTGCTGCGTTCCCAGCTGCTCCAACTCAAAAACGACACTCTTACTTTAATGACCACGATCTCCCGAAAGACGAAGGACAGGGAAAATCATGGATGACAATATTAAAGGGGGTTGAATGCCGTTTCAAGTTATATGCGGGAGTACATTCTTATGCTGTATACACTTCAAAGCGGAGATTATTATGTTTCATTAAAGACTGGTGGTCTATGGTTTATTTTGACGAGTAATTATAATATAGACAAAACTCAAGTTAAGCTATCTGCCGTCCACAAACAAGTGCTCATCATGGTCATTAATCTATAACCATGATTTATCCCTACATTGTTGTTATTTTGGAATAATAGACAGTTCATACAAATGCAAATCTCTTTTTTTAATTGGTTTGACAGCAAAATTATTTGTTTAGTCAGTTATATAATAAAGATAGTATACTTTAATGTGTTATTTAATGTGTTAATGTTTAAAATGTTATTTGCTGTTCTTTAAATAAATAATAAAAATGAATATTATCCACGAGTAGGAGCTAACGTGTTTCCAGACTTGAGAAAACCTCACGAGCATTAAACAACCTGTAATGTATTAACCGATAGCAACTCGCCTGTACAGCTACCTCGCCATTCACTATATCTGACTCTGAATTAAAAGGAAGGAGGGGGTTAGCACAGTTTACAGACGGGACTACTGACATAAAACCCATCCTGCTGGATGTTAAAAAGCCAGGTTAATCCAGTTTACGAATGGCTTGAATGAGCAGATTTTATGCTGTTGGCTGTGCACCTTACTGGAACCTGACATGGCAAACGCTGTGTAAGACACGTTTTCTGCACAAACTCTGCAAATCGGTATCATCTTTTAAATGCTGTTTTATTAAGGCAGTTTTACACATTCACCGAACAACATCTTCCTGTCCAAATTATGGCAAAGTTGACCATGAGAAAGTCATCCGCTGTCCCGAGGCTGTCATGTCTCTGCGACTCCTAGCGAACCCGGAAATATCGATACACTGCTTCGAAGGGCGCTTCCGGTGTTCAATTCCGCTGTGAAAAAGGTCTATAGACCCAAGTCTATTCATTGTTTTTTTTTTATGTATGTCAGTGCTGTAAATGGGCTAGAAAGTTTAACCTGGTGTTATAAAATCAATCTGCTGCATCTGACAGTATTGCTGTGTCTTTAGTATAATGTAATAATGTATATAATGAAGTTGCAATCCAATAGAACTAGTAATAAGCTACTATAGTAACTATATAGTTTATAGTAACTATAAACGACAATTTTTTTCTCTTTAGTAGGTTATTGATAAAATACAGTAAGTTTTAAGGTTTAATAAAAATTAATTGATTTTTGAAAATCACCAGGCGACCCCCCTTCATTGTCCCGCGACCCCTCGGGGGGTCCCGACCCCCACTTTGAGAACCTCTGCCTTACCAGACCAGCATATGCTGTTTTTTTCAGCATAATGTTTTTGTTGTTGTAGTTGTTGTGGGTTTTTTTTTATTATTGAAATGTATTATCTTTCTATTCTTAAATATGTTAGGTGACCAAACTATTATTTTAAGGGACTGGAACTATTAAGGGACAAACTATTACTATTTAAGGGAACTGTTTAATAAAAGTAAATGCACTATGCACATATATAGTCTATATTGACTGAGAAATTTATAAAAATATAAGTTTTGACTCATTTATGCTGCTGAGTACTGTCTTTAGGAGAAGTCAACAATAACCTAAACTGTATATTAACTGTTTATTAAATGTTGGAAAACAAACCTATGAATGGTCTTATATCTACACTCATCCCATGTTAAATTACCTTTAATTATGGAATTACTTTTAAAAAAAGGATCACATCTATGTAGTAGCCATAATAGAAAGAGGTCAACTGGATTTTTTTAATAACTACAAAAAAAACTACACCATGTGACTTTGTATTGTAATATATGTGTTGTCATTAGAAATTTTGACATGAACACAGCAATGTATCTCCGCTTGCATATTGCCTACTTATATTAACTAGTAAAAGTGTATTAAAATTAATAAGATGAGCTAATGTGATGTGGGATAATCTGATGCGAATACACATGCTCATGAGCGAAATGTCTCTGCTCTTTCTGCAG
Seq C2 exon
GGTTCAGCAGACTCATACACCAGTCGGCCATCAGACTCGGATGTGTCTCTGGAGGAAGATAAAGAGACTTTACGCAGAGAAGCTGAGAGACAGGCTCAGGCGCAACTCGACAAGGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000099045:ENSDART00000168754:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.227 A=NA C2=0.925
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF120523=VGCC_beta4Aa_N=PU(92.9=97.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]