DreINT0044535 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058999 | cdx1b
Description
caudal type homeobox 1 b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070615-29]
Coordinates
chr21:43987130-43996788:-
Coord C1 exon
chr21:43996321-43996788
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr21:43987130-43987278
Length
9042 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGCTT
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4.83
3' ss Seq
ACTTTTGTTGTTGTTTTTAGGAG
3' ss Score
10.83
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGGGAAGACCAGAACAAAAGACAAATACCGGGTGGTGTACACAGATCATCAGCGTCTGGAGCTGGAGAAAGAGTTTCATTACAGCCGCTACATCACAATAAGAAGAAAAGCAGAACTGGCAACCGCACTCAGTCTGTCAGAGAGACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058999:ENSDART00000081993:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.864 A=NA C2=0.300
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047317=Caudal_act=PU(98.4=90.7)
A:
NA
C2:
PF047317=Caudal_act=PD(0.8=2.0),PF0004624=Homeobox=PU(73.7=84.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]