DreINT0045405 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000079049 | cercam
Description
cerebral endothelial cell adhesion molecule [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-9787]
Coordinates
chr10:10413563-10421893:+
Coord C1 exon
chr10:10413563-10413766
Coord A exon
chr10:10413767-10421658
Coord C2 exon
chr10:10421659-10421893
Length
7892 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAAGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TTTTTTTGAACTCTCAATAGTGA
3' ss Score
5.83
Exon sequences
Seq C1 exon
ATACCTGGGCAGAAAGAAGGTGAACCCTGGAGAGGAAGTTCCAGTGGAGAACGTGAGGAATCTGGTGTTCGCCGATTACTCCTACTGGACGCTGTCTTACGCCATCTCTCTCCAGGGAGCTCAGAAGCTCCTCAACGCTGAACCCGTATCCAAGATGCTCCCTGTGGATGAGTTCCTGCCCATCATGTATGACAAGCACCCAAA
Seq A exon
GTGAGTACCATTTAAATGGTAAAATGATTGATAGGGTGTGCTGGAAAGTCAAATCACGCCGAAAAGCAGTAACTAAAACGATATTGGCATCTACACCAATGCAAAAAACATTTCAAATAATTTGCCACTCTACATGCTTGACCTTTAAAGAGTTTGATTGGCTGACATTTTTATATTGTTCTAAAAGTTATTAGCAAACATATTGCTCCTCTGTTTTTTAGTTATTAGTTATGATTTTTAACATAATTAATGTTCTTATAGAAATTAAAATTATTATTTAAAGAAATATCAAGTCACCTGGAGTTAAAAGGTTGAGTTTTACATTTTTTTTAATCCATTTAACCGATCTTCAGGTGTGATGGCAGCACTTTTAGCTTAGCTTAGCATAAATCATTGAATCGGAATAGACGAGGGGTCTCCAACTCAAATTGGCGAGGGGCCATATCAGTGACAATTTATAGGAGGGCCATTTTAACATTAAAGCACAAGAAAAAAGTGGAATCCTGATGTAATTGATGCACTTAGTCATTCTTCCCCAGAGTATATGCAGTCATATACTTACGTTAGGTAGTTTAATTTGCTATGAAAATACTACAATTTAATAATAGGCATTTGAATTATTATTATTCTGTCCCAATCAATTCTTGCTTTGCCAAATAGAATATCTTTTTTTTTTTTTTGTAAAACTACAACAAATAGGGGGAAAGCATAGAAAGTATATATTATAAAGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATATATATATACACGCAATTTATAAATCGCAAAAGGCTGCAATTTTTATCTATTAATTTATTTAGAATTTTATTCAGAATATGTTCTTGTGCACATGATATTAATATGTTAACCAATCAGAGCTGACGTAGCGCACCGGGCAAATATAGCTATTATGTTAACCAGCTCACTCTGCGCATGACGAAGTTGAGTAGTAGAACCGAATAGGCGAGCAGGAGGAAAGAGCATAAAATATGGATGCAGGTCAAAATAAAAAAATTTGGTGCCAAGGAGAAATTCTACGTCAGTCATTTTGGAGTTTTTTGGATTCAGGAGAGAGGATGTGTCACAGAGCAAGGCAATTTTTAAGACTTGTGAAATGATTATTCCAATACTACAAATCTGATCCAACACTTAAAACAGTGTCATAAAAAACTGCATGATCAATGCATCTCGACAAAGTCCATCGAAACAAACAAAAGCACACATCAAAGCCAGCCCAAACAGACTGAACTAGTATCCATTGTTCAAGCATTTGCAAGCGCCGTGCCTTATGGGAAAGGGTCAAAACGGCATAAAAGAAATTACTGACTCAATAGTTTTGTTATGCACTTCTTGTGCTCTGAATGCATTTAGAATGTATGTAGCTTGTTTGAAAAAGCAAAAACAGTTGCCAAAATCACAAAAAAAAAAACGCAATTGCAATATTCGTTTGTAAAATCGCAATATGATTATTTTGTCCATATTGCACAGCTCTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAACACAAGTACATCTTATTGAACATAATTTATTTTCATCACCAATTATCATAGTAGAACAGTTTCTCAAGCAGTGTGTGATGCATTTTGGAAACAGGAGATGAGCCCCTGTTCTAATGCGCCACTTGGCTTGAGAAACCCACTCTCAAAGACTTATTATTTGGGTAGCACACATGTTCTGAATGCCTTCAGCAGAATTCAAATGAACCATTTTAATGTAGAATAATTTAGATAAAAAAAATGCATCTATGTCCACCTATAATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTTTGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTAATAACATGTTCAATTCAGCCAGCAATACAACTTTACTAATGCACATTTTTATAATTTTTTTTAATAAGCATATGAGGAAAATCTAATATATGAGACCATTTGAATTGAAAATTAGCAAAATGATCATATTACCACCACCAGCATAATGTGTAAGCCATGAAGAAGTGATTGAACAACAAAATACAGCTGCTATAAACTAATTATAATCAAATGACCCTAAAATATTTTCAAAAATAAAGCTTCAGCAAAAATACAGCACTTACAGACAAATATCTCTACGTTTAAATCAGCCCCAGACATTATCTGCTCTTTAATTTAATTACAAAACATTAAACCCATTTGACTTTATTACATTTGCCATGTTTACTGTTGGTTACTAGGCTACCAATACCACAACAAGACGCTTTACAACTACAATCACAACTTAATGGAAATGCACTGAATTTCCATTTAGGCTTTTTCTTTTTTAGGATTTAGGATTTTTTGATCTTTCAAGATAATTTTAGCCAAAATGGTTTAAAAATGTAAACACAATCCCTAGTAATATGATTGGTTGCTTTATCAGATTGACCAATATCTGACTCTTACACCAAACTGATGCAGTGTGATCAGACTGATGTGATATTGACACATTGTGTCAATGTACAAGCAAACATACAGTATTAGATCCAGTTTGCCATTAAATTTGTTGATGTATTGTTTTTGTGCTGGCATGGTTTTAGTTGAATCTGTTAAAAAACATGACCTGACATGACTTGAAGAAAATAGAAAATAATTCGGCTAGACATGGATCTTTATAATTCTTAAAATTTTAGACCAGAAGGTGGCACTACCTCAAACCTCAGTACCTTCACGACATGGTGCTGAAAATAAATAATGGATTTTGTAGTTTTATTTTATTAAATTTTTTATTTTATTTTATTTTTCATATCTACTAACCAGTAGGTGGCACTGTGCAGGAACTGAGCAGGTAACGTCAGGTCTTTGTCTGCATTTGAAATAACGAACCCAAAAAATACATTTATGTGGACTAATGCTGCAAACTTTCAACAAACTTAGCATCTTTCGTTTTTGCGTATATATAAATCCCTTGAAGTTCATAATGAAATGTTAGTATTGATGTCTTTTTATATGCTAAGTCAACACACAGAAATACAAGAGAGCTTGGCATTCATGTCAATTAAAACTGACTGAAATAGCTCACCACAAACTTGTGCTTTCATTTAGAGACCATTTTCTTCTAAAAACTCTCTGTGTACTTCCTTCACTTTGTAATTGTACAAGCATTTGATTTTTTATGGAGCCAAGAAAGAAACTTAGATTTTGAGAAGACAGCAGTGCGTGTGTGTCTGTGTGCGTGTGCATACTGTGGATTGGCACAATGCCATCCCTTCTCCCTCTGTCTATATCCTCACCATCTCTGACTCTAATTCATTTTGCTTGGCACGTCCCGCCTGAAGCGCCTCATCCCCGCAGTGGCAGATCAGAGCTGCATTCTCCCCTTGTTATTCAATCTTTCCACCGGTCCGTGGCTGTCCCGGTGGTAAATGCCGTGCTGCTTCAGCCCTGCTGACGGATAACCCTTTAAAATCCTTACCCGTTCCGCATTCCAGCAAAATTAGTAGCTACTTTAGAGGTATTTGCCGCTTTACTCTCCTTCCAGGTCTGAAAAACACAGGGCAGTCTGCCAGCTACACACAAAGCTGTTCACTCTCAGTACACAACAAATCTTTGCAGGCTTTTACTGAAAGTCATTGATACTTTATTCGTTTGTTTGGGTGAAGTTAAACTTTACAAGCCCTAAAGTGATTTGCTGTCAGATTTGGGATCCAAATGATCCATTAAATACATCCATTAAATTTACATGAAATAAATTTGACGTCTGTTGTTTGTTCAGACTACTTATTTAAAATGAGCTGAAACAGCACAATTCTTGAGTTTGTTTTAAGACCAGTGAATTGACTTATGTTTAATACTTCAATTGGTAACAAATAAGTTAACTTGATTTCTTTATGTTGTCCCAACACAAATCAATTGTGTGAAACCCAGCATTTTTACAGTGTAGATAATCTGGGACCTCTTTTCTTTTAAAATTGCAGTACAAGCAAGCATCGCTTGGCATTTAAAATTGGATAAAATACGAATTTCTACACTCATCGGCTACTTTATTAGGTACACCTTACTTGTATTGGCTTGGACCCCCTTTTACCTTCAGAACTGCCTTAATCCTTTGTGGCATAGATTCAACAAGGTACTGGAAATATTCCTCAGAGATTTTGCTCCATATTGACAGTTGCTGCAGATTTGTCAGCTGCACATCCATGATGCCAATGTCCCGTTCCACCTCATCCCAAAGGTGCTCTATTGGATTGAGCTCTGGTGACTGTGGAGGCCATTTGAGTACAGTGAATTCATTGTCATGTTCAAGAAACCAGTTTGAGATGATTCGCACTTTATGACATAACGCGTTATCCTGCTGGAAATAGCCATCAGAAGATGAGTACACCGTGGTCGTAAAGGGATGGACATGGTCAGCAGTAATACTCAGGTAGGCTGTGGCGTTGACAAAGTGTTCAATTGATACTAGTGGACCCTATGTGTGCCAAGAAAATATCCCCCACACCACCACCACCACCACCAATCTGAATCGTTGATACAAGGCGGGATGGATGCAATCTTTCATGTTGTTCACGCCAAATTCTGACCCTAGCATCCAAATGTCGCAGCTGAAATTGAGACTCAGTAAAATCCCAGTAGATCAGCAGTTTCTGAAATACTCAGACCAGCTCATCTGGCACCAACAACTATTCAAAACTGCAGCAGATCGTCTTGACGTCTACATGTCTAAATGCATTGAGTTGCTGCCATGTGATTGGCTACTTAGAAATTTGCATTAACAAGTAGTTGTACAGGTGAACCTATTAAAGTGCCTGGTGAGTGTAGATACGCTGCACAGTAAAATAATTAGATTAATACTTATTGTGCATGTTGTAAATATTTTATTATTAAATGTTACTA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Seq C2 exon
TGAGGACTACAAATCCCATTTTCCCAACCGAAATCTGATGGCGTACTCCACACACCCTCTGCTGGTGCAGCCATGTCATTACGCCGGAGACGCGGAGTGGGTGAGCGACACAGAGACCTCCACATTGTGGGATGATGACAGCGTTCGCACTGACTGGAGAGGCTCACATAAGACTCTGAAGGGCTCACAGCCACCCCCCGGCCTGCAGAGCGCCACCTACAAGGATGAGCTGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000079049:ENSDART00000109432:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.321
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0175512=Glyco_transf_25=PD(31.9=85.5)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]