DreINT0045454 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058992 | cers2b
Description
ceramide synthase 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110408-40]
Coordinates
chr16:1360026-1362322:+
Coord C1 exon
chr16:1360026-1360198
Coord A exon
chr16:1360199-1362204
Coord C2 exon
chr16:1362205-1362322
Length
2006 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAAGTGAGT
5' ss Score
7.97
3' ss Seq
AAATCTGCTTGTTTGCTCAGATA
3' ss Score
5.71
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCTGGCGGGTCTGAGCGAGCTGTTCTGGCAGGAGCGTCTCTGGTTCCCCGAGGGTCTGGGATGGGCTGATCTGGAGGACCGGGACGGACGGGTCTACGCTAAAGCTCGCGACCTGTGGGTGGCGCTGCCCATCGCTGTGCTGTTTCTGCTCATACGACAGCTCTTCGAGAA
Seq A exon
GTGAGTATTTAAATCTCTATTCCTGCGCTCATCTGTTTAAATAAATGAGAGTAGGATTCTGCCGGTATTATAACAGTATTTTTAAATATTAATATTACTTTAACAGGTATAATAACTCTGAAATACTTAGTTAAGGAAGTTGCAAAATGATTATAAAGTTCAACAGGTAACACTTGACAATAAAGTCTCATTATTAAACATTAATGCATTCAAATCAACAGTTCATAGCCATCATGAGTTCTTATAATGTTCAATATTGAGCAATATTCAGAAAAGGCACTCTAAAAGTTTTAATAATAAATAGTTATTGACTACAGTATCAATATTGTGCATGTTCATTATCACAATAGATGGATGTGTGGGCAGAAAAATGGATGGATGGATTGTGCATGTTCATTAATATCGGCATATGTCTATCTGAGAGCTGGTTGTTTTTCATTCTGTCTGATATTTGATAAGCTGAGCCTTTTTCTTTCTGTCTGGCCTGTTTATAATAGATCTGTCGTTCTATTTGTGTCTGCAAGCTTTTTCCTGAGCTCTTTAAACTTTAATGCCTTCTCTCGCTGCTTCATTTCACTCTTCATCTCTTTCCCCTTCACATCGTCTTATTACTCGCTCATTCTTCCTTCTTCTTTCATCTGAAAATGGACATCCTGTCGTCATGTGTTAACCAGATTGAGTTGTTTTGTTCTGTCAGAAAACGGTAACCATTGATGTCCCTCCATAAACACATACTATGGAAGTCAATGGTTACCGGTTTCCTTAATTCTTAATAAAATGCTTAACCCCTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAAATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATGGAGGAATGGATGGATGGATGGATAGATAGATGGAGGAATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACGGATGGATGGATGGATTTATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGGGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATAGGTGGATAGATAGATAGATGGATGGATGGAAGGATGGATGAATAGGTGGATGGATAGATGTATGGGTGGATTGATGGATGGATGGATGGATGAATAGGTAGATGGATAGATGGATAGATGGAAGGATGGATGAATAGGTGGATGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATAGGTGGATGGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGAATAGGTGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAATAAGTCACAATAATCAATAAATAATAGTAATACCAAAGAAAAAAAAACATACTTTTGACAATATTAATAAAGTAGATTTGCGATTCAAAACTACTTTGGTGGTTTTTGATTAGAATTGAACCTCTAACAACATCTAGTAAATGTTCATGTGGATTGCTGTAGCAAATGTATGCTTTACAATATTACTAATGAACAAATCACTACCAAAACTCTTTCTAGCGCATTAAATGCTTCTGAAATCTGCTTGTTTGCTCAG
Seq C2 exon
ATATGTTGCTACACCGCTGGCCTCTCTGCTGGGCCTGAAGGAAACGGTGAGACGGAGAGTTGCACACAATCCAGCACTGGAGTCCTACTATTGCAACACAAGCAAAAACCCCACACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058992:ENSDART00000149299:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=PU(38.0=47.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg19)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]