DreINT0045459 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000058992 | cers2b
Description
ceramide synthase 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110408-40]
Coordinates
chr16:1365531-1367600:+
Coord C1 exon
chr16:1365531-1365623
Coord A exon
chr16:1365624-1367471
Coord C2 exon
chr16:1367472-1367600
Length
1848 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TACCTCACGCTCTCCTGCAGGAC
3' ss Score
8.62
Exon sequences
Seq C1 exon
ACACTCCTGCCGTCTCAGTACTGGTACTACATGCTGGAACTGGCCTTTTACACCTCTCTCCTGTTCAGTGTGGCGTCGGACGTCAAGCGCAAG
Seq A exon
GTAAGTCCTCCATCAGCCAATCACAGCGCAGACCTCATTTTTGCATCTCAATGAATCGTTTCCTTCAAACGGCTCGTTGTTGTTGGCTTTATATTTTGAGCAGCGCTGTATTCAAAGCAGCAGATGTCCCCAATGTTTCCATTTACCTTCAGCTTTAGGGAAATACAGTCGACCACAATCCATCTAATTCATCTGAAGTCAGAAATGCATTCAAACACACGGGTTTGAGCCTGACACTGATTTATAAATAAAATAAAATTATAAAGTGGACCTAAAATAGATTTTGAATATCATCGTGTTATTAAATAAACTTAAGCTGAACATTTTATTTAAAATTGTATTAAATTAAAATGTTTTATATCATGGATGGATATATCAATGGATGAATCAATGAACGAATGAATAAATGAATGAATAAGTGAGTCGGTAAGTGGATGACTGGATGAGTGAGTGGGTAGATGGGTGAGTAGATGGATGGGTGAGTGAGTACAAGTGAACAAATGAATGAATGAATCAATGAACGAGTGGGTGGGTGAATGAATGGATGAGTGAGTGAGTACAAATGAACAAGTGAACAAATGAATGAATCAGTGAACAAGTGCGTGAGTAGGTGGATGGGTGGATAGTTGGGTAAGTGAGTAAATGAGTGGATGGATGTATGTAAGAATGAATGAATGAGTGGGTGGGTGGATGGATGGATAGGTGGGTGAGTGTGTGAGTGGATGAATGTATGTATGAATGAATAAGTAGGTGGGTGGATGGGTGAGTGAGTAGGTGAGTAAGTGGATGGATTAGTGAGTGAGTGAGTGAGTGGATGAATCAATGGATACATGAATGAATCACTCAATGAATGAGTGGGTGGGTGGATGGATGGACATATGGGTGGGTGAGTAAGTAAGTAGATGTATGTATGAATGAATGAGTGGATGGGTGAGTGGATGGATGGATGAATTAATGGATGGATGAATGAGTAGGTAAGTGAGTGGATGAATCAATGGATGAATGCATGGATCAATCAATCAATGAACAAGCGAGTGGGTGGATAGACGGATGGACAGATGAGTGAGTGAGTAAATGTATGTGTGTATGAATGAGTGGGTGGATGGGTGAGTGAGTAAATGGGTGAGTGAGTAAGTGGATGAATCAATGGATGAATGAATCAATGAACAAGTGGGTGGGTGGGTGGATGGATGGATAGATGGGTGAGTGAGTGAGTAGATGTATGTATGAATGAATGAGTGGGTGGATGGGTGAGTAAGTGAATGGGTGAATGAGTGAGTAGATGAATCATTAGATGAATGAATGAATCAATCAATCAGTCAATCAATTAAAAAGTGAGTGGGTAGATGGATGGATGGATCGGTGGGTTTGTGAGTGAGTGGATGTATGTATGAATGAATGAGTGGGTGGGTATATGGGTAACTGAGTGAGTGGATGGATGGATGAAGTAATTGATGGATAAATGGATGGGTGGGTGCGTAAGTTGATGTATCAATGGATGAATGAACAAAGGAATGAATGAATGAATGAATCATTTAATCAATGAACAAGTGAGTGGGTGGATGGCTGGATGGATAATGGATTGATGAGTGAGTGAGTAAATGAATGTATGTATAAACGATTGAGTGGGTGGATGGGTGAGTGAGTGAATGGGTGAGTGAGTGGATGAATCAATGAATGAGCAAATTAATTAATCAATGAATAAGAAAGAGTGAGTAAGAGAGTGAGTAGATGGAGGAGTGAGTGAGTGAGTGAATGGATGGATGGATGAATTAACGGATGGATGAATGGATGAACTTATATGATTTTGGTATAATGACTTCAGTGTTACCTCACGCTCTCCTGCAG
Seq C2 exon
GACTTTAAAGAGCAGATCATCCATCATGTTGCCACCATCCTGCTCATCAGCTTCTCCTGGTGTGTGAACTACATCCGAGCAGGAACGCTCATCATGTTCATGCACGACTCAGCCGACTATCTGCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000058992:ENSDART00000149299:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
ACTCCTGCCGTCTCAGTACTG
R:
CAGATAGTCGGCTGAGTCGTG
Band lengths:
214-2062
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]