DreINT0045491 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002365 | cers5
Description
ceramide synthase 5 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-1740]
Coordinates
chr22:5735582-5740805:-
Coord C1 exon
chr22:5740713-5740805
Coord A exon
chr22:5735711-5740712
Coord C2 exon
chr22:5735582-5735710
Length
5002 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTATGTTGTGTGTCTTTCAGGAT
3' ss Score
12.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTGACCTCAGGCCTGTATTATTATTATGTAACAGAACTGGCCTTCTACTGGTCGCTCATGTTCTCTCAGTTCACAGACATCAAAAGAAAG
Seq A exon
GTGAGTCCAGAACCTTATAAAAGCAAAACTTCATTTAATTTACCTCTTTGCCTCCTACCAGATCGGAGGGTGCTTTCACACCTACACTTTTGTTTCGGAACGTGTCTCGTTTGCTCAGTTAGCGCGGTTCGTTTGGCATATGTGAACAGGGCAATCGCGATTTGTTCCGCGCCAAAGTAATCGCTCCGAGATCGCTTGAATGAAGTGGTCTCGGTTTGATTGAAACGAACCCTGGTGCGGTTCGATTGCAGTGAGAAAGCGATCCGATCCGAGCGCGGTTATATCACAGTGTTTTATGGATATGTAATAGGCTTACGGCTATATGAAGAGAGAATTATGAGTAGGGCGGGAAGTTTCGCGAGTCTCCGGATGCCCGCAAACGAGTGATGATCTCCCGGTAATCTCGCGTCTCTCTCCCGGTCCTCAAATAGGCATCGTCGCGCACCCTTCTCACCCCTCCCCACCGCGTCTCTCCTCAGACACATCGCGCGCGCACCCTGTCAATTACCACCAAACCACCACCTCTCCTGACAGCTGAGCGGGACGCTGCAAAATAAACCCTGACACTCTGACCAATGTGAGGAGAGTTTACTCGCACGTGACTTGTTTTAGGGCTTTTGGTCCGATTAGAAACTTTGCAGTGTGAAAGCGAACCGCTCCAAGAGCAAAGAGCAACAATGTAACAATTGTAATCTCTGTTTCGGAACAACTGAATCGATTCACAGGTGTGAAAGCACCCTGAGATACATATTTAAAATAGATTTCTTTTTTAAAGGGGTCATGAACTCAGAAACCAATATTCCCTTGGTCTTTTGACATATGAAGACTCGTAGTACTGTAAGAACATCCTGTACGTTTCAGAGCTCAAAACGTTGAGTTTCCTCCAAAAAGGCTTGTATTGAAGGCCGTCTGACAAAGCCACAGACTTTGGAATGTTTGTCTCTATGATGTCATAAGGTGGATAAGCTCCACCTCCACAGAAGATTAACGCCCACTTCTACTGAACTGCCTATTTGGCTTTCTTATGGGCCGATCACAACGAATGTGCTCTTTGCATTGAGAGGCGCCTCTCAAATAGTTTGCTAACAGCCGCGAGCGTTTTGAGCGCTGCTTATGCGCCCTGCGCGTCTCACGTTTTAACCGCCTGCTGCGCCTCGCATTTTTGCCCTTGCATGCCATGCGCTCTCAATTAAAAAAAAAAAGTCAACTCTGAGTAGGAAAAGCACGCTACATCACTCGCGTCTGTTTCATTTTCCAATCAAATGGAAGCAGAGGCGGGGTTTCCGTGAGGCGCCTGCAGTGTTTGTGTTTGTGTCAGCTGATTCACTCGTTGCCTAGCGACATAAAAAAAAGCGCACACGTTCCTTTTTTTCTTGTCAACAAAAAGGCAGTGCGTTTTGGGATTGTAAATGCGCATTCAATGTGAACGGCCCCTTAATATGAAAAATTTCCAGCCAGTCTGAGAAGTGGGCTTTACTTTAGAGACTACAATCGGCCACACCCACTTAAAGCTTTCTAATGAGGGTCAAAAACAGCATAGAAAATAGTTCCCTTTTAAATTATCATGCTTTTTAGAAGAGATTGGTCAAGGACTGAAGATTTTTCTGGAATATTTTCAACAAATCTATGTTGCGTACTGCAGTGTTCGAGGTGTTTTACAGTCTGTATGCCACCATGACCGCCTGTTTAAATTCACTTCCTCTAACACACACAGATTACCAGATTAAAGAGTACTAATATAAGATTAATACTTGAAATGTAATTTTGGCCATTGTCAAATTGTCATGCGTTTACGATAGAATTTGCACTATACAATTTTTAAGTATGCATTTACGATAGTATTTGCACTATACAAAGTTTTAAGTATGTGTTTATGATGGTATTTGCACTATACAAATTCTTAAGTATGTGTTTATGATGGTATTTTCACTATACAAATTTTTAAAAATGCGTTTACAATAGTGTTTGCACTATACAAATTTTTAAGAATACGTTTACGATAGTGTTTGCACTATACAAATTTTTAAATTTGCATTTATGATAGTATTTGCACTATACACAATTTGTCAAAAGTGTTTCTTTTAAGCTATTTTTAAAATGTTTGCTGCATGAGTAAAAAAAATCTGCTATACTTATCAATTCAATTCTGGTATATATATATAAACACACACACAGACACGCACACACACACACTAATAATGTACTGTTTATTTAAAATGTAATTTTTTTTATATTTTTTATGAAATAAAAGATATATTTAGGTAATTTTTAAACACATTTCAAAGTGATTTTTGATAATTTTCTAATATTTTAATTATTAAAAAATAATTATTGCATAAAAGCAGATGTTTTTTTTTTTGTTTGTATAATATAAATAGGTGTTGTGACTATCCTTGTTCAAAGTTTTAAATTAGTCACATCACATCAGCAGGTTACACTTACAAAAAAAAACTGAATGGGTCAAGAAAATTTGCAGTCTCTATTTATTTTATGTCAAAATCTTAACATTATATGTGGACCCCTGAGAACATTTCAAAATAAACGACCAAGGTAGTATGTGACTATAATAAATACAGGTGAGGTCAACATACGCTTATTTTACACACTTAAGAAGATAGTACACAAAAAAATGCAAGTTTCATTTTCAGCTGTTGAACAAAAAAAGAAGATAATTTGAAGAATGTTATAAACTGGTAACCACTGACTACCATAGTAGGAGAAAGAATACTATTGTGGTCAATGGTTACCAGTTTCCAATCATTCCTCAAAATATCTTCTTTTGTATTCAACAGGAAAAAAGAAACTCATCAATGTTTGAATCAAGTGAGTAAATGATAAAGTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAAGACGTCTCTCGGCGATCTTACATCATGTGACGGAGATTTAAACTGCTTAAGCTTGTGCAGATTAGTGTGTTAAAGGACCTTAAACTCCAGCAGTAATCCTTCAGAACGAGTGTGTGTGAATTGAACAGCTGTCAGACGCACTTGCTTTCTTTTCTCCTGTCACTGCTGCTTTATTTTCATCAGCTCTTGAAAACAAACGCATTTGTTTCTGTCCGCTGAGCGTCTTCAGGTTTATTTGTTTAAGATTCGGCCCTCGGCGGTGTTCATTGTGAGGCCATAGTTTAGTATAATAACTGACAGTGAGTCAAAAGTCATAACACAGAGGTTTCGTTCATCTTTTCAGTAACACTCAGGAAATTAATTGAGCTTCTGTTGTGCATGTTATCAAGCTGGAAGGAAAATACTTTAATCGAAAATTATGAAATTTGCACTATACAAAGTTTTAAGTATGCGTTTACGATAGAATTTGCACTATACAATTTTTAAGTATGCATTTACGATAGTATTTGCACTATACAAAGTTTCAAGTATGCTTTTACGATAGTATTTGCACTATACAGATTCTTAAGTATGTGTTTATGATAGTATTTGCACTATACAAATTTTTAAGTATGTGTTTATGATGGTATTTGCACTATACAAATTTTTAAGTATGTGTTTATGATGGTATTTGCACTATACAAATTTTTAAGAATACGTTTACGATAGTATTTGCACTATACACATTTTTAAGAGTACGTTTACGATAGTGTTTGCACTATACAAAGTTTTAAATATGCGTTTACGATAGTATTTGCACTATACTAAGTTTTAAGTTTACGTTTACAATAATATTTGCACTATGCAAAGTTTTAAGTATGCATTTAAGATAGTATTTGCACTATACAAAGTTTAAAGTATACGCATACAATAGTATTTGCACTATACAGTGTTTCAAGTATACTTTTACGTTAGTATTTACACTAAACAAGTTTTTAAGTATGCGTTTACGATAGTGTTTGCACTGTACAAAGTTTTATATATGCGTTTACAATGGTATTTTCACTATACTGAGTTGTTTACGTTTACGATAGTATTTGCACTACACAGTTTTAAGTATGCGTTTACAATAATATTTGCACTATACAAAGTTTTAAGTATGCATTTAAAATAGTATTTGCACTATACAAAGTTTTAAGTGTACGTTTATGATAGTATTTGCACTTTACAAAGATTTAAGTATGCGTTTATGACAATATTTGGACTATACCAAGTTTTAAGTATGCATTTACAATAGTATTTGCATTATACTTAGTTTTAAGTATACGTTTATGATAGTATTTGCACTATACTGAGTTTTATTTTTAAGTTTACGGTGGTATTTAAACTATATAGTTTTAAGTATACGTTTATGATAGTATTTGCACTATACTGAGTATTATAGTATATTATAAGCATAATTGTATAATAATATAGTATTATAAGCATAATTGACACTTTTCAATTGTTATTTTTGAGATCAGGAACGGTCAAACTGTATACTTAAGATGCTGATTTACTTTTAGTTGACCCATTTGTAAGGATATGGACCAAGAACGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTGTGCCGATATACTGTAAAATTGAGTCAGTACCAAAATACAGATCATACTGATAAATTATAAGCTTGTACTTTACCATGCTTCATTTCAAATTGGTTAAAATCAATTGTTATTTTGAGTTTGTGCAGATTTGATATAAGTGTTTTGTTGATTATTGTGAAATGTATTTGTGTTTGCGTAATTGTTTTTATGAGTTTAAGAGTGTGATTTAAACTGTTTAAAATAAATAAATCAAATTTAATTATAATCACATTGCAATGTCTCCAAATATTTAGGTGTTATTAGTACGGGTGGGTGAAAAAAATGTATTCATTGATGAATCGCGACTCATTTTTTATTAAATCTGAATCAATTCTCAGTATAGATTCAAAACTTGCCAGAACTAATTTAGCTGTATGTTTATCTTTATTAGAATGCTCAGCCAATCAGAATCAAGCATCCAACAGCCCCTGTAGTATGACTGTAATTAATTTGCATAATGTGTTTGTGTTTTGCATCTAGTGTATTCATTTAAGGTTTATGTTGTGTGTCTTTCAG
Seq C2 exon
GATTTCCTCATCATGTTCATTCATCATCTGGCCACCATCGGCCTGATCAGTTTCTCATATGTAAATAACATGTTGCGTGTGGGAAGTTTGGTCATGTGTGTTCATGATGCCTCCGACTTCCTGCTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002365:ENSDART00000011076:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(15.5=100)
A:
NA
C2:
PF0379811=TRAM_LAG1_CLN8=FE(21.6=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]