DreINT0046704 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000011113 | chrna10a
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 10a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-725]
Coordinates
chr15:38284761-38291798:-
Coord C1 exon
chr15:38291626-38291798
Coord A exon
chr15:38284907-38291625
Coord C2 exon
chr15:38284761-38284906
Length
6719 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
ATTCTTTCTTTCTTTGTTAGTTT
3' ss Score
7.89
Exon sequences
Seq C1 exon
CAGCATCTGTCCTTTGATCTAAAAAACACGACTTCAAGCGCTCGGATGATTCTTTCACCTCTCATTTAATGCCTGATATTCAAGCTTGATCTGCAGTGAGCTGAACCGCGAGATGACCCACAAACATTTGCAATATTTCACCTTTTGTGTCGTCTGCCATATGATTATACCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTGCTGGGGAGCCAATGGAATATATGCTCAAAAACTGCTCAATGATTTATTTAACAACTACACAAGTGCTCTGAGGCCAGTGGAGGATACAGAAGACATCCTGAACGTCACGCTTCAGATCACCCTCTCCCAAATCATCGACATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000011113:ENSDART00000152531:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PU(18.8=60.9)
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]