DreINT0046713 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000057025 | chrna2b
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 2b (neuronal) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041001-99]
Coordinates
chr20:19894037-19917033:+
Coord C1 exon
chr20:19894037-19894605
Coord A exon
chr20:19894606-19916881
Coord C2 exon
chr20:19916882-19917033
Length
22276 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
TCTTGTTTTTCCTCTTGCAGTTT
3' ss Score
11.09
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTTCTTGTTGTGAGAAAACACATTCTCATGCTGAAGATGAACTCTTTAAAAAGTTATTCGATGGCTATAACAAGTGGTCAAGGCCTGTACCCAACACCTCTGATGTTGTGATTGTCAAGTTCGGTTTATCCATCGCCCAGCTGATTGATGTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000057025:ENSDART00000136317:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PU(18.8=76.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]