DreINT0046738 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000055559 | chrna6
Description
cholinergic receptor, nicotinic, alpha 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090312-91]
Coordinates
chr1:21804412-21808348:-
Coord C1 exon
chr1:21808209-21808348
Coord A exon
chr1:21804457-21808208
Coord C2 exon
chr1:21804412-21804456
Length
3752 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TCGTGTCTTCCTGTCTATAGGAT
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTGTTTCTCGTCTAAAGGAGAAGACAGGCTCTTTCGTCGTTTATTCAGGAGGTATAATCAGTTCATTCGGCCAGTGGAAAATGTGTCTGACCCTGTTACTGTGGAGTTTGAGGTCTCCATCTCACAGCTTGTTAAAGTG
Seq A exon
GTAAGAGAAACCTTTGAGTACCCAATGCATCAAAACACTTTTTTTGTCCAGTATTAATAGAGAATCATAATATATAGGAAAAGTTTCAGTTTTGAATATTATTAACTAATATTAATTTAGACACGCTTTATTTTTAACTTATTATTAATGTTTGCTTTTCTCACAGCTCATAATACAGTTAGTTTTCCATTCTTAAATGAAACGTAACACTTAACCAAACTTTATACTAACTAACTATATATTGTTAATTGTTGTTATTTAAAACTTAAAAAATAATGTTTTCATTTTATAAAGACACATTTAAAACAAAGTTTGAATTTTTTTTATTGATTTATGTAAATATACAAATGTTTCACATGCATATTTTAAATGTTATATTTGTGTTACATGTGCAATCATCAAACACTTACTTTAATAAAAAAAAAATTAATTAATAACACTGATAAATGTAAAAAAAAAACTAAAAAAAAAAACTAAATATATTTGTATTTCATTATGTAACCTATACTATTGGGATGCCTAAGAAAATAGTTCACACACAAAAAAAAGGCATTTTATTCAGCATGTACTCACGCTCAAGTGGCTCTAACCTTTTTGAGTATTTTTTCTTTTTTGTTGAACCAAATTGAAGACATTTTTAAGAATGCAGAAAACCATTGATCCATAGTAAGAATAAACATGCTAAGGAAATCTTTTAGTTTAATTATTATTTTTTACATTTTTCAAAATACCTTATTTTCTGTAAGAAAGAAACTCAAACAGGTTGGGAACAAGTGAAGAATGAGTTAATAATTATCATTTTTGAGTGAATTATCCTTTTAAATTCATTTGTAACATTTAAGCATGATTCATTCATTCATTGTTTTATTCATTCAAACCACACCTTTAAATTTTAATACTGGCCGTTTATGTGTAATAATATTAGTTTATCAGTGTTTTCCTGCATTTTCAGTCTGTTTTTAATAAAATGTACCTTTTATGATGTATGTTTTGTGACAGAGCTTAGCAAACATTCAAAACAATGCTCTGTACAAAATGTATTTCATTCATGCATGGGTAAAAAGTTTTTCATTTGTGTGCTTGAACATATGGTATTTTTTTATCAGTTGAGAACTTGTGAGAACTTGTATAAAATGCTTTAAATTTTAATAGGCTGTTTTTTTTTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGAATTTAACTCAATTTTATTTATAATGCACTTTAAAACAGCACAGTTGACCAAAGTGCTGAAAATAAAGAGTAAAACAAAGCATAACACATACTTTAAAATACATATAAATAAACATAAAACATAAAATGTCAGCATCTCATGCTGCGCTAAAAGCCAAATTGAAAAAGTGGGTTTTAAGAAGAGATTTAAAAACAGTAATGGAAGAGGCTTGTCTAATATACAGAGGCAGCCCATTCCACAATTTAGGTGTGGCCACAGCAAAAGCTCAATCCCCTCTGAGCTTTAGACTGGTCCTGGGCACTCCCAGGAGGAGCTGGTTGGCTGACCTGGGTGAACAAGAAGGTTTGTAGAAGAGCTCAGAGAGGCAAAGAGATGCAGCATCATTAAGAAACTTTAAAACAAATCAAAGTAACTAAAAATGGATCCTAAAATGCACGGACATCCAGTGAAGAGGAGATAAAACCAGGGTGAACAAGTTGCAGTCGACAAATAGAGGACCGACTCACCGCAAAATAAAGTGCATTACAGTAGGTGGGTGGTTACAAAGGCATGGACTGCTGTTTCAGAAAAATGAAAGATGTAAGAAGCTTGTTTGGATTACATGGATGTCTCTGGTCCATGTTGGATTGTAGCAGAATTGGTTTAGAAATGAACTAAAACCCTTATCTGTCCTGGGGATGACAGTTTTCGCATGTACTGTTTAATGCACTGTAAAAAGCTTAGTTTAGTTTAGTTTACTAAAAAAAAGTTAGTAAACCTGCCTTAAAAGTAGGCAAATCTGTTATAACTTTGAACTGTTCAGTGACAAGGTTAATTCCTGCATATAGTTAATTTACTTATACATTTTAAGGTTATTTCTTAAGTTAACTAATCACTTTAAAAATGTAACCTCGTCAGTCCTACACCACCTAACATGCTCCGAGTTGGTATCGATTCGATGATCTTCTGCATGGGAGTCAGTTGCTCTACCAAGGAGGCTGAAGACCATGACCTCTATTGTCTGTCGCTAGTGCACCTTTAGACAGGTCAGAGGTGTGAGGTTTACCTACAAAGCACTTACTAGCTGGCCTCTGTTACAAAAGCAATAGGTTTACTCGTTACAGTAAGTTATCAAATTACTTTTACAGTGTACACAAACAAGTCTGTACACTATAAAGTACATATTCTGGATGATTATGTTCTACATAACAAAGTACTACCTTATTAACCATTAATAAGCAGCAAATTAGGATATTATTGAGGCAGAATTCATAGTTAAGGGTTTGTTAATAGTGAAAATTTTACCTTGAAGGGGAAGTATTATGCAAAAAATCACTTGTATCAGGGGTTTTAACACAGTTGTGTGGCTATAACCTGTAAAAATAACCAGCTTCTTATGGTAAAAAATGTATTTGTTTTGTTTTTTATAATCACACATCATAAAAACAGTCAACCAAAACACTTTCCCTTGTGCATATCATGAGGGGGAACGCCCTTCCCACTGGTGACGATCTCTCGCTCATTAGGATAGGATCTTACTCTTGTTTTTGTCTGCCACTATGCTGACACATTGGCATTTGTAACTCTGCCCTCTTTTGAAAATCTCGTTTGAATGTAAAGCGACAGTTGGCAAAATGGCAAACTTAGGATCTAAGCCTAAAAGAGGTAGTTTCAAAGAGTTATAAAACATTATCTGTGTGGTATTTTGAATTTAAACATCACATATGCACATGGGGACATCAGAGACTTATTTTGCACATTGTAAAAAGAGGCATAATTGGTCCCCTTTCAAATAAAGTTTAACCCAAGCCAAGTTTTGCTGTGTTGCTAAAGACAAATATCCATCTTTTGTTACAATACACATCTGATTAGTTTATCTATAATATATAACATCTTTTTTCCCTATTTTCAAAATGGAAAAAAGGCATGATTAGCTTTGCAGGTGCCTTTTAGTGAATGGAATTCTGTGCTGTTTTCAGTTGTTGTGAGGGCTTTTTGTTTCATTTACTGTGGTCAGATAGAGCAATTGAGTTAAAAGCCTTCGTGCCCCACTGTTACAGGAAGCAGTGCAGACTCTGTGCTTTCCCCGGCGTCATACAAATCAGCACTCCTCTTCAAACTCCTGGATTAAATTTCCACTTCACCGGGGAAAGCAGCCAAGATTATCAGCGCACCTTTATTCTTGCTTCACTAAGACAGACACCTAAAAGATTAACAAGCCATAACCCACCACTCTACAGACTACAATCCTGGATTATAGATTATACTCACTCACAGGATTTAAGACATTTTGCTTAGCTAGCATTTTTTTGCAGATGTTTTCTTGTGAGTATGCAGGAGTCATTATCGGTGCTGAGGGTCCAGTATGCACTTGGAGCTACAGTAGATGAAATAATGATGAAAGTACTTCTAGAATGTTAACCCTCTATTCTAAGCTTATATCAGATCCTTTTTCCCCTGAAGGCAAGAGCTGTATTGATTTTATTCCTAGAACATGTTCTATCTTAAATAATACAGGATGCTATCTTTGTTTCTGATTGTTTCTATCTTTGCTTTTGCTCGTGTCTTCCTGTCTATAG
Seq C2 exon
GATGAAGTCAATCAGATCATGGAAACAAACCTTTGGCTGAGACAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000055559:ENSDART00000031546:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0293118=Neur_chan_LBD=PU(18.8=83.0)
A:
NA
C2:
PF0293118=Neur_chan_LBD=FE(6.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]