DreINT0049681 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000104110 | col4a2
Description
collagen, type IV, alpha 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070725-3]
Coordinates
chr9:8899401-8904571:+
Coord C1 exon
chr9:8899401-8899687
Coord A exon
chr9:8899688-8904316
Coord C2 exon
chr9:8904317-8904571
Length
4629 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTGAGA
5' ss Score
7.23
3' ss Seq
TCTTCCTGTCTCCCTCGCAGCAC
3' ss Score
10.56
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCTAGCCGGATCATGCCTCCCCCGTTTTAACACCATGCCCTTTCTGTACTGTAATCCGGGAGACATATGCTACTACGCCAGCCGCAATGACAAATCCTATTGGCTGTCCACAACCCAGCCGATTCCCATGATGCCCGTAGAGGAGTCTGAAATAAAGCCGTACATCAGCCGCTGCTCTGTGTGTGAAGCTCCATCTGTGGCCATCGCCGTACACAGTCAAGATACAACCATTCCAAACTGCCCAGTCGGCTGGAGAAGCCTCTGGATTGGCTATTCCTTCCTCATG
Seq A exon
GTGAGACTTCAGTTCTAAAATTCCCCAACATACCCGCAGTGAATTTATTATCATTTTTCAAACAGGAGTTAATAACTTTAAAAGCATGACAAGTGGTGTACATCCCATAGTAGATGGAAGTCAAATGTTCTCTCACATTCCATGAAACTTTGCTTTGGCTTGATTTTGATTAAATAAAGTAATGCTTTACATGCATAGATTTTAATAATGGCCTTTTAAAATAGCATTATAAATCATTTTAAGCCTCTAATATAGTGTTTCCCATCCCTGTTCCTGGAGGCACACAAACATATTGTGGATGCCTCCCTTATCGGACCCATTAACTTCAGGTTATAGAGTCTCTTATGTTCTGATGAGTTGATTCAGGTGCATTTGGTTAGGGAGAGGTTGAAAATGTGTACTGTTGGTGTGCCTTCAGGAACAGGGATGGGAACATTGGAGGAAAGAGTTCTGAAAAGTCATTCTCGAGTAAAAGTACCATTACTTGCCTAAAAATGTAGTGTAAGTACAGTAAAAGTATCTGTAGTAAATACTACTCAAAGTATGAGTAAAATGTAGCCCTTTCAAAAGTACTCAAGAGTTGTAAGTAGTGAGTATTATGCTGTAAAAAGCTGATGCATTTACATTTAATTTGTGGATGTGTGTAAACGTAACATTCTGTAGTGCATTTAGTTATTGCCCAGCAGGCAGACGTCATAAGATGTTAGATTTAGGTTGTGATATCAGGTGACCAAAATCAGGGTTTCTGCTGGTTTCACTAAGTTAAATGTAAGACTTTAAGACATTTTTTGCTCAACAATGAATGAAATTTTAGACTAAAATTGCTAAATGCTAAAGAATTTTTCAAATGGCCCAGATGGAAAAAATCTTCATTTGCCTTATCAAAAAAAATAAAAAATTATTATAATTTAATGATACAATAATAAATTCATTTTAAAATATTTTATATTTTAGATATTTCTTAGCAAAATTGTTTAAATATTGTTTAAAAACAAGCAAGCTCTACTTGTATCTATTCACTTTTTTCAACATAAACTTTCTTTAATATAAAAAAATCATTAACAAATGTTTTAAAAGATTTTAAAAACTGTAATAAAGTAAATCTATGCATAACAATCTGTCCAGTGTCCTCAGCAGTAAATACATGGAGAACTTTTTAAACAAATGTTATTGTAAGGAAAATAATTAAACCATTATGATAAGTAGAGTTAAAAATGACCTCTTTTAATGAAAAGTTAAACGTTTTATTGAGATGGATTGTTTGTGATTGTGGGTTTTGGCCAGATTGGGTAGCAATACATTACCAAAGAAAAATTAAGACCTGTTTAAAAAAAGATTTAAGACCTACAACACAATATTTCAGTAGATTTAAGACTTTTTAGGCCTAAAATTTAGATTTTGAGATTAAAGACCTTTTAAGACTTTTTAAGACCCTGCAGAAACCCGAAAAAACCTATGTCTAGCCAACATCTAGGGACAGCGTTATTTTTACGTCCAATAACGTCAGACGACGTTGATTTTAGGTTGTGTTAGAAAGTGACCAAAATCCAAGGTCGAGCTGACATCTTAAAACAACTTCATATTGACATCGAATACTGACATTTATTCATCAGGTATGACAACTAAAATTCAACATCTGATAGACGTCATAGTGGTAACGTCCACACAACGTCAAGCTTTAATATTTGGTTGATTTCAGGTTGGACTTTGGACATTGACATCGGCCTGACGTTGGGTTCTGATGTCAACCCGATTTTCATTTCTAAACAAAATGCAATGTTTCCACTACGTTGGGGTACAACGTCAATCTGGCGTCATGTTGACGTCTTGTGCCTGCTGGCTGTTTAAGTCCATTTAGGTCATCATAAAGTAAACATCTGTCATTTTGTCATTAGTAACATGCATCTAAACAGTCTTTGAGTCAATGTGTGTAAAGGTTTTGGACATTTGAACACTTAATGCTTCCAAACAGTTTGCTGCAATTATAAATCCCCCATGTCTTTAGGTAGTTCATTATGATGCAATTTACCTTCTATCCGCAATTTGATTGAACAGGAATCACAGGACTGATTTTTCTAATCCCCATAGAGAAGAAAAAATAAAGTAGTGACTGCATGTTGAAGGAAAGTAGAGGAGGAAAAGTACAGATACAGCACTAAAAATGTACTCAAGGGAAAGTAAAAGTACACATTTATAAAACTACTTAGTAAATTACAATTCCTGAGAAAAACTACTCAATAACAGTAATTTGAGTATTTGTAATTTATTACTTCACACCACTGGTTGGGAAACACTGTATTATGGACTTAAAAAGCCATGACACCCTCCACTTTCGGTTAAAGTCTACTTCAGAATTTTTTCAAAAGATGCATGATAAATGGGCGTGGAGCTCCGCGAGCATCGGGCAGGAGTGGGCGTGGCCAGCAGGGGAGAAGGGGAGCGAACAACTGTTGTCAGTCGACTCACAAACTGAGACACAAACCGAGGAGACGCATGGGTTTATAGTTCACAAAGTTGAAATGCAAAGAAATAAACAGTAATTGAATGTCCTGCTACATTTGTTATTCGTAATTTCATATACACATAACCACAATTTATATCATTATAAAGATAAGTGTGTTCATGTAAACACTATAAATGAGGATTCTCGATCGATCCCCGGGTCTAAATTATAGATCTGAATGCCGACTCAGTGCAGCAGGTCTCATGACCTGTCTATTTTAACCATTAGTCCTGCTGGTAATCTGGAGGGTTTAGGCAAACACAGCAGCACGGCGATGTGTCTGAATGTGAACGAACTCCTGATAAAAGTCAACGTCCGCCATTCTTCAATTCTCGTACTGCTCTCCCGACAAAAATGCTTGCAGCACACACACAGCTTTGCTGTATGATCGGCCCTGACAGGATCGCGGGGGAAAACATGCAACAAACCTCGTGGATCATGGAAAAAAAGGCATATGAGCCTTCATGAACGGCTACGTGCCGTTGGTCTGTCTCCCAGCTTGCTTGAAACTGGCAGGTGTGCCTTCGGAAAGCACGTGCTCTCATGAATAATGAAGCAGCCGGCTCTTCTCATAGGATAAGAAAACTCCGCTATGAATAATAATGAGAAACCGATGCGTCATCATTGCACTTGCAGTACTGCTCTACATTTCTCTACACAAAAATCATTTTAAACCCGGAAGCTGAAATTACCTGACAAAAGCTCAAAATTATCCAGTTTTCCCCACAATTAAAGCTGAAAGGTGCAAACATTGACTTAACTGATGCTCAACACACACAAATCTGTTAATATAAAAAAAAAGTTCTCCAGGGTGTCCTGAACCTTTAAAATGCCTTATAATGCCATTTTAAAAGGCCATTATTTTGTTTACCCGGTCACTAGAATGGCATGTGGTGTCGCTAAGCACTTATGTGACCTGATCCAAGTTTAACTACTGGTCTTTTTTCAAAATTATGGTCTCACCCTCAAAATGAAAGTCCCCTCTACATCGTGTACTTCACAGCAGCACCTCTTTATTCCAGTCTGTCTTAAACCCATTAATTGTTTGATTTACCTTAAAGTACTTATTTGAGTTCAACCAAAAATTGTAATTATATTATTAATTACTCAAACCCCCCCAAGACTTTCTTTTATCTATGATTTTCCATTGAAATTCGAGAGCTTCCTCATCCTCCATAGACAGCAGCATTTTATTAGACTGCACAAAGCAACATTATAACAGAACCCTAATAAAATGGAGAAACTATGGCGTCACCTTGTAGTCGAATCCCTATAGGATTTTCCCATAGGCTTTTAGAAGATTGTGAATAATAAGCTTTGTGTTCAAACACTGTTCATTACACTTACACGTTTTGTCCAGCCAGATAATCCTCACACGAAAATATAACTTTAAGCACTTTTGGATCTTAAATGCAAACGCAAAAAACGAAAAGCTAACATTAGGCTACAAACAGACTACACTGCCTTCAGGGCGCGCGCATGTGCCATCAGCCCCACCTTGCTACAGACAGCTTTTCATGCATATTTTTAGAAATACGGTCCATGACAAAGAGTTAATCCCTGTGTTTATTATAATGCGCACTGTTATAAACAAATAAATACGCAAAAAAACGCATAGACCTACATGCTTTTTGGATTGTTTTTACGTGGGAAATACATCTGTTTTGCTTCACGGTTGTTGTAAAAGTTTTAAACTCTATGTATAAATTTGCCTACATGTTATTATCATAAGACATATTTAAATAAGTGTATCGCTTTGTGCATACAGCCCGCTTACCTTAACAGACGACAGAAATGAGGCGTGAGGGACAAGTCTACATGCCTGCAAGTTCCATCACTGATAGAAAACAACATTCAATATTGTTCAATATTCAATAGTGCTCAAATGTTAGCGGGAAATGGACATTTTTAAAATGTCAATAAGTGTCGAATGCTTCAGCTCATCTATGAACATGATTTCTGCAGGATTCCTATAGGATGTAATGAAGATCACAACTCCAATGATTCCACATTCGTCACGTCATCATTCAAACTACAGCTTTGTTTGTTGTGAAATCACTCCCTCTAGTGGTCAAATTGACGTGTGTGCCTTTAACAGCGTTTACCTCTTCCTGTCTCCCTCGCAG
Seq C2 exon
CACACAGCAGCTGGAGATGAAGGTGGAGGTCAGTCTCTGGCGTCTCCAGGCTCGTGTCTTGAGGATTTCCGCACCACCCCCTTCATCGAGTGCAACGGGGCCAAGGGAACGTGTCACTACTTCGCCAACAAGCACAGCTTCTGGCTGACGTCTATCGACGAGTCTTTCCAGAGCTCCCCTTCCTCTGAGACACTCAAAGCCGGTCAGCTCCTGTCCCGCATCAGCCGCTGCCAAGTGTGCATGAAGAACCTGTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000104110:ENSDART00000160004:21
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0141314=C4=PD(59.3=66.7),PF0141314=C4=PU(26.3=31.2)
A:
NA
C2:
PF0141314=C4=PD(71.9=96.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]