DreINT0053172 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000003779 | ctnnd2b
Description
catenin (cadherin-associated protein), delta 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-532]
Coordinates
chr2:30649115-30672134:-
Coord C1 exon
chr2:30672022-30672134
Coord A exon
chr2:30649150-30672021
Coord C2 exon
chr2:30649115-30649149
Length
22872 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGGGT
5' ss Score
8.56
3' ss Seq
CTCTGTCTTTACTCTTACAGTTC
3' ss Score
10.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGCAGTTTGAGCGACTGACGAGAGAGTTGGAGGCTGAGAGGCAGATTGTTGCCACCCAGCTGGAGAGATGCAAGCTGGGATCTGAGACCGGAAGCATGAGCAGCATCAG
Seq A exon
GTGGGTCAACTTTAGTGACGCCTCTGTTTCTCCAGCTAAAACCATCCATCTTTCACATCTCTCAACTTCGCCTTGATCTTCACCAGCCGACTTGTCATTGAACCATCAAGTCATTAAAAGCATGTCATTTTTTTAATAGTTTCCTCTTTGAAATCTTTTGATGTCCTTTCCTGTGCCATTCCATCATGAATATTTTAGCGTAATCACATTCAGAGGAGACTCAGATCTAAACTCCTCCGCTTAAATTAAACTCTTTCACAATTAAAGTGTAAACAAAGGGTTAAGTTGTCACCCGCTTTGAATGTAATTAAAATATCACCGTGTTTAAGCAATAGACGTGAACTGATACCATAATAAAACAGACTTTATGGATTATATATGCAATCAGTTTGACCCTTCAGAGGAGGAGAAGTGCTTCTAATCATTGTTTGCAGTGAATGTTCAAATTAAATTGAACGGCTTCATTGTTTTGTCCTCTTGCTGTTGTGGTAGAGCATATTTTATGTTTATTCATCAAGCCTGAAAACTCAAATCAAATGTCCTTTGGCTGTTCAGTCATTAAGACACCCACGCTGCTTGCTTTTGAGGGACTTGCTTTTGATATCAGGTGTACAGTTATAGATTTGTATCTTGTGGCTTTGGAGATTTCAGCCAGAGGATCCATAAAGGGCCAAACAGAATCAGCAGACATTTTCTGCTATTTCTGCGCAGAATATTGTAAAAAATCAGCGGATTTATGTTGAATCACGTTTGTTAAATAAAGATATTACATTTTAAACTTTTATTTAATGTTAATCAAATTAGATCCCAATTAGATCCATTTATGTGGTAAACAAAATTACGTTTTTTTACACTATATGAACATTTTGCTATTAGTCAGTAAAATTACTGAAATTAGTTTAAAAACTGAATAAATATAAATTTACACACATTTACACAAGTAAATAAATAGATTCAATGATGGACTAAAAAATTTCGGAAATCTGTGGATTTCTGCATGCGAAGATTCTGTGCGGGCCTATCCATAACCCATAACAACATATTTACATGTTGTTTCACACACACAGGCAGCCAACATAAATTATTATAAAACTGAGAAAATGTCGCAATATATCACCCTTCATTCATTCTCATAGTGTATATCGATAGCTTCTTTATTCATGGACCATACAGGCTCAACAAGTTCTTACTGCTGACCTGGCTGGAATTTTTTGATTTGTTTTCCTATTTGTGTTTGTTTATATTAGGAATGTCAGTTTAATGTGTTAATAAGATTAACTACGGCAGTTATAAAAAAAAAAAAATCTTATGATGCTAATGGAAATTAAGCAGAATCAAATGAACCAGTGATTCATTTGCCCATTCATAAAAAGAGCTATTTAATTAATTCCTGAACATATCAGCCATTTAAATTAATCAGAAACTCAGGGCTCTATTTTAACATTTTAAATGCATGGTCTCAAAACGTTGTGCTTATTCTCTTAATGAGTTCTGGCTGTGTTTGGGGCGTATCTTGCAAATTAAGTTTTCTTTGAACTTTTTGTGTGTTTTAAAAAGTGATTTTTTCATGTTTAGTGTATCTATACATGAATATTCAGGGAATTAGTTCTGCCACGTAAAATCATTGTTTTTTATTTGAAAATTTGCATTATAGTGATTTACACTCGTTTATTGCAGAAGTGACATTCTAGAAATAACCCATGATATGAATCTGTAAAGTAGTCAGCTTTATTTTTTTACCCTAATTATAGATGTTTTAATGTTAATATAGATGTTTCACTACACACTTAATTCACTTTTCTCAGACAGGCATTAACATTTTAAAAATTTTCTCTCTTATTTAAACACCCTCAAAGTTCCATTCAGTTTCATTCCAGTTTCAAGTGCTCAAAGTTGTAGAAAAGTAAGTCCAGTATTATAGAATGAAACTAAAGATCAAAACCTGTTGTCAAGTGCAAACATTCATCGCTGTCAGCAAAAGGTTCATAAAGCTTTTTTGCTTTTGTGCGGATAATGTTGGCATCCAGCGTAATGTTCTGTGCAGACTCCATCCTTAAGGGGCTTGCACACCGGATGCGGTGCACACATTCGCATGTTATTCATTGATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCACCACAGCGGAATGAACTGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCTTTCCAGCTGCAACCCATCTCTGGGAAACATACTCACACATTAACAATTTAGCCTACCCAATTCACCTATACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCAGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAATGCAGGGAGAAGATGCAAACTCCACATAGAAATTCCAACTGAGCCAAGGCTCGAATCAGCGACCCAGCGACCTGGCAAGATTTTAACTAGTAGGATTTCATTGATTTCATAAATTACACAGCATCGTAATAATCACAGATTTAATTCAGGCAAACTTTAACATACAACAGTATATTGGATTATCAAAAATTATATAAAATTGAATACTTTGCAAAACAGCATTTAAGATTTTTAATACTTTTTAAGGTCCTTAAATTTCTGTACATTGAGTTATCAACTTTTAATACTTTTTAAAACTCTGCAGACACCCTGATTATTCTACTGATGATCCATTATTGAATGTTCTTGCATTTATTGCTGGCTGTCGGTGTGTCAAGTCTTAAAGAGTCAGGCTAGGTCAGATCTCTTCTCAAGACAAATACAGCTTACAGACAAACAATCTGCTCAAGGCCATAATAGAAGCTGCTAGTCAAATAACAGTGCTCAAGTATCTAATCAGGGTTTGCATGAAACTTGATTGGTCTTGGTTACTTAGTGCACCCTTTATCCCCTATTTCTTTTTACGCTGTTCATTTCAGCGACTGCACAAGTTCAGTGATGGTGTTACTAGCAGGTGTTCGATTACAGTAGCAGAACAATGCGGATACAAAACACTGCACAGGCTGCTATTTGTTTCCTTCTTTTATAAGGCACCAAGCTGAAAGTCATGGCATCAGGACAAGCACCGTGGGCTAAAGAGAGCACTTTCAGCCCCGTGACCCACTTGTTTAATGAAACATGGCTCTTTTCAACTAGCACTCCATTTTGAACAAACATACAGTACTGTTATGCTGGCCTGATTCTTCTGCTAACGCTCTGACACTCAGCAAAAACAAATCTCTGATTAGCTAGTGTGCAGAACGACGGTCCATCGTGGTGGAAATGCCAAAAGTAGTTGTCTTATTGTCTATAGCAGGACATCCACTGGACTGAACCTCGGCACAGCGTCAAACATCTGCTGCCCCGAGTGAGGCCTTTGACTCAATACTAGACCTTCCACTGTTGAGCCCTATCCTGTAGTGTGGAGTTGTCCCGCTAAACGCTGTCTGTCGAGCACAGCGAGGGAGTATTAAGCCAAAGCTGTTTGACTGTTTTCCTGCCAGATTAGTCCACCAGTCTCCTGTGAGCTCGGACTGCGCTGGCACCGCGTACGCGTCTACAATGTGTGCCTCGAGGAGAGATAATGCTCTGTTGGCATGTGGTGTAAATAAGTTGTATTGAGGAGACAGTGTGTTTGACAGCTCTAATGCTATAATCTTGCTGTAGTATAATGGCAAGCGAGAGCTTCTGGCCGTACAGTTGGCAGTGTGAAAATACTATTATTAGCATTCAGTTCATCAAGTATGTACATTATTTCAGCAACAAGCTTTCTTGTCGGATCTCGATTGGTAGAATTGATGCTAGCTATAAAACGCGTACCTTGATTGCAATGCAATCTGCTTGGAATAAAAGCATCTGGCTGAATGTAAAACGCATAAATGTATGTGTAGAACGAGAAACCCACTTTGTTTAAAATTGCACATGAAAAGGAAAGCAAACATTGAAAGGCTTTTCCAGTGAGACTGTACTGAAATTGCATTATGTTTCTCTTTATCTGCTAGTTGGAGAGGGTAAATTGATGGAAAGAAGGGGAGATGGTGGGATGAATTCACTAAACGGTTTTTGTGCGTGCTGTATTTTAGCACAAATATTGCTTTATATTATCTAAGCACCAGCAATCTGTTTTAAATAGGCTTTAAATAAGCATAAAATGCTGTGTGTTTATAGAAATTACAGTAAATCATTATCATTTTTCAGTTTAAATATGCTGTGTAGAAGAGCTCATTTTAAGCGTTAACAAGTCAGATTCATCCCAAATATACTTATGCCAGTAAACTGATATACTAGGGTTTGAGTACTTTGCTAGTGTGCATAGTGTGGAGTCAGCAGTGCTGTATGTGTGTAGTAGGACTGGGTGATTTGGTCTAAAATCTAAATTTCTATTAATTAAATAATTTAAGTCGATTACGATTAATTAATGATTATTTTATTTTTTTTGCCCTTGTAGTTCACTGACAGGATTTGTACAATAAATATGCTCCCATATTACAGGTGAGAGATTTCTGAATGAAGGGTGCATTACTTGATTTTATAAGAATTGAAGGAAACTAGCCACTATCTATATTATTTTTTGAACATCAACGTTGAACAACTGAAATAAAAACGTGTTAAAAAACATAGTCACATTTTTTCTTTTGGAAACAAAATAAATTATTTTCAACATTTTTCATGTTAAAAGTAAAAAAAAGGCAGCATCTCTTGTGAATAAAATAACTCTTGTGCATCCTGTAAATAATATTTTGAACACTGCATTTTTAGCATCTTCTGTAAACAAATATTTTAATATAAATAATCATTTTGATAGAATGGAAAATATGCCGTCCCAAGGCATCTCTGGCGCAGCGTCCAATCATTGTCAATGTAGTGCAAAGGCTCAAGAATGGGTCCATCACCCTACTTGACAAGAGATCAGATGTGGTGCAATGTGGCCGCAGTAGTGTAAATCAGACTCACTTGACTCCATACGCGGTAAGGAAAGTAATTTAAAAAATCATCATCAAAAAATCATTGTATATATATGTCGAGAGCACATATG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Vast-tools module Information
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Protein Impact
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Other Inclusion Isoforms:
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Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]