DreINT0067432 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000051896 | fbn2a
Description
fibrillin 2a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-090112-4]
Coordinates
chr10:16506272-16511697:-
Coord C1 exon
chr10:16511615-16511697
Coord A exon
chr10:16506371-16511614
Coord C2 exon
chr10:16506272-16506370
Length
5244 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGCGTAAGT
5' ss Score
9.73
3' ss Seq
TGTCTTGCTCTTTATTGCAGCTA
3' ss Score
9.81
Exon sequences
Seq C1 exon
CCCTAATGTGTGTGGATCTCGTCTGCAGTCCTTCTGTTGTCCAGGCTGGAAGACTCTGCCTGGGGGCAACCAGTGTGTTGTGC
Seq A exon
GTAAGTCCACATCCAGATGTGCCTCACTCTCTCAGTTCATTGGGTGTGCTTTTGAATTTGATTTTCTAAATAAAATAAAATACTCTTTTTTTTAGAGGAAACTACAACTTAAACCATTATTAAGTCTTAATAAATACTGGATATTTCTTCCGAGTCTATAAAACAAGTTTAGTTGAAGTTAAATAAAATCAATATTAATTTAATTTAAAAAAAAGCTTTTAAAAAATACTACTATTAACTATAATATCTTAAATTAAATTAAATTAATTGGAAATAAACAACAGACTATAAACAATATTACAGTTTTTCTAAAGTTCACTTGTACATAATGTAAAATTAATAGTATTTTTAAATATGCAACCTCAAAACAAAATCCGCAGTAAGTAACAACTCAATGTTTACATGAACTAATAACAATAAAAGTGACTTCAATCCTAATTTTCAGCAACAAAAAATCTATATTAACAAAAAATCTATATTAACTTGAGCTCAAACTAAAGTAATTGTCAATTGTACACATTAAAGAAATAAACTGACCTAAAGAGAGGGAAGGATGTCTTATTTAGATGTAAATTCTTTCTTAAGTAAGATCCTTGCAGTTAATTTCAGCAGTCAGTTGTAGTTTTTGTCTTTTTGTTTAGACTGCCAGCAAAAATTTATATTTTTTACGTATCCATATTTTATCTAGATGCATCTTTTAAAGTGTGGACAGCAAAAAACAAAACAGAACAACAACAATAAAATAAATACTGAACCTAATTCCAAGTCTGATTTAAAGCAGATCATAAATGGCATTTAAATTTGACATTTTTACTGTCTTTGTATACAATGATTTGAAAAAGTATTTGCCACCTTTCGATTTATCCTTTTTTTTGTTTGCATATTGTTTTGCACTTTATTGTTTCAGATCATCAAACTAATTTAAATATTAGTCAAACACAAAACACAAGTAAACACATAATGCAGTTTTGAAATGAAGGTTTTTACTATTAAGAGAAAACAAAATAAAAAATACATAGCCATGTGTTAAAAAGAGTTTGCTCTCCTGTTAAAACATAGCTTATTTCTGGTGTATCACACTTGAATTCTCCCTAGCCTGATTACTGCCACACCTGTTCCTAATCAAGAAATCACTTAAATAGGACCTTAAAAAGTGAAGTAGACCAAAAGTTCCTCAAAAGCTAGTCATCATGCAGAGATCCATTCATTAATTTTCTTTTCGGTTTAAGGCTGATTTATACTTCTGTGTCAAGCGCACGTGTATGCTACGACGCAGCATATGCGTGGACACATAGCCTTTTCTGTGGCCGTTGGCGATGCTGACGCGCACCTCTCAAAAAATGTAACTACACGTCGCAACGACGCATATCGCAAGCTCTGTGATTGGTCGGCTTGGTAGCGCTGACAATTGTGGGCGGAGATGAGAGCCGCGCGAGCCCGTTGCAGTGATTGTGGAGTCCCGTGAAGGAGCTCCGGATGGATACTGTTGTCTTTTGTTTACCTTAAGATTAAACTTGTTGCACGTCTGCCAATTCCAGCCTCAAAATGAGCTAGTTTGAGCCACTTGTACATTAAGGACGCGTTCGGAAAAAAACAAAACACCAGCGAAAAAAATTGACACAGAGGAACAAAAACACCTACTGCTAGCTAGTGTTTCAGATGTGTTATTGCAGAGCAACAGAAACAGCACACAGAAGTATAAATGCACTTCTACGCGCATTGCATGCGTCGTGGGTCACACCGATCACTTGAGGCAGAAGTATAAACCAGGCTTTAGTCTCTTTAATAATCAGGGATTGCTACAGTGGAATGAACCGTCAACTTATCCAGCATTATTGTTTAATGCAGCCGATACCCTTCCAGCTGCAACCCATCACTGGGAAACACTCTCATTCACACCCATACTTAGCTTAACCAATTCACCTAAAGCAGATGTTTTTGGACTTGTGTGGGAAAATGGGGCACCTAGGAGGAAACCCACATGAACACGGGGAGAACATGCAAACCACACACTGAAATGCTAACTGATCCAGCTGAGACTCGAACCAGCGACCTTCTTTCTTTGACATCGCTACCCACTGTGCCACCGCGCCACCCCTCAGAGATTCAAAAAAATTAAAAACAATTGAGAAAGAAAATAATCTACCAGTCTGGAAAAGATTATAAAGCATTTTCTAAAGAGTCTATAGTCCCTTTTACACATACAGACCTTTCCGGAAAATTACCTGCAATTTTCCGGAAAGGTTGTATGTGTTAACAGGCTCTTTTTGAAAATACCTGTAAATTCGTTCTGGCTATTTTCCGGAAAGAGAAGTTGTAACATTACCGGTAATTTGCTGGAATGCTGCGCTGTGTGAATGCAGAAGGAAGATTGCCGGAAAGAGTGCGTCCACGTCTAGAACGTGCTGACGTGAGACACCTGCTTTAGCCAATCAGAACAGTCAGACGCATTCACCTGTGCGTGGTTTATGAGAATAAAAGCCTTTGAATATTTTTCCAGACACCTTTAGCTGCTAGATGTTAGTCAGATAACAATTCTATGTTCCTTCTTAATGCTAACTGTGTAAATAATTATCGATAAAATGTTTATGATAATCCGTTGTTTGTTTACCTTCAAGCTTTGCGTGTGCCCGTGAGCGCCCATAGCGCCAGCACACACACATATCATGAACATCTCGACATGCGAAAGTGTTCCTCTATATGTTTTCATTGGAGTTGTACTCAATACGGATCCATCCAAAGAGTTTGTAATGTTGTCAAATGTTTACAAACACAAGCGCAGCCGTTTAGAGGTCATTTCTGGTTAATGATGTCAGAATTTACGGACATTTTGCGATGGATGTGTGAATGCTCTTTTCCGGAAAAATTCCGTAACGTCCTCGCCTGTGTGAACAGCTCTTTTTTGAATTTACCGGTAAAGTCATTCCGGAAATTTTCCGGATATTTACCGGTATCACTGTGTGAAAGGGGCTATTATCTACAAATAGTGTCCGTCAGACCAAAATTACCCCAAGAGTGCAACTCATCCAAAAGGTTACAAAAGACCCCACAACAACATTCTAAGAACTTTAGGCCTCTTTTGCCTCAGTTAATGAGCTCATGACTCCACTATAGGAAAGAGACTGGGCAAAAATGGTTTGCATTTAAAAAAGGTGAAGTTCCAAGGTGAAAGCCACTGCTGAGCGAAAAGAACATAAAGGCTTGTCTCAGTTTTGTGAGAAAACATCTTAAAGATTCCCAAGACATTTGAAAAAATACTCTGTGGACTGACAGGTCAAAAGTCTAACTTTTTAAATGGTGTGCATCCCACTATGTATATTTCAGAAAAAGAACATCATATCAGCAGTAAAATGTGGTGGTGATAGTGTGATGGTCTGGAGCTGTTTTTCTGCTTCAGGACCTGGAAGACTCTGATAATTGGAAACCATTAATTCTACAACAGGACAATTATTTAAAGCACACCAGCAAGTCCACTTGTGAATGGCTAAAGAAAACCGAAGGAAGACTTTGGAGTGGTCAGAATCTTATTGAGATGCTGTGGCATGACCTTAAAAAATTCACCAACTGGCGAAAGTGAAGGATAAAAAAACCTTGAGAGAAACCAGGCTCAGTTGGCCACGACCATATCTCCTATGGCCAAACGTCTTGTGCAGAGCTGCAGTCTAGGCGCTGGGGGCTGGAGAGCGCTGGACATCAGCGAAGACTCGTCTGTCCCTGGAGTCTCACAGGAATGTGTCTCATGCTCTCTACTCCTCCATGATACAGCAGCTGCTCAGGATATGGCTTGGTCCCGGATTATGGAAGTCTTGGGATTATCTCTTTGCAGGTCTTGGATCGCGTCAGTGGTGCTGCATAATCTCTGGGGGCCTCGGAATGAGAATCCCCAGGTGGAAATAGAGAATAAAAGAGAATAATTAGTGTAGCTGCTGTTCATAGTGTATATAAACGAGATGCAAAAACCTGCATGGAGCACATTAATGAATCTTACTAATATGTGATGCAATGAGTATATTCTTTACTAAAAAGATAGGTCTTTAATCTAGTGTTGAACTGCAAGGGTGTGTCTGAGCCTCGGGCATTATCAGGAAGGCTATTCCAGAGTTTAGGAGCCATAAATGAGAAGGCTCGACCTCCTTTACTCGACTTTGCTATTCTAGGTACTACCAGAAAATGCACAAAAATGCATTTGGGAGGCTACAAAAAAGAGTTTAGATTTTTTGTTTCCTCTTAATAATAAAAACATTTATTTAAAACTGTTTACATGCATATGTTGAGATGCCTACCTTGTTACCAACAATGCAGATAACTTGGTTTAATCTGGACAAACAGTTAATTTATTTGCAATTCATAGTTTAGATAGTCTATCTTTCTGTTTTTGTTGTTTTTCTTTCCCCTTTAGATTCTATTTGGTATTCAGCAGGTGTTCATTAATGACATGGTGTGCTCAGAAAGTGTCAATTTATATTGTCTTTGTTAAGGTGGAAGAATACAGACTTCAAATAAATTAAACATATCAAATTTTAATTAAAAATATAAGGTTTTTGACCTGATTAGACAATAGGCATGGGAAGATAACCGTTTTTAAGGTATACCGCAGTTTGAAAAAGTCAAGGTTTTAAAATCGCCAAATTTTTCTGCTATACCATTCTTAAGGTATGCGTGAGTTATTATTTTTTTTACGTTTTGTTTTAAGTTTTTTAGAACAGCATTATCTCCAGCAAAGAATATATCCAATATGCCGTCTTAAATTGAAATGAAATCTGTGTTTTTGGAAACTAATGAAAACAGCAGAATTCAATGATTCATTGAAATTATTTAGCCTGACATGTTTACTGCTTCAAAATGTTATAAATGTTTCTCAAAAATAAAATATTTTGTCTTAAAAATGGAAAAAAGAAACAGATTTTTTTTTCCCAAGGTTATCATACCATAAGAATCTTATACCGGCCCATGCCTATTAGACAATTTGAATGAAAGATGCATAAACAGACTCAAGCTAA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Seq C2 exon
CTATTTGCCGGAGTGACTGTGGGGATGGTTTCTGCTCCAGACCTAACATGTGCACATGTCCTGGTGGACAAACAGCTACAACCTGTTTTACTAAATCAT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000051896:ENSDART00000149104:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]