DreINT0078843 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059263 | hoxd12a
Description
homeobox D12a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-990415-118]
Coordinates
chr9:1981085-1983831:-
Coord C1 exon
chr9:1983234-1983831
Coord A exon
chr9:1981775-1983233
Coord C2 exon
chr9:1981085-1981774
Length
1459 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ATGGTACGC
5' ss Score
8.57
3' ss Seq
CTTTTTAACCTCCTCCCCAGGAC
3' ss Score
9.63
Exon sequences
Seq C1 exon
GGGTAACTAAAAACGGTTTTAAGAAGCGTTCCTGCGAGCTCGTCAGAAATGTGCGAGCACAATCTCCTAAGTTCTGGCTATGTCGCTCCCCTTTTGAATTTCCACTCGCCAGACTCCTTGTACCTCCAAAACTTGCGAGGCAATGGAGTGCATCTCTCCGGGCTCCCGCAGATGTCCTACAGTAGAAGAGAGGTGTGCTCGCTCCCGTGGAGTTCTTCAAATTCGTGCACTGCTCCGGCCCAGAGCCGCGCCTACAGTGGCTACTCTCAGCCGTTTTTCAGCAATTCAGCCGCTGTGAGCGCTAGCCTCAACACCCACAAAAAGGGCTCACTGGAGGAATCCGGGAGGTACTACTTCCAAGATGTCAGCCACAAATCAGAGGAGCCAGGTCGACCTAATGCAGCTTACGCAAGTGAGCAGAGCTCTGCCAGCAATGGACTTTCAAACCTGGAAAGGCGACAGCTGAACGCAGTTGCACCCAATGAACTGAGCTGCATTGAACAGCCAGAGAGCGATGCTTCAAAGCAGTCTGTCAGCTCCATCGCTCCATTCCAGCCGTCACTGAGCGCCCAGAATATCAGACCAGCTTTCACCGATG
Seq A exon
GTACGCTCAACTTCTCCAATGACCCTTCCGCCATAGACACCAATGGCACTCTGAGACTTTGATTTCAGTGGATTTTACTCTGTAGTTTTTATGTGTGCGATGTTAGCCTACTACAAATGCTGGGTTGTTTTAGATGATGTGAAGTTGGGTTTATATTCACATATTCAGACTTTCTCCTTAATGATATAACTTCAGAAAAGCATTCTGTGCAATTTCTAAATGGTGAAATCATATATAGCAATCAATGACTATCAAAGTACATTTATATAGTGCTAATGTTGTTTTGAAGTCATATTTACACATGATTTCAGTCGGAATATTCAAAGCACCATGGTAAACAACATAGGGACCATGTCACAAGTTGTCACTGAACGAATGTGCAAATATAAAACCAGCCTTACCTCAATGTTTTTTTTTTTATTTGAGTGTTTAAATCAAGGTTATTTTTTTGTATTACGTTTAAATTACACATTTATTTCGTCGTGTTTTTGTCTATATTTATTCCCAGCATTGGGTTAAACAACCCATTATTTTAGAATGTAGTTTGCTTGGTTATAATCAAGCAATTTCAGATATTGAGTTTGTTTTTAGACACATTAAAATGATGTTGTCTGTTTACATATGCTGCACGACACAGTGTTTCAAATATGAAAGGGCTATCTAAATCGTGCTATACTGAATCTGTATACTCTAAAACAAATTCTGGGTTATTTCAGCTCAAATTAAGTAATATCTGGATAAACCAAACTGCTGAACTAAACTGTTTGAATTGTGATTTTAGCAAAATTTTAACCCAGTGGTATGGTTTGTCCATTATTTCACCCAACGTTGCGTTAAAACAACCTAGGAGTTTGCTTGGTTACAATCAAATATAGGGTTTGTTTTCAGACACATTTTAAATAATGCTGTCTGTTTGCACGTGCTTCAGGACATTGTGCCATGACCACTGTACTATTTTTTAAAAATCCGTGTTTTAACAACGTTGGGTCAAATTTGGTCAAATGCAAAGTTGGGTTATTTTTGTGTTTAAGTTAAATTACACTTTCTTTTTTAAACCTCGCGGGTTTTTTTTATATTTGACCCAATGTTGAAGAGTGCAGTTTGCTTGAGGTATAAAGCTGCTCTATTGAGTTGGTTTTCAGGCACATTTTAAATAATGTTACACATTTACATTTCTCGAATTGGCGTTTTAAATGTGCCAGGGTCATCAGAGAGTTGTTTTACTTTTGTTTGGGTTTTTTCAAGCCAAATTGCTTTAAACGTGGACAAACCAAACTGCTGAATTAATATGTTTGAATTCAATGTATGGCCCAATATTAACCCAATATTAGGGTTTGTCTATATTTTATCCAAATTTGGGTTAAAATAGCCCAGAGCTTTATGTTTCACATTAATTTTCAAAAGCATTACAATGATGATGATAACGATGATAGTTAATCCTTTTTAACCTCCTCCCCAG
Seq C2 exon
GACTGCCGTGGTGTCCCTCACAGGTGAGGTCAAGAAAAAAGAGAAAACCTTACACGAAGCCCCAGCTAACCGAACTGGAGAACGAATTTATGATGAACGAGTTTATAAACCGACAGAAACGGAAGGAGCTTTCGGACAGATTGGAACTGAGTGATCAGCAAGTCAAAATCTGGTTTCAGAATCGCAGGATGAAGAAAAAGAGACTCATGATGCGCGAGCATACCTTCACTATATACTAAGATTTTTTGTTGTAATTGGATTTATTAGGGGATCCTTCATACAAGTGACTTTTCTTTTACGCTGATAAAAATACATCTATTTAACTGGAAATTAAAATTTACCACAAACCAATTAAAAGTAATTTAATATTCAATCGGAATATTTTGAGTTTTTATTTATTTAGTATCGCTGCATGTGTATGTGTCTGGTGGTGTGAATCGAGAATCTGAATGATGTATATATCCGAATAAAGTGAGCTTTATGGTTAGGAACCACAGCAAATTTAGGCTCGTGTATGTTGGATTAAAAACATACATTCTGGCCCCATTAAAACTACACTGGGCAGCTAATATAGCTAACTGGCTCATTAAATATTCAGATGTTCCATAACATACCTTTGTGTTAAAAACCTAATTTGTATCTTGCACACTGAATACGTTTTGTTTTGTTTTTTCTTAACCAAAAGTGTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059263:ENSDART00000142842:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.332 A=NA C2=0.293
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004624=Homeobox=WD(100=71.2)
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GAGGAGCCAGGTCGACCTAAT
R:
GTCCGAAAGCTCCTTCCGTTT
Band lengths:
357-1816
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]