DreINT0081381 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000086724 | im:7151449
Description
im:7151449 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-283]
Coordinates
chr6:47486033-47490213:-
Coord C1 exon
chr6:47490153-47490213
Coord A exon
chr6:47486104-47490152
Coord C2 exon
chr6:47486033-47486103
Length
4049 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
CATTTGATAATGCTGCATAGTTC
3' ss Score
1.05
Exon sequences
Seq C1 exon
CAACATTGGCCATTGTGTGCATTTTATGTGGTTTGCTGCATTATAACTATAAACATAAAGG
Seq A exon
GTGAGTATATATTTCAGTCTGATTGCTTTAATGTCATTCTAGCTAGTTCTGATTTCAGCATGGCAGACGATCACTCAACTTCATCTGCATGCAGCCGTAGACATGCATTCATTCACACGTTATTTTGATGCTTTCTCGTGTCATCTCTTGCATGAATCCCATCTTTTCATATGCTGAATATTTTCACTGTCTTTCAGAAAGCTTGATGATTTGTGGCTGCAGATAATTTTTAATGAGTTGGTTTCAGTGACAGGCATGCTTGTTTGGCAGATCTGAATTTTGACTCTCAGTGAAGTCAGAAAGTAATTTCAGTTAAGTTAATTAAAGAGACAATCCACTCTAAACTTAACATTTACTTAACAATTTCCTCCTCAAGTGCTTTGAGAAGTTTATTTTTTTTCTATTAAACACAAAACAAGCTACTTTGAAACTTGTAGTCATTGGAGTTCAAACACTGTTAAAGATTTTTGTAAATTATACAGTATATAACTGTAATATGAACTGTACGTTACTGTAGGACATGTATGCAGTATGTTACTGTATTTTAAAGTTGCATTGTGAAAATTACTGTATATTTTACATCAAAGACATACAAACAATTCTGGAAATACATATAGGATACAGAAGGGGTGCTTGACCCTGTTCCTGGAGATCTATCCTCCTGCAAAGTTAAGCTCCAGCCCTGATCAAACAAACCTGAAGCAATAAAATAGGACCTGAACAGCACATGATAAATACAGACAGGTGTGTTTGATATGCGTTGCAACTGAAATCTGCATTAAGGTAGATCTCCATGAACAGGGTTGAGCTCCCCTGGTATACAGTTAGATAAGTGGTGCTGTAAATGTAAATAGAGTATTTTTGCTGTGATTGATTTACAGTCAGTCACTGGTGAACTGCTGCCAGTAAGTTACTGTAGATATTACAGGAAATTGTTAACAGTGTATTAGGCAAAACTTACTGTGGAAGTCAATGGCTAGTGATTATTTTTCAACATATCTTTTTTTGTGTTTAATGGAAGAAATTCTAATAGGTTTCAAAATAAGTGAAGTGTCAGTAAATAGTGACCGAATTTTCACTTTTGGGTGAACTGTCTCTTTAATACTTGCCAAAAGCTCAACATGGTTACTAATTAATGGCAATCAGGGTAACCCCTTTAATATATACATAGTCTATATACATTTATTTACTCCTTTGAATCACAATATGGGAATCTTGATCTCTGCCCCGACAACTTTTGATGTTAAAAATTCAATTCTATAGTTTAACAAAGTGGATTTGACTGACATTTTACATCTTGTGTATAAAATAATATATACAGTTCAAGTAAGAATTATTACCCCCCCCCCTGTATATTTCCCCCCAATTTCTTTTTAACAGAAATTAAAAAAAATTCCAACACATTTCTAAACATAATAGCTTTAATAACTCATTTCTTATAACTGATTTATTTTATCTTTGCCATGATGACAGTAAATAATATTTGACTAGATTTTTAAGATAATAGTATTCAGCTTAAAGTGCAGTTTAAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGTTAATTGAGTAAATTAGGGTAACTAGGCAAATCATTGTATAAAAGTAGTTTGTTCTGTAGACAATCGAAAAAATATTGCTTAAGGGGGGTAATTGTAATGTGAAGTAGACGTTGGCAAGAGAGGTGCGGATCCAAATGCAGGTTTATTTATGCAGAGAAGGTCAGGCATGCAATGGTCAACACAAGGACAAAAACATGTATGCAGGCAAATCCAGAGTTGTAGTCAGTACAGGCAGGCAGGCAGCAGGAAATGTAAACAAACAAATTAGGCGAGGGTCAAAAACACAGCAAGAAAAAATGCAATGTTCACAAAACTATTCAACAAGACTCAGCAACAATATGTGTGTTTGTGCTGTTTTTATAGTCCTTGTAGTCATTCTTTCCTCCAGTCTAATCACTGGAGACTTGGAGCAGGTGTGTGTTGCATGACAGGACTTGTAGTTCATATGAGACAGGATTGTAGTCCATGTAAATGTGAATTTTCTCCAGCGATCTAGAGAAGTTAGATCACTGGTGATCGTGACACTAATTATATTAACCTTAGAATTTTTTTTATTATTATTATTAAAAACTGCTTTCATTCAAGAAATAAAATAAGATACTGAGAGATACTGTGGAAAATGTCTGTTAAACATGATTTGTGAAATATTTGAAAAAGAAATTCAAAGGATGGCTAATAATTTTGACTTCAACTATATACAGTTGAAGTCAAAATTTTTAGTCTTTCATTTCATTTTTTTCTTTTTAAATATTTAGCAAATTATGTTTAACAGAGCAAGTACATTTTCACAATATTTTCTATAATATTTTTTCTTCTAAAGAAAGTAATTTGATTCATTTTGGCTAGAATAAAAGCAGTTTTAGCTCAATATTATTAGCCCCCTTTTAGCTATATTTTTTCTCAATAGTCAGAACAAACCTTCATTATACAACAACTTGCCTAATTACCCTAACCTTGCCAAGTTAACCTGATTAACCTAGTTAAGCCTTAAAATGTCACTTTAAGCTTAATATCTTGAAAAAATATCTAGTAAAATTTTATTTTCTGTCATCATAGCAAAGATAAAAATAAATCAGTTATTAGACATGAGTTCATAAAACTATTATGTTTAGTAATAAAAATCTGCTCTCCATAAACAGAAATTGGGGGAAAAAATAAACAGGGGGCTAATAATTCAGGGGGGCTAATAATTCTGACTTCAACTGTGTACACAACTACAGTATGTACACACACAAATAAATCCATACAATAGATTAAAAAACATACTGACAGCTCAATTCACAGTTTTTTTTGTACCTTTATTTATTTGATAAACTCAGACATTGTATTGTTTCAAACTACCGTACAAAAAAAGACCCTTTGTTGAACATTCCAGCATCTAAAGTTGTCAGATCAGAGCTTAAGCTCCAACAATACAACTCAAAAGCATAAATTAGCAGAAATCATAAAACATTTGATTTGTTTAAAGCTGTATTGAGTAGAATGTCATTTTTGTTTTATTCTGTAAACTGAAACCCCGTGTTGGCGTGGGTTTTCCCCGGGTGCTCCAGTTTCCCCCACAAGTTCAAAGACATGCGGTATAGGTGAATTGGGTGAGCTAAAAACTGTCCATAGTGTATGTGTGTGAATGAGAAGTGTGTATGGGTGTTTCCCAGTGATGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTGTGTAAAACATATGTGCTGGAAAAGTTGGCAGTTCATTCTGCTGTGGCGACCTCAGATTAATAAAGGGACTAAGCCGAAAAGAAAATGAATAAATGAATAATACAATATAGGCGTCACGTGGCACAGTGGGTAGCAAGAAGCTGGTTCGAGCTGGCTGGACCAGTTGACATTTCTGTGTGGAGTTTGCATGCTCTGTTTGCGTGAATTTCCTCCGAGTGCTCCGGTTTCCCCCCACAGTCCAAACACATGTGCTATAGGTAAATTGGGTAAACAAAATTGGCCATAGTGTATGAATGTGTGTGAATGTGAGAGTGTATGGGTGTTTCCCAACACTGGGTTGCAGCTGGAAGGGCATCCGCTCCATAAAAAAAACATATGCCGGAATAGTTGGTGGTTCATTCCACTGTGAAAACCCCTGTGAAATAAGGGAATAAGCTGAAGGAAAATTAATAAATGAATGAATAATGTATATTTTGAATGAATGTGTTATCAGACGTTTATAGAATAAAGCAAATATTTGCATTTTACTAAAACTTAATAAATCCAGTAAATCCAAAGAAAATGGTAAGCAAATAAGGTGTGCTGTGAGAAAGAAAAGCTTGGTTTGGTGCTTCTAATATAAAATCACAAGAATAACTCTGCAGAGTTAATGTCTGACCAGATACTAATTATAAACAGCATGCAGAATGAATGGCTAATTTAAAATTAACCCCCCACCCCCCACCCCCCCACCCCCCCAAAAAAATGAACATGTCCAATAAATAATGTATAATAATGACTTTATCTCCTCATTTGATAATGCTGCATAG
Seq C2 exon
TTCTTACAATACTGGCGAAGATCAGAGGACAAAAGACGGGTTATTGCTTTATCAGACTTTATAAAGCCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000086724:ENSDART00000128700:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.024
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0243010=AMA-1=FE(13.0=100),PF0200911=Rifin_STEVOR=FE(14.4=100),PF133471=MFS_2=FE(20.4=100)
A:
NA
C2:
PF0243010=AMA-1=PD(7.8=54.5),PF0200911=Rifin_STEVOR=PD(2.9=18.2),PF133471=MFS_2=PD(1.0=4.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]