DreINT0083279 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000045070 | itgb3b
Description
integrin beta 3b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-071207-2]
Coordinates
chr12:26353742-26358078:+
Coord C1 exon
chr12:26353742-26353876
Coord A exon
chr12:26353877-26357651
Coord C2 exon
chr12:26357652-26358078
Length
3775 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACCGTTAGT
5' ss Score
-0.89
3' ss Seq
CATCAAAATCATCTTTCCAGGTG
3' ss Score
7.92
Exon sequences
Seq C1 exon
AAACTGCGCTCTAAGGTAGAGCTGGAGCTCTTGAACGTCCCGGAAGAGCTCAGTCTAACATTTAATGCCACATGTCTCAACGGAGAGGTCATTCCTGGGCTGAGATCCTGCTCAGGCCTCAAAAGAGGAGATACC
Seq A exon
GTTAGTATCTTATTCCTTCTTTATCTCTATCTGTCAGTTTCTCTAATTTCCTCCATCCATCTCCTTCCATTCTCATGTTGTTCCTTTATTCTCATATAATAAAAATCCTGGTGTTGCTTCACCAAACCGCTGCATCCAAAATTCCCCCCCAGTTCAATTCAGTCATTTCCTTTTCAAAGTGTTTTACCAACTCTGATCTTTTGACATGTTCCACTTGAGGAGGAAATGCCCTTTCTAATGTGCAATCATCTGCTTTCCTTGATAAATGAGTTGCATAAAATAATGTGGTTTCACTCCCTTCCTTGGACGTGGTTAACTGCAAAATCTTACACACATGCAGGACAAGTGGGTGTTAATGTGTCATTACTCATTTTGCTGAGTCTGTCTGGGGATCAGACGTGCCCATTTCCTGTTCTCTGCTCTGCTATGACTCAAACTACCCAGCCTTCTTCTGAGACCGTCAGTCACATGTTAGTCAATACTGTCAACAAGATAAAGACTCGGAAAACTGAGCAAACTCTCTGAAATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTATATTTTTTAACATAGCGTTTGTTTTTCCTGTATTTTTGGCTAACATTACACTTTAGAGGGCCATCAACTTCATGTCTAGACATGCTCTGAGAGTCACTAAACAAGTATTTAGCAGTTTTATGTGAGAGAATCATATTATCGTGTACACAGAAACCCGAGTGTCTTCATGACAACCCGTCAAAATAAAAGTTTATTTGATTACTATGAGTATTATTTCAATAAACTGTGACAGCAATGTACTTCTGTTGTCTTGTAGAATATACTTCTGAAAGTAATAATATTGATAATAAACACTGCAATTTAAGGTTTAATTATACAGTCGTTCTTTTATGTTTTCATTTTATCAGGAATAAAAGAGAAAGGCTATAATTACTCATTTTATCCCATGAAATCTGAATAAATAAACAAAATACAAAAATTAACTATTGATTAATGAAAAAAATTTAATGATTTGTTTTTTTTTTTTACAATTTTCAGCACTAATTATATTATATTATATTATATTATATTTAATATTAAGTAAAATGACTGCATAATCATGTATTTAAAAAAGAAAATCAAACACAGAGTCTCAAAAAACATTTTGTAAGAGGAACTACTTTCTTCCACCATCCATTCAAATCTGCAGCTAACGTCAGAACAGCAAAATCGTTACTAATTCACCAACGTCACTTATAGTATTTGAATGATTATACAGTAGTGATGACAAAACAGGGGATTTTGCTCACATTTCAAGATTATAAGGCTGATTGGCATGAAATGCCATCAGTCCACAGAGTTTTCCCAATATTTCTCTGTTGCAATTGGGTGATCACAATAATTAACCCCAAAAAAGCCAAAGCAACGCAATCACTACTAGATAACTGTTGTGTTTGCAATAAGGAAAAACGCTAAACACATGCGCCAATACAGTGCATCAATACACTGCAATTACTATGGTATATATACATTACTACAACATACAAAAGAGAGACATTGACTTAGAATGTCACTTATCAGTTCAATAATGATTCGATCAAATGTAGTTATAAATTACGCTGTCAACTGCCTTTGCTCTGCTCAATGGCAGGCTGATAGAGATTTATATAAATATTTAAAAATAGGCACTATCCTTATAAATAAACTACATTGTTGCAATCTAAACAACTACATTCTTGACTAAAAAGCCTCAAAAGTACATCATGTTGTCTAACAGCAACAATATTTGTCCAACTATAGTGTCCTCTTCTTGTTGCTGTATGTAGGTGGAGTAATACTGCAGGGTAAATAGGCTGGACGAGTGCTATTTGCAGAATATTGCTTGGCTATCAGCCAATCAGGTTCAAGAACAAGACAGAATTGTTGTATAAATGCATTACATATCAAATTAGGGATGCTCATTTCGGTTAATTTTGCTAACCGACAACCGCCGCTCATTAATCGGTTATTAACGGTTAACTGGTCAGATTACTATTAATTTTATATTAAACAAATTGACGTGTCTATTTTGTGTCTGACACATTAAATATTGCATTTTAAAATACTGATTTATTTTTATATGCTAGCATATTAATAACAGAACACAACAACAGAGCATTTTCACGCACCTGCAGTGTTTAGCACAGAAGAACAGAATAAACTAAATAAAATGAATAGGACTGCCCTAAATTATTTTCACTTAAATAATTAATTTATATTACAAAACGAAAATACTGACTGATTCTTTTTAAATACCGGCATAGGCTGTTTTTTTTTCCAATCATATGTTTTTTTTCTTCCGTCAAATAAAAATAGCTGACTTCCTCAAATTGCCCGCTCCACGAAAAATATGCATTTATTTAATGCCCCGCTGTTATTATTATAATCACAAAACCTTTTTACATTTTTAAAAGAAATCATTATTTTAAAGATTATGTCCTGATGTATGGTTTCCTTTCTCTCCCTCGCGGTTCAAGTGTGCGCACTGCGTGATGAAAAGACAAAAACAACGCGCACATATGTTGAAATTTTGTAAAAAGTTATGTTGTTTAAATATGATATTGCATTAATGTGCATACATGCTTTATAAGCTTTAAAATAAAAGGTAAAGTCTATTTGTTGCGTTTATGACGCAGATCCAGGTCAACATCAGCGCTGGTTATAGCATCAACACGTCTGTTTCAAACAGCAATTTGCTTCTTCCATTTTGCTTCTTTGGCAAATGTGTCTGTAGCCACGGGTTATACGTTATCGTCCTGCAAAGTTAAGTATGTCTTGCAGTTAAACAAGTGGCAGACCACAGCTAACGTGCTTTTTTTCCATTCCAAAAACGCGAGGCGCACCTCACTGCTTTTATGTTGACAAGGAAAAAAGAAGAGAAGAAGCGCGGTCCTCTTATGAAACGACTGAATCAGCTGGGTATCGATTGTGCAAAAGTGTTGCTGTCTATGTTGTTACAATTGTAATATTTATTAATATTGTCACATTCAGGATTTGTACATTCATCCAGCTCTGGATAACTTAAAACAGCGATTAGACCTTCAGAGCGGCATTAATGCGTCCTGAAGTAAAGCGAAACGGCTATAAACTCCAGCAAGATAGAGTGATTACAGAGATATACAGAATAATACTTTATCTTTAAATAAAGTATAACTATAGAAACTGTGTTCATCTTAACTGAAAGCTTCTGCGTGTTTGCTGACCTCACGCATCGCGCACCTGTAAGTCAGTCAGTCAGCACGTAACCCCAAAGGATTAAACAGACAGCGCACAGCACTATACGGTTACAGAAAAGTTTGCGCTGTTATAATCCACTTACCTTTTAATACGTTTTGGTGCGATTATAATATATTAAAACATATTAAAAACAACAACAACAATAACTGAAAAGATTTTGTTCCCCGCCATGGAAGAATGAATGTAGCGGAAACCAAGCTCTTTAAAAGTTCTCTGTAGTTGTCTTGACAACACAAACTACTGCTCTGGGATGAGCCGCGTGCAAAAGATGCCCCTCTTTACGCAAAGGCGCATTCAATCGGCCCCTTATGCAGTCAAACTAAAAATATATAAAATAATAATTTTAATCGTTTAACTGATAGCATTAATCGGTCACAAACGCACCCTTTCGGTTAACGGTTAATCGATTATTTTGAGCATCCCCATATGAAATAAATAATGTCTGCTTTCTAACACATTCATCAAAATCATCTTTCCAG
Seq C2 exon
GTGTCCTTCAGTGTTGAAGCCCGAGCCAGAGGCTGTCCGAAGGAGAAGCGCAAAACCTTCACTATAAAACCAGTGGGCTTCAAAGACACCTTGCAGATCACAGTCAACTTTGAATGTGAGTGTAAATGCCAAGCAAAGGCTGAGCTTGAGAGTCCCGTCTGCCACCACGGCAATGGCACCTATGAGTGTGGCATCTGCCTGTGTCACCCGGGGCGGCTGGGTCCCCGCTGCGAATGTGCAGAGGGCGACTACAGCCCAACAGAACAGGACGCCTGCAGTGGGCCAGACAAGGTGATCTGCAGCGGCCGGGGAGACTGTGTGTGCGGACAGTGCGTCTGTCACAATAATGACTTCGGCAAAGTATGGGGGAAGAGATGCGAGTGTGATGATTTCAGCTGCCTGCGCTATAAAGGAGAGCTCTGCTCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000045070:ENSDART00000006908:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=FE(10.3=100)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PD(9.4=28.0),PF079748=EGF_2=WD(100=24.5),PF079748=EGF_2=PU(32.3=7.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]