DreINT0083348 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000002494 | itgb6
Description
integrin, beta 6 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-100812-2]
Coordinates
chr11:11017201-11021103:+
Coord C1 exon
chr11:11017201-11017335
Coord A exon
chr11:11017336-11020837
Coord C2 exon
chr11:11020838-11021103
Length
3502 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTCAGT
5' ss Score
4.85
3' ss Seq
TTCTTTTAATTTCCTCTCAGGTA
3' ss Score
9.59
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACTGAGATCGGAGATTGACCTGGAGGTTTTGGGTAACACTGAGGGTCTGCAGATGTCCTTCACAGCTCTCTGTCAGGACGGGACCATCACACCCGGACATAAAAACTGCACCAATGTCAAAGCCGGTGATGTG
Seq A exon
GTCAGTGATTAATATTTTCATTTACTTACAGTAACACTTCACTGCCTTATAGATTAAAATGAAACTGAATTTTGTTTATTAAAATGTATATGTAACTCTATCTATTATTCATTAATCTAATTACTATTGATAGTTTCTGATTTATTTTGTGTAAAGTTCTCCATTAATGCCGAGTTCAGACTGCATGATTTTCAAACTAGTCGTGTCACTGATGTTTTCACACTGCATGACTATCTGGGCTGGCGTTTCGTCGCTGCTTTGTTTACACTGCAAGATGGTTCGGCGACATGGACATTCACATTGCATGACTTTACTATAGGGAGAATCGCCGACAACTTCGTCCAAACTACGTCTCACAGCCAAAACATGTAGTATGTCTTTTGTTATTAACTACATAATGAGAAAGAAGCCTTTAATGGGGTAGAACATGTACATGTTTGCTCACCTGGGTTTAAAGGGAATTAGCCATTTCTCCTCAACGTTGATAATAAACTAATTTCTTTCTGTATGAAACGTCAAACAGACACGGTTGCTCCTGAGTCCTGTCAAACCTCCACTAGTTTTTCCTCCATTTCGTGGGTCCAAATAAACCGAAAAAGAGCGCTTTTAACTTCTCCCCCAGCCTCCCGCTGGCCTGCAGCAGGTATACACACACGCACACACAAGTGAAAGCTGCTCTCTCATTGGCTGTAGGTGATGGCTGATGTTATTTTCAGTCAAAACTCAATTCACACGGCATGATTTGAATCGCCGATGCCTGTGAGATATTTGACATGCTAAATATCTGGAGCTGTCGGCGATTCAAATCATGCCGTGTGAATTGCCGTGTGAATTGACTCATCGGCGATTCTCTTAGATCGCGTCTTTGATCGTTCATACTGTGTAATTGTCACTCACGTGCACTAGCAGCGATTTGCCTGTGATTTCAGGCATTTGTCGGCGATTTCTCAAAACTTGTTGGCGAGCCAAAATCGGGGCTAAAATCACGCAGTCTGAACTAGGCATAAACCATAGTTCAAATAATAATTAAATTACCTCAATTTCAGTGGGTTTAATACTGGTACACATATTGTGATACACACAATAATGTGCCTTTGGTGCCATTTATCAACAATGTTTTAAAAATTAATCAATACATTTTACATGGTTAAAAACTTACATTTTTTTACATTAACTCATTATCATCATTGGGATATTGCTGATCAGTTTTAATATAAAACGTTAAATTATGTCTTCTTTTATAAAATAATAATTTTCCAAGACCAAACAGAATACACAAATACATATTTTAAGATCATTATGGGGGACAAGTTGACTTTACTTTAAAAAAAGTGAGTAAACCTGTTTTAACTTAAGATGTCCCAAATCAACTAATCGCTCAAGTAAGTTTAAGTAAAGTCACCTAAAATGACTTTTGCTGCTTGTTCTAACTACTTATTAACAATAAGTTGAAGCAACACAATTCTTAAGTTTTTTGGGGGACAACGTAATACATTTTATGAATTGAAGTGGGTTGAACATAAACCAATTAAGTTAAATTAATAGATTTGTGTTTTTACAACTGGGGTGGACTTTTAATAAATGAGGTTAGTAGCTGCTTAGGGCCCTAGAAAATTAGCAGGCCCCGACCAATGCCAAGAAGCCTATATTAATCATATAGCTCTTTTATCAATTTTCTATCATATGCTTTAAAATCTCGGCTCAGTGGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCTGGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATAAGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATGGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGCGACCCCGGATTACTAAAGGGACTAAGTCGACAAGAAAATTAATAAATGAATGCTGTAAAATCTGAATACAGCCATTAAGATTTTAATGTTATTATTTCATTTCAAAACCGTCATGAATAACTTACATTTTTTTTTACATTAACTCATTATCATCATTGGGATATTGCTGATCAGTTACAGTTTTAATATAAAACGTTAAATTATGTCTTCTTTTATAAAATAATAATTTTCCAAGACCAAACAGAATACACAAATACATATTTTAAGACCATTATGGGGGACAAGTTGACTTTACTTTAAAAAAAGTGAGTAAACCTGTTTTAACTTAAGACGTCCCAAGTCAACTAATCGCTCAAGTAAGTTTAAGTAAAGTCACCTAAAATGACTTTTGCTGCTTGTTCTAACTACTTATTAACAATAAGTTGAAGCAACACAATTCTTAAGTTTTTTGGGGGATAACGTAATACATTTTATGAATTTAAGTGGGTTGAACATAAACCAATTAAGTTAAATTAATAGATTTGTGTTTTTACAACTGGGGTGGACTTTTAATAAATGAGGTTAGTAGCTGCTTAGGGCCCTAGAAAATTAGCAGGCCCCGACCAATGCCAAGAAGCCTATATTAATCATATAGCTCTTTTATCAATTTTCTATCATATGCTTTAAAATCTCGGCTCAGTGGGTGTTTCTGTGTGGAGTTTGCATGTTCTCCTGGCGTTCGCGTGGGTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTCCCCCACAGTCCAAAGACATGTGGTACAGGTGAATTGGGTAGGCTAAATTGTCCATAGTGTATGAGTGTGTGTGTGAATGAGTGTGTGGATGTTTCCCAGAGATTGGTTGTGGCTGGAAGGGCATCCGCTGCGTAAAAACGTGCTGGATAAGTTGGCGGTTCATTCCGCTGTGCGACCCCGGATTAATAAAGGGACTAAGCCGACAAGAAAATTAATAAATGAATGCTGTAAAATCTGTCTACAGCCATTAAGATTTTAATGTTATTATTTCATTTCAAAACCGTCATGAATAGTAGAACATTCCTTCACATGTAAATATAAAAATCCAACCACAAATACGGCTGTACATAGTTAGTTTGTGAACTTGTTTTTATTTATGAATTTGTTGTATTTGATTTTACATTGAGAAGATAAAGGTTCCAAACATGCAGGTTATTTGCAAAAAACAAAAAAAAACAACAACAAATAGAGCCCAAATCTACAGAGAAAAAAAATATCAAGAATGTTTCAAGTTTGAATGCTTGGGCCCCATACCTGGAATTGCTTAGGGCCAAATCATTAAGTCCACCCTTAGTCACAACATGAAGGAATTGTGTGGAGCCAAGCATTTTTACAGTGGTATATATCTTTATAGTTTGGAAAGGTTATTTCTTTAGTGTTGCATAAATAATCAAACCAGTTGACAGACAAAGCTGGTCATGTTTTGAAAATGTTAACTTAAAACGTTGACAAAAGGTTTCCTTTGAACGTGATTTGAGCGGTATGGTGATCTTCTCTGAAGTCTTCTTTTAATTTCCTCTCAG
Seq C2 exon
GTATCTTTTAACGTTACGGTGGAGATAAAAGGCTGTCTTGGTGGTCCTCGGCGGTTTTCTTTGCGGCCTGTGGGTTTCCAAGATGCCCTGGAGATCGAGCTGGAGTCGCAGTGTGTGTGTAGCTGCCATCAGACACCCGAAACCAACAGCAGCTTCTGCAGCCGAGGCCGCGGGGCGCTGGAGTGTGGAGAGTGTGTGTGTGATCCGGGTTTCGTGGGACCGAAGTGTGAGTGTACAGAGAGCCAGGATCAAGTCAGTGACTGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000002494:ENSDART00000065933:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0036213=Integrin_beta=FE(10.4=100)
A:
NA
C2:
PF0036213=Integrin_beta=PD(9.2=43.8),PF079748=EGF_2=WD(100=34.8),PF079748=EGF_2=PU(2.8=1.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]