DreINT0083739 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000061741 | itpr3
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070605-1]
Coordinates
chr8:21290318-21292279:+
Coord C1 exon
chr8:21290318-21290499
Coord A exon
chr8:21290500-21292130
Coord C2 exon
chr8:21292131-21292279
Length
1631 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTATTT
5' ss Score
7.51
3' ss Seq
GTTTGTGTAACTGCTCTTAGGAT
3' ss Score
6.92
Exon sequences
Seq C1 exon
CCAAGAGTCGCTCTATTCCTCTGCCAGTGGAGTTGGAGGCTCATGTCAACATGATGTTGAGTCACAGTAATTCCCTCACATTGTCCCGATCCAGTCACTCCAACAAAAGCATGTCACGCTTAACACGGCCTGCCGCTCCCACCAACCCCTGGGACTACAAGAACATCATTGAAAAACTACAG
Seq A exon
GTATTTAAGAGTGTGTGGTATAAATAGAAGCATTATACATATTTAAACTCATTTAAATTTTGGAGTCAAGTGACTTCTCAAAAAATGATTTATTTCCTTAATAAATAATGTTACTGACAAGCCATTTTATTAGGTACACCTTGCTAGTATGGGGTTAGACCCAGCTTTACAAACAGAACTGCTTTAATTCTTCATGGCAAACATTCCTCAGAGATTTAATGGGATAGTTCGCCCAAAAATTACAATTTTCAACATTTAATCTCACTTAAGTAAGTGGATCAAAACCTGAATTTATTTTTGTCTTCAGAACCAGATATTCTGATGATAGTTTCTTTTTTTTGTTTTTTGAAAATAATAACCATGTTAGTAAAATTATTAATAAAATTGTCACTTTTTCCACTTACATTTCAAGTGCCTTGATTATGATTTTTTTCTAAGGAATGTCGGTAAACAACAGTCATTGACGTCCATAGTATTCAATTCAATTCAGCTTTATTTGTATAGCGCTTTTACAACGTAGATTGTGTCAAAGCAGCTTCACATAAATGGTCATAGTAACTGGAACAGTGTAGTTCAGTTTTTAGTGTTTAAGTTCAGTTCAGTTTAGCTCAGTTCAGTGTGATTTAAAATCATTACTGAGAGTTCAAACACTGAAGAGCAAATTCATCGATGCGTAGCTCTACCAATCCTGAACCATGCGAGCCAGTGGCGACAGCGGAGAGGGAAAAAAAACTTCACCTGATAGGAGTGAAGAAAAAAAAACCTTTAATAACCTTTAATAAAGCCAAAGACCAAAAGTCTTGTGCAGAGTAGGAACCAAACATTCAGTAACACTTTAGGTTTAATCCACAGTATTAAAATATAACCATTAACTAACACTCCTAGCTTAATAAACAACTCATGATCTGTGTATTAATAGTTAGTAAGGTAGAAGTTGAATTTAGGTTTTGGGTAGGATTAGGGATGCAGAATAAGATCATACTTAATAACTACTAATGAACAGTTAAAAACTTGTTCATAGTCGGGTAATAAGCCAGTAGTAAATAGCATGAATTCTAACCTAAAGTGTTATCATAGTCAGAGGCTGTTTTCACCCAAACATTCTACAGTTTGCCATCATCTGTGTTGAACAGAAGAAAGAAACTCATACTTGGAGATGAGTAAATGATGACAGGATTTTCATTTTTATGTGAACTATCCCTTTAAGTGTTTGCGTTAATGAGCAACAGGTGTACCTAATCAAATTAATTCAGAATGTATTTAAAATAAGCCATAGGGCATGTTAAAATGGTAACACTTCAGAATAATGGTCTGTTAATTTATGTATTATCTAACATTAGTGTTAATAATCTTGTACAGCATTTATAGCTCAACATTTACTAATGCTTTATTAGTATCCAAAGTTGGGCCTGTTAACATTAGTTAATGCACCGTGGGTTAACACGAACTAACAATGAACTAATGTTTTTTAACACTAACGTTAACAAAGATTAAAAAATAACATCATAAATATTACTAATTGGTTGTTCATGTTTGTAAATGCATAACTAGTATTATTAATGGACTGTTGTTTTAAAAGTGTTTAGATGTATAGTATTGCAGTGTATGAGAGTTTGTGTAACTGCTCTTAG
Seq C2 exon
GATATCATTAACACACTGGAGGAGCGTGTGATGCCTTTGGTGAATGCGGAGCTGTCTGTGCTGGTGGATGTGCTGCATCAGCCTGAGCTGCTGTTTCTGGAAGGCACCGATGCTCGCTCACGCTGTGAATCAGGAGGATTTATTTCTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000061741:ENSDART00000142836:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.279 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
CCAAGAGTCGCTCTATTCCTCTG
R:
AATAAATCCTCCTGATTCACAGCGT
Band lengths:
326-1957
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]