DreINT0084269 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000059067 | jupb
Description
junction plakoglobin b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-110407-10]
Coordinates
chr19:5562075-5607618:+
Coord C1 exon
chr19:5562075-5562265
Coord A exon
chr19:5562266-5607521
Coord C2 exon
chr19:5607522-5607618
Length
45256 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAAT
5' ss Score
8.39
3' ss Seq
GATTTGTCCACCTTCTGCAGGCT
3' ss Score
7.17
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTCTGCTTCCCCTGATGGTGTGACTTACGCTCAGATGCTTGATAAAGACGACGGAGCCGGATGGATTTTTGCTAAGATCTGTCAACATGATTGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000059067:ENSDART00000148794:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Human
(hg38)
No conservation detected
Human
(hg19)
No conservation detected
Mouse
(mm10)
No conservation detected
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Rat
(rn6)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]