DreINT0084770 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000023236 | kcnh1b
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-121128-4]
Coordinates
chr22:37983479-37999195:+
Coord C1 exon
chr22:37983479-37983675
Coord A exon
chr22:37983676-37998349
Coord C2 exon
chr22:37998350-37999195
Length
14674 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGCGT
5' ss Score
7.22
3' ss Seq
CTCTGTTGTAAATCCTACAGATA
3' ss Score
7.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAGTCTTCCGCAAGATCAGTGACGTGAAACGAGAGGAAGAGGAGATGCTGCGGAGGAAGAACGAAGCTCCTCTGAATCTCCCTCCAGATCACCCGGTGCGGCGTCTTTTCCAGCGCTTTCGGCAGCAGAGAGAGGCTCGTCTGGCAGCGGAGCGGGCCAATCAGGTAGAGCAGGACGTGGAGAAAGGTAAATCAGAGCAAACCGTGGTGAAAGAAATCACCTCACCCACCAGCATCATCACCGTAACAGAGAGTCCAGCCACATTGAATACCTTATCCCCGACCACACCATCCACCAAAACATTATGCAGAGCAAAACTGAACACTCCCCTAGCCCCGAACACAGCACAAAAATCAGCAGAAGCTCCCAAAAGTAAAGGCTGGAGTCGGTTTAAGGAAGCCACGGCCAAATCTGACCTCTCCTTAAGTTCTGTGTCCAAAGCCGAGTCCATGGAGATGCTGCCGGACAGGACTAAATCTCAAGATGAGTTATTGTCCCTGAAGAAGACAGACTCCTGCGATAGTGGCATCACCAAGAGTGACCCGCGCCTAGACAATATGGGCAGTGCCGAGACCCCTCAGGACCGGAGCCCGGTTCAGCCTGAAGAAAAGCGCCTGTTTTACCCTATCCCGGAGCACAGTCTGCAGGCCTGCTTCTCGGAGCTAAGGCAAGATCTGCAGGGGGATATCCACTCGCTGGGCTGCAGGATGAGTGCACTTGAAGGACAGCTGGCCGAGATGCTAAGACTGCTCGCAGAGAGAAACTCCTCAGGACCTGCAGAGCTGCACCACATTTCAAGACCAAACTCGCCTGATTCAGAAAAGGATGACAATATATCTTCATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000023236:ENSDART00000032246:10
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.722
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF078836=Cupin_2=PD(12.0=9.1),PF0002724=cNMP_binding=PD(53.4=71.2)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]