DreINT0084802 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000069560 | kcnh3
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-23]
Coordinates
chr9:28132158-28144247:-
Coord C1 exon
chr9:28143870-28144247
Coord A exon
chr9:28132358-28143869
Coord C2 exon
chr9:28132158-28132357
Length
11512 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TGTTGTGTGTCTCTCCTCAGCAC
3' ss Score
9.93
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGGTTGCATGAGCTGGGCAAACGTTTGGGCACTCCATACTTCCTGTCACCTCTCGCATCCCTCATTCCTGACTCTCTGCGCCCCACCATCCTGGACGGCCTGGTGGTTAATTCCAGCCAGTGGAACGGCTCTGATCTGGTGGCTCATGAGCCGGTGTGGAACTCCAGCCAGCTGAACTCCACAGGCACAGCGCCAGCGGCCCCTTCAAATGCTGGACAGACTGGAGCCGTACTGGGAGGAGGACCCTCCATCCGCAGCTCATATGTGACATCGCTGTACTTCGCTTTAAGCAGTCTGACCAGCGTGGGCTTTGGCAACGTCTCAGCCAATACCGACTCAGAGAAGATCTTCTCTATCTGCACCATGCTGATCGGAG
Seq A exon
GTGAGTGCTACAAAACACTCTTTCAAGGTTTCGGGGGACTGGGAGGTTTGGAGATATATTAAGATATTTTTAAAATACTTTTATATAGTAGTGTTTAAAAGTTTGTGGTCTACAGGATTTTCTTATGCTTCTGAAGTCTCTCGTGCTCATTGAGGTTACATTTATTTGATCAATTGTCCTAAATAAAAACAGTAAAATTGTAAAATATTAAATAATTTTAAAATCTAATTTATTTTTGTAATGGTAAAGCTAAATTTTCAGTGTTATTCCAGTTCTCAGTGGCACATGATCCTTCAGTTATCATTCTTGTAGGCTGGATCATTTTGATTGATACTTTGGTGCTAGTTAAACAAATCTTATCACATTTAAAAATGTTTATGTGGCTTCATTTGGGGGTATTTTTTTTATTAGTTTGTTTCTTTCTTTACTTATTTAATCTTTGTACAACCATGTGCTTCAGTAGAAGTAGGAGTACTATTTGTCAAGGAAGGAGGGTGGGGAAAGCAGCGAAAACTCAAGTGCATGAAAATAATGGGTTTTTATTCATTATTAAAACAAAACAAAAGGCAACAAAAACAACCCCGAGGGGAGAAACATTAACAAAACAAATAAACAAACAAACAAACTTGACTGGAAAGGCTGGCAGGGATCAGGGCAGGACAGAACAAACCAGGACAAGACTCGACTCAACTCTACTCGACTGGATGATGACAACAAAATGTATTTTCACCTTAGTATTTGTTACCGTATTTTCACTTTGAAATCTTTAAAACAATCGTATATTTACATCGATGAAATGTAAACCATTTAGAGGGGAAATAATTCAATGTTCATTACCAAGTTGTTTATTTTATTCAATCCTAATTTGACATTGTTACAAACCATGCATCTATTATAAACAAAAGATTCAACACAAATTTAAGCCAAGAACAGAATCTAATTCATAAACAGTAATTGCATTTATAATAATCAAAGTATTGTGCTATTTCCTGATTTTGTTTTGTAAACCTCTTACAATATGTTTGCATTTAAAAAAACACTTTCATTTTCTCCTATACATTTCACATCACCTCAATTCTCATACCTTCAAACAGCCATAAAATAGCACTTTAATGTCAAAATTATGGTCTAAGATCTTTGAGAAACCATACAAATTACTGACAGCAATGTCTAAACAGAACAGTAAGTTGAAGGTTGAAGATGCCTTCTGTCTGCTATGTGAATGTCATGTATATCAGACAAGTGGATACTTGAAGCCCTCTGGTAGGATCCCGCTCTCGTCTTTCCAATCGTCGTGCTAAAGACATGGCTTAATAACTCCTCTTAGCTTTAGGGAATCCAACTGTTCCCTCTGTTATCTTTCCACCCCCACCAGACATGAATATTCAGAGCAATGCTTCAGTCTCAAGCAGAGATGATGACACTTAAAACTGCTCAAGCTAGAGATCGTGATGCTCTCGCCGTCTCACAGCTCATACTGAAATGTTAGTTTATTTGTAATGTTTTGCATTTAGGATGACAATTAAGCTAATTCTGTTTTATACATTGCAAACTAGGCACTTATCCTTTTTAGTTAAAGGTGTAGTATATTGAATTTACACCTAGTGGCTGAGGTTGGTATTACAGTCCAATCTCAAAATATTGAAGATAGTTTATTTTTCACTGACCCCTCTGATGGCAACTTGACGCACACAGAAGTTTCGGGATTGATGACACAATTGATGGAGATCGAAAATTATGTAGTCAGAGCTACATATGGCTAATTTCATCATTTAAACGAACGCTATGGGATGGTATGACACTGTTCCTTATCGCGCTTACCAGCTGACCGCTTACCTCCATGGGGATGGCTTTCCCGCTGTTACCAGTTTGTCCAGTAGCTCGAAATGTATGCAGGCGGACTGAAGATGCAGAGCAATGGGGTTCAAGTCCGGTGAAGAATGGTTCCAGAAAGCAAGAAAGAAAGTTTTCTTTTTCTGGATTGCATTATTTTATTTAAAACACTGCAGATGGGTTTACGGAAGGTGGTGGGCGGGTCAATCAGTGCTTTTTAAAATACTATTGGTTGGATTTAGGGAAGGGGGAGAGTGGGTGTATCAGTCTGTTGGTCAGACAATCAATTAGGCAGTCAACAGCGGCCTCTGGTGGACTTATGCGAGGAGAGCAGGCATGAATAACACTCGAAATTTGCGATCTACACAATCGTACACAGCGACCTCTGGTGGATTCATGAAAACTGCAAAAACAATTTTGCTTCTAGGATGTATTTTGTACTCTCCAGAAATGTATATAGAGGTATGGAATCAGAATAATCCCGGGGTGGTAATACTTTTGTTGTTTGCTAATTAAAAAGCACCTCGTGTGGATTTCCCTATGAATCTGCATCTCATTTCTGAGGCATGTCCACATGGATAAAAGTCTAAAATGGCACATTTAAATTAAACACTAATAAATAAACTTGCAGAAAAAATAAATAAATAGAAAAACTTTTTTTTTGTCAATTTTAAATTTACAGATACAATTCATTGCCAAAAATGACAATGTCTTGACAATTTACTCTCACTCAAGTGGTTCTAATTTTTATGAACTTTTTACTTATATTCTGATATTCTGAAGAGTGTTGGGAAAAAGCAGCCATTGATGATCATAAAGACAAAAATACTATTAAAGTCAATGCCTTTTTTTAATTAAAACATTTCAATATAATACATAAAATGTTAAAAACTGTAAGAAAATCTGTTCTTTTTAAATATTTTTAGATTGTGAATATACATTTTTTTATGTTTGTGATCATTATTAAAGTGGTTTTAAAGCTGTTTTTCTCCACAGCACTGACATGGCAGTATATGTTATTTTATTAAAGGACCTATAGGCTATATGCACAGCTAGTGTTTCTTCCCATACCAATGAACTTCTGGTGAAAGCTTAATGTGACTTTTTTCAATTTTATACAATTCCTCTTACAGCATTGATGTTGTAATGTAATTTTAATACAATCAGTCAAATAAACTCATTTAGTTGTTCAAAAGTAAAACGAGATAGACCGCTTGCGTCGTCAGAATCACCAGGCAAACGCAGAAACTCCATTGAAAATACTGGGGTAAAATACATTTTCATATTTTAAAGACATGATGTGGAAAAGGGTCATTTAATGCAGTGCTTCTTGCTCATTCTGAGACCCACTTTATAGTGTATATCAGTCAGGCAGTAAAGATCATTGATTTTTTAAAGAAAACAGACCTTAAACATGCCAATTTTGTAAGGACATTCAGTTCACCGGAAGCGCTTGACCCAGGTTACTGAAAATTAAAAGTCCTTCTGCATACTTCTGCATATACCCTCTTATGCCTATTTTTACAAGATATAAAACAAGTCTCTGATGGTCCTATAGTGTGTATGTAAATTTTCAGCTCAAAACAAATAATTTTTTAGAACTATTTAAAACTGGCACTTTAAATTTAAATGAGATTTTGATCACGGCACTCTTTTTCATTAAGGGCAGAGCTACAAACCGTTATGTGTCCTCATACTGGCAGATTCAAAACAGGGCTAATGTTATCTTTGTGAAAAACAAAAAAATGTGGCGACTACGGTATTCCTTTATGCATCCTATACTCTGAAATATCCAATGGCAGATGGCTGCTTCTCACTCAGGGCTGTTTATGCTAATAAGGGAGACATTGTTATTTTCCCTCTCTGATGACACATCATTAAAAAGTGCTTCTGCCGACTGTGTTAAGGAAGTGTGATTATAGAAAATAGAATTAATTCATTTTTACCATTAGGGGATGGATATATTCACACACTGTTGATACGTTTCAAGTATGATTCAGCTTCATTTTTTTGTTTTATAAGATTTTTCTTGTTATATAAGATTTTTCCAGAATAATTGTATTTTGTTTCAAATATTTTGTCATGCAGCTAATGCAATTCTCTTATGACTGCTGTTGATTATTAAACTTTCAAACAAGTTTGAATGAGGCATGCATGAGCAACTCTAAAATTACTAATGGGACTCCCTAGACTTCACGTGTGTGTGCAAATGAAGGCCACAAAACTGTTCTTCATAAAATAAAGCACAGAGAAGCTTTCACTTCATTAGTCTTTATAGTAAACCATCAGCTACTATTAGGTTTATGTGTCTATTTGACCTCATTAAGCTGTATTTCCCTCGAGTCTCCAGTCTTAGATCACAAACATTTCCTTTGACCATGTTATTCATTAAGCTTTGCTACATATTGATTATTGCCATTTCCAACACATTTCCCTAGTGGTGCGGTTTATCGACCATCATTTAACTACCTCAGAATCATATTTGTTTAGTAATTCTGCATTATTTAATAGGCTGTTTTGTGTGTCTCACTGCATCTCTCTTAAAATGCCAAACAAGCTATTTATGAGCATTAATTCTTTTAATTAATTAAAACTTTCAGTCATTACTTATTTAGTATTGTTCAGAACCTTTGTGTTTGCATATTTGTGTGGGATTTTTAATGTTCTTTATCACCCTTATTTACATAAACAGTCTGTCATGCTGTTTGATATGGAAAATTGCTATTTTGTATAAGATTTTTTTTTTTCATGATTATATTTATCTGTGTTGTTTCTGCACTTATTATATGGTTATTTACCAATTACAGCTAATGAATCTAAAGTTTCCCTTAAAAAATGTTGAGGGTCAATTTGACTGATGACCTATGTAATGTTTACACAGCACTCTTTGTTCAGTTGACTTTTATTCAAACACATTGGAGTGAGGGAGACAGAAAGTTCAAGATTTTGTATCACATAAAAAAGATATGCAGGCAGTACAATATTAATGTATTCTATTGAATTAACAGAATGCTATTTAAATATGCAGATTTTCTCTACATTTCAGTAGATGTTAACTGTTCAACATACACTCACTGGCCACTTTATTAGGTACACCTTACTAGGACCAGATTGCATCTCCTTCCTGGATTGGTACTAATGGGCCCAAAGTGTGCCAAAAAAATAAC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Seq C2 exon
CACTCATGCACGCTGCAGTCTTCGGTAACGTGACGGCCATTATCCAGCGGATGTACTCGCGCCGCTCACTCTATCACACTCGAACCAAAGACCTCAAAGACTTCATCCGTGTGCATCGACTGCCCAAAGCCCTTGCGCAGCGCATGTTGGAGTGCTTTCAGACCACATGGTCCGTCAACAATGGCATTGATGTCAGCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000069560:ENSDART00000146284:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.087 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(46.5=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(3.7=14.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]