DreINT0084813 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062565 | kcnh4a
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 4a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-131125-34]
Coordinates
chr3:17417092-17428800:+
Coord C1 exon
chr3:17417092-17417216
Coord A exon
chr3:17417217-17428538
Coord C2 exon
chr3:17428539-17428800
Length
11322 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTGAGT
5' ss Score
7.8
3' ss Seq
TCTTTTCATGTTTTCCACAGAAT
3' ss Score
10.64
Exon sequences
Seq C1 exon
AGGACAGACGTCACGGCAGGAAAGTGGGTCGAACTCACCTGAGTCAAGCTCGAGAGCGTGGCCGCAACGTCCTGTACCACTTGACCTGCCAGTTCACTAATAGGAGCAAACGAAAGCTGCCAAAT
Seq A exon
GTGAGTAAATATAAATCACTTGATCACTTAATTATAATTAATACCTTAATGTAAATGAAGGGGAGCGACACGGTGGCTTGGTGGTTAGCACTGTCGCCTCACAGCAAGAAGGTCCCTGGTTCGAGTCCTGGCTGGGCCAGTTGGCATTTCTGTTTGGAGTTGGCATGTTCTTCCATTTTCCTCCGGGTGCTCCGGTTTGCCACACAGTCCAAAGACATGCGCTACAGGTGAGTTGAATAAACTAAATTGGCCGTAGTGCATGAGTGTGTGTGAATGAGTGTGTATGGTGTTTCCCTGTACTGGGTTGTAGCTAGAAGGCCATATCCCCTGCATAAAACATGCCGGAACAGTTGTCGGTTCATTCCGCTGTGGTGACCCCTGATAAATAATGGACTAAGCTGAAGGAAATGAATGAATGAATGAATGATTGTCTGCTGTTTTCATTTAGTGCAGATATGTTTTATGTAGCAAAATTTCACAACATCAGTTTGTTTTGACTTTATTTTTACATTATCCAATCTATTTTAAATCTGCCCACACTAATGTATAATGCATGTTTTTGTAGATTGTGTTGAAAGTGTAATTTTTTGCCTTTCATATAGAGCAGATATTTAAAAAATGTCACATACCTTTCTGGTTTCTAAAATAAATTGGAACTTGCTATTAGAATTAGCAAGTTTGCTAGGAACAAAATGTAGTCAACCATGTAATATCAAGATTGCTGTGCATCACTAGTGTCTTTATGAATGTGTTGAGCTGTATTAAAAGAGAGTCTAAAGTTTAATCAGTTTAGCCCCACAAAAAGAACAGGTTTTCTTACTGGTCTAATTATTGTTTCCTATTTTTTCTCTTTCTTATGAAAATAAGTCTCCTTTGCTTCATTCCCACCCTTCTGAATTAGAGTTGAGTTATTAAAACAAGACTCTATAGTTGTGCTTTCTTGCAGTCAGCATTTAGTAGATCTGCTATAAGTTAAAATGTCACTAATGTTAATGTTTAACACCTAAAGTGGCAATGTGGTCTTAAAATATATGGATTGAGCCTTAAAAAGGCCTTCAGAGCTATTGAATTTAACTTTATAAGTCCTGTATATACCCTGAAGTCAAGTGCACTTAAAGCCATATAGTTTGACTAAAAATAGATATTTACCCACTATTTACTCACCCTCAAGTGGTTCCAAATCTTTTCTTTAGTAGTAGGAAAAACAAACACTATGTAAGTCAGTGGTTTCAGCATTTTTCTAAATATTCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTCTCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCAGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGCAGCAGATGCCCTTCCAGCCGCAACCCATCTCTGGGAAACATCCACACACACATTCACACACACACATTCTACGGTCAATTTAGCCTAACCAATTCACCTGTACCGCATATCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACACGAAGGCAGGGAGAACGTGCAAACTCCACACAGAAACGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCGCCACTGCCTGCCAATTAAATAATTATTAAACATTTATTTAGATTGATCGTGATGATTTTGTCGGGGAGGGCATCTAAATGAAATAAATACAATAGAGCAAAGATACAAATAAAAATTAGCAGTGCTTTAGGGTTTTCTGGAAAGTCTAACAGTATTCAGGTACAAAAAAAAATCTAATGTAAATCAATGTATTGGATAAATTATTCAGTAAAATTAAGTTGCAAACGTTACAGTTTATTGTGTCTGCTTTAAACTGCATGAAGTCTGAATTTAAGTCAATGAGTACTATATATATATATATATACGCTGAAGTTAAGTGCACTTAAAGCCACAGCGCACCTAAAAATAGATTTTTACCCACTATTTACTCACCCTCAAGTGCTTCAGAACCTTTTCTTTTCTAGTCATAAAAACAAATACTATGTAAGTCAGTGGTTTTTGCATTTTCTAAGTATTTTCTTTCGTGGTAAAATATATTTTAAAAGAAATTTTGCAGACATCAGCCACTTGTATAGGACACTCTGTCCTTGCTGTTTGAAAAGAACACACAGTTCAAATTTTGTATTAATAAACACCTACGATTTTTTTTTGGAAACAGAAGAAAGAAACTGGTTTGTGACAGGTGGATGACGAGTACAGCTGCGGGCTGGCATGGAGCCTATGAAAGTTTTTTTTAGGGGGTTTGGGGGGGAGGGGTGGAGCATGGAAAGGGTGTAGAGCATTAAATTAACCCCCCTAATAGTAGCTCTTGGGGGCCCAGAATTTTCCCCTCTAGTGGTGTCCCTGATTTCACCTACAGTGCTCAACATGAATGACTACATTTTGAAAATTAGTATTTTTATCCAGTTCTCAGGGAATATCGGTAAAATATTTTGGTGCATTTGAACAGAACAGATTTATTGAACAGATATATTTATTAAAATAAGAAAAAATGTCATGTAAATGAGAGATTTGTAAGTGGTGTACTCATGTTGAGCGCTGTATTTGGAAAGAATTCAATATATTTAAATGCATTAGGATGACTCTGTCAGGAAGTATATCTAAAATAAAATAAAACAAACTAATGACAAGCTTATATAAGTACAGTAGAGCAAAGATACAAATGAAATTAGCAGTGCTTTAGGGTCTGGTCAAATCAAATAGATAAAAACACTGCTGTGTTGTTTCATTTAGAGAGAGAGGGTTTCAGTGAGAGAGGGTTTAGCTCAACTAGAGGTGAAAATTGATTGGTTGCTATCATGTGTGGAGTGTCTAATGGCATTTTTAACTAGATTTATTTTCAACTCAAGAAAAGCATGTGGAAAAAGAAAACCAAGTGGAAAATAGAGAAAAGCGTTTGTTGAATGCCTTTTTTGAAAGCTATTTAAATAATGCATTTAAATCTATCTATTTTAAATTAAATCTATTTTAATCTATCTATTTAAATATATTTAAATTGATTCATAAATATACTTTTTTTATTGTTTGATTAATAAGCACTTTTATATGGAGCCAGATTAGTCTAAAAAAAATAGACATACGAAATAGTTCATACATTTACAACACAGTCACATTAACAAAATTCAGTTTTTAAGTTCGTAAATACACAAATTCAATTATTAAATTCAAAACACGATTCGTAAATACACAAATTGAATTCACAAATTCAAAACATGATTTGTAAATACACAAATCCAATTTGGTAATTCAAAACACGATTTGTAAATGCACAGATCCGATTAGTAAATCCAATGCACAATTCATTAATACACAAATCCAATTCATTTGGTAAAATTATTTTACCTAGGGAATTCCTAAATTGTGTGTTGTATTTATGAATTGTGCTTTGAATTTACAAATTGCATTTTATAAATGAATTTTGTAAATGTATTATTTTTGATCTGGCTCCGTACTTTTTAACATGAATTAATAAACATTTTATTAGGCCCCAAGTCTAGGGGAAACAAAAAGGGCATAATAAACGAAGAACAAACAAATGTGTTGGGGTGGTGGATTTCCCAAACTTAACAAAACTTAAAGCAAAAGATTCCCTTCGGTCGACAACCAAACTCACACACTCAATTGAGAGTATATATGAAGATATTTATTATAGAAAAATAGGGTTTATATAAATGAGCATTTCGTCAGGGTGACCACAGGCCAAAATAACAAACAAAAGAATCTATAAAATAAATCCACTAAATTACCTATTACTATTTAAATAAAAATACAAGAATCTTACCTTACTCCCTAACATAAACAAAGTCAAAAGTAATCAAATAAATAGGCAGGTCACCCCTACACGCTCAAACTCTCAATAAATATTCAAGCATAGGATGGTCATCAATACAAAGTTGATTATTGTTGGTTGTCGGCCGAAGGGGTGAGGGAAACCCAGGAGCTCCACTCCAAACACCGAACGCAGCAGAAATGAGCCCGCCGATCCCTGCCGGAAGCTCCCTTATATACAGGCCTCGTAGACCAGCAGCCAATCAGAGCGGGGAATCACGCCGGCGAGGGAGCCTATAAGACAACAGAAAAACAGCAAGGAGGCGGGACAAAAGAAAAAGAGTACAAACAGCAATAATAAAAAAATAAATAAACTTTAGTCGTAACACATTTATAAAATTGCCTATTTGTTTATTCAGTACATTTAAATGTTATTTTTAAATGCATTGTTTTATTATTTTAATAAATTACATTGAAAAACACAATTTACATAAACACATTATAATAAATCTATTTATTTGTCCATTTAAATTTATTTATAAACAATTTTATGCTTTAATTTTTAGTATTTTTTAAATATTTTTATTATATTTCTAACTGCCACCATAGTCTTCCATAGTATTCAGGTGCATACAAACAAATTAAATAATCAAATGTAAAATTAAAATGCTTCTTTGTATAAATAATTAAATTAAATTAACCTTTATTAAAGTGACAAATGATACAAATGACTTAATTCTTTAAACTGTTCTAGTGTTTTTTTGATATTTTATTGAAAAGATCTGACATATTGTGGCTTAACGTATGCTGTTTTATTTTACCGAAGGCAGTAAGATGCAAGATGCAGCATTTAAAGATGAGATGTTTGTTTTTTTCTGCCATTGTGACTGACCTTACAAACCCGTCAACGCTTTTAAAGAGTAAACGTCCTTGTTCTTCTAGCTAACAATGTGAAACAGAAGTCTGGCTGTTGAAGTGAAAAGGTCAGACTCATTGAATAAACACAATTTTGTTGATATCTGCCCGAATATTTCATTATTTGATTCTTCCTTTCATGAAGAAAATATTTCAGACATCAGTCTTTTGTATCGGACAGTCTGTCCTTGCTGTTTGAAAAGAACACGGTGCTCAAACTTCATACAAATAAACACCTACGCTTTTTTAGGTCGTGATGTAACGTGTTTTCTTTCTTTTTTTTTAATAAATGTTATGCAAACGACTGGCTTTGTATTAAAAAAACACATCTATTGAACTTTCGGCGATGAAAAGAGCACTCCAAACGGCATGTACTGTACCTAAAAAAATATATCTTCAACATAACTGAGTAAGAATGAGAAACCAGAGTGTAAAATTTATTTAGAATTTAGGGGGCTTATAATAATAACCTCAAAATGGTTTAAACAATTAAAACAGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAATAAGACTTTCTCCAGAAGAAAAAATATTATTGGAAATACTGTGAAAAATTCCTTGCTCTGTTAAACATCAATTAGGAAAATATTTGAAAATAAATAAGTCACAAGAGGACTAATCATTTTGACTTCAACTCTATGCCTGAAAATGGTTGTAATATGTTAGTATACCATTATTATATATAAGATTATATGATGAATCATTATCTTAATTGTATCAATCAGTGGCTGAATGTATTTGTTCATAAACTTCAGTAAATGACCCATTTAACTTCATAATAATTCTTTATGAAGCGAAGTTCTGTCTGCTATCTGTGTTATTAAATGTGCATAAAAGGAAAGAATAATGTAGCAAAGATCTTTATTTCAGATGTCCTTCTGGGCTGCAAGTGAAAGGTAACATACATTGAATCTAGCATATACTGATATGAACAATTGATTCTTATTAGACTATTATTAGTGAATCAAAAACATATGATATGTGTTGTCCAGTTCATGTACAAGTGGCTCTTTCAGCTTCTACACAAGCATTGTAGTCGGGCAAATGCAATGTTTTCTTTTTTGTGTGTGACCAGTGTGGTTCAGTTCACATAACTGTTAACTTTTATAAAACTGGTCTTGTTTAGTTAGTAAATCAAAAACATACAATGCGAACAGTGTAGTCTGAATCATGAACAAATGACTCTTATGAGACAGTACTTTTAGTGAATCAAAGACATATAACTTGACCATGGGTGTGTTTTCCAAAACAACAATAATATATATATATATATTTTTTAAATAGCCTACTTAAAAGTAATATCATTCATTCATTTTCTTGTCGGCTTAGTTCCTTTATTAATCTGGGGTCGCCACAGCGGAATGGACCGCCAACTTATCCAGCACATTTTTACACAGCGGATGCCCTTCCAGCCACAACCCATCTCTTGGAAACATCCACACTCATTCACACACACACTCATACACTACGGACAACTTAGCCTACCCAATTCACCTGTACCGCATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACATGAACACAGGGAGAACAAGCAAACTCCACACTGAAACATCAACTGAGCGGAGGCTCGAACCAGCGACCCAGCAACCTTCTAGCTGTGAGGCGACAGCACTACCTACTGCACCACTGCTTTGCCATTATATGCAACAAATAAATGTAAATAGTTTTGACATCATTATTTGACCATATATATTTTAATTAGGGATACTAGCCTACACGTTTCAGCTATTGTAAGTTATTTTAGGTTTAATAAAGGAATTTTGAAAATTCCCAGTAATGTGCGTAAAAGAAATATTGTCTCTGTTGACATGTTTTAATTAAGTATGCAAGGAAAACAAGAAAAACATTTTACCAAAATAAAACAAACAAATAACAAACAAACATTCTTTCAATTCTCAAATGATGCACAGTACTATGCTAGTCTAGCCTCAGGTTATGTCTTTGATTGTAAAATGTATTAAAGTGTAGTTAAATTAATGAACAAATGACTTATTAACCAGTTTTTTTGGTGAATCAAAAACATAAAAGTTGAACATTGTAGTCCAACTCATGAGCAACAGAAACTACAGTACAGCACAATCACTGTTGTCTGATTCCCTAAACAAGAAATTCTTATGAACTGATTCTTTTAATGAATCATTAAATGATTATTTAAATCAACCTGAAACACTGTCCTGTATAAAATATTTGTATTTTAAATGCAATAGCTGCAGGGTAATACAACAGAAACATACACTATTCAAATGAAAGAGATTAAGAAAATAAATTTGAAGACAATCTCGTCTTTTTTGTGGTGAAATATAGTTCGCATTAAGAGTAGCCCTGGAATTTTATTAGAGAAGATGTTAAACTCTTTATAATAACAGCATGAATAGGGATGCACTACACTGCAAACTAAATATTATTATGCATGTGTGAATACTGGCTAACAGAACCTTATTATCTGTTATTGTATCATGTCATGACTTTACTTGGAGGGGTACTTTATTTATAAATCATTCTTAAATGCTGTTAAATTCTTGTACATGCATATCCGTATGTTTAGACTAAAAAAAAAAAAAACAATACAAAAGTGTTCTGTCTACATAAAAAAGTGTACGTTTAAACACAAGAGTTGTTAAGAATGAGTTAATAAGAATGTGCCCCTCCAAGTAAAGTCATTAGTTAATTAAAGAGTGAGTTACATTTAGCTTTAACTAAAGTGTTAAATAATACATTAATCAACAAACATGAACTAGAAACTAAGGTAGCCATTATTCACAAGTAAATGACTCAAGTTATAATTAAAGTTAGTTCTTAATTAGCGAATACCTTAACTAATAATTATGAGCAATTCCATGCACGTCAACTTTGCCAAGTTTTCAGACAAAACGTTTAATGAGTAGGCTTGTATTTTGCAGTACTGTAAAAATACTCAAAAATCCCTCTATCAATGCCAACTTTTATCCTTTTGATTAGCATTATTTCTTTTGGATTGTGCAGTTTAATTAATAGAATTTTTACAAAGTATGTTGTATACTTTAAACTTTTTGGGTCACACTCATAACCTCATAAAAAACCTAAAAAAATGCTTATGGATTGATATTTTTCTGATATCACAACTCTATGGTTAGTAGTTTCGGAGGCAGATGTTTTAGTATAATGTTAACATATACTTTCTATGTAAGTTCTCACTGCTAATGTCACACCCTTAACACTGGAATTGCTCAATAATAATAATAATAATAATAATAATGTATAGTTTACATATACATCATTTGTCCTGTCCCTTTTTGTGAAGTGTTACCATTATTTCTGTTGTGTGTCATTTTGAGCTGTACCTGCACCTATTCAGAATGCCAAGCTATATATTTTTCCTCAGATAATCTTTCTGAATGCTCCAGGTGGAGAGTCAATGAACCTTCGGGAAGCAAATCAATAGTGATTTGATTTTGAAGTGCTTTTTGTAGGGCAAAAAGACTGAATTCACATTCAGATTATTGCTCACAGACATAAAAAATCAAGCACGGGTATCTCTGAACTGTTCAATATCATAATTTCATAAGGCACCAGATAGTCTTCATGAGAAACAAGCATCATTTCCATAAAGAAGGGAGTTTTGCTGTAAACATCAACATTTAAAAAGTTAACTTCATTTAGTTTGGATTGTTAGAACAAAACTTTACATGAAGGTCACTTTTTTGTAGCACAGCACACCATCTCTGTCCATCATAAGCATGTGTTTTTCTAAGGTTACTGGTTCAGGACTAATGTAGCAAAAAGCAACTTCTCTTGAGCTACACTTCTTTTTTCTTTTTAATGAGGCGACAGCACGTGCACATTGCACATTTGGTGCACGCTGGGTCAACAGTTAATTTAAAAGTTCCAATGACGTGGGCACAGCATGGCCCACATTCGCACAAAAGAGAGACGTATTGAAGAATATTTGGATTAAAATCAGCCTAAAAAATGAACTCCACAGAAGAAAGTATAGACGCGCTTTGAGGTTTATAACAACACTTAAAGCGATAGTACACCCCAAAATTTAAACTCTTTTACTTGTCATCATTTACTAACTCTCTATTTGTTCAAGCTTTTTTTCTGCTATTGAACACAGATGAAGATATTTTGAAGAATGTTGCAAAGCAGACGCCATTACTCGTGTTTTCATCTAAAGATGCGAATTAGACTTAGATGAAGTCAGAATTATTTGCCCCCCTTTGAATTTTTTTTTCTTTATCAAATATTACACAAATGATGTTTAACAGAGCAAGTAAATTTTCACAGTATGTCTGATAATATTTTTTCTTCAGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTCGTCTAAAAAAAAAGCAGTTATTAATTTTTTAAACACCATTTTAAGAAGCCCCTTTAAGATATGTTTTTTTCCCCCCGAAAGTCTACAGAACAAACCATCATTATACATTGACTTGCCTAATTATTCTAACCTGCCTAGTTAACTTAACTCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGAGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATTATTTACTGTCATCATGGAAAAGATAAAATAAAAAATTATTAAAAATGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGAAATGTGTTGAAAAAATCTGCTGGCCGTTAAACAAATGGGGGGGGGGGGGGTAAACAGGGGGTCTAATAATTCTGACTTCAACTGTATATGCAAACCTGTAATATTGCACACACTCAAAAAAGTATGATTGCTGTTTGTTCAAACTACTAATATAAAATAAGCTAAAACTATACAATTCTTTAGGTTTTTAGTACAATTTAATTGTTTTATGTTTATTCCACTTAAATTTGTAAAAACTATTAAGCTAACTTAATTCTGTCATGTTCTCCCAACACAAACTGATTGTGTAGAATCCAGCAATGTGTAAAACATTCATAAATAAAACACAGTTTCTAATAACTCAATGAGGACGAGTATGCTGGTTTGTCCTTTAATTTAATCCCATCAGATCCCAATTCTAAAAAAAGGTGAATTGCCATTTCACTATATAAATTGGCAATGTGCGCTTGTTAAAAATAAATCACAAATCTTTTGATGCTGGAGTTTATTTGGTAAATGTGCTTCCATTGTAATTTGTGCACATTTTTTTCTTTTCAGATAAATATGGAGCTAGATTAGTCTCAAAAATAATAAATTTACAATATAAAATTTATACATACACAGCACAA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Seq C2 exon
AATGTGTTTTCACAGCCAACTCTCCCCGAATACAAGGTGGCGTCGGTGCAGAAATCTCGCTTCATTTTGCTTCATTACAGCGTGTGCAAGGCCATGTGGGATTGGTTGATCCTCCTTGCCACATTTTACGTGGCTGTCACCGTCCCCTACAACGTCTGCTTCTCCACCCCAGACGACAGCCAACTCGACAGCCCGGATTGCGACTCCAGCTCCAGGACCACCATCGTCAGTGATATAGCTGTGGAGATGCTCTTCATCCTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062565:ENSDART00000153763:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.333 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(5.7=13.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]