DreINT0084884 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062640 | kcnh8
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 8 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060503-204]
Coordinates
chr19:20989279-21004695:+
Coord C1 exon
chr19:20989279-20989436
Coord A exon
chr19:20989437-21004490
Coord C2 exon
chr19:21004491-21004695
Length
15054 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TCCCCTCTCGCCTCTGCCAGGTG
3' ss Score
11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062640:ENSDART00000090810:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(24.4=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(31.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]