DreINT0088237 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036279 | lamc1
Description
laminin, gamma 1 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-021226-3]
Coordinates
chr2:35976916-35981333:+
Coord C1 exon
chr2:35976916-35977052
Coord A exon
chr2:35977053-35981210
Coord C2 exon
chr2:35981211-35981333
Length
4158 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGT
5' ss Score
10.03
3' ss Seq
TTGTATATGTCTCTGTGTAGATG
3' ss Score
8.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTAAACTGGGCTATTTTAATCTGGACCCCCAGAATCCTCAGGGCTGCACTCCATGCTTCTGCTTCCAGCATTCGACAGTGTGTGAGAGCGCAGACGGCTACAGCGTGCACAAAATCACCTCCACCTTTGACAGAG
Seq A exon
GTGAGTATACATCCAATAAATCATCAAAATAAACAAATAAATCCTTAAGAGTTTTTAATATTTAGATAAAAAAACTCATGTACATTTGTAAGTTTATCATCTTTGCATGAAATTAATAAAAAAATAAACAAATTACCGCTTATTAGAGGTGTGGGGAGAGATTTGTGGGACAGAGATTTTGATGTTGTTCTCTCTTCTGGCTGCCAATATGTCTCACACAATTTTTTGCCCATTTTCTGAGATTCATACTAACACTATCATTGAGTTTTTCTTTTATTAATTGAGGTAACAGCAATGCAAAAACTTTTTGTTGTACTCTCCCATTTACTGGGAAGTTTTCCCAACTATGATGACTTCCGCTACGGAAAAAGCCAGAAACGTGAAAAGGGTCCATAGTTCTACAAGCTATGAATAAGTTCTTTTGAAGTAAAAGCCATTTATTGACTGCTGTTGTCCCTTATGTATGTACACTGACCTGTCCACCAAGTTACCTTTACATGCACACATGCACACATGCGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACACACACATACATATACACGCACATACATATACACGCACCTGCCAGTACCTGACTGTATTGTTGTTTTTTTGTTGATGTTTCATTTTCTTTGTATTTGTATAATCTCAGTTTGTGTGCCTTTTTGCATAATCTAATTTGAAAAAAATGAAGCAAAAGCCATCAATGTAAAATCAGCCAGCATTTACAGTATGGATCAACCAATATGGAATTTTTAGCAGATTTTTATAACCAACAAGTCTTTGTTTAAAGCAGATATAAAAAGATTGAGTATTTTCTTTTTTTTTTGTATTTAATATTTTTAAACCACTAAACTAGTATTTAGTATTTTTAAATGAAGTGTTTATCCTTTTATTTTAACACCAGGGGCAAGCTAAGTGATTTGGGGTTTAAGCAGTAAGCAATTCTAGGTATGGGGTCCTAGCATTTTTGAAAAATAAACTGCATGTCAATTAGGGTTGGGCATCTAAGCTATAATGCCGATCCGATACGCATCTCGATACAAAGAATACGATCCGATATATTAGCGATACATTTGTGACATATTGCGATGCAACACGATACGATTCACACCCATATCACGATACAATGCGATAATGCAGCACTAACTAAATAGATCAAGTTTATGAGATGATGTAAGAAAGGATGCTGTGCCATTGAATGAGTTTGATTATTTATTAACAAAGCAAAACCAAGACTTTTTTTACAAACTGGCTTTTCTCTCAGAGCCAGAGTGTCAGTTTACAGTAGAGGGCCATTTTAGAACCTATAGCACATATTATTTAAGTATTTTCAAGATAAACAGAATGTATAAGTGCAATAAATATTAAAAATACATATATTTGCACTCTTTCAACATAAAAGTTGAGCATTGCACAACAACAATTGTGATTTAACTTTTCAACTATGAAAACAAGTTTTACAAAGATATATTGTGCCACTGAATATTTAAAACTTAAGGTCGTGAACTAGCAGTGTTATGCTGCTTTGAAACATCACTGTCACTGTAAACAACAGGCTAATAAAAATATCAATAAATAAAAATTAACAGGAGGAGGTGTTTAAAACCTTCGTTCTCCGTGACACTAGGCTGAATATCTTTGCAGATGAACAATGCAATAGCATTCGTTATTGGCGTAGAGCGCACAAAACTGTTGCGCATGGAAACAACATTCAATGCTTTTCTCACCACTTTTGGAGCCAGTAGCTACAGTTGAAGCATAGCAGGAAGCCGGGGATGCAGAAACACTGGAAGATGCTTCCACAACAACACCGTGGCGCCGCTTCAAGTGAGATATCAGATTAGTCGTACTGCCCGTGTATTTTACAGATGCGCGGCACATTTTGCAAATTGCATCTGTCCTGTCAAGTCGTCCATCCTTTTTGCAAAATCCATAATGTTGCCATACTTTAGATTTAAAACTCAGTGGGGAATAAAATGTTTGTTTTGCTTCTCGCGCTTTCTGAGGGCGCACCACTAGCTTCATCCGCACACCTGATACACTGAGTTGTGTACACATTCGTTGTGTACACATCCGCAAGTCCGTTGCTACTTTATGTAGGTCGATTAAATTATGCGCCAAAAACAGGTTGACAACACTTGTTAATAAATAAAATATACATTCTATGTTAAAAATATAAGTTGTATCTTGGAAAAACCGATGCATCTCGCAAAAACCGATGCATCTCGATTTGCTTTCAAAATTTCATTCATCCTCTGCTGCTCTACCGATGCACTCGCATCGTGCACGCGCATGACCACGTATCGATACATATCGGTTAATCTTCCCATCCCTAATGTCAATACATTATAAATAAAGGAACCTTTATCTTCCTAATTTAAAATTAAAAGCAATAAATTCACAATTAAAAAAATATTTGTATCCCAGTGTCCTGCACATATTAGCTCCAACGTGTCTCAACACACCTGCACAGATGTTTCTAGAAAACCCAGAAAGAGCTTGATTAGCTCGTCCAGGTGTGTCTGATTGGGGTTGAAACTAAACTTTGCAGGACACCGGCCCTCCAGAACCTGCACCCCGATGTACAGTTAATTAGCCATTTTTGTGATTAGATATTAATAGTAATAATAGTTTTAAAAAAAACTTTAAACTAATTTAATTCACAATACATCAGACTTATCCTGTCACCATTTTTCATATGAATTGAATAATTGCTCTTTGCGAATCGGTGGCCATTTCTCTGGAAAATGGTATTTGAACAGGCTCTCTCTAAACCAGCTCACATCGCTCATAAACTGACAGCAGGATCACAAAGAAAGCTGCATTTCATTGTTTGTTGTATTTCTACTTTTTCCCCAACTGTTCTCAAAATTCTCACTCTTGCACACTCTACCTGCCTCTACTCTGATCGTGGGCAGATTGGTGTAATAAATAGTCCATCTAAATGATTAAATTTAAAACAGAGGAGAAGCAGATCGGTTTGACTATACCAGGGAAATACCTCACATTCGCGGTGCTAAAACATTTGAATAATGCAATTGTGATAGATAGATTGCGCACGATGTGTCTGAAGAGCGAGAAGGGATCCGGGGGTGATAAGGATGATTGACTTATTTTTAGGACTGGAAGGGAGACCCGCAATTTCCGGGAGATTACCACTCGCTTGCGGGCATTATGAGTCCCGCAAATGCATAGAGACTCTGAATATTGGGATGTCTGAATATGACGTCTAACAACTGTAGTGAGGCACAATCCAGCGGTACAACCTGATAGTATGATGTGCTTTTTCAGTTCATGGAGGGCTGTTCAGAAATGCTAGGTAAAACATGGTGTGGATGTGGATCATTTTCGTTTCTAAAATGCCATTTTAATATTAAGACGGATTAGTGTAAACCGAGCTTAAGTGTGTATCTTTTGCGTTTGGGTTTGTGACGGGGTCGGGGCGGAGCATCGGCGATGGTGGCTCAGCATCATGTTGTCTATTGGCCATCGGCGATGGGCGATGACATCGTTTATCGGCCCAACCCTAGTCTGAAAAGGCGCTAAGTTGGCTACACTGGCTGACAGTGTTTTTGGATTGAAGCAATCACACCTTCCGCATGTGCTATATGGATAAAACTTTCCATTATTCATGGTGGCCAACGGTTTTGAAAAGAAGTAATAACTTTAATCTTTAAAATCTTAAAAGTTATAGACCGATTTTATATGATAGAAAATGTAAAAAAAAGAGCTACATGATTAATGCAGTTTTTTTTTGGCGTTGGTCAGGGCTCTGGGGCCCTAAGCGGCTGCTTACCTCGCTTATTGGTCAAGTCCGCCCCTGTTTAACACGGAAAAATGCAGAAAACTGCAAAGACACATATTTGTCTTTCTTATCCCAAAATTCATCTGATGTTAATCAACTATTAGAAATAATCCATCCTTTATTGGCTTATAATTTATTTGCTTATTAAGGCAATTACGATAACAATAAAAATGTGCATTTTATTAACCGATACCAAGATTGTTGCAGATAAATCATGCAGGACAACTTTCCGGAAGATTGCATTATAGAGAATGATGTTGTATATGTCTCTGTGTAG
Seq C2 exon
ATGATGAAGGCTGGAAGGGTAAACAGAGAGATGACTCCAGTGTACCGGTACAGTGGTCACCCAGTTCTGGAGAGATCTCACTCATCTCAGAAGATTACTTCCCCATCTACTTTGTGGCTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036279:ENSDART00000004277:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.381
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=PD(33.3=34.0)
A:
NA
C2:
PF0005213=Laminin_B=PU(3.8=11.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]