DreINT0088266 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000093572 | lamc3
Description
laminin, gamma 3 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060531-121]
Coordinates
chr5:33851105-33857667:+
Coord C1 exon
chr5:33851105-33851271
Coord A exon
chr5:33851272-33857478
Coord C2 exon
chr5:33857479-33857667
Length
6207 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGAGTGAGT
5' ss Score
6.51
3' ss Seq
TTCATCTGTGTTTTTCTCAGGGT
3' ss Score
10.88
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCAAGTGTAATGGCCATGCAAGCGAATGTGTGGTCAATGAGGAAGGCCGTTCGGTGTGTGTTTGTGAGCACAACACCGCAGGGGTCGACTGTCAGCTCTGTGCTCCCTTCTACCAAGACAGACCTTGGGCACGAGCGACTGCTCATTCTGCCAACGAGTGTGTGA
Seq A exon
GTGAGTACGGCCTCATTTTGTGACTTTTTGGTAATACCTTGTTGTTTTTGACTCTGACGGCTGTTAAGTGAAATGATTACATTTCATAAATAAAATAAAGCAAATTAATAAAATGACATACAAATATGGAATCAAATCTTCCAATAAACTGTTGTCAAGTTCTGTTTCATAAAAAAAAAAAAGGTGTCACGTTTTATATGGTGTATCTTCGATATATTTTTGTAGCAATAAACTCATGACTAATATTTGTTGCAATTGTAATGTTTACGAAATGCTGACAAGGGAGGTGTGGATCTAAACACAGGTTTATTGAGAATAGTCAGGCAAGCAACGGTCACAAATTAGGAGTAAACAGTATGCAGCCAAATCCAGAGTTATAGTCAAAAACACAGGTAATAGGCCAGTACAGGCAGGCTGCAGACAACATAAACAAACAAACAAATAAGACGAGGGTCAAAAACACAGCAAGGCAAGGAAAACGTGTCATAATGTCACAAAACTGTAAAACAAGACTCAGCAATGTATGGGTGTTTTTTAGAGGTGTATGTGTGGTCTGTGTAATTAGTCCTGAACAGCTTCAGCTGTGTCTGTTTGCAATCATGGGGATCTAGGTCAGGTGTGTGAGTGGTGCATGACTGCATATGTAGTTCTTTTGCTGGCAGATTTGTAGTTCTCCACCGATCTGCATGGGCTAGACCGCTGGTGACTGTGACAGCAATCGATGTTTAGATGAATATGTAAATATTCACTCACAATAACAAAATAAACACAAGACAAATAACTGTGGCATCTGATCTTAGTAATATGGAATGTTTGTACTAAGTCTGTAATTCACTTACATTGTGTTAATAAATTAGGTCATTAAAATGACACTATTATGATTATGAATTATGTAACTTTCATTTTTATTTGTTTAAAATGTCCAATGTCCACAAAATAATAAACTTTTTTTTTTAAATAATTCTACAGGCATTACAGTCATATTTTTTATTTTTATCTAATACAGGCTGTTAATACACTGGAAATGAAAATGTGATTATTACTTGAGAATCCTTACAATTAGAAATACATAGAAACTAACTTATTTGTTGATCAATGTATTTGAATTATTAAGGCTTTGATTATTTTACACAATTAGCCTGATGAAACCCGAAGATTTTAAATCGTCTGTTGTTATTACTTACATTATAACTTATTAATACTTGTTGTTTTTTCAGCCTAGCTAAAATAAATAAGATGTATAAATAATAAGATAACTAAAAATAATAGACAAATACTGTAAATAAATTACTAAAACTAATTGAAATAAAAGGATTGATATTCAGATTGAGTAACTACATTAAAAATATGTTAATTGTATCAAAATTTAAAAGTCTCTCCTTTCAGTTTTATCATCTGGTACGTACATTTTATGAAACAAAAAATGTATCGGGAACCAAGTACATGTTACATTTATATGATTAATATTAACAGTGTTTTTTATTTTACTAACTAACAATCTGTGCTGTGGAATTTAAATCAGCCAAATGTTTTAACTGAGGATACAGTGCTCAGCATATATAAGTACACCCCTTTACAAATCTAGCTTTTAAATTCATATTTTTAATATGAAGCTGTACAATATTATAATTGTGCATATACAATAGATTTGTCAGTACTGAAGCAATATCTGGAGCTTATCTAACAAAAGAACTTTCCAAAACCTAATACACACAAATTTATATGTTATAGAAAAATATTAAATATACATTAAAAAAAGAAAAAGGAAAAATCTACAGAAGCTACTTTTTTTTTTTTTTGAAAATTTTTATTAAATTTATTTGTATTATATTTTAATTTCTAAATATGTTTGGTGACTAAAATATGATTATAATAAATATATCTGTTTAATAAATCTGTTTTGTTTAAATGCTGCAAAATACATTGCCTATTCACTGAGAAATGGAGGAAAATATTAGTTTTCAAAATGGAGTGTACTCAGGTATGCTGAGCACTGTACATCTATAAAAACATTTGCTGATAAATGCCAGCATTTACTAAAAGTGCATTGCATTTATACTAATTAATGTCAACTTCAGCATGAAATTCCGGATATAATAATCTAAAGATTGCATATAAATATCTTTGAAAGATCTTGCTTCTTTCACTTAGCTGATTTCGAAATGCAATCTTAAATTCAGATGCTCACACCAGTCATTAATTCAATCAAGCACATCATTTAGACTTTTAACACACTAACTAAGGAAGTTTCACTCATGTAATGCTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTCATGCGTCACTGGTAAATACTTTAAGGGGATGCTATAATTGGCAATTTTGATAAACCCGTGAGGAGAAAAAAGCCATGTTAATTATTTTCATTCGGTATTCCACTAAGCTCCACGTTCTTTTAATTAACTCTCTGTTTCAGTGGTCAGCAGATGGGTTTTCGTTGGTAATTGTTGCGCCTTCTCATCAAAGTGGATTTAATGAATAAACAAGTTTTTGGTGGTCTCAAAAGCAGCACTATGTGTCGGTAAGGAAGTGAAATAAACCAATGATGCATTGCCTGCATGGCCGCTCCTCACAGTTCTTCGTCACAGACTCTGCCAATTTTAGGATTTGCATGTCAGACTCTGAGTGATGCTGCCATATGTCTCTCTCATAATGCTTCAAACAGATACATCAATTGAGGAAGGATGTCTTCTTTAGCCTCCGTTATAGAAGAGAAAAACAGTAAAGGACTTGCTTGGGATAAAAAGCCTTGATTCCATCTTGCGTTTGTTCTACTCTCTGTGTTGTCATCTACAAAAAAGTAATAGAGCAATTAAAACAACCTGGAATTGTTTTGCACACCCCAGCCACCCTTAAATAGGCTCATTTATTAAAACACTGAAACTACATAATACTGTATGAATGAAGTACACTCAAAAGAATAACTCATTGGATAAACTCAATTTGTATATATATATATATATTCCCATAAAAATAATATATATATTCCAGATGGGTCCCACCTAGGCTGGCACGCGTGGGGCCGGCTTGGCTGGCCCGCATGGGGCCCACCTGGGCTGGCCCGCGTGGGGCCCACCTGGGATGGTCCGCGTGGGGCCCAACTGGGATGGCCCGCGTGGGGCCCCACTGGGCTGGCTCCATGTATTTCAATACCAATCTTTATAGTGGTAGTTGAAGAAACAATTTTTTCTGAGGTGGTACTTGGTGAAAAAAGTTTGAGAACCACTGGATTAAATTAATTTATATCCTCAAAATTCTACACACAATTTCTGCTGCTCTGAAAGTTCCAATGAGCACAGTGGCCGCCATCATTCGTAAGTGGAAGATGTTTAAAACCTCCTGTACTCTTTCTAGAGCTGGCCAGCCATTTAAGTGGAGTGATCGGGGGAGAAGGGTCTTAGTCAGGGAGGTAATCAATAAACCATTGGTCACTCTATCTGAGCTCCAGCATTCTTCTGTAGAGAGAGGAGAACCTTACAGAAGGGCAACCATCTGTACAGCAGTCCACCAATCAGGCCTGTATGGTAGAGTGGCCAGACAGAAGCCACTCCCCGCCTGGAATTTGCCAAAAGGCATCTGAAAGGTCTATGGTTGGTACGGTTACGCCATCCATCCACACTAAGCCAGAGTTTTCGAGCGCCGAAAACGGAGGGTTTTGGAAATGCTGAAGAGGCCGTTTTCATTCTAACGCTGCTGCTCTGTCTCAGTGTAGATTGGGAAAACGGAGACATCTGAAAACGGAGGCAGGGCTGCCAACATTCGCCTTTCCGATTTGGGCTTTTCCTCAATATTAAGTAGCCACACAGTTCAGTCCTCCATCCTCTCCTTGTAAGTTCAGACTTTTCAAGTTTGATATGGAAAACAGACTCCCAAGGACATGTCGGTAAATCTTCAAAGCGAACAGTGTACTTTATCACCTTATTTACATCATCCTGGATATGTTATTTAACTATACCTTAACAATAAAATGAAAACATAATATAAGGAACTGCTATTTTCCTTTTGATATTAACAACTTAACAGGCAGCAGAAATGTTGAGGCGTTGCGCTGTATAAATGGGCGTCATCTTCACTGTATGTCAGGCACGTGCACACTTAGGGCTCAACCTGTGCAGTGCACATGCCCTTTTTAGTCTTGGATAGAAAGTGCCCTTCCAAAATGATCAAAAGTGCCCCTGCGACGCAACACACCCTCCGTTCCGCCCTTCAGTAGGCGCGCAACAACACCGCTCTTGAGTATGCGCGCAAAACACCCCCTCCCCCGCTTTACAGTACGCGCACGACAACACAGCTGATCAGAACACGCGCGAAAACACCGCTCTTCAGTACGCGTGCGAAAACACCACTCTTCAGTACGCGTGCGACAACAACACCCCCCCACCCCCGCTCTTACAAAAATTTATCCTGCACATGCCCTTTGGACGGTCTCTGCACGGGCCTGCTGTATGTGTATTCATAACAAAATGAAGCCTATAACATTACTGCCTCCTTTCATTTTCATTGAAAACACGAAACATACCCTCTCTTTTGCTGAATATCAGTTTTAATAATCAATAAAGGCCATTATAAAAGTATAACATAAAATAAGTTTATACATTATAGGAAATAAAGGCAAGCACTCAGTCAATATGCAGAATGTACGTGGTCACATTAATTATTAGCTTATCTTTGCTCTCAGCCAAAACACGTTACCCCAGAACAAGTAATAGATTCAAAAAAACAAAATAGGGGAATATGTTGTTGGATATAGAAAACAAGATGAATTAAATATCACGTTTAGCAAATATGGTGGGATTAGATCCAGCGGTAGATCTTTGGGGAAAACTCTGACTAGCACAGCTCTCATCTGGCTAGATAGGCTGCAACGCATGCCAGAGAGTATGTGTGTGGTCACGTGATGAGCGTTTTCAATGTTTTGGTGTTGACGGAGAGCTGTTCAGAAATGCTGGGTTAAACGATAGTGTGGACACAGATTGTTTTCATTTTAAAATGCAGTTTTAAAACTAAAACGCACTAGTGTAAACGGGGCCTAAAATTTAACTCTTTGGAGTGAATGATGATGATGAGGAGTGAGTGGATGTTTTTTAGCAGCAGGAACTGAAAGACTAGTTTGGACAGAGGGAAAGATAAAAGCAGCAATGTACAGAGACATCCTGAATGAAAACCTGCTTCAGAGAGCTCTTGACCTCAGACAGGGGTGACACTTCATCTTCCAGCAGGACATTGACCCAAACCACAACGCCAACATATCAATGGAGTGGCTTCACAACAACTCGGTGAATGTCATTAAGTGACCCAGCCAGAGTCCAAACCTAAATCCTATAGAACATCTCTGGAGAGATCTGAAAATGGCTGTACATCGTCGCTTCCCATCCAACCTGATAGAGCTTGAGAGGTACTGCAAAGAGGAATGGGCAAAAATTCCAAAAGACAGGTGTGCCAAGCTTGTGGCGTCATATTCAAAAAGACTTGAGGCTGTAATTGCTGCCCAAGGTGCATCAACAAAGTATTAAGCAAAGGCTGTAAATACTTCTGTACATGTGATTTTCATTATGGGTTATTGTGCGTAGAATTTTGAAAAAAAAAAGAATTTAATCCATTTTGGAATAAGGCTGTAACATAAAAAATGTGGGAAAAGTGAAGCACTATTAATACTTTCTGGATGCACTGTCTGTGTGTTTGTGTGTGTGCATTTCCAAGTGTGTATTTTTTTTTTCAGGAATAATATTAAAATCACAGTTTTTTGTCTTTATTAAAAAGTATCTTAACTCTGAAAAGCACATTGTCTTTGATAAGCACTCCTCCCTTTCTCTTGTACGTATCTTCTAGTGCAATAGTGTGAAATTCTTTCTTCAGCGGCAAGCTCAAGAAACTGTGTCCCATTAGAGAGTGATAATGTGATGGTTATTGCGGAGTCAATAGGCTGACGGAACTGTAATAAAACGAATAATGTCCCACAATGCCCCCCTAGGTGACGGGTGCATAAAAAAGCTGACTTTGTGCGTTCTGGTTCGATGATATGTTGAGGAGAAGCGGCCTGTGGCAGGGGAGCTTATTAGGTAGTGCGTGTGTGATCTAAAGCCTATTGGAACTGAACAAGCTTTTGACCTAAAAGTTTAAATGAATGCCCATTGCTGTTTCTCATCAGTTGCTCTTTCTGTTTCTCCTCTGCTTCATCTGTGTTTTTCTCAG
Seq C2 exon
GGTGTAACTGCAGTGGTCTTGCCGATGAATGTGTGTTCGATGTGGAACAGTACCGCAGCACAGGACAAGGGGGGCGCTGTCTCGGCTGTAGGGAAAACACTGCTGGTCCTCATTGTGAGCAGTGCAGAGAAAACTACTTCAGATCATCAGCACTGCAGCCCTGCCAAAACTGTAACTGCAATGCATTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000093572:ENSDART00000145127:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=94.7)
A:
NA
C2:
PF0005319=Laminin_EGF=WD(100=87.5),PF0005319=Laminin_EGF=PU(13.3=9.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]